[Bio] / FigKernelPackages / SS.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/SS.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.12, Mon Dec 7 19:28:50 2009 UTC revision 1.13, Mon Dec 7 21:02:09 2009 UTC
# Line 83  Line 83 
83    
84  =head3 methods  =head3 methods
85    
86      my $document = $ssObject->methods();      my $methodList =        $ssObject->methods();
87    
88  Return a list of the methods allowed on this object.  Return a list of the methods allowed on this object.
89    
# Line 108  Line 108 
108    
109  =head3 is_in_subsystem  =head3 is_in_subsystem
110    
111      my $document = $ssObject->is_in_subsystem({      my $featureHash =       $ssObject->is_in_subsystem({
112                          -ids => [$fid1, $fid2, ...],                          -ids => [$fid1, $fid2, ...],
113                          -unusable => 1                          -unusable => 1
114                      });                      });
# Line 193  Line 193 
193    
194  =head3 is_in_subsystem_with  =head3 is_in_subsystem_with
195    
196      my $document = $ssObject->is_in_subsystem_with({      my $featureHash =       $ssObject->is_in_subsystem_with({
197                          -ids => [$fid1, $fid2, ...],                          -ids => [$fid1, $fid2, ...],
198                          -unusable => 1                          -unusable => 1
199                      });                      });
# Line 298  Line 298 
298    
299  =head3 all_subsystems  =head3 all_subsystems
300    
301      my $document = $ssObject->all_subsystems({      my $dsubsystemHash =    $ssObject->all_subsystems({
302                          -unusable => 1,                          -unusable => 1,
303                          -exclude => [$type1, $type2, ...],                          -exclude => [$type1, $type2, ...],
304                      });                      });
# Line 383  Line 383 
383    
384  =head3 classification_of  =head3 classification_of
385    
386      my $document = $ssObject->classification_of({      my $subsystemHash =     $ssObject->classification_of({
387                          -ids => [$sub1, $sub2, ...]                          -ids => [$sub1, $sub2, ...]
388                      });                      });
389    
# Line 444  Line 444 
444    
445  =head3 subsystem_spreadsheet  =head3 subsystem_spreadsheet
446    
447      my $document = $ssObject->subsystem_spreadsheet({      my $subsystemHash =     $ssObject->subsystem_spreadsheet({
448                          -ids => [$sub1, $sub2, ...]                          -ids => [$sub1, $sub2, ...]
449                      });                      });
450    
# Line 534  Line 534 
534    
535  =head3 pegs_in_subsystems  =head3 pegs_in_subsystems
536    
537      my $document = $ssObject->pegs_in_subsystems({      my $subsystemHash =     $ssObject->pegs_in_subsystems({
538                          -genomes => [$genome1, $genome2, ...],                          -genomes => [$genome1, $genome2, ...],
539                          -subsystems => [$sub1, $sub2, ...]                          -subsystems => [$sub1, $sub2, ...]
540                      });                      });

Legend:
Removed from v.1.12  
changed lines
  Added in v.1.13

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3