[Bio] / FigKernelPackages / ProtSims.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/ProtSims.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.1, Tue Aug 18 15:11:51 2009 UTC revision 1.3, Wed Aug 19 16:12:10 2009 UTC
# Line 26  Line 26 
26  sub blastP {  sub blastP {
27      my($q,$db,$min_hits) = @_;      my($q,$db,$min_hits) = @_;
28    
29        my(@q,@db);
30    
31      my $qF;      my $qF;
32      if (ref $q)      if (ref $q)
33      {      {
# Line 41  Line 43 
43              {              {
44                  system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -i $qF";                  system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -i $qF";
45              }              }
46              my @q = &gjoseqlib::read_fasta($qF);              @q = &gjoseqlib::read_fasta($qF);
47              $q = \@q;              $q = \@q;
48          }          }
49          else          else
# Line 66  Line 68 
68              {              {
69                  system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -i $dbF";                  system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -i $dbF";
70              }              }
71              my @db = &gjoseqlib::read_fasta($dbF);              @db = &gjoseqlib::read_fasta($dbF);
72              $db = \@db;              $db = \@db;
73          }          }
74          else          else
# Line 124  Line 126 
126          unlink $tmpQ;          unlink $tmpQ;
127      }      }
128    
129      my %lnQ   = map { $_->[0] => length($_->[2]) } @q;      my %lnQ   = map { $_->[0] => length($_->[2]) } @$q;
130      my %lnDB  = map { $_->[0] => length($_->[2]) } @db;      my %lnDB  = map { $_->[0] => length($_->[2]) } @$db;
131      @sims = map { push(@$_,$lnQ{$_->[0]},$lnDB{$_->[1]}); bless($_,'Sim') } @sims;      @sims = map { push(@$_,$lnQ{$_->[0]},$lnDB{$_->[1]}); bless($_,'Sim') } @sims;
132    
133      if ($qF      eq "/tmp/query.$$")   { unlink $qF  }      if ($qF      eq "/tmp/query.$$")   { unlink $qF  }
134      if ($dbF     eq "/tmp/db.$$")      { unlink $dbF }      if ($dbF     eq "/tmp/db.$$")      { unlink $dbF }
135      return @sims;      return sort { ($a->id1 cmp $b->id1) or ($b->bsc <=> $a->bsc) or ($a->id2 cmp $b->id2) } @sims;
136  }  }
137    
138  1;  1;

Legend:
Removed from v.1.1  
changed lines
  Added in v.1.3

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3