[Bio] / FigKernelPackages / ProtSims.pm Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigKernelPackages/ProtSims.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.15 - (view) (download) (as text)

1 : overbeek 1.1
2 : olson 1.10 # This is a SAS component
3 :    
4 : overbeek 1.1 #
5 :     # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
6 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
7 :     #
8 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
9 :     #
10 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
11 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
12 :     # Public License.
13 :     #
14 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
15 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
16 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
17 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
18 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
19 :     #
20 :     package ProtSims;
21 :    
22 :     use strict;
23 : olson 1.4 use Sim;
24 : overbeek 1.1 use Data::Dumper;
25 :     use Carp;
26 :     use gjoseqlib;
27 : olson 1.15 use DB_File;
28 : overbeek 1.1
29 : olson 1.13 use SeedAware;
30 :    
31 :     my $blat_cmd = SeedAware::executable_for("blat");
32 :     my $blastall_cmd = SeedAware::executable_for("blastall");
33 :     my $formatdb_cmd = SeedAware::executable_for("formatdb");
34 : olson 1.10
35 : overbeek 1.1 sub blastP {
36 : overbeek 1.12 my($q,$db,$min_hits,$use_blast) = @_;
37 : overbeek 1.1
38 : overbeek 1.2 my(@q,@db);
39 :    
40 : olson 1.13 my $tmp_dir = SeedAware::location_of_tmp();
41 :    
42 : overbeek 1.1 my $qF;
43 :     if (ref $q)
44 :     {
45 : olson 1.13 $qF = "$tmp_dir/query.$$";
46 : overbeek 1.1 &gjoseqlib::print_alignment_as_fasta($qF,$q);
47 :     }
48 :     else
49 :     {
50 :     $qF = $q;
51 :     if (-e $qF)
52 :     {
53 : overbeek 1.2 @q = &gjoseqlib::read_fasta($qF);
54 : overbeek 1.1 $q = \@q;
55 :     }
56 :     else
57 :     {
58 :     die "$qF is missing";
59 :     }
60 :     }
61 :    
62 : olson 1.15 my $db_lengths = {};
63 :    
64 : overbeek 1.1 my $dbF;
65 :     if (ref $db)
66 :     {
67 : olson 1.13 $dbF = "$tmp_dir/db.$$";
68 : overbeek 1.1 &gjoseqlib::print_alignment_as_fasta($dbF,$db);
69 : olson 1.13 system($formatdb_cmd, '-i', $dbF);
70 : olson 1.15 $db_lengths->{$_->[0]} = length($_->[2]) for @$db;
71 : overbeek 1.1 }
72 :     else
73 :     {
74 :     $dbF = $db;
75 :     if (-e $dbF)
76 :     {
77 :     if (! ((-e "$dbF.psq") && ((-M "$dbF.psq") < (-M $dbF))))
78 :     {
79 : olson 1.13 system($formatdb_cmd, '-i', $dbF);;
80 : overbeek 1.1 }
81 : olson 1.15
82 :     my $db_tie;
83 :     if (-f "$dbF.lengths")
84 :     {
85 :     $db_tie = tie %$db_lengths, 'DB_File', "$dbF.lengths", O_RDONLY, 0, $DB_BTREE;
86 :     $db_tie or warn "Cannot tie $dbF.lengths: $!";
87 :     }
88 :     if (!defined($db_tie))
89 :     {
90 :     if (open(my $dbfh, "<", $dbF))
91 :     {
92 :     while (my($id, $def, $seq) = gjoseqlib::read_next_fasta_seq($dbfh))
93 :     {
94 :     $db_lengths->{$id} = length($seq);
95 :     }
96 :     close($dbfh);
97 :     }
98 :     else
99 :     {
100 :     warn "Cannot open $dbF: $!";
101 :     }
102 :     }
103 : overbeek 1.1 }
104 :     else
105 :     {
106 :     die "$dbF is missing";
107 :     }
108 :     }
109 :    
110 : olson 1.13 my $tmpF = "$tmp_dir/sim.out.$$";
111 :    
112 :     if ($use_blast)
113 :     {
114 :     open(my $fh, ">", $tmpF);
115 :     close($fh);
116 :     }
117 :     else
118 : olson 1.4 {
119 : olson 1.13 my @cmd = ($blat_cmd, $dbF, $qF, "-prot", "-out=blast8", $tmpF);
120 :    
121 :     my $rc = system_with_redirect(\@cmd, { stdout => '/dev/null' } );
122 :     print STDERR "Blat returns $rc: @cmd\n";
123 :     if ($rc != 0)
124 :     {
125 :     warn "Blat run failed with rc=$rc\n";
126 :     open(my $fh, ">", $tmpF);
127 :     close($fh);
128 :     }
129 : olson 1.4 }
130 : overbeek 1.1
131 : olson 1.13 # my $cmd = $use_blast ? "touch $tmpF" : "$blat_cmd $dbF $qF -prot -out=blast8 $tmpF > /dev/null";
132 :     # #print STDERR "$cmd\n";
133 :     # my $rc = system $cmd;
134 :     # if ($rc != 0)
135 :     # {
136 :     # die "ProtSims::blastP: blat run failed with rc=$rc: $cmd\n";
137 :     # }
138 :    
139 : overbeek 1.5 my @sims1 = ();
