[Bio] / FigKernelPackages / ProtSims.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/ProtSims.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.12, Sat Mar 6 23:54:11 2010 UTC revision 1.15, Tue Sep 14 19:09:17 2010 UTC
# Line 24  Line 24 
24  use Data::Dumper;  use Data::Dumper;
25  use Carp;  use Carp;
26  use gjoseqlib;  use gjoseqlib;
27    use DB_File;
28    
29  my $blat_cmd = "blat";  use SeedAware;
30  my $blastall_cmd = "blastall";  
31  my $formatdb_cmd = "formatdb";  my $blat_cmd = SeedAware::executable_for("blat");
32    my $blastall_cmd = SeedAware::executable_for("blastall");
33  BEGIN {  my $formatdb_cmd = SeedAware::executable_for("formatdb");
     eval {  
         require FIG_Config;  
         if (defined $FIG_Config::ext_bin) {  
             $blat_cmd = "$FIG_Config::ext_bin/blat";  
             $blastall_cmd = "$FIG_Config::ext_bin/blastall";  
             $formatdb_cmd = "$FIG_Config::ext_bin/formatdb";  
         }  
     };  
 }  
34    
35  sub blastP {  sub blastP {
36      my($q,$db,$min_hits,$use_blast) = @_;      my($q,$db,$min_hits,$use_blast) = @_;
37    
38      my(@q,@db);      my(@q,@db);
39    
40        my $tmp_dir = SeedAware::location_of_tmp();
41    
42      my $qF;      my $qF;
43      if (ref $q)      if (ref $q)
44      {      {
45          $qF = "/tmp/query.$$";          $qF = "$tmp_dir/query.$$";
46          &gjoseqlib::print_alignment_as_fasta($qF,$q);          &gjoseqlib::print_alignment_as_fasta($qF,$q);
47      }      }
48      else      else
# Line 65  Line 59 
59          }          }
60      }      }
61    
62        my $db_lengths = {};
63    
64      my $dbF;      my $dbF;
65      if (ref $db)      if (ref $db)
66      {      {
67          $dbF = "/tmp/db.$$";          $dbF = "$tmp_dir/db.$$";
68          &gjoseqlib::print_alignment_as_fasta($dbF,$db);          &gjoseqlib::print_alignment_as_fasta($dbF,$db);
69          system "$formatdb_cmd -i $dbF";          system($formatdb_cmd, '-i', $dbF);
70            $db_lengths->{$_->[0]} = length($_->[2]) for @$db;
71      }      }
72      else      else
73      {      {
# Line 79  Line 76 
76          {          {
77              if (! ((-e "$dbF.psq") && ((-M "$dbF.psq") < (-M $dbF))))              if (! ((-e "$dbF.psq") && ((-M "$dbF.psq") < (-M $dbF))))
78              {              {
79                  system "formatdb_cmd -i $dbF";                  system($formatdb_cmd, '-i', $dbF);;
80                }
81    
82                my $db_tie;
83                if (-f "$dbF.lengths")
84                {
85                    $db_tie = tie %$db_lengths, 'DB_File', "$dbF.lengths", O_RDONLY, 0, $DB_BTREE;
86                    $db_tie or warn "Cannot tie $dbF.lengths: $!";
87                }
88                if (!defined($db_tie))
89                {
90                    if (open(my $dbfh, "<", $dbF))
91                    {
92                        while (my($id, $def, $seq) = gjoseqlib::read_next_fasta_seq($dbfh))
93                        {
94                            $db_lengths->{$id} = length($seq);
95                        }
96                        close($dbfh);
97                    }
98                    else
99                    {
100                        warn "Cannot open $dbF: $!";
101                    }
102              }              }
             @db = &gjoseqlib::read_fasta($dbF);  
             $db = \@db;  
103          }          }
104          else          else
105          {          {
# Line 90  Line 107 
107          }          }
108      }      }
109    
110      my $tmpF = "/tmp/sim.out.$$";      my $tmpF = "$tmp_dir/sim.out.$$";
111      my $cmd = $use_blast ? "touch $tmpF" : "$blat_cmd $dbF $qF -prot -out=blast8 $tmpF > /dev/null";  
112      #print STDERR "$cmd\n";      if ($use_blast)
113      my $rc = system $cmd;      {
114            open(my $fh, ">", $tmpF);
115            close($fh);
116        }
117        else
118        {
119            my @cmd = ($blat_cmd, $dbF, $qF, "-prot", "-out=blast8", $tmpF);
