[Bio] / FigKernelScripts / FFB2_build_updated_FF.pl Repository:
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Annotation of /FigKernelScripts/FFB2_build_updated_FF.pl

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Revision 1.10 - (view) (download) (as text)

1 : overbeek 1.1 ########################################################################
2 :    
3 : olson 1.8 use strict;
4 : overbeek 1.1 use FIG;
5 : olson 1.8 use IPC::Run qw(start finish);
6 :     use Cache::Memcached::Fast;
7 : overbeek 1.1
8 : olson 1.8 my $usage = "usage: FFB2_build_updated_FF OldReleaseDir NewReleaseDir memcache-host memcache-port [ssfam]";
9 : overbeek 1.1
10 : olson 1.8 my($oldD,$newD,$mchost, $mcport);
11 : overbeek 1.1
12 :     (
13 :     ($oldD = shift @ARGV) && (-d $oldD) &&
14 : olson 1.8 ($newD = shift @ARGV) &&
15 :     ($mchost = shift @ARGV) &&
16 :     ($mcport = shift @ARGV)
17 : overbeek 1.1 )
18 :     || die $usage;
19 :    
20 : olson 1.8 my $in_ssfam = shift;
21 :    
22 : olson 1.3 my $sort_args = "-T $FIG_Config::temp -S 4G";
23 :    
24 : overbeek 1.1 mkdir($newD,0777) || die "You have an existing $newD; remove it and try again";
25 : olson 1.7
26 : olson 1.8 my $mc = new Cache::Memcached::Fast({ servers => ["$mchost:$mcport"] } );
27 :     $mc or die "Could not connect to memcached at $mchost:$mcport\n";
28 :    
29 : olson 1.9 $mc->flush_all();
30 : olson 1.8
31 :     #
32 :     # Do some work up front to ensure we can load the memcache with all the data we need.
33 :     #
34 :    
35 :     my $ssfam;
36 :     if (-f $in_ssfam)
37 :     {
38 :     $ssfam = $in_ssfam;
39 :     }
40 :     else
41 :     {
42 :     $ssfam = "$FIG_Config::temp/subsys.based.families.$$";
43 :     &FIG::run("FFB2_make_subsys_based_families > $ssfam");
44 :     }
45 :    
46 : olson 1.9 print "Loading memcache\n";
47 :     &FIG::run("FFB2_load_memcache $ssfam $oldD/families.2c $mchost $mcport");
48 :     print "Done\n";
49 : olson 1.8
50 :     my $parallel = 1;
51 : olson 1.7 my $child_pid;
52 :     if ($parallel)
53 :     {
54 :     #
55 :     # Run the FF update in a child process while we manage getting the phylo oligos here.
56 :     #
57 :    
58 :     $child_pid = fork;
59 :    
60 :     if ($child_pid == 0)
61 :     {
62 :     figfam_processing();
63 :     exit;
64 :     }
65 :     }
66 :     else
67 :     {
68 :     figfam_processing();
69 :     }
70 : overbeek 1.1
71 : olson 1.8 #
72 :     # Run the new parallel get-prots
73 :     #
74 :     my $n_get_prots = 3;
75 :    
76 :     my @handles;
77 :     for my $i (0..$n_get_prots - 1)
78 :     {
79 :     my $outfile = "$FIG_Config::temp/ffb2_xx.$$.$i";
80 :    
81 :     my $h = start(['FFB2_xx', 12, "$newD/setI", $n_get_prots, $i, $mchost, $mcport],
82 :     "<", "/dev/null", ">", $outfile);
83 :     push(@handles, [$i, $h, $outfile]);
84 :     }
85 :     for my $e (@handles)
86 :     {
87 :     my($i, $h, $file) = @$e;
88 :     print "Wait for finish $i $file\n";
89 :     $h->finish();
