[Bio] / FigKernelScripts / FFB2_build_updated_FF.pl Repository:
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Revision 1.20 - (view) (download) (as text)

1 : overbeek 1.1 ########################################################################
2 :    
3 : olson 1.8 use strict;
4 : overbeek 1.1 use FIG;
5 : olson 1.8 use IPC::Run qw(start finish);
6 :     use Cache::Memcached::Fast;
7 : olson 1.12 use Getopt::Long;
8 : overbeek 1.1
9 : olson 1.20 my $usage = "usage: FFB2_build_updated_FF [--no-reload-memcache] [--override fn-override-file] [--skipotu] OldReleaseDir NewReleaseDir memcache-host memcache-port [ssfam]";
10 :    
11 :     my $pseed = "/vol/pseed/FIGdisk/FIG/Data";
12 : olson 1.12
13 :     my $skip_otu;
14 : olson 1.18 my $override_file;
15 : olson 1.20 my $no_reload_memcache = 0;
16 : olson 1.12
17 : olson 1.18 my $rc = GetOptions("skipotu" => \$skip_otu,
18 : olson 1.20 "override=s" => \$override_file,
19 :     "no-reload-memcache" => \$no_reload_memcache);
20 : olson 1.12
21 :     $rc or die $usage;
22 : overbeek 1.1
23 : olson 1.8 my($oldD,$newD,$mchost, $mcport);
24 : overbeek 1.1
25 :     (
26 :     ($oldD = shift @ARGV) && (-d $oldD) &&
27 : olson 1.8 ($newD = shift @ARGV) &&
28 :     ($mchost = shift @ARGV) &&
29 :     ($mcport = shift @ARGV)
30 : overbeek 1.1 )
31 :     || die $usage;
32 :    
33 : olson 1.8 my $in_ssfam = shift;
34 :    
35 : olson 1.11 $ENV{TMPDIR} = $FIG_Config::temp;
36 :    
37 : olson 1.3 my $sort_args = "-T $FIG_Config::temp -S 4G";
38 :    
39 : olson 1.19 if (-d $newD)
40 :     {
41 :     if (-f "$newD/families.2c")
42 :     {
43 :     die "Not overwriting existing families in $newD\n";
44 :     }
45 :     }
46 :     else
47 :     {
48 :     mkdir($newD,0777) || die "Error creating $newD: $!";
49 :     }
50 : olson 1.7
51 : olson 1.8 my $mc = new Cache::Memcached::Fast({ servers => ["$mchost:$mcport"] } );
52 :     $mc or die "Could not connect to memcached at $mchost:$mcport\n";
53 :    
54 :     #
55 :     # Do some work up front to ensure we can load the memcache with all the data we need.
56 :     #
57 :    
58 :     my $ssfam;
59 :     if (-f $in_ssfam)
60 :     {
61 :     $ssfam = $in_ssfam;
62 :     }
63 :     else
64 :     {
65 :     $ssfam = "$FIG_Config::temp/subsys.based.families.$$";
66 :     &FIG::run("FFB2_make_subsys_based_families > $ssfam");
67 :     }
68 :    
69 : olson 1.20 if (!$no_reload_memcache)
70 :     {
71 :     $mc->flush_all();
72 :    
73 :     print "Loading memcache\n";
74 :     &FIG::run("FFB2_load_memcache --seed $pseed $ssfam $oldD/families.2c $mchost $mcport");
75 :     print "Done\n";
76 :     }
77 : olson 1.8
78 : olson 1.13 my $parallel = !$skip_otu;
79 : olson 1.7 my $child_pid;
80 :     if ($parallel)
81 :     {
82 :     #
83 :     # Run the FF update in a child process while we manage getting the phylo oligos here.
84 :     #
85 :    
86 :     $child_pid = fork;
87 :    
88 :     if ($child_pid == 0)
89 :     {
90 :     figfam_processing();
91 :     exit;
92 :     }
93 :     }
94 :     else
95 :     {
96 :     figfam_processing();
97 :     }
98 : overbeek 1.1
99 : olson 1.13 if ($skip_otu)
100 : olson 1.12 {
101 :     #
102 :     # Create empty kmer files in PhyloSigs.
103 :     #
104 : olson 1.8
105 : olson 1.14 my $dir = "$newD/PhyloSigs";
106 :     if (! -d $dir)
107 :     {
108 :     mkdir $dir or die "Could not mkdir $dir: $!";
109 :     }
110 : olson 1.12 for my $k (7..12)
111 :     {
112 :     my $dir = "$newD/PhyloSigs/$k";
113 :     if (! -d $dir)
114 :     {
115 :     mkdir $dir or die "Could not mkdir $dir: $!";
116 :     }
117 :     open(TT, ">", "$dir/good.oligos");
118 :     close(TT);
119 :     }
120 :     }
121 :     else
122 : olson 1.8 {
123 : olson 1.12 #
124 :     # Run the new parallel get-prots
125 :     #
126 :     my $n_get_prots = 4;
127 :    
128 :     my @handles;
129 :     for my $i (0..$n_get_prots - 1)
130 :     {
131 :     my $outfile = "$FIG_Config::temp/ffb2_xx.$$.$i";
132 :    
133 : olson 1.17 my $h = start(['FFB2_xx', 12, "$newD/setI", $n_get_prots, $i, $mchost, $mcport],
134 : olson 1.12 "<", "/dev/null", ">", $outfile);
135 :     push(@handles, [$i, $h, $outfile]);
136 :     }
137 :     for my $e (@handles)
138 :     {
139 :     my($i, $h, $file) = @$e;
140 :     print "Wait for finish $i $file\n";
141 :     $h->finish();
142 :     }
143 :    
144 :     my @files = map { $_->[2] } @handles;
145 :     print STDERR "Merging phylo @files\n";
146 : olson 1.18
147 :     #
148 :     # The Debian sort on the mac pro's does bad things with
149 :     # large merges. Use the latest one there, built in a local dir.
