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revision 1.1, Mon Dec 1 16:54:26 2003 UTC revision 1.2, Tue Jun 8 20:26:05 2004 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  package Sim;  package Sim;
3    
4  sub id1 {  use FIGAttributes;
5    use base 'FIGAttributes';
6    
7    
8    sub id1 :scalar {
9      my($sim) = @_;      my($sim) = @_;
10      return $sim->[0];      return $sim->[0];
11  }  }
12    
13  sub ln1 {  sub ln1 :scalar {
14      my($sim) = @_;      my($sim) = @_;
15      return $sim->[12];      return $sim->[12];
16  }  }
17    
18  sub id2 {  sub id2 :scalar {
19      my($sim) = @_;      my($sim) = @_;
20      return $sim->[1];      return $sim->[1];
21  }  }
22    
23  sub ln2 {  sub ln2 :scalar {
24      my($sim) = @_;      my($sim) = @_;
25      return $sim->[13];      return $sim->[13];
26  }  }
27    
28  sub iden {  sub iden :scalar {
29      my($sim) = @_;      my($sim) = @_;
30      return $sim->[2];      return $sim->[2];
31  }  }
32    
33  sub psc {  sub psc :scalar {
34      my($sim) = @_;      my($sim) = @_;
35      return ($sim->[10] =~ /^e-/) ? "1.0" . $sim->[10] : $sim->[10];      return ($sim->[10] =~ /^e-/) ? "1.0" . $sim->[10] : $sim->[10];
36  }  }
37    
38  sub ali_ln {  sub ali_ln :scalar {
39      my($sim) = @_;      my($sim) = @_;
40      return $sim->[3];      return $sim->[3];
41  }  }
42    
43  sub mismatches {  sub mismatches :scalar {
44      my($sim) = @_;      my($sim) = @_;
45      return $sim->[4];      return $sim->[4];
46  }  }
47    
48  sub gaps {  sub gaps :scalar {
49      my($sim) = @_;      my($sim) = @_;
50      return $sim->[5];      return $sim->[5];
51  }  }
52    
53  sub bsc {  sub bsc :scalar {
54      my($sim) = @_;      my($sim) = @_;
55      return $sim->[11];      return $sim->[11];
56  }  }
57    
58  sub b1 {  sub b1 :scalar {
59      my($sim) = @_;      my($sim) = @_;
60      return $sim->[6];      return $sim->[6];
61  }  }
62    
63  sub e1 {  sub e1 :scalar {
64      my($sim) = @_;      my($sim) = @_;
65      return $sim->[7];      return $sim->[7];
66  }  }
67    
68  sub b2 {  sub b2 :scalar {
69      my($sim) = @_;      my($sim) = @_;
70      return $sim->[8];      return $sim->[8];
71  }  }
72    
73  sub e2 {  sub e2 :scalar {
74      my($sim) = @_;      my($sim) = @_;
75      return $sim->[9];      return $sim->[9];
76  }  }
77    
78  sub bit_score {  sub bit_score :scalar {
79      my($sim) = @_;      my($sim) = @_;
80      return $sim->[11];      return $sim->[11];
81  }  }
82    
83  sub tool {  sub tool :scalar {
84      my($sim) = @_;      my($sim) = @_;
85      return $sim->[14];      return $sim->[14];
86  }  }
87    
88  sub def2 {  sub def2 :scalar {
89      my($sim) = @_;      my($sim) = @_;
90      return $sim->[15];      return $sim->[15];
91  }  }
92    
93  sub ali {  sub ali :scalar {
94      my($sim) = @_;      my($sim) = @_;
95      return $sim->[16];      return $sim->[16];
96  }  }

Legend:
Removed from v.1.1  
changed lines
  Added in v.1.2

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