[Bio] / FigKernelScripts / FFB2_build_updated_FF.pl Repository:
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Revision 1.18 - (view) (download) (as text)

1 : overbeek 1.1 ########################################################################
2 :    
3 : olson 1.8 use strict;
4 : overbeek 1.1 use FIG;
5 : olson 1.8 use IPC::Run qw(start finish);
6 :     use Cache::Memcached::Fast;
7 : olson 1.12 use Getopt::Long;
8 : overbeek 1.1
9 : olson 1.18 my $usage = "usage: FFB2_build_updated_FF [--override fn-override-file] [--skipotu] OldReleaseDir NewReleaseDir memcache-host memcache-port [ssfam]";
10 : olson 1.12
11 :     my $skip_otu;
12 : olson 1.18 my $override_file;
13 : olson 1.12
14 : olson 1.18 my $rc = GetOptions("skipotu" => \$skip_otu,
15 :     "override=s" => \$override_file);
16 : olson 1.12
17 :     $rc or die $usage;
18 : overbeek 1.1
19 : olson 1.8 my($oldD,$newD,$mchost, $mcport);
20 : overbeek 1.1
21 :     (
22 :     ($oldD = shift @ARGV) && (-d $oldD) &&
23 : olson 1.8 ($newD = shift @ARGV) &&
24 :     ($mchost = shift @ARGV) &&
25 :     ($mcport = shift @ARGV)
26 : overbeek 1.1 )
27 :     || die $usage;
28 :    
29 : olson 1.8 my $in_ssfam = shift;
30 :    
31 : olson 1.11 $ENV{TMPDIR} = $FIG_Config::temp;
32 :    
33 : olson 1.3 my $sort_args = "-T $FIG_Config::temp -S 4G";
34 :    
35 : overbeek 1.1 mkdir($newD,0777) || die "You have an existing $newD; remove it and try again";
36 : olson 1.7
37 : olson 1.8 my $mc = new Cache::Memcached::Fast({ servers => ["$mchost:$mcport"] } );
38 :     $mc or die "Could not connect to memcached at $mchost:$mcport\n";
39 :    
40 : olson 1.9 $mc->flush_all();
41 : olson 1.8
42 :     #
43 :     # Do some work up front to ensure we can load the memcache with all the data we need.
44 :     #
45 :    
46 :     my $ssfam;
47 :     if (-f $in_ssfam)
48 :     {
49 :     $ssfam = $in_ssfam;
50 :     }
51 :     else
52 :     {
53 :     $ssfam = "$FIG_Config::temp/subsys.based.families.$$";
54 :     &FIG::run("FFB2_make_subsys_based_families > $ssfam");
55 :     }
56 :    
57 : olson 1.9 print "Loading memcache\n";
58 :     &FIG::run("FFB2_load_memcache $ssfam $oldD/families.2c $mchost $mcport");
59 :     print "Done\n";
60 : olson 1.8
61 : olson 1.13 my $parallel = !$skip_otu;
62 : olson 1.7 my $child_pid;
63 :     if ($parallel)
64 :     {
65 :     #
66 :     # Run the FF update in a child process while we manage getting the phylo oligos here.
67 :     #
68 :    
69 :     $child_pid = fork;
70 :    
71 :     if ($child_pid == 0)
72 :     {
73 :     figfam_processing();
74 :     exit;
75 :     }
76 :     }
77 :     else
78 :     {
79 :     figfam_processing();
80 :     }
81 : overbeek 1.1
82 : olson 1.13 if ($skip_otu)
83 : olson 1.12 {
84 :     #
85 :     # Create empty kmer files in PhyloSigs.
86 :     #
87 : olson 1.8
88 : olson 1.14 my $dir = "$newD/PhyloSigs";
89 :     if (! -d $dir)
90 :     {
91 :     mkdir $dir or die "Could not mkdir $dir: $!";
92 :     }
93 : olson 1.12 for my $k (7..12)
94 :     {
95 :     my $dir = "$newD/PhyloSigs/$k";
96 :     if (! -d $dir)
97 :     {
98 :     mkdir $dir or die "Could not mkdir $dir: $!";
99 :     }
100 :     open(TT, ">", "$dir/good.oligos");
101 :     close(TT);
102 :     }
103 :     }
104 :     else
105 : olson 1.8 {
106 : olson 1.12 #
107 :     # Run the new parallel get-prots
108 :     #
109 :     my $n_get_prots = 4;
110 :    
111 :     my @handles;
112 :     for my $i (0..$n_get_prots - 1)
113 :     {
114 :     my $outfile = "$FIG_Config::temp/ffb2_xx.$$.$i";
115 :    
116 : olson 1.17 my $h = start(['FFB2_xx', 12, "$newD/setI", $n_get_prots, $i, $mchost, $mcport],
117 : olson 1.12 "<", "/dev/null", ">", $outfile);
118 :     push(@handles, [$i, $h, $outfile]);
119 :     }
120 :     for my $e (@handles)
121 :     {
122 :     my($i, $h, $file) = @$e;
123 :     print "Wait for finish $i $file\n";
124 :     $h->finish();
125 :     }
126 :    
127 :     my @files = map { $_->[2] } @handles;
128 :     print STDERR "Merging phylo @files\n";
129 : olson 1.18
130 :     #
131 :     # The Debian sort on the mac pro's does bad things with
132 :     # large merges. Use the latest one there, built in a local dir.
