[Bio] / FigKernelPackages / model.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/model.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.7, Tue May 22 18:16:57 2007 UTC revision 1.8, Wed May 23 22:06:46 2007 UTC
# Line 3608  Line 3608 
3608      $loop_max_assembly = $number;      $loop_max_assembly = $number;
3609  }  }
3610    
3611  my $dir_path = "$FIG_Config::var/Models";  sub analyze_scenario_connections
3612  my @directory_array;  {
3613  my %path_structure;      my ($genome_id) = @_;
3614        my @paths = @{model::parse_assembly_scenarios(["/$genome_id/"])};
3615    
3616  sub listDirectory(){      my %inputs;
3617      my ($dirPath, $array_to_use) = @_;      my %outputs;
3618      my @systemCallArray = `ls -d $dirPath*/`;  
3619      foreach my $elem (@systemCallArray){      foreach my $path (@paths)
3620          chomp $elem;      {
3621          push @{$array_to_use}, $elem;          my $dir = "$FIG_Config::var/Models/" . join "/" , @$path;
3622          listDirectory($elem, $array_to_use);          my ($cat, $subsys, $scenario);
3623    
3624            if ($dir =~ (/$genome_id\/(.*)\/(.*)\/(.*)\//)){
3625                $cat = $1;
3626                $subsys = $2;
3627                $scenario = $3;
3628      }      }
3629            else
3630            {
3631                next;
3632  }  }
3633    
3634  #listDirectory($dir_path, \@directory_array);          open(M_INPUTS,$dir."/inputs_main") or die("Failed to open $dir/inputs_main");
3635    
3636  foreach my $elem (@directory_array){          while (<M_INPUTS>)
3637      if ($elem =~ /path/ && $elem =~ /^assembly/){          {
3638          $path_structure{$elem} = [`ls $elem`];              chomp;
3639                my ($cpd, $main) = split "\t" , $_;
3640                my $info = join "\t", $subsys, $scenario;
3641                $inputs{$cpd}->{$info} = 1 if $main eq "1";
3642      }      }
3643            close M_INPUTS;
3644    
3645            open(M_OUTPUTS, $dir."/outputs_main");
3646    
3647            while (<M_OUTPUTS>)
3648            {
3649                chomp;
3650                my ($cpd, $main) = split "\t" , $_;
3651                my $info = join "\t", $subsys, $scenario;
3652                $outputs{$cpd}->{$info} = 1 if $main eq "1";
3653  }  }
3654            close M_OUTPUTS;
3655    
3656  foreach my $elem (keys %path_structure){          my $analysis_dir = "$FIG_Config::var/Models/$genome_id/analysis";
3657            rmtree $analysis_dir;
3658            mkdir $analysis_dir;
3659    
3660  #       open(INPUTPATHFILE, $inputFileName);          open (IN_CONN, ">$analysis_dir/inputs_to_scenarios");
3661  #       my @inFileCont = <INPUTPATHFILE>;          foreach my $cpd (sort keys %inputs)
3662  #       map {chomp $_} @inFileCont;          {
3663  #       close(INPUTPATHFILE);              map { print IN_CONN "$cpd\t$_\n"; } keys %{$inputs{$cpd}};
3664  #          }
3665  #       open(OUTPUTPATHFILE, $outputFileName);          close IN_CONN;
3666  #       my @outFileCont = <OUTPUTPATHFILE>;  
3667  #       map {chomp $_ } @outFileCont;          open (OUT_CONN, ">$analysis_dir/outputs_to_scenarios");
3668  #       close(OUTPUTPATHFILE);          foreach my $cpd (sort keys %outputs)
3669            {
3670                map { print OUT_CONN "$cpd\t$_\n"; } keys %{$outputs{$cpd}};
3671            }
3672            close OUT_CONN;
3673        }
3674  }  }
3675    
3676  1;  1;

Legend:
Removed from v.1.7  
changed lines
  Added in v.1.8

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3