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Makefile  1.1.1.1  16 years  efrank   import
README  1.1.1.1  16 years  efrank   import
generate_similarities  1.1.1.1  16 years  efrank   import
compute_potential_fusions  1.1.1.1  16 years  efrank   import
fig_net  1.1.1.1  16 years  efrank   import
make_calls  1.1.1.1  16 years  efrank   import
extract_genomes  1.1.1.1  16 years  efrank   import
build_access_sets  1.1.1.1  16 years  efrank   import
check_lost_sims  1.1.1.1  16 years  efrank   import
package_lightweight_code  1.1.1.1  16 years  efrank   import
apply_map  1.1.1.1  16 years  efrank   import
load_kegg  1.1.1.1  16 years  efrank   import
verify_genome_directory  1.1.1.1  16 years  efrank   import
check_tbl  1.1.1.1  16 years  efrank   import
uninstall  1.1.1.1  16 years  efrank   import
cluster_objects  1.1.1.1  16 years  efrank   import
load_external_orgs  1.1.1.1  16 years  efrank   import
load_sets  1.1.1.1  16 years  efrank   import
load_chromosomal_clusters  1.1.1.1  16 years  efrank   import
update_sims  1.1.1.1  16 years  efrank   import
auto_assign  1.1.1.1  16 years  efrank   import
add_assertions_of_function  1.1.1.1  16 years  efrank   import
list_genomes  1.1.1.1  16 years  efrank   import
package_code  1.1.1.1  16 years  efrank   import
build_nr  1.1.1.1  16 years  efrank   import
package_assignments  1.1.1.1  16 years  efrank   import
delete_genomes_from_sims  1.1.1.1  16 years  efrank   import
reformat_dsim_dbs  1.1.1.1  16 years  efrank   import
restore_translation_rules  1.1.1.1  16 years  efrank   import
break_scaffolds  1.1.1.1  16 years  efrank   import
put_directory_in_one_file  1.1.1.1  16 years  efrank   import
restore_annotations  1.1.1.1  16 years  efrank   import
blast_request  1.1.1.1  16 years  efrank   import
check_all_lost_sims  1.1.1.1  16 years  efrank   import
load_features  1.1.1.1  16 years  efrank   import
index_neighborhoods  1.1.1.1  16 years  efrank   import
map_pegs  1.1.1.1  16 years  efrank   import
load_peg_mapping  1.1.1.1  16 years  efrank   import
install_annotations  1.1.1.1  16 years  efrank   import
check_fast_sims  1.1.1.1  16 years  efrank   import
reformat_sims  1.1.1.1  16 years  efrank   import
check_for_unique_sims  1.1.1.1  16 years  efrank   import
merge_annotations  1.1.1.1  16 years  efrank   import
check_changes_in_organisms  1.1.1.1  16 years  efrank   import
parse_genbank  1.1.1.1  16 years  efrank   import
make_indexes  1.1.1.1  16 years  efrank   import
verify_pegs_in_tbl  1.1.1.1  16 years  efrank   import
index_sims  1.1.1.1  16 years  efrank   import
make_occ_counts  1.1.1.1  16 years  efrank   import
reduce_sims  1.1.1.1  16 years  efrank   import
make_protein_sets  1.1.1.1  16 years  efrank   import
assign_to_hypo  1.1.1.1  16 years  efrank   import
init_FIG  1.1.1.1  16 years  efrank   import
update_taxonomies  1.1.1.1  16 years  efrank   import
load_pch_pins  1.1.1.1  16 years  efrank   import
splitup  1.1.1.1  16 years  efrank   import
uninstall.sims  1.1.1.1  16 years  efrank   import
index_contigs  1.1.1.1  16 years  efrank   import
package_translation_rules  1.1.1.1  16 years  efrank   import
load_protein_families  1.1.1.1  16 years  efrank   import
rationalize_blast  1.1.1.1  16 years  efrank   import
lengths_of_contigs  1.1.1.1  16 years  efrank   import
align_with_clustal  1.1.1.1  16 years  efrank   import
build_excel_gene_table  1.1.1.1  16 years  efrank   import
compute_changed_ids_for_nrs  1.1.1.1  16 years  efrank   import
blastn_seqs  1.1.1.1  16 years  efrank   import
make_binary  1.1.1.1  16 years  efrank   import
get_fasta_for_tbl_entries  1.1.1.1  16 years  efrank   import
install_code  1.1.1.1  16 years  efrank   import
install_lightweight_code  1.1.1.1  16 years  efrank   import
build_nohit_fasta  1.1.1.1  16 years  efrank   import
index_translations  1.1.1.1  16 years  efrank   import
bring_system_up_to_date  1.1.1.1  16 years  efrank   import
blastp_pseq  1.1.1.1  16 years  efrank   import
fig  1.1.1.1  16 years  efrank   import
build_exemplar_fasta  1.1.1.1  16 years  efrank   import
merge_translation_rules  1.1.1.1  16 years  efrank   import
assign_with_no_sims  1.1.1.1  16 years  efrank   import
condense_blast  1.1.1.1  16 years  efrank   import
make_sim_sets  1.1.1.1  16 years  efrank   import
fasta_for_hypo  1.1.1.1  16 years  efrank   import
generate_input_for_auto_assignments  1.1.1.1  16 years  efrank   import
process_new_sims  1.1.1.1  16 years  efrank   import
fix_eol  1.1.1.1  16 years  efrank   import
get_dna  1.1.1.1  16 years  efrank   import
load_ec_names  1.1.1.1  16 years  efrank   import
set_to_relation  1.1.1.1  16 years  efrank   import
install_assignments  1.1.1.1  16 years  efrank   import
package_annotations  1.1.1.1  16 years  efrank   import
install_translation_rules  1.1.1.1  16 years  efrank   import
restore_assignments  1.1.1.1  16 years  efrank   import
clean_sims  1.1.1.1  16 years  efrank   import
index_annotations  1.1.1.1  16 years  efrank   import
make_transferable_chunks  1.1.1.1  16 years  efrank   import
generate_pinned_homologs  1.1.1.1  16 years  efrank   import
pull_fasta_entries  1.1.1.1  16 years  efrank   import
assign  1.1.1.1  16 years  efrank   import

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