[Bio] / FigKernelPackages / SeedV.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/SeedV.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.9, Mon Oct 4 11:04:59 2010 UTC revision 1.10, Wed Jun 8 14:56:26 2011 UTC
# Line 848  Line 848 
848                  if ($fid =~ /^fig\|\d+\.\d+\.(\S+)\.\d+/)                  if ($fid =~ /^fig\|\d+\.\d+\.(\S+)\.\d+/)
849                  {                  {
850                      my $type = $1;                      my $type = $1;
851                      if ($tuple->[0]->[0] =~ /^(\S+)_(\d+)_(\d+)$/)                      my($ctg, $min, $max, $strand) = &SeedUtils::boundaries_of($tuple->[0]);
                     {  
                         my($ctg, $beg, $end) = ($1, $2, $3);  
                         next if (defined($contig) and $contig ne $ctg);  
   
                         my($min,$max);  
                         if ($beg < $end)  
                         {  
                             $min = $beg;  
                             $max = $end;  
                         }  
                         else  
                         {  
                             $min = $end;  
                             $max = $beg;  
                         }  
852    
853                          if (not defined($regmin) or not defined($regmax) or                          if (not defined($regmin) or not defined($regmax) or
854                              ($min < $regmin and $regmin < $max) or ($min < $regmax and $regmax < $max) or ($min > $regmin and $max < $regmax))                              ($min < $regmin and $regmin < $max) or ($min < $regmax and $regmax < $max) or ($min > $regmin and $max < $regmax))
855                          {                          {
856                              my $function = $self->function_of($fid);                              my $function = $self->function_of($fid);
857                              push(@$feat_details,[$fid,$tuple->[0]->[0],join(",",@{$tuple->[1]}),$type,$min,$max,$function,'master','']);                          push(@$feat_details,[$fid,join(",", @{$tuple->[0]}),join(",",@{$tuple->[1]}),$type,$min,$max,$function,'master','']);
                         }  
858                      }                      }
859                  }                  }
860              }              }

Legend:
Removed from v.1.9  
changed lines
  Added in v.1.10

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3