140 :     open(BLAT,"<$tmpF") || die "could not open $tmpF";
141 :     my $sim = <BLAT>;
142 :     while ($sim && ($sim=~ /^(\S+\t\S+)/))
143 :     {
144 :     my $pegs = $1;
145 :     my @pieces = ();
146 :     while ($sim && ($sim=~ /^((\S+\t\S+).*\S)/) && ($2 eq $pegs))
147 :     {
148 :     push(@pieces,[split(/\t/,$1)]);
149 :     $sim = <BLAT>;
150 :     }
151 :     push(@sims1,&condense(\@pieces));
152 :     }
153 :     close(BLAT);
154 : overbeek 1.1 unlink $tmpF;
155 : olson 1.4 #print STDERR &Dumper(sims1 => \@sims1);
156 : overbeek 1.1
157 :     my @rerun = ();
158 :     my @sims = ();
159 :     my $qI = 0;
160 :     my $simI = 0;
161 :     while ($qI < @$q)
162 :     {
163 :     my $peg = $q->[$qI]->[0];
164 : olson 1.4 #print STDERR "processing $peg\n";
165 : overbeek 1.1 my $hits = 0;
166 :     my $simI1 = $simI;
167 :     while (($simI1 < @sims1) && ($sims1[$simI1]->[0] eq $peg))
168 :     {
169 :     if (($simI1 == $#sims1) || ($sims1[$simI1]->[1] ne $sims1[$simI1+1]->[1]))
170 :     {
171 :     $hits++;
172 :     }
173 :     $simI1++;
174 :     }
175 : olson 1.4 #print STDERR "hits=$hits min_hits=$min_hits\n";
176 : overbeek 1.1 if ($hits >= $min_hits)
177 :     {
178 : olson 1.4 push(@sims,@sims1[$simI..$simI1-1]);
179 : overbeek 1.1 }
180 :     else
181 :     {
182 :     push(@rerun,$q->[$qI]);
183 :     }
184 :     $simI = $simI1;
185 :     $qI++;
186 :     }
187 : olson 1.4 #print STDERR &Dumper(rerun => \@rerun);
188 : overbeek 1.1
189 :     if (@rerun > 0)
190 :     {
191 : olson 1.13 my $tmpQ = "$tmp_dir/tmpQ.$$";
192 : overbeek 1.1 &gjoseqlib::print_alignment_as_fasta($tmpQ,\@rerun);
193 : olson 1.13 # my $cmd = "$blastall_cmd -m 8 -i $tmpQ -d $dbF -FF -p blastp -e 1e-5";
194 :     my @cmd = ($blastall_cmd, '-m', 8, '-i', $tmpQ, '-d', $dbF, '-FF', '-p', 'blastp', '-e', '1e-5');
195 : olson 1.4 #print STDERR "$cmd\n";
196 : olson 1.13 #open(BL, "$cmd|") or die "ProtSims::blastP: pipe to blast failed with $!: $cmd\n";
197 :    
198 : olson 1.14 #
199 :     # It'd be nice to do this but windows doesn't support it.
200 :     #
201 :     #open(BL, "-|", @cmd) or die "ProtSims::blastP: pipe to blast failed with $!: @cmd\n";
202 :     my $out_tmp = "$tmp_dir/blast_out.$$";
203 :     push(@cmd, "-o", $out_tmp);
204 :     print STDERR "@cmd\n";
205 :     my $rc = system(@cmd);
206 :     if ($rc != 0)
207 :     {
208 :     warn "Error rc=$rc running blast: @cmd\n";
209 :     }
210 :     else
211 :     {
212 :     if (open(BL, "<", $out_tmp))
213 :     {
214 :     while (<BL>)
215 :     {
216 :     chomp;
217 :     push @sims, [ split(/\s+/, $_) ];
218 :     }
219 :     #my @blastout = map { chomp; [split(/\s+/,$_)] } <BL>;
220 :     # push(@sims,@blastout);
221 :     close(BL);
222 :     }
223 :     }
224 :     unlink $out_tmp;
225 : overbeek 1.1 unlink $tmpQ;
226 :     }
227 :    
228 : overbeek 1.3 my %lnQ = map { $_->[0] => length($_->[2]) } @$q;
229 : olson 1.15
230 :     @sims = map { push(@$_, $lnQ{$_->[0]}, $db_lengths->{$_->[1]}); bless($_,'Sim') } @sims;
231 : overbeek 1.1
232 : olson 1.13 if ($qF eq "$tmp_dir/query.$$") { unlink $qF }
233 :     if ($dbF eq "$tmp_dir/db.$$") { unlink($dbF,"$dbF.psq","$dbF.pin","$dbF.phr") }
234 : overbeek 1.9 return sort { ($a->id1 cmp $b->id1) or ($a->psc <=> $b->psc) or ($a->id2 cmp $b->id2) } @sims;
235 : overbeek 1.5 }
236 :    
237 :     sub condense {
238 :     my($pieces) = @_;
239 :    
240 : overbeek 1.6 my $best_sc = $pieces->[0]->[10];
241 : overbeek 1.5 my @sims = sort { ($a->[6] <=> $b->[6]) } @$pieces;
242 : overbeek 1.7 while (@sims > 1)
243 : overbeek 1.5 {
244 : overbeek 1.7 my $gap1 = $sims[1]->[6] - $sims[0]->[7];
245 :     my $gap2 = $sims[1]->[8] - $sims[0]->[9];
246 :     my $diff = abs($gap1 - $gap2);
247 :     if (($gap1 <= 300) && ($gap2 <= 300) && ($diff <= (0.1 * &min($gap1,$gap2))))
248 :     {
249 :     $sims[0]->[7] = $sims[1]->[7];
250 :     $sims[0]->[9] = $sims[1]->[9];
251 :     }
252 : overbeek 1.5 splice(@sims,1,1);
253 :     }
254 : overbeek 1.6 $sims[0]->[10] = $best_sc;
255 : overbeek 1.5 return $sims[0];
256 : overbeek 1.1 }
257 :    
258 : overbeek 1.7 sub min {
259 :     my($x,$y) = @_;
260 :     return ($x <= $y) ? $x : $y;
261 :     }
262 :    
263 : overbeek 1.1 1;

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3