[Bio] / FigKernelPackages / ProtSims.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/ProtSims.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.13, Mon Aug 30 16:09:00 2010 UTC revision 1.15, Tue Sep 14 19:09:17 2010 UTC
# Line 24  Line 24 
24  use Data::Dumper;  use Data::Dumper;
25  use Carp;  use Carp;
26  use gjoseqlib;  use gjoseqlib;
27    use DB_File;
28    
29  use SeedAware;  use SeedAware;
30    
# Line 58  Line 59 
59          }          }
60      }      }
61    
62        my $db_lengths = {};
63    
64      my $dbF;      my $dbF;
65      if (ref $db)      if (ref $db)
66      {      {
67          $dbF = "$tmp_dir/db.$$";          $dbF = "$tmp_dir/db.$$";
68          &gjoseqlib::print_alignment_as_fasta($dbF,$db);          &gjoseqlib::print_alignment_as_fasta($dbF,$db);
69          system($formatdb_cmd, '-i', $dbF);          system($formatdb_cmd, '-i', $dbF);
70            $db_lengths->{$_->[0]} = length($_->[2]) for @$db;
71      }      }
72      else      else
73      {      {
# Line 74  Line 78 
78              {              {
79                  system($formatdb_cmd, '-i', $dbF);;                  system($formatdb_cmd, '-i', $dbF);;
80              }              }
81              @db = &gjoseqlib::read_fasta($dbF);  
82              $db = \@db;              my $db_tie;
83                if (-f "$dbF.lengths")
84                {
85                    $db_tie = tie %$db_lengths, 'DB_File', "$dbF.lengths", O_RDONLY, 0, $DB_BTREE;
86                    $db_tie or warn "Cannot tie $dbF.lengths: $!";
87                }
88                if (!defined($db_tie))
89                {
90                    if (open(my $dbfh, "<", $dbF))
91                    {
92                        while (my($id, $def, $seq) = gjoseqlib::read_next_fasta_seq($dbfh))
93                        {
94                            $db_lengths->{$id} = length($seq);
95                        }
96                        close($dbfh);
97                    }
98                    else
99                    {
100                        warn "Cannot open $dbF: $!";
101                    }
102                }
103          }          }
104          else          else
105          {          {
# Line 168  Line 192 
192          &gjoseqlib::print_alignment_as_fasta($tmpQ,\@rerun);          &gjoseqlib::print_alignment_as_fasta($tmpQ,\@rerun);
193          # my $cmd = "$blastall_cmd -m 8 -i $tmpQ -d $dbF -FF -p blastp -e 1e-5";          # my $cmd = "$blastall_cmd -m 8 -i $tmpQ -d $dbF -FF -p blastp -e 1e-5";
194          my @cmd = ($blastall_cmd,  '-m', 8, '-i', $tmpQ, '-d', $dbF, '-FF', '-p', 'blastp', '-e', '1e-5');          my @cmd = ($blastall_cmd,  '-m', 8, '-i', $tmpQ, '-d', $dbF, '-FF', '-p', 'blastp', '-e', '1e-5');
         print STDERR "@cmd\n";  
195          #print STDERR "$cmd\n";          #print STDERR "$cmd\n";
196          #open(BL, "$cmd|") or die "ProtSims::blastP: pipe to blast failed with $!: $cmd\n";          #open(BL, "$cmd|") or die "ProtSims::blastP: pipe to blast failed with $!: $cmd\n";
197    
198          open(BL, "-|", @cmd) or die "ProtSims::blastP: pipe to blast failed with $!: @cmd\n";          #
199            # It'd be nice to do this but windows doesn't support it.
200          my @blastout = map { chomp; [split(/\s+/,$_)] } <BL>;          #
201            #open(BL, "-|", @cmd) or die "ProtSims::blastP: pipe to blast failed with $!: @cmd\n";
202            my $out_tmp = "$tmp_dir/blast_out.$$";
203            push(@cmd, "-o", $out_tmp);
204            print STDERR "@cmd\n";
205            my $rc = system(@cmd);
206            if ($rc != 0)
207            {
208                warn "Error rc=$rc running blast: @cmd\n";
209            }
210            else
211            {
212                if (open(BL, "<", $out_tmp))
213                {
214                    while (<BL>)
215                    {
216                        chomp;
217                        push @sims, [ split(/\s+/, $_) ];
218                    }
219                    #my @blastout = map { chomp; [split(/\s+/,$_)] } <BL>;
220                    # push(@sims,@blastout);
221          close(BL);          close(BL);
222          push(@sims,@blastout);              }
223            }
224            unlink $out_tmp;
225          unlink $tmpQ;          unlink $tmpQ;
226      }      }
227    
228      my %lnQ   = map { $_->[0] => length($_->[2]) } @$q;      my %lnQ   = map { $_->[0] => length($_->[2]) } @$q;
229      my %lnDB  = map { $_->[0] => length($_->[2]) } @$db;  
230      @sims = map { push(@$_,$lnQ{$_->[0]},$lnDB{$_->[1]}); bless($_,'Sim') } @sims;      @sims = map { push(@$_, $lnQ{$_->[0]}, $db_lengths->{$_->[1]}); bless($_,'Sim') } @sims;
231    
232      if ($qF      eq "$tmp_dir/query.$$")   { unlink $qF  }      if ($qF      eq "$tmp_dir/query.$$")   { unlink $qF  }
233      if ($dbF     eq "$tmp_dir/db.$$")      { unlink($dbF,"$dbF.psq","$dbF.pin","$dbF.phr") }      if ($dbF     eq "$tmp_dir/db.$$")      { unlink($dbF,"$dbF.psq","$dbF.pin","$dbF.phr") }

Legend:
Removed from v.1.13  
changed lines
  Added in v.1.15

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3