[Bio] / FigKernelPackages / SeedUtils.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/SeedUtils.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.42, Tue Aug 10 19:36:09 2010 UTC revision 1.43, Tue Aug 10 19:38:01 2010 UTC
# Line 1041  Line 1041 
1041              $end = $begin - $4 + 1;              $end = $begin - $4 + 1;
1042          }          }
1043      }      }
1044        elsif ($locString =~ /^(.*)_(\d+)_(\d+)$/)
1045        {
1046            $contig = $1;
1047            $begin = $2;
1048            $end = $3;
1049            $strand = $begin < $end ? "+" : "-";
1050        }
1051    
1052      # Return the results.      # Return the results.
1053      return ($contig, $begin, $end, $strand);      return ($contig, $begin, $end, $strand);
1054  }  }
# Line 1797  Line 1805 
1805      return $h;      return $h;
1806  }  }
1807    
1808    our $AllColors;
1809    
1810    sub compare_region_color
1811    {
1812        my($n) = @_;
1813        my $nc = @$AllColors;
1814        my $c = $AllColors->[$n % $nc];
1815        return split(/-/, $c);
1816    }
1817    
1818    our $AllColors =
1819            [
1820              '255-0-0',      # red
1821              '0-255-0',      # green
1822              '0-0-255',      # blue
1823              '255-64-192',
1824              '255-128-64',
1825              '255-0-128',
1826              '255-192-64',
1827              '64-192-255',
1828              '64-255-192',
1829              '192-128-128',
1830              '192-255-0',
1831              '0-255-128',
1832              '0-192-64',
1833              '128-0-0',
1834              '255-0-192',
1835              '64-0-128',
1836              '128-64-64',
1837              '64-255-0',
1838              '128-0-64',
1839              '128-192-255',
1840              '128-192-0',
1841              '64-0-0',
1842              '128-128-0',
1843              '255-192-255',
1844              '128-64-255',
1845              '64-0-192',
1846              '0-64-64',
1847              '64-0-255',
1848              '192-64-255',
1849              '128-0-128',
1850              '192-255-64',
1851              '64-128-255',
1852              '255-128-192',
1853              '64-192-64',
1854              '0-128-128',
1855              '255-0-64',
1856              '128-64-0',
1857              '128-255-128',
1858              '255-64-128',
1859              '128-192-64',
1860              '128-128-64',
1861              '255-255-192',
1862              '192-192-128',
1863              '192-64-128',
1864              '64-128-192',
1865              '192-192-64',
1866              '192-0-128',
1867              '64-64-192',
1868              '0-128-192',
1869              '0-128-64',
1870              '255-192-128',
1871              '192-128-0',
1872              '64-255-255',
1873              '255-0-255',
1874              '128-255-255',
1875              '255-255-64',
1876              '0-128-0',
1877              '192-255-192',
1878              '0-192-0',
1879              '0-64-192',
1880              '0-64-128',
1881              '192-0-255',
1882              '192-192-255',
1883              '64-255-128',
1884              '0-0-128',
1885              '255-64-64',
1886              '192-192-0',
1887              '192-128-192',
1888              '128-64-192',
1889              '0-192-255',
1890              '128-192-192',
1891              '192-0-64',
1892              '192-255-255',
1893              '255-192-0',
1894              '255-255-128',
1895              '192-0-0',
1896              '64-64-0',
1897              '192-64-192',
1898              '192-128-255',
1899              '128-255-192',
1900              '64-64-255',
1901              '0-64-255',
1902              '128-64-128',
1903              '255-64-255',
1904              '192-128-64',
1905              '64-64-128',
1906              '0-128-255',
1907              '64-0-64',
1908              '128-0-192',
1909              '255-128-255',
1910              '64-128-0',
1911              '255-64-0',
1912              '64-192-192',
1913              '255-128-0',
1914              '0-0-64',
1915              '128-128-192',
1916              '128-128-255',
1917              '0-192-192',
1918              '0-255-192',
1919              '128-192-128',
1920              '192-0-192',
1921              '0-255-64',
1922              '64-192-0',
1923              '0-192-128',
1924              '128-255-64',
1925              '255-255-0',
1926              '64-255-64',
1927              '192-64-64',
1928              '192-64-0',
1929              '255-192-192',
1930              '192-255-128',
1931              '0-64-0',
1932              '0-0-192',
1933              '128-0-255',
1934              '64-128-64',
1935              '64-192-128',
1936              '0-255-255',
1937              '255-128-128',
1938              '64-128-128',
1939              '128-255-0'
1940            ];
1941    
1942  sub run {  sub run {
1943      shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);      shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1944      my($cmd) = @_;      my($cmd) = @_;

Legend:
Removed from v.1.42  
changed lines
  Added in v.1.43

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3