[Bio] / FigKernelScripts / CSA_make_conn.pl Repository:
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Revision 1.2 - (view) (download) (as text)

1 : overbeek 1.1 use strict;
2 : overbeek 1.2 #
3 :     # This is a SAS Component
4 :     #
5 : overbeek 1.1 use Data::Dumper;
6 :     use SeedEnv;
7 :    
8 :     my $usage = "usage: CSA_make_conn DirOfGenomes ComparisonDirectories";
9 :     my($inD,$outD);
10 :    
11 :     (
12 :     ($inD = shift @ARGV) && opendir(IN,$inD) &&
13 :     ($outD = shift @ARGV)
14 :     )
15 :     || die $usage;
16 :    
17 :     my @genomes = sort { ($a <=> $b) or ($a cmp $b) } grep { $_ =~ /^\d+\.\d+$/ } readdir(IN);
18 :     closedir(IN);
19 :    
20 :     mkdir($outD,0777) || warn "extending existing directory\n";
21 :     foreach my $g1 (@genomes)
22 :     {
23 :     foreach my $g2 (@genomes)
24 :     {
25 :     if (($g1 ne $g2) && (! -s "$outD/$g1-$g2/layout.after.first.pass"))
26 :     {
27 :     &run("perl CSA_get_pins.pl $inD/$g1 $inD/$g2 $outD/$g1-$g2 ../Data/TBLs/$g1/peg/tbl ../Data/TBLs/$g1/rna/tbl ../Data/Functions/$g1");
28 :     }
29 :     }
30 :     }
31 :    
32 :     sub run {
33 :     my($cmd) = @_;
34 :    
35 :     my $rc = system($cmd);
36 :     if ($rc)
37 :     {
38 :     die "$rc: $cmd failed";
39 :     }
40 :     }
41 :    

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