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1 : efrank 1.1 package Sim;
2 :    
3 :     sub id1 {
4 :     my($sim) = @_;
5 :     return $sim->[0];
6 :     }
7 :    
8 :     sub ln1 {
9 :     my($sim) = @_;
10 :     return $sim->[12];
11 :     }
12 :    
13 :     sub id2 {
14 :     my($sim) = @_;
15 :     return $sim->[1];
16 :     }
17 :    
18 :     sub ln2 {
19 :     my($sim) = @_;
20 :     return $sim->[13];
21 :     }
22 :    
23 :     sub iden {
24 :     my($sim) = @_;
25 :     return $sim->[2];
26 :     }
27 :    
28 :     sub psc {
29 :     my($sim) = @_;
30 :     return ($sim->[10] =~ /^e-/) ? "1.0" . $sim->[10] : $sim->[10];
31 :     }
32 :    
33 :     sub ali_ln {
34 :     my($sim) = @_;
35 :     return $sim->[3];
36 :     }
37 :    
38 :     sub mismatches {
39 :     my($sim) = @_;
40 :     return $sim->[4];
41 :     }
42 :    
43 :     sub gaps {
44 :     my($sim) = @_;
45 :     return $sim->[5];
46 :     }
47 :    
48 :     sub bsc {
49 :     my($sim) = @_;
50 :     return $sim->[11];
51 :     }
52 :    
53 :     sub b1 {
54 :     my($sim) = @_;
55 :     return $sim->[6];
56 :     }
57 :    
58 :     sub e1 {
59 :     my($sim) = @_;
60 :     return $sim->[7];
61 :     }
62 :    
63 :     sub b2 {
64 :     my($sim) = @_;
65 :     return $sim->[8];
66 :     }
67 :    
68 :     sub e2 {
69 :     my($sim) = @_;
70 :     return $sim->[9];
71 :     }
72 :    
73 :     sub bit_score {
74 :     my($sim) = @_;
75 :     return $sim->[11];
76 :     }
77 :    
78 :     sub tool {
79 :     my($sim) = @_;
80 :     return $sim->[14];
81 :     }
82 :    
83 :     sub def2 {
84 :     my($sim) = @_;
85 :     return $sim->[15];
86 :     }
87 :    
88 :     sub ali {
89 :     my($sim) = @_;
90 :     return $sim->[16];
91 :     }
92 :    
93 :     1

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