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Revision 1.5 - (view) (download) (as text)

1 : disz 1.1
2 :     package SSserver;
3 :    
4 : olson 1.4 #
5 :     # This is a SAS Component
6 :     #
7 :    
8 : disz 1.1 use LWP::UserAgent;
9 :     use Data::Dumper;
10 :     use YAML;
11 :    
12 :     use strict;
13 :    
14 :     sub new
15 :     {
16 :     my($class, $server_url) = @_;
17 :    
18 : disz 1.5 # $server_url = "http://servers.nmpdr.org/subsystem/server.cgi" unless $server_url;
19 :     $server_url = "http://bio-macpro-2.mcs.anl.gov/~disz/FIG/subsystem_server_sapling.cgi" unless $server_url;
20 : disz 1.1 #$server_url = "http://bio-macpro-1.mcs.anl.gov/ross-proj/FIG/co_occurs_server.cgi" unless $server_url;
21 :    
22 :     my $self = {
23 :     server_url => $server_url,
24 :     ua => LWP::UserAgent->new(),
25 :     };
26 : disz 1.5 $self->{ua}->timeout(30*60);
27 : disz 1.1 return bless $self, $class;
28 :     }
29 :    
30 :     sub is_in_subsystem {
31 :     my ($self, @args) = @_;
32 :     return $self->run_query("is_in_subsystem", @args);
33 :     }
34 :     sub is_in_subsystem_with {
35 :     my ($self, @args) = @_;
36 :     return $self->run_query("is_in_subsystem_with", @args);
37 :     }
38 :    
39 :     sub all_subsystems {
40 :     my ($self, @args) = @_;
41 :     return $self->run_query("all_subsystems", @args);
42 :     }
43 :    
44 :     sub subsystem_spreadsheet {
45 :     my ($self, @args) = @_;
46 :     return $self->run_query("subsystem_spreadsheet", @args);
47 :     }
48 :    
49 :    
50 : disz 1.5 sub metabolic_reconstruction {
51 :     my ($self, @args) = @_;
52 :     return $self->run_query("metabolic_reconstruction", @args);
53 :     }
54 :    
55 : disz 1.1 sub run_query
56 :     {
57 :     my($self, $function, @args ) = @_;
58 :    
59 :     my $arg_string = Dump(@args);
60 :     my $form = [function => $function,
61 :     args => "$arg_string"];
62 :    
63 :     my $res = $self->{ua}->post($self->{server_url}, $form);
64 :     if ($res->is_success)
65 :     {
66 : disz 1.2 return Load($res->content);
67 : disz 1.1 }
68 :     else
69 :     {
70 :     die "error on post " . $res->content;
71 :     }
72 :     }
73 :    
74 :    
75 :     1;
76 :    
77 :    
78 :    

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