[Bio] / FigKernelScripts / FFB2_build_updated_FF.pl Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigKernelScripts/FFB2_build_updated_FF.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.11 - (view) (download) (as text)

1 : overbeek 1.1 ########################################################################
2 :    
3 : olson 1.8 use strict;
4 : overbeek 1.1 use FIG;
5 : olson 1.8 use IPC::Run qw(start finish);
6 :     use Cache::Memcached::Fast;
7 : overbeek 1.1
8 : olson 1.8 my $usage = "usage: FFB2_build_updated_FF OldReleaseDir NewReleaseDir memcache-host memcache-port [ssfam]";
9 : overbeek 1.1
10 : olson 1.8 my($oldD,$newD,$mchost, $mcport);
11 : overbeek 1.1
12 :     (
13 :     ($oldD = shift @ARGV) && (-d $oldD) &&
14 : olson 1.8 ($newD = shift @ARGV) &&
15 :     ($mchost = shift @ARGV) &&
16 :     ($mcport = shift @ARGV)
17 : overbeek 1.1 )
18 :     || die $usage;
19 :    
20 : olson 1.8 my $in_ssfam = shift;
21 :    
22 : olson 1.11 $ENV{TMPDIR} = $FIG_Config::temp;
23 :    
24 : olson 1.3 my $sort_args = "-T $FIG_Config::temp -S 4G";
25 :    
26 : overbeek 1.1 mkdir($newD,0777) || die "You have an existing $newD; remove it and try again";
27 : olson 1.7
28 : olson 1.8 my $mc = new Cache::Memcached::Fast({ servers => ["$mchost:$mcport"] } );
29 :     $mc or die "Could not connect to memcached at $mchost:$mcport\n";
30 :    
31 : olson 1.9 $mc->flush_all();
32 : olson 1.8
33 :     #
34 :     # Do some work up front to ensure we can load the memcache with all the data we need.
35 :     #
36 :    
37 :     my $ssfam;
38 :     if (-f $in_ssfam)
39 :     {
40 :     $ssfam = $in_ssfam;
41 :     }
42 :     else
43 :     {
44 :     $ssfam = "$FIG_Config::temp/subsys.based.families.$$";
45 :     &FIG::run("FFB2_make_subsys_based_families > $ssfam");
46 :     }
47 :    
48 : olson 1.9 print "Loading memcache\n";
49 :     &FIG::run("FFB2_load_memcache $ssfam $oldD/families.2c $mchost $mcport");
50 :     print "Done\n";
51 : olson 1.8
52 :     my $parallel = 1;
53 : olson 1.7 my $child_pid;
54 :     if ($parallel)
55 :     {
56 :     #
57 :     # Run the FF update in a child process while we manage getting the phylo oligos here.
58 :     #
59 :    
60 :     $child_pid = fork;
61 :    
62 :     if ($child_pid == 0)
63 :     {
64 :     figfam_processing();
65 :     exit;
66 :     }
67 :     }
68 :     else
69 :     {
70 :     figfam_processing();
71 :     }
72 : overbeek 1.1
73 : olson 1.8 #
74 :     # Run the new parallel get-prots
75 :     #
76 :     my $n_get_prots = 3;
77 :    
78 :     my @handles;
79 :     for my $i (0..$n_get_prots - 1)
80 :     {
81 :     my $outfile = "$FIG_Config::temp/ffb2_xx.$$.$i";
82 :    
83 :     my $h = start(['FFB2_xx', 12, "$newD/setI", $n_get_prots, $i, $mchost, $mcport],
84 :     "<", "/dev/null", ">", $outfile);
85 :     push(@handles, [$i, $h, $outfile]);
86 :     }
87 :     for my $e (@handles)
88 :     {
89 :     my($i, $h, $file) = @$e;
90 :     print "Wait for finish $i $file\n";
91 :     $h->finish();
