[Bio] / FigKernelPackages / Subsystem.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Subsystem.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.132, Tue Jun 10 18:46:38 2008 UTC revision 1.133, Tue Jun 10 22:11:47 2008 UTC
# Line 1548  Line 1548 
1548          if (! $contig) { return ($just_genome eq $fidG) }          if (! $contig) { return ($just_genome eq $fidG) }
1549          my $fig = $self->{fig};          my $fig = $self->{fig};
1550          my $loc = $fig->feature_location($fid);          my $loc = $fig->feature_location($fid);
1551          my($contig1,$beg1,$end1) = $fig->boundaries_of($fid);          my($contig1,$beg1,$end1) = $fig->boundaries_of($loc);
1552          return (($contig1 eq $contig) &&          return (($contig1 eq $contig) &&
1553                  &FIG::between($beg,$beg1,$end) &&                  &FIG::between($beg,$beg1,$end) &&
1554                  &FIG::between($beg,$end1,$end));                  &FIG::between($beg,$end1,$end));
# Line 2086  Line 2086 
2086    
2087              for my $peg (@$entry)              for my $peg (@$entry)
2088              {              {
2089                  if ($peg =~ /fig\|$genome\.(([a-zA-Z]+)\.(\d+))$/)                  $genome =~ /^(\d+\.\d+)/;
2090                    my $just_genome = $1;
2091                    if ($peg =~ /fig\|$just_genome\.(([a-zA-Z]+)\.(\d+))$/)
2092                  {                  {
2093                      push(@p, ($2 eq "peg") ? $3 : $1);                      push(@p, ($2 eq "peg") ? $3 : $1);
2094                  }                  }

Legend:
Removed from v.1.132  
changed lines
  Added in v.1.133

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3