[Bio] / FigKernelPackages / gjoseqlib.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/gjoseqlib.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.13, Tue Feb 12 20:08:01 2008 UTC revision 1.14, Thu Feb 5 14:50:43 2009 UTC
# Line 46  Line 46 
46  #  print_alignment_as_nexus(  $filename,   [ \%label_hash, ]  @seq_entry_list );  #  print_alignment_as_nexus(  $filename,   [ \%label_hash, ]  @seq_entry_list );
47  #  print_alignment_as_nexus(  $filename,   [ \%label_hash, ] \@seq_entry_list );  #  print_alignment_as_nexus(  $filename,   [ \%label_hash, ] \@seq_entry_list );
48  #  print_seq_as_fasta( \*FILEHANDLE, $id, $desc, $seq) ;  #  print_seq_as_fasta( \*FILEHANDLE, $id, $desc, $seq) ;
49  #  print_seq_as_fasta( \*FILEHANDLE, @seq_entry );  #  print_seq_as_fasta(               $id, $desc, $seq );
50  #  print_gb_locus( \*FILEHANDLE, $locus, $def, $accession, $seq );  #  print_gb_locus( \*FILEHANDLE, $locus, $def, $accession, $seq );
51  #  #
52  #   @packed_seqs = pack_alignment(  @seqs )  #   @packed_seqs = pack_alignment(  @seqs )
# Line 384  Line 384 
384    
385      sub read_next_fasta_seq      sub read_next_fasta_seq
386      {      {
387            $_[0] ||= \*STDIN;               #  Undefined $_[0] fails with use warn
388          my $fh = $file_handle{ $_[0] };          my $fh = $file_handle{ $_[0] };
389          if ( ! $fh )          if ( ! $fh )
390          {          {
# Line 392  Line 393 
393                  return () if ref $_[0] ne 'GLOB';                  return () if ref $_[0] ne 'GLOB';
394                  $fh = $_[0];                  $fh = $_[0];
395              }              }
396              elsif ( $_[0] )              else
397              {              {
398                  my $file = $_[0];                  my $file = $_[0];
399                  if    ( -f $file                       ) { $file = "<$file" }                  if    ( -f $file                       ) { $file = "<$file" }
# Line 402  Line 403 
403                  open $fh, $file or return ();                  open $fh, $file or return ();
404                  $close_file{ $fh } = 1;                  $close_file{ $fh } = 1;
405              }              }
             else  
             {  
                 $fh = \*STDIN;  
             }  
406              $file_handle{ $_[0] } = $fh;              $file_handle{ $_[0] } = $fh;
407          }          }
408    
# Line 738  Line 735 
735  #  Print one sequence in fasta format to an open file  #  Print one sequence in fasta format to an open file
736  #  #
737  #     print_seq_as_fasta( \*FILEHANDLE, $id, $desc, $seq );  #     print_seq_as_fasta( \*FILEHANDLE, $id, $desc, $seq );
738  #     print_seq_as_fasta( \*FILEHANDLE, @seq_entry );  #     print_seq_as_fasta(               $id, $desc, $seq );
739  #-----------------------------------------------------------------------------  #-----------------------------------------------------------------------------
740  sub print_seq_as_fasta {  sub print_seq_as_fasta
741      my $fh = shift;  {
742      my ($id, $desc, $seq) = @_;      my $fh = ( ref $_[0] eq 'GLOB' ) ? shift : \*STDOUT;
743        print $fh $_[1] =~ /\S/ ? ">$_[0] $_[1]\n" : ">$_[0]\n";
744      printf $fh ($desc) ? ">$id $desc\n" : ">$id\n";      print $fh join( "\n", $_[2] =~ m/.{1,60}/g ), "\n";
     my $len = length($seq);  
     for (my $i = 0; $i < $len; $i += 60) {  
         print $fh substr($seq, $i, 60) . "\n";  
     }  
745  }  }
746    
747    

Legend:
Removed from v.1.13  
changed lines
  Added in v.1.14

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3