92 :     }
93 :    
94 :     my @files = map { $_->[2] } @handles;
95 :     print STDERR "Merging phylo @files\n";
96 :     &FIG::run("sort -m @files | FFB2_usable_motifs $newD/PhyloSigs");
97 :    
98 :     #&FIG::run("FFB2_get_prots $newD/ProtsByGenomeSet $newD/setI");
99 :     #&FIG::run("FFB2_get_prot_gs_oligos $newD/ProtsByGenomeSet 12 | sort $sort_args | FFB2_usable_motifs $newD/PhyloSigs");
100 : olson 1.7
101 :     if ($parallel)
102 :     {
103 :     my $rc = waitpid($child_pid, 0);
104 :     if ($? != 0)
105 :     {
106 :     die "Error running parallel child: $?\n";
107 :     }
108 :     }
109 :    
110 :    
111 : overbeek 1.1 mkdir("$newD/Merged",0777) || die "could not make $newD/Merged: $!";
112 : olson 1.8
113 :     my @merge_handles;
114 :    
115 : overbeek 1.1 foreach my $i (7..12)
116 :     {
117 :     mkdir("$newD/Merged/$i",0777) || die "could not make $newD/Merged/$i: $!";
118 : olson 1.10 my $h = start(["FFB2_merge_oligos", "$newD/Kmers/$i/good.oligos", "$newD/PhyloSigs/$i/good.oligos"], "|",
119 : olson 1.8 ["FFB2_create_binary_kmers", "-l", $i, "-s", "4,2", "-", "$newD/Merged/$i/table.binary"]);
120 :    
121 :     push(@merge_handles, [$h, $i]);
122 :    
123 :     # &FIG::run("FFB2_merge_oligos $newD/Kmers/$i/good.oligos $newD/PhyloSigs/$i/good.oligos > $newD/Merged/$i/merged.oligos");
124 : overbeek 1.1 }
125 :    
126 : olson 1.8 for my $ent (@merge_handles)
127 : olson 1.2 {
128 : olson 1.8 my($h, $k) = @$ent;
129 :     print "Wait for finish for k=$k\n";
130 :     my $r = $h->finish();
131 :     print "done r=$r\n";
132 : olson 1.2 }
133 : olson 1.5
134 : olson 1.8 my $load1 = start(["FFB2_load_oligo_index", "$newD/function.index", "$newD/FRI.db"]);
135 :     my $load2 = start(["FFB2_load_oligo_index", "$newD/setI", "$newD/setI.db"]);
136 : olson 1.10 my $build = start(["build_prok_nonff_fasta", "$newD"], ">", "$newD/extra_prok_seqs.fasta");
137 : olson 1.8
138 :    
139 :     #foreach my $i (7..12)
140 :     #{
141 :     # &FIG::run("FFB2_create_binary_kmers -s 4,2 $newD/Merged/$i/merged.oligos $newD/Merged/$i/table.binary");
142 :     #}
143 :    
144 : olson 1.7 system("FFB2_run_tests $newD");
145 :     system("FFB2_compare_tests $oldD $newD");
146 : olson 1.8 $build->finish();
147 : overbeek 1.4 &FIG::run("formatdb -p T -i $newD/extra_prok_seqs.fasta");
148 : overbeek 1.6
149 : olson 1.8 $load1->finish();
150 :     $load2->finish();
151 :    
152 : overbeek 1.6 &FIG::run("FFB2_make_FF_index $newD $newD/fam.func.index $newD/FamFuncBlastD");
153 : olson 1.7 &FIG::run("FFB2_build_ff_indexes $newD");
154 :    
155 :     sub figfam_processing
156 :     {
157 : olson 1.8 &FIG::run("FFB2_update_FIGfams -f $ssfam $newD/families.2c $newD/family.functions $oldD");
158 : olson 1.7 &FIG::run("FFB2_get_oligos $newD/families.2c $newD/family.functions 2> $newD/function.index |" .
159 : olson 1.11 "FFB2_usable_motifs $newD/Kmers");
160 : olson 1.7 }
161 :    
162 :    

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3