[Bio] / FigKernelPackages / RAST_submission.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/RAST_submission.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.5, Wed Oct 21 21:27:02 2009 UTC revision 1.6, Wed Oct 21 21:45:03 2009 UTC
# Line 78  Line 78 
78          $id_list = [$id_list];          $id_list = [$id_list];
79      }      }
80    
     local $/;  
     undef $/;  
81      my @ret;      my @ret;
82      for my $id (@$id_list)      for my $id (@$id_list)
83      {      {
84            my $ent = { id => $id };
85    
86          my $file = $self->retrieve_contig_data($id);          my $file = $self->retrieve_contig_data($id);
87    
88          open(F, "<", $file);          open(F, "<", $file);
89            my $txt = <F>;
90            if ($txt =~ /^LOCUS.*?(\d+)\s+bp/)
91            {
92                $ent->{length} = $1;
93            }
94    
95            while (<F>)
96            {
97                $txt .= $_;
98                if (/^\s+ORGANISM\s+(.*)/)
99                {
100                    $ent->{name} = $1;
101                }
102                elsif (/^DBLINK\s+Project:(\d+)/)
103                {
104                    $ent->{project} = $1;
105                }
106                elsif (/db_xref="taxon:(\d+)"/)
107                {
108                    $ent->{taxonomy_id} = $1;
109                }
110            }
111            $ent->{contents} = $txt;
112    
         push(@ret, [$id, scalar(<F>)]);  
113          close(F);          close(F);
114    
115            push(@ret, $ent);
116      }      }
117    
118      return \@ret;      return \@ret;

Legend:
Removed from v.1.5  
changed lines
  Added in v.1.6

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3