120    
121            my $rc = system_with_redirect(\@cmd, { stdout => '/dev/null' } );
122            print STDERR "Blat returns $rc: @cmd\n";
123      if ($rc != 0)      if ($rc != 0)
124      {      {
125          die "ProtSims::blastP: blat run failed with rc=$rc: $cmd\n";              warn "Blat run failed with rc=$rc\n";
126                open(my $fh, ">", $tmpF);
127                close($fh);
128      }      }
129        }
130    
131    #     my $cmd = $use_blast ? "touch $tmpF" : "$blat_cmd $dbF $qF -prot -out=blast8 $tmpF > /dev/null";
132    #     #print STDERR "$cmd\n";
133    #     my $rc = system $cmd;
134    #     if ($rc != 0)
135    #     {
136    #       die "ProtSims::blastP: blat run failed with rc=$rc: $cmd\n";
137    #     }
138    
139      my @sims1 = ();      my @sims1 = ();
140      open(BLAT,"<$tmpF") || die "could not open $tmpF";      open(BLAT,"<$tmpF") || die "could not open $tmpF";
# Line 151  Line 188 
188    
189      if (@rerun > 0)      if (@rerun > 0)
190      {      {
191          my $tmpQ = "/tmp/tmpQ.$$";          my $tmpQ = "$tmp_dir/tmpQ.$$";
192          &gjoseqlib::print_alignment_as_fasta($tmpQ,\@rerun);          &gjoseqlib::print_alignment_as_fasta($tmpQ,\@rerun);
193          my $cmd = "$blastall_cmd -m 8 -i $tmpQ -d $dbF -FF -p blastp -e 1e-5";          # my $cmd = "$blastall_cmd -m 8 -i $tmpQ -d $dbF -FF -p blastp -e 1e-5";
194            my @cmd = ($blastall_cmd,  '-m', 8, '-i', $tmpQ, '-d', $dbF, '-FF', '-p', 'blastp', '-e', '1e-5');
195          #print STDERR "$cmd\n";          #print STDERR "$cmd\n";
196          open(BL, "$cmd|") or die "ProtSims::blastP: pipe to blast failed with $!: $cmd\n";          #open(BL, "$cmd|") or die "ProtSims::blastP: pipe to blast failed with $!: $cmd\n";
197          my @blastout = map { chomp; [split(/\s+/,$_)] } <BL>;  
198            #
199            # It'd be nice to do this but windows doesn't support it.
200            #
201            #open(BL, "-|", @cmd) or die "ProtSims::blastP: pipe to blast failed with $!: @cmd\n";
202            my $out_tmp = "$tmp_dir/blast_out.$$";
203            push(@cmd, "-o", $out_tmp);
204            print STDERR "@cmd\n";
205            my $rc = system(@cmd);
206            if ($rc != 0)
207            {
208                warn "Error rc=$rc running blast: @cmd\n";
209            }
210            else
211            {
212                if (open(BL, "<", $out_tmp))
213                {
214                    while (<BL>)
215                    {
216                        chomp;
217                        push @sims, [ split(/\s+/, $_) ];
218                    }
219                    #my @blastout = map { chomp; [split(/\s+/,$_)] } <BL>;
220                    # push(@sims,@blastout);
221          close(BL);          close(BL);
222          push(@sims,@blastout);              }
223            }
224            unlink $out_tmp;
225          unlink $tmpQ;          unlink $tmpQ;
226      }      }
227    
228      my %lnQ   = map { $_->[0] => length($_->[2]) } @$q;      my %lnQ   = map { $_->[0] => length($_->[2]) } @$q;
     my %lnDB  = map { $_->[0] => length($_->[2]) } @$db;  
     @sims = map { push(@$_,$lnQ{$_->[0]},$lnDB{$_->[1]}); bless($_,'Sim') } @sims;  
229    
230      if ($qF      eq "/tmp/query.$$")   { unlink $qF  }      @sims = map { push(@$_, $lnQ{$_->[0]}, $db_lengths->{$_->[1]}); bless($_,'Sim') } @sims;
231      if ($dbF     eq "/tmp/db.$$")      { unlink($dbF,"$dbF.psq","$dbF.pin","$dbF.phr") }  
232        if ($qF      eq "$tmp_dir/query.$$")   { unlink $qF  }
233        if ($dbF     eq "$tmp_dir/db.$$")      { unlink($dbF,"$dbF.psq","$dbF.pin","$dbF.phr") }
234      return sort { ($a->id1 cmp $b->id1) or ($a->psc <=> $b->psc) or ($a->id2 cmp $b->id2) } @sims;      return sort { ($a->id1 cmp $b->id1) or ($a->psc <=> $b->psc) or ($a->id2 cmp $b->id2) } @sims;
235  }  }
236    

Legend:
Removed from v.1.12  
changed lines
  Added in v.1.15

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3