[Bio] / FigKernelScripts / CSA_filter_unique.pl Repository:
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Annotation of /FigKernelScripts/CSA_filter_unique.pl

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Revision 1.2 - (view) (download) (as text)

1 : overbeek 1.1 use strict;
2 : overbeek 1.2 #
3 :     # This is a SAS Component
4 :     #
5 : overbeek 1.1 use Data::Dumper;
6 :    
7 :     my $last = <STDIN>;
8 :     while (defined($last) && ($last =~ /^(\S+)/))
9 :     {
10 :     my $kmer = uc $1;
11 :     my $_ = <STDIN>;
12 :     if ((! $_) || (($_ =~ /^(\S+)/) && (uc $1 ne $kmer)))
13 :     {
14 :     print $last;
15 :     $last = $_;
16 :     }
17 :     else
18 :     {
19 :     print STDERR $last;
20 :     print STDERR $_;
21 :     while (defined($last = <STDIN>) && ($last =~ /^(\S+)/) && (uc $1 eq $kmer))
22 :     {
23 :     print STDERR $last;
24 :     }
25 :     }
26 :     }

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