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Revision 1.6 - (view) (download) (as text)

1 : disz 1.1
2 :     package SSserver;
3 :    
4 : olson 1.4 #
5 :     # This is a SAS Component
6 :     #
7 :    
8 : disz 1.1 use LWP::UserAgent;
9 :     use Data::Dumper;
10 :     use YAML;
11 :    
12 :     use strict;
13 :    
14 :     sub new
15 :     {
16 :     my($class, $server_url) = @_;
17 :    
18 : olson 1.6 $server_url = "http://servers.nmpdr.org/subsystem/server.cgi" unless $server_url;
19 :     # $server_url = "http://bio-macpro-2.mcs.anl.gov/~disz/FIG/subsystem_server_sapling.cgi" unless $server_url;
20 :     # $server_url = "http://bio-big.mcs.anl.gov/server/FIG/subsystem_server_sapling.cgi" unless $server_url;
21 :    
22 : disz 1.1 #$server_url = "http://bio-macpro-1.mcs.anl.gov/ross-proj/FIG/co_occurs_server.cgi" unless $server_url;
23 :    
24 :     my $self = {
25 :     server_url => $server_url,
26 :     ua => LWP::UserAgent->new(),
27 :     };
28 : disz 1.5 $self->{ua}->timeout(30*60);
29 : disz 1.1 return bless $self, $class;
30 :     }
31 :    
32 :     sub is_in_subsystem {
33 :     my ($self, @args) = @_;
34 :     return $self->run_query("is_in_subsystem", @args);
35 :     }
36 :     sub is_in_subsystem_with {
37 :     my ($self, @args) = @_;
38 :     return $self->run_query("is_in_subsystem_with", @args);
39 :     }
40 :    
41 :     sub all_subsystems {
42 :     my ($self, @args) = @_;
43 :     return $self->run_query("all_subsystems", @args);
44 :     }
45 :    
46 :     sub subsystem_spreadsheet {
47 :     my ($self, @args) = @_;
48 :     return $self->run_query("subsystem_spreadsheet", @args);
49 :     }
50 :    
51 :    
52 : disz 1.5 sub metabolic_reconstruction {
53 :     my ($self, @args) = @_;
54 :     return $self->run_query("metabolic_reconstruction", @args);
55 :     }
56 :    
57 : disz 1.1 sub run_query
58 :     {
59 :     my($self, $function, @args ) = @_;
60 :    
61 :     my $arg_string = Dump(@args);
62 :     my $form = [function => $function,
63 :     args => "$arg_string"];
64 :    
65 :     my $res = $self->{ua}->post($self->{server_url}, $form);
66 :     if ($res->is_success)
67 :     {
68 : disz 1.2 return Load($res->content);
69 : disz 1.1 }
70 :     else
71 :     {
72 :     die "error on post " . $res->content;
73 :     }
74 :     }
75 :    
76 :    
77 :     1;
78 :    
79 :    
80 :    

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