[Bio] / FigKernelScripts / FFB2_build_updated_FF.pl Repository:
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Annotation of /FigKernelScripts/FFB2_build_updated_FF.pl

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Revision 1.19 - (view) (download) (as text)

1 : overbeek 1.1 ########################################################################
2 :    
3 : olson 1.8 use strict;
4 : overbeek 1.1 use FIG;
5 : olson 1.8 use IPC::Run qw(start finish);
6 :     use Cache::Memcached::Fast;
7 : olson 1.12 use Getopt::Long;
8 : overbeek 1.1
9 : olson 1.18 my $usage = "usage: FFB2_build_updated_FF [--override fn-override-file] [--skipotu] OldReleaseDir NewReleaseDir memcache-host memcache-port [ssfam]";
10 : olson 1.12
11 :     my $skip_otu;
12 : olson 1.18 my $override_file;
13 : olson 1.12
14 : olson 1.18 my $rc = GetOptions("skipotu" => \$skip_otu,
15 :     "override=s" => \$override_file);
16 : olson 1.12
17 :     $rc or die $usage;
18 : overbeek 1.1
19 : olson 1.8 my($oldD,$newD,$mchost, $mcport);
20 : overbeek 1.1
21 :     (
22 :     ($oldD = shift @ARGV) && (-d $oldD) &&
23 : olson 1.8 ($newD = shift @ARGV) &&
24 :     ($mchost = shift @ARGV) &&
25 :     ($mcport = shift @ARGV)
26 : overbeek 1.1 )
27 :     || die $usage;
28 :    
29 : olson 1.8 my $in_ssfam = shift;
30 :    
31 : olson 1.11 $ENV{TMPDIR} = $FIG_Config::temp;
32 :    
33 : olson 1.3 my $sort_args = "-T $FIG_Config::temp -S 4G";
34 :    
35 : olson 1.19 if (-d $newD)
36 :     {
37 :     if (-f "$newD/families.2c")
38 :     {
39 :     die "Not overwriting existing families in $newD\n";
40 :     }
41 :     }
42 :     else
43 :     {
44 :     mkdir($newD,0777) || die "Error creating $newD: $!";
45 :     }
46 : olson 1.7
47 : olson 1.8 my $mc = new Cache::Memcached::Fast({ servers => ["$mchost:$mcport"] } );
48 :     $mc or die "Could not connect to memcached at $mchost:$mcport\n";
49 :    
50 : olson 1.9 $mc->flush_all();
51 : olson 1.8
52 :     #
53 :     # Do some work up front to ensure we can load the memcache with all the data we need.
54 :     #
55 :    
56 :     my $ssfam;
57 :     if (-f $in_ssfam)
58 :     {
59 :     $ssfam = $in_ssfam;
60 :     }
61 :     else
62 :     {
63 :     $ssfam = "$FIG_Config::temp/subsys.based.families.$$";
64 :     &FIG::run("FFB2_make_subsys_based_families > $ssfam");
65 :     }
66 :    
67 : olson 1.9 print "Loading memcache\n";
68 :     &FIG::run("FFB2_load_memcache $ssfam $oldD/families.2c $mchost $mcport");
69 :     print "Done\n";
70 : olson 1.8
71 : olson 1.13 my $parallel = !$skip_otu;
72 : olson 1.7 my $child_pid;
73 :     if ($parallel)
74 :     {
75 :     #
76 :     # Run the FF update in a child process while we manage getting the phylo oligos here.
77 :     #
78 :    
79 :     $child_pid = fork;
80 :    
81 :     if ($child_pid == 0)
82 :     {
83 :     figfam_processing();
84 :     exit;
85 :     }
86 :     }
87 :     else
88 :     {
89 :     figfam_processing();
90 :     }
91 : overbeek 1.1
92 : olson 1.13 if ($skip_otu)
93 : olson 1.12 {
94 :     #
95 :     # Create empty kmer files in PhyloSigs.
96 :     #
97 : olson 1.8
98 : olson 1.14 my $dir = "$newD/PhyloSigs";
99 :     if (! -d $dir)
100 :     {
101 :     mkdir $dir or die "Could not mkdir $dir: $!";
102 :     }
103 : olson 1.12 for my $k (7..12)
104 :     {
105 :     my $dir = "$newD/PhyloSigs/$k";
106 :     if (! -d $dir)
107 :     {
108 :     mkdir $dir or die "Could not mkdir $dir: $!";
109 :     }
110 :     open(TT, ">", "$dir/good.oligos");
111 :     close(TT);
112 :     }
113 :     }
114 :     else
115 : olson 1.8 {
116 : olson 1.12 #
117 :     # Run the new parallel get-prots
118 :     #
119 :     my $n_get_prots = 4;
120 :    
121 :     my @handles;
122 :     for my $i (0..$n_get_prots - 1)
123 :     {
124 :     my $outfile = "$FIG_Config::temp/ffb2_xx.$$.$i";
125 :    
126 : olson 1.17 my $h = start(['FFB2_xx', 12, "$newD/setI", $n_get_prots, $i, $mchost, $mcport],
127 : olson 1.12 "<", "/dev/null", ">", $outfile);
128 :     push(@handles, [$i, $h, $outfile]);
129 :     }
130 :     for my $e (@handles)
131 :     {
132 :     my($i, $h, $file) = @$e;
133 :     print "Wait for finish $i $file\n";
134 :     $h->finish();
135 :     }
136 :    
