[Bio] / FigKernelPackages / UnvSubsys.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/UnvSubsys.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.7, Sun Sep 18 14:11:22 2005 UTC revision 1.11, Wed Sep 28 17:21:54 2005 UTC
# Line 9  Line 9 
9    
10  sub new  sub new
11  {  {
12      my($class, $ssa, $fig, $active_subsetR, $focus, $show_clusters, $aliases) = @_;      my($class, $ssa, $fig, $active_subsetR, $focus, $show_clusters, $aliases, $peg_colors) = @_;
13    
14      $ssa =~ s/ /_/g;      $ssa =~ s/ /_/g;
15    
# Line 104  Line 104 
104          }          }
105    
106          my $row_subsets    = &row_subsets($fig,$genomeH,$genomes_info);          my $row_subsets    = &row_subsets($fig,$genomeH,$genomes_info);
107          my $active_genomes = &active_genomes($row_subsets,$active_subsetR,$focus,$genomeH,$genomes_info);          my $active_genomes = &active_genomes($fig,$row_subsets,$active_subsetR,$focus,$genomeH,$genomes_info);
108          my $colorsH  = $show_clusters  ? &set_colors($fig,$pegH,$active_genomes)  : {};  
109            my $colorsH;
110            if ($peg_colors)
111            {
112                $colorsH = {};
113                foreach $_ (@$peg_colors)
114                {
115                    my($peg,$color) = @$_;
116                    $colorsH->{$peg} = $color;
117                }
118            }
119            elsif ($show_clusters)
120            {
121                $colorsH  = &set_colors($fig,$pegH,$active_genomes);
122            }
123            else
124            {
125                $colorsH = {};
126            }
127    
128          my $aliasesH = $aliases ? &set_aliases($fig,$pegH,$active_genomes) : {};          my $aliasesH = $aliases ? &set_aliases($fig,$pegH,$active_genomes) : {};
129          my $reactions = $subsystem->get_reactions;          my $reactions = $subsystem->get_reactions;
130          my $self = { Roles => $role_info,          my $self = { Roles => $role_info,
# Line 167  Line 186 
186      my ($fig,$genomeH,$genomes_info) = @_;      my ($fig,$genomeH,$genomes_info) = @_;
187    
188      my $subsets = [];      my $subsets = [];
189      my $taxonomic_groups = $fig->taxonomic_groups_of_complete(10);      my $taxonomic_groups = $fig->taxonomic_groups_of_complete(5);
190    
191      my($pair,$id,$members);      my($pair,$id,$members);
192      foreach $pair (@$taxonomic_groups)      foreach $pair (@$taxonomic_groups)
193      {      {
194          ($id,$members) = @$pair;          ($id,$members) = @$pair;
195          my @mem = grep { defined($_) } map { $genomeH->{$_} } @$members;          my @mem = grep { defined($_) } map { $genomeH->{$_} } @$members;
196          if (@mem > 10)          if (@mem > 0)
197          {          {
198              push(@$subsets,[$id,[@mem]]);              push(@$subsets,[$id,[@mem]]);
199          }          }
# Line 211  Line 230 
230      my($genomeI,$roleI,$pegs,$peg,$roleH,$peg,%pegs_in_genome);      my($genomeI,$roleI,$pegs,$peg,$roleH,$peg,%pegs_in_genome);
231    
232      my $colorsH = {};      my $colorsH = {};
   
233      foreach $genomeI (grep { $active_genomes->{$_} } keys(%$pegH))      foreach $genomeI (grep { $active_genomes->{$_} } keys(%$pegH))
234      {      {
235          undef %pegs_in_genome;          undef %pegs_in_genome;
# Line 228  Line 246 
246          my @pegs = keys(%pegs_in_genome);          my @pegs = keys(%pegs_in_genome);
247          my($tuple,$peg,$color);          my($tuple,$peg,$color);
248          my $colors_for_one_genome = &set_colors_for_genome($fig,\@pegs);          my $colors_for_one_genome = &set_colors_for_genome($fig,\@pegs);
   
249          while (($peg,$color) = each %$colors_for_one_genome)          while (($peg,$color) = each %$colors_for_one_genome)
250          {          {
251              $colorsH->{$peg} = $colors_for_one_genome->{$peg};              $colorsH->{$peg} = $colors_for_one_genome->{$peg};
# Line 457  Line 474 
474  }  }
475    
476  sub active_genomes {  sub active_genomes {
477      my($row_subsets,$active_subsetR,$focus,$genomeH,$genomes_info) = @_;      my($fig,$row_subsets,$active_subsetR,$focus,$genomeH,$genomes_info) = @_;
478      my($i,@bestL);      my($i,@bestL);
479    
480      my $active_genomes = {};      my $active_genomes = {};
481    
482      if ($active_subsetR)      if ($active_subsetR)
483      {      {
484          for ($i=0; ($i < @$row_subsets) && ($row_subsets->[$i]->[0] ne $active_subsetR); $i++) {}          for ($i=0; ($i < @$row_subsets) && ($row_subsets->[$i]->[0] ne $active_subsetR); $i++) {}
# Line 471  Line 489 
489          else          else
490          {          {
491              $active_subsetR = 'All';              $active_subsetR = 'All';
492              @bestL = keys(%$genomeH);              @bestL = map { $genomeH->{$_} } keys(%$genomeH);
493          }          }
494      }      }
495      else      else
496      {      {
497          if (! $focus)          if ((! $focus) || (! $fig->is_complete($focus)))
498          {          {
499              $active_subsetR = 'All';              $active_subsetR = 'All';
500              @bestL = keys(%$genomeH);              @bestL = map { $genomeH->{$_} } keys(%$genomeH);
501          }          }
502          else          else
503          {          {
504              my $bestN   = undef;              my $bestN   = undef;
505              @bestL   = ();              @bestL   = ();
   
506              my $tuple;              my $tuple;
507              foreach $tuple (@$row_subsets)              foreach $tuple (@$row_subsets)
508              {              {
# Line 499  Line 516 
516                          @bestL = @$genomeIs;                          @bestL = @$genomeIs;
517                      }                      }
518                  }                  }
519                    else
520                    {
521    #                   print &Dumper($id);
522                    }
523              }              }
524              $active_subsetR = $bestN;              $active_subsetR = $bestN;
525          }          }

Legend:
Removed from v.1.7  
changed lines
  Added in v.1.11

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3