133 :     my @sort;
134 :     if (-x "/scratch/olson/coreutils/bin/sort")
135 :     {
136 :     my $n = @files;
137 :     $n++;
138 :     @sort = ("/scratch/olson/coreutils/bin/sort", "--batch-size=$n", "-m", @files);
139 :     }
140 :     else
141 :     {
142 :     @sort = ("sort", "-S", "2G", "-m", @files);
143 :     }
144 :    
145 :    
146 :     &FIG::run("@sort | FFB2_usable_motifs $newD/PhyloSigs 7-12");
147 : olson 1.8
148 : olson 1.12 #&FIG::run("FFB2_get_prots $newD/ProtsByGenomeSet $newD/setI");
149 :     #&FIG::run("FFB2_get_prot_gs_oligos $newD/ProtsByGenomeSet 12 | sort $sort_args | FFB2_usable_motifs $newD/PhyloSigs");
150 : olson 1.8 }
151 :    
152 : olson 1.7 if ($parallel)
153 :     {
154 :     my $rc = waitpid($child_pid, 0);
155 :     if ($? != 0)
156 :     {
157 :     die "Error running parallel child: $?\n";
158 :     }
159 :     }
160 :    
161 : olson 1.18 die "We're at the merge\n";
162 : olson 1.7
163 : overbeek 1.1 mkdir("$newD/Merged",0777) || die "could not make $newD/Merged: $!";
164 : olson 1.8
165 :     my @merge_handles;
166 :    
167 : overbeek 1.1 foreach my $i (7..12)
168 :     {
169 :     mkdir("$newD/Merged/$i",0777) || die "could not make $newD/Merged/$i: $!";
170 : olson 1.10 my $h = start(["FFB2_merge_oligos", "$newD/Kmers/$i/good.oligos", "$newD/PhyloSigs/$i/good.oligos"], "|",
171 : olson 1.8 ["FFB2_create_binary_kmers", "-l", $i, "-s", "4,2", "-", "$newD/Merged/$i/table.binary"]);
172 :    
173 :     push(@merge_handles, [$h, $i]);
174 :    
175 :     # &FIG::run("FFB2_merge_oligos $newD/Kmers/$i/good.oligos $newD/PhyloSigs/$i/good.oligos > $newD/Merged/$i/merged.oligos");
176 : overbeek 1.1 }
177 :    
178 : olson 1.8 for my $ent (@merge_handles)
179 : olson 1.2 {
180 : olson 1.8 my($h, $k) = @$ent;
181 :     print "Wait for finish for k=$k\n";
182 :     my $r = $h->finish();
183 :     print "done r=$r\n";
184 : olson 1.2 }
185 : olson 1.5
186 : olson 1.8 my $load1 = start(["FFB2_load_oligo_index", "$newD/function.index", "$newD/FRI.db"]);
187 :     my $load2 = start(["FFB2_load_oligo_index", "$newD/setI", "$newD/setI.db"]);
188 : olson 1.10 my $build = start(["build_prok_nonff_fasta", "$newD"], ">", "$newD/extra_prok_seqs.fasta");
189 : olson 1.8
190 :    
191 :     #foreach my $i (7..12)
192 :     #{
193 :     # &FIG::run("FFB2_create_binary_kmers -s 4,2 $newD/Merged/$i/merged.oligos $newD/Merged/$i/table.binary");
194 :     #}
195 :    
196 : olson 1.7 system("FFB2_run_tests $newD");
197 :     system("FFB2_compare_tests $oldD $newD");
198 : olson 1.8 $build->finish();
199 : overbeek 1.4 &FIG::run("formatdb -p T -i $newD/extra_prok_seqs.fasta");
200 : olson 1.16 &FIG::run("compute_fasta_lengths", "$newD/extra_prok_seqs.fasta", "$newD/extra_prok_seqs.fasta.lengths");
201 : overbeek 1.6
202 : olson 1.8 $load1->finish();
203 :     $load2->finish();
204 :    
205 : overbeek 1.6 &FIG::run("FFB2_make_FF_index $newD $newD/fam.func.index $newD/FamFuncBlastD");
206 : olson 1.7 &FIG::run("FFB2_build_ff_indexes $newD");
207 :    
208 : olson 1.15 &FIG::run("get_coupling_values $newD/families.2c > $newD/coupling.values");
209 :    
210 : olson 1.7 sub figfam_processing
211 :     {
212 : olson 1.18 my $override_arg = "";
213 :     if (defined($override_file))
214 :     {
215 :     $override_arg = "--override $override_file";
216 :     }
217 :     &FIG::run("FFB2_update_FIGfams -ssfams $ssfam $override_arg $newD/families.2c $newD/family.functions $oldD");
218 :     &FIG::run("FFB2_get_oligos2 $newD/families.2c $newD/family.functions $newD/function.index $newD/KmerBuild $mchost $mcport");
219 :    
220 :     # &FIG::run("FFB2_update_FIGfams -f $ssfam $newD/families.2c $newD/family.functions $oldD");
221 :     # &FIG::run("FFB2_get_oligos $newD/families.2c $newD/family.functions $newD/function.index $mchost $mcport |" .
222 :     # "FFB2_usable_motifs $newD/Kmers");
223 :    
224 : olson 1.7 }
225 :    
226 :    

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