137 :     my @files = map { $_->[2] } @handles;
138 :     print STDERR "Merging phylo @files\n";
139 : olson 1.18
140 :     #
141 :     # The Debian sort on the mac pro's does bad things with
142 :     # large merges. Use the latest one there, built in a local dir.
143 :     my @sort;
144 :     if (-x "/scratch/olson/coreutils/bin/sort")
145 :     {
146 :     my $n = @files;
147 :     $n++;
148 :     @sort = ("/scratch/olson/coreutils/bin/sort", "--batch-size=$n", "-m", @files);
149 :     }
150 :     else
151 :     {
152 :     @sort = ("sort", "-S", "2G", "-m", @files);
153 :     }
154 :    
155 :    
156 :     &FIG::run("@sort | FFB2_usable_motifs $newD/PhyloSigs 7-12");
157 : olson 1.8
158 : olson 1.12 #&FIG::run("FFB2_get_prots $newD/ProtsByGenomeSet $newD/setI");
159 :     #&FIG::run("FFB2_get_prot_gs_oligos $newD/ProtsByGenomeSet 12 | sort $sort_args | FFB2_usable_motifs $newD/PhyloSigs");
160 : olson 1.8 }
161 :    
162 : olson 1.7 if ($parallel)
163 :     {
164 :     my $rc = waitpid($child_pid, 0);
165 :     if ($? != 0)
166 :     {
167 :     die "Error running parallel child: $?\n";
168 :     }
169 :     }
170 :    
171 : olson 1.18 die "We're at the merge\n";
172 : olson 1.7
173 : overbeek 1.1 mkdir("$newD/Merged",0777) || die "could not make $newD/Merged: $!";
174 : olson 1.8
175 :     my @merge_handles;
176 :    
177 : overbeek 1.1 foreach my $i (7..12)
178 :     {
179 :     mkdir("$newD/Merged/$i",0777) || die "could not make $newD/Merged/$i: $!";
180 : olson 1.10 my $h = start(["FFB2_merge_oligos", "$newD/Kmers/$i/good.oligos", "$newD/PhyloSigs/$i/good.oligos"], "|",
181 : olson 1.8 ["FFB2_create_binary_kmers", "-l", $i, "-s", "4,2", "-", "$newD/Merged/$i/table.binary"]);
182 :    
183 :     push(@merge_handles, [$h, $i]);
184 :    
185 :     # &FIG::run("FFB2_merge_oligos $newD/Kmers/$i/good.oligos $newD/PhyloSigs/$i/good.oligos > $newD/Merged/$i/merged.oligos");
186 : overbeek 1.1 }
187 :    
188 : olson 1.8 for my $ent (@merge_handles)
189 : olson 1.2 {
190 : olson 1.8 my($h, $k) = @$ent;
191 :     print "Wait for finish for k=$k\n";
192 :     my $r = $h->finish();
193 :     print "done r=$r\n";
194 : olson 1.2 }
195 : olson 1.5
196 : olson 1.8 my $load1 = start(["FFB2_load_oligo_index", "$newD/function.index", "$newD/FRI.db"]);
197 :     my $load2 = start(["FFB2_load_oligo_index", "$newD/setI", "$newD/setI.db"]);
198 : olson 1.10 my $build = start(["build_prok_nonff_fasta", "$newD"], ">", "$newD/extra_prok_seqs.fasta");
199 : olson 1.8
200 :    
201 :     #foreach my $i (7..12)
202 :     #{
203 :     # &FIG::run("FFB2_create_binary_kmers -s 4,2 $newD/Merged/$i/merged.oligos $newD/Merged/$i/table.binary");
204 :     #}
205 :    
206 : olson 1.7 system("FFB2_run_tests $newD");
207 :     system("FFB2_compare_tests $oldD $newD");
208 : olson 1.8 $build->finish();
209 : overbeek 1.4 &FIG::run("formatdb -p T -i $newD/extra_prok_seqs.fasta");
210 : olson 1.16 &FIG::run("compute_fasta_lengths", "$newD/extra_prok_seqs.fasta", "$newD/extra_prok_seqs.fasta.lengths");
211 : overbeek 1.6
212 : olson 1.8 $load1->finish();
213 :     $load2->finish();
214 :    
215 : overbeek 1.6 &FIG::run("FFB2_make_FF_index $newD $newD/fam.func.index $newD/FamFuncBlastD");
216 : olson 1.7 &FIG::run("FFB2_build_ff_indexes $newD");
217 :    
218 : olson 1.15 &FIG::run("get_coupling_values $newD/families.2c > $newD/coupling.values");
219 :    
220 : olson 1.7 sub figfam_processing
221 :     {
222 : olson 1.18 my $override_arg = "";
223 :     if (defined($override_file))
224 :     {
225 :     $override_arg = "--override $override_file";
226 :     }
227 :     &FIG::run("FFB2_update_FIGfams -ssfams $ssfam $override_arg $newD/families.2c $newD/family.functions $oldD");
228 :     &FIG::run("FFB2_get_oligos2 $newD/families.2c $newD/family.functions $newD/function.index $newD/KmerBuild $mchost $mcport");
229 :    
230 :     # &FIG::run("FFB2_update_FIGfams -f $ssfam $newD/families.2c $newD/family.functions $oldD");
231 :     # &FIG::run("FFB2_get_oligos $newD/families.2c $newD/family.functions $newD/function.index $mchost $mcport |" .
232 :     # "FFB2_usable_motifs $newD/Kmers");
233 :    
234 : olson 1.7 }
235 :    
236 :    

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