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revision 1.2, Mon Sep 12 02:39:37 2005 UTC revision 1.3, Mon Sep 12 14:53:13 2005 UTC
# Line 110  Line 110 
110                       RoleIndex => $roleH,                       RoleIndex => $roleH,
111                       RoleSubsets => $subset_info,                       RoleSubsets => $subset_info,
112                       Genomes => $genomes_info,                       Genomes => $genomes_info,
113                       GenomesIndex => $genomeH,                       GenomeIndex => $genomeH,
114                       PegHash => $pegH,                       PegHash => $pegH,
115                       Colors => $colorsH,                       Colors => $colorsH,
116                       Aliases => $aliasesH,                       Aliases => $aliasesH,
# Line 141  Line 141 
141      return map { $_->[0] } @{$self->{Roles}};      return map { $_->[0] } @{$self->{Roles}};
142  }  }
143    
144    sub get_genome_index {
145        my($self,$genome) = @_;
146    
147        return $self->{GenomeIndex}->{$genome};
148    }
149    
150    sub get_genomes {
151        my($self) = @_;
152    
153        return map { $_->[0] } @{$self->{Genomes}};
154    }
155    
156    sub get_variant_code {
157        my($self,$genome) = @_;
158    
159        if ($genome =~ /^\d+$/)
160        {
161            return $self->{Genomes}->[$genome]->[1];
162        }
163        else
164        {
165            my $genomeI = $self->{GenomeIndex}->{$genome};
166            return $self->{Genomes}->[$genomeI]->[1];
167        }
168    }
169    
170    sub get_pegs_from_cell {
171        my($self,$genome,$role) = @_;
172    
173        my $genomeI = $self->{GenomeIndex}->{$genome};
174        my $roleI   = $self->{RoleIndex}->{$role};
175    
176        my $pegs    = $self->{PegHash}->{$genomeI}->{$roleI};
177        return $pegs ? @$pegs : ();
178    }
179    
180    sub get_notes {
181        my($self) = @_;
182    
183        return $self->{Notes};
184    }
185    
186  sub get_role_index {  sub get_role_index {
187      my($self,$role) = @_;      my($self,$role) = @_;
188    

Legend:
Removed from v.1.2  
changed lines
  Added in v.1.3

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