90 :     }
91 :    
92 :     my @files = map { $_->[2] } @handles;
93 :     print STDERR "Merging phylo @files\n";
94 :     &FIG::run("sort -m @files | FFB2_usable_motifs $newD/PhyloSigs");
95 :    
96 :     #&FIG::run("FFB2_get_prots $newD/ProtsByGenomeSet $newD/setI");
97 :     #&FIG::run("FFB2_get_prot_gs_oligos $newD/ProtsByGenomeSet 12 | sort $sort_args | FFB2_usable_motifs $newD/PhyloSigs");
98 : olson 1.7
99 :     if ($parallel)
100 :     {
101 :     my $rc = waitpid($child_pid, 0);
102 :     if ($? != 0)
103 :     {
104 :     die "Error running parallel child: $?\n";
105 :     }
106 :     }
107 :    
108 :    
109 : overbeek 1.1 mkdir("$newD/Merged",0777) || die "could not make $newD/Merged: $!";
110 : olson 1.8
111 :     my @merge_handles;
112 :    
113 : overbeek 1.1 foreach my $i (7..12)
114 :     {
115 :     mkdir("$newD/Merged/$i",0777) || die "could not make $newD/Merged/$i: $!";
116 : olson 1.10 my $h = start(["FFB2_merge_oligos", "$newD/Kmers/$i/good.oligos", "$newD/PhyloSigs/$i/good.oligos"], "|",
117 : olson 1.8 ["FFB2_create_binary_kmers", "-l", $i, "-s", "4,2", "-", "$newD/Merged/$i/table.binary"]);
118 :    
119 :     push(@merge_handles, [$h, $i]);
120 :    
121 :     # &FIG::run("FFB2_merge_oligos $newD/Kmers/$i/good.oligos $newD/PhyloSigs/$i/good.oligos > $newD/Merged/$i/merged.oligos");
122 : overbeek 1.1 }
123 :    
124 : olson 1.8 for my $ent (@merge_handles)
125 : olson 1.2 {
126 : olson 1.8 my($h, $k) = @$ent;
127 :     print "Wait for finish for k=$k\n";
128 :     my $r = $h->finish();
129 :     print "done r=$r\n";
130 : olson 1.2 }
131 : olson 1.5
132 : olson 1.8 my $load1 = start(["FFB2_load_oligo_index", "$newD/function.index", "$newD/FRI.db"]);
133 :     my $load2 = start(["FFB2_load_oligo_index", "$newD/setI", "$newD/setI.db"]);
134 : olson 1.10 my $build = start(["build_prok_nonff_fasta", "$newD"], ">", "$newD/extra_prok_seqs.fasta");
135 : olson 1.8
136 :    
137 :     #foreach my $i (7..12)
138 :     #{
139 :     # &FIG::run("FFB2_create_binary_kmers -s 4,2 $newD/Merged/$i/merged.oligos $newD/Merged/$i/table.binary");
140 :     #}
141 :    
142 : olson 1.7 system("FFB2_run_tests $newD");
143 :     system("FFB2_compare_tests $oldD $newD");
144 : olson 1.8 $build->finish();
145 : overbeek 1.4 &FIG::run("formatdb -p T -i $newD/extra_prok_seqs.fasta");
146 : overbeek 1.6
147 : olson 1.8 $load1->finish();
148 :     $load2->finish();
149 :    
150 : overbeek 1.6 &FIG::run("FFB2_make_FF_index $newD $newD/fam.func.index $newD/FamFuncBlastD");
151 : olson 1.7 &FIG::run("FFB2_build_ff_indexes $newD");
152 :    
153 :     sub figfam_processing
154 :     {
155 : olson 1.8 &FIG::run("FFB2_update_FIGfams -f $ssfam $newD/families.2c $newD/family.functions $oldD");
156 : olson 1.7 &FIG::run("FFB2_get_oligos $newD/families.2c $newD/family.functions 2> $newD/function.index |" .
157 :     "sort $sort_args | FFB2_usable_motifs $newD/Kmers");
158 :     }
159 :    
160 :    

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