150 :     my @sort;
151 :     if (-x "/scratch/olson/coreutils/bin/sort")
152 :     {
153 :     my $n = @files;
154 :     $n++;
155 :     @sort = ("/scratch/olson/coreutils/bin/sort", "--batch-size=$n", "-m", @files);
156 :     }
157 :     else
158 :     {
159 :     @sort = ("sort", "-S", "2G", "-m", @files);
160 :     }
161 :    
162 :    
163 :     &FIG::run("@sort | FFB2_usable_motifs $newD/PhyloSigs 7-12");
164 : olson 1.8
165 : olson 1.12 #&FIG::run("FFB2_get_prots $newD/ProtsByGenomeSet $newD/setI");
166 :     #&FIG::run("FFB2_get_prot_gs_oligos $newD/ProtsByGenomeSet 12 | sort $sort_args | FFB2_usable_motifs $newD/PhyloSigs");
167 : olson 1.8 }
168 :    
169 : olson 1.7 if ($parallel)
170 :     {
171 :     my $rc = waitpid($child_pid, 0);
172 :     if ($? != 0)
173 :     {
174 :     die "Error running parallel child: $?\n";
175 :     }
176 :     }
177 :    
178 : olson 1.18 die "We're at the merge\n";
179 : olson 1.7
180 : overbeek 1.1 mkdir("$newD/Merged",0777) || die "could not make $newD/Merged: $!";
181 : olson 1.8
182 :     my @merge_handles;
183 :    
184 : overbeek 1.1 foreach my $i (7..12)
185 :     {
186 :     mkdir("$newD/Merged/$i",0777) || die "could not make $newD/Merged/$i: $!";
187 : olson 1.10 my $h = start(["FFB2_merge_oligos", "$newD/Kmers/$i/good.oligos", "$newD/PhyloSigs/$i/good.oligos"], "|",
188 : olson 1.8 ["FFB2_create_binary_kmers", "-l", $i, "-s", "4,2", "-", "$newD/Merged/$i/table.binary"]);
189 :    
190 :     push(@merge_handles, [$h, $i]);
191 :    
192 :     # &FIG::run("FFB2_merge_oligos $newD/Kmers/$i/good.oligos $newD/PhyloSigs/$i/good.oligos > $newD/Merged/$i/merged.oligos");
193 : overbeek 1.1 }
194 :    
195 : olson 1.8 for my $ent (@merge_handles)
196 : olson 1.2 {
197 : olson 1.8 my($h, $k) = @$ent;
198 :     print "Wait for finish for k=$k\n";
199 :     my $r = $h->finish();
200 :     print "done r=$r\n";
201 : olson 1.2 }
202 : olson 1.5
203 : olson 1.8 my $load1 = start(["FFB2_load_oligo_index", "$newD/function.index", "$newD/FRI.db"]);
204 :     my $load2 = start(["FFB2_load_oligo_index", "$newD/setI", "$newD/setI.db"]);
205 : olson 1.10 my $build = start(["build_prok_nonff_fasta", "$newD"], ">", "$newD/extra_prok_seqs.fasta");
206 : olson 1.8
207 :    
208 :     #foreach my $i (7..12)
209 :     #{
210 :     # &FIG::run("FFB2_create_binary_kmers -s 4,2 $newD/Merged/$i/merged.oligos $newD/Merged/$i/table.binary");
211 :     #}
212 :    
213 : olson 1.7 system("FFB2_run_tests $newD");
214 :     system("FFB2_compare_tests $oldD $newD");
215 : olson 1.8 $build->finish();
216 : overbeek 1.4 &FIG::run("formatdb -p T -i $newD/extra_prok_seqs.fasta");
217 : olson 1.16 &FIG::run("compute_fasta_lengths", "$newD/extra_prok_seqs.fasta", "$newD/extra_prok_seqs.fasta.lengths");
218 : overbeek 1.6
219 : olson 1.8 $load1->finish();
220 :     $load2->finish();
221 :    
222 : overbeek 1.6 &FIG::run("FFB2_make_FF_index $newD $newD/fam.func.index $newD/FamFuncBlastD");
223 : olson 1.7 &FIG::run("FFB2_build_ff_indexes $newD");
224 :    
225 : olson 1.15 &FIG::run("get_coupling_values $newD/families.2c > $newD/coupling.values");
226 :    
227 : olson 1.7 sub figfam_processing
228 :     {
229 : olson 1.18 my $override_arg = "";
230 :     if (defined($override_file))
231 :     {
232 :     $override_arg = "--override $override_file";
233 :     }
234 :     &FIG::run("FFB2_update_FIGfams -ssfams $ssfam $override_arg $newD/families.2c $newD/family.functions $oldD");
235 :     &FIG::run("FFB2_get_oligos2 $newD/families.2c $newD/family.functions $newD/function.index $newD/KmerBuild $mchost $mcport");
236 :    
237 :     # &FIG::run("FFB2_update_FIGfams -f $ssfam $newD/families.2c $newD/family.functions $oldD");
238 :     # &FIG::run("FFB2_get_oligos $newD/families.2c $newD/family.functions $newD/function.index $mchost $mcport |" .
239 :     # "FFB2_usable_motifs $newD/Kmers");
240 :    
241 : olson 1.7 }
242 :    
243 :    

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