[Bio] / FigKernelPackages / Sim2.pm Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigKernelPackages/Sim2.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.1 - (view) (download) (as text)

1 : overbeek 1.1 package Sim2;
2 :    
3 :     sub id1 {
4 :     my ($sim) = @_;
5 :     return $sim->[0];
6 :     }
7 :    
8 :     sub id2 {
9 :     my ($sim) = @_;
10 :     return $sim->[1];
11 :     }
12 :    
13 :     sub dist {
14 :     my ($sim) = @_;
15 :     return $sim->[2];
16 :     }
17 :     sub iden {
18 :     my ($sim) = @_;
19 :     return undef;
20 :     }
21 :    
22 :     sub ali_ln {
23 :     my ($sim) = @_;
24 :     return undef;
25 :     }
26 :    
27 :     sub mismatches {
28 :     my ($sim) = @_;
29 :     return undef;
30 :     }
31 :     sub b1 {
32 :     my ($sim) = @_;
33 :     return $sim->[4];
34 :     }
35 :    
36 :     sub e1 {
37 :     my ($sim) = @_;
38 :     return $sim->[5];
39 :     }
40 :    
41 :     sub loc1 {
42 :     my($sim) = @_;
43 :    
44 :     return $sim->[6];
45 :     }
46 :    
47 :     sub loc2 {
48 :     my($sim) = @_;
49 :    
50 :     return $sim->[10];
51 :     }
52 :    
53 :     sub b2 {
54 :     my ($sim) = @_;
55 :     return $sim->[8];
56 :     }
57 :    
58 :     sub e2 {
59 :     my ($sim) = @_;
60 :     return $sim->[9];
61 :     }
62 :    
63 :     sub psc {
64 :     my ($sim) = @_;
65 :     return undef;
66 :     }
67 :    
68 :     sub bsc {
69 :     my ($sim) = @_;
70 :     return undef;
71 :     }
72 :    
73 :     sub bit_score {
74 :     my ($sim) = @_;
75 :     return $sim->bsc;
76 :     }
77 :    
78 :     sub nbsc {
79 :     my($sim) = @_;
80 :     return undef;
81 :     }
82 :    
83 :     sub ln1 {
84 :     my ($sim) = @_;
85 :     return $sim->[3];
86 :     }
87 :    
88 :     sub ln2 {
89 :     my ($sim) = @_;
90 :     return $sim->[7];
91 :     }
92 :    
93 :     sub tool {
94 :     my ($sim) = @_;
95 :     return 'treesim';
96 :     }
97 :    
98 :     1;

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3