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revision 1.21, Mon Dec 14 22:22:28 2009 UTC revision 1.22, Tue Dec 15 17:44:42 2009 UTC
# Line 175  Line 175 
175                  # Save both offsets.                  # Save both offsets.
176                  push @offsets, $begin, $end;                  push @offsets, $begin, $end;
177              }              }
178            }
179            # Parse old SEED-style locations.
180            #
181            elsif ($loc =~ /^(.+)_(\d+)_(\d+)/)
182            {
183                my($newContig, $start, $stop) = ($1, $2, $3);
184                if ($contig && $newContig ne $contig) {
185                    # No, skip this location.
186                    $error++;
187                } else {
188                    # Save the contig.
189                    $contig = $newContig;
190                    # Count the orientation.
191                    my($dir, $len);
192                    if ($start > $stop)
193                    {
194                        $dir = '-';
195                        $len = $start - $stop;
196                    }
197                    else
198                    {
199                        $dir = '+';
200                        $len = $stop - $start;
201                    }
202    
203                    $dirs{$dir}++;
204                    push @offsets, $start, $stop;
205                }
206          } else {          } else {
207              # The location is invalid, so it's an error,              # The location is invalid, so it's an error,
208              $error++;              $error++;

Legend:
Removed from v.1.21  
changed lines
  Added in v.1.22

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