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1 : olson 1.2
2 : efrank 1.1 package Sim;
3 :    
4 : olson 1.2 use FIGAttributes;
5 :     use base 'FIGAttributes';
6 :    
7 :    
8 :     sub id1 :scalar {
9 : efrank 1.1 my($sim) = @_;
10 :     return $sim->[0];
11 :     }
12 :    
13 : olson 1.2 sub id2 :scalar {
14 : efrank 1.1 my($sim) = @_;
15 :     return $sim->[1];
16 :     }
17 :    
18 : olson 1.2 sub iden :scalar {
19 : efrank 1.1 my($sim) = @_;
20 :     return $sim->[2];
21 :     }
22 :    
23 : olson 1.2 sub ali_ln :scalar {
24 : efrank 1.1 my($sim) = @_;
25 :     return $sim->[3];
26 :     }
27 :    
28 : olson 1.2 sub mismatches :scalar {
29 : efrank 1.1 my($sim) = @_;
30 :     return $sim->[4];
31 :     }
32 :    
33 : olson 1.2 sub gaps :scalar {
34 : efrank 1.1 my($sim) = @_;
35 :     return $sim->[5];
36 :     }
37 :    
38 : olson 1.2 sub b1 :scalar {
39 : efrank 1.1 my($sim) = @_;
40 :     return $sim->[6];
41 :     }
42 :    
43 : olson 1.2 sub e1 :scalar {
44 : efrank 1.1 my($sim) = @_;
45 :     return $sim->[7];
46 :     }
47 :    
48 : olson 1.2 sub b2 :scalar {
49 : efrank 1.1 my($sim) = @_;
50 :     return $sim->[8];
51 :     }
52 :    
53 : olson 1.2 sub e2 :scalar {
54 : efrank 1.1 my($sim) = @_;
55 :     return $sim->[9];
56 :     }
57 :    
58 : overbeek 1.3 sub psc :scalar {
59 :     my($sim) = @_;
60 :     return ($sim->[10] =~ /^e-/) ? "1.0" . $sim->[10] : $sim->[10];
61 :     }
62 :    
63 :     sub bsc :scalar {
64 :     my($sim) = @_;
65 :     return $sim->[11];
66 :     }
67 :    
68 : olson 1.2 sub bit_score :scalar {
69 : efrank 1.1 my($sim) = @_;
70 :     return $sim->[11];
71 :     }
72 :    
73 : overbeek 1.3 sub ln1 :scalar {
74 :     my($sim) = @_;
75 :     return $sim->[12];
76 :     }
77 :    
78 :     sub ln2 :scalar {
79 :     my($sim) = @_;
80 :     return $sim->[13];
81 :     }
82 :    
83 : olson 1.2 sub tool :scalar {
84 : efrank 1.1 my($sim) = @_;
85 :     return $sim->[14];
86 :     }
87 :    
88 : olson 1.2 sub def2 :scalar {
89 : efrank 1.1 my($sim) = @_;
90 :     return $sim->[15];
91 :     }
92 :    
93 : olson 1.2 sub ali :scalar {
94 : efrank 1.1 my($sim) = @_;
95 :     return $sim->[16];
96 :     }
97 :    
98 :     1

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