[Bio] / FigKernelPackages / SeedUtils.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/SeedUtils.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.31, Fri Feb 26 15:22:31 2010 UTC revision 1.32, Mon Mar 8 17:24:08 2010 UTC
# Line 21  Line 21 
21    
22  package SeedUtils;  package SeedUtils;
23    
24    #
25    # In case we are running in a SEED, pull in the FIG_Config
26    #
27    BEGIN
28    {
29        eval {
30            require FIG_Config;
31        };
32    }
33    
34      use strict;      use strict;
35      no warnings qw(once);      no warnings qw(once);
36      use base qw(Exporter);      use base qw(Exporter);
# Line 1359  Line 1369 
1369          return($func);          return($func);
1370  }  }
1371    
1372    sub verify_db {
1373        my($db,$type) = @_;
1374    
1375        #
1376        # Find formatdb; if we're operating in a SEED environment
1377        # use it from there.
1378        #
1379    
1380        my $path = '';
1381        if ($FIG_Config::blastbin ne '' && -d $FIG_Config::blastbin)
1382        {
1383            $path = "$FIG_Config::blastbin/";
1384        }
1385        elsif ($FIG_Config::ext_bin ne '' && -d $FIG_Config::ext_bin)
1386        {
1387            $path = "$FIG_Config::ext_bin/";
1388        }
1389    
1390    
1391        my @cmd;
1392        if ($type =~ /^p/i)
1393        {
1394            if ((! -s "$db.psq") || (-M "$db.psq" > -M $db))
1395            {
1396                @cmd = ("${path}formatdb", "-p", "T", "-i", $db);
1397            }
1398        }
1399        else
1400        {
1401            if ((! -s "$db.nsq") || (-M "$db.nsq" > -M $db))
1402            {
1403                @cmd = ("${path}formatdb", "-p", "F", "-i", $db);
1404            }
1405        }
1406        if (@cmd)
1407        {
1408            my $rc = system(@cmd);
1409            if ($rc != 0)
1410            {
1411                warn "SeedUtils::verify_db: formatdb failed with rc=$rc: @cmd\n";
1412            }
1413        }
1414    }
1415    
1416    
1417  1;  1;

Legend:
Removed from v.1.31  
changed lines
  Added in v.1.32

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3