[Bio] / FigKernelPackages / SeedV.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/SeedV.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.6, Fri Aug 27 19:23:51 2010 UTC revision 1.7, Sun Aug 29 21:30:44 2010 UTC
# Line 824  Line 824 
824                  for (my $idx = $istart; $idx <= $iend; $idx++)                  for (my $idx = $istart; $idx <= $iend; $idx++)
825                  {                  {
826                      my($fid, $fcontig, $fbeg, $fend, $fstrand) = split(/$;/, $list->[$idx]);                      my($fid, $fcontig, $fbeg, $fend, $fstrand) = split(/$;/, $list->[$idx]);
827                        next if $self->is_deleted_fid($fid);
828    
829                      if (not defined($regmin) or not defined($regmax) or not defined($contig) or                      if (not defined($regmin) or not defined($regmax) or not defined($contig) or
830                          (($contig eq $fcontig) and                          (($contig eq $fcontig) and
# Line 843  Line 844 
844              my $tblH = $self->{_tbl};              my $tblH = $self->{_tbl};
845              while ( my($fid,$tuple) = each %$tblH)              while ( my($fid,$tuple) = each %$tblH)
846              {              {
847                    next if $self->is_deleted_fid($fid);
848                  if ($fid =~ /^fig\|\d+\.\d+\.(\S+)\.\d+/)                  if ($fid =~ /^fig\|\d+\.\d+\.(\S+)\.\d+/)
849                  {                  {
850                      my $type = $1;                      my $type = $1;
# Line 2060  Line 2062 
2062      return ();      return ();
2063  }  }
2064    
2065    sub write_features_for_comparison
2066    {
2067        my($self, $fh) = @_;
2068    
2069        for my $ent (@{$self->all_features_detailed_fast()})
2070        {
2071            my($fid, $loc, undef, $type, $min, $max, $fn) = @$ent;
2072            next unless $type eq 'peg';
2073            print $fh join("\t", $fid, $loc, $fn), "\n";
2074        }
2075    }
2076    
2077    
2078    
2079  1;  1;

Legend:
Removed from v.1.6  
changed lines
  Added in v.1.7

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3