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Annotation of /FigKernelPackages/ProtSims.pm

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Revision 1.1 - (view) (download) (as text)

1 : overbeek 1.1
2 :     #
3 :     # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
4 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
5 :     #
6 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
7 :     #
8 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
9 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
10 :     # Public License.
11 :     #
12 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
13 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
14 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
15 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
16 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
17 :     #
18 :     package ProtSims;
19 :    
20 :     use strict;
21 :     use Data::Dumper;
22 :     use Carp;
23 :     use FIG_Config;
24 :     use gjoseqlib;
25 :    
26 :     sub blastP {
27 :     my($q,$db,$min_hits) = @_;
28 :    
29 :     my $qF;
30 :     if (ref $q)
31 :     {
32 :     $qF = "/tmp/query.$$";
33 :     &gjoseqlib::print_alignment_as_fasta($qF,$q);
34 :     }
35 :     else
36 :     {
37 :     $qF = $q;
38 :     if (-e $qF)
39 :     {
40 :     if (! ((-e "$qF.psq") && ((-M "$qF.psq") < (-M $qF))))
41 :     {
42 :     system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -i $qF";
43 :     }
44 :     my @q = &gjoseqlib::read_fasta($qF);
45 :     $q = \@q;
46 :     }
47 :     else
48 :     {
49 :     die "$qF is missing";
50 :     }
51 :     }
52 :    
53 :     my $dbF;
54 :     if (ref $db)
55 :     {
56 :     $dbF = "/tmp/db.$$";
57 :     &gjoseqlib::print_alignment_as_fasta($dbF,$db);
58 :     system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -i $dbF";
59 :     }
60 :     else
61 :     {
62 :     $dbF = $db;
63 :     if (-e $dbF)
64 :     {
65 :     if (! ((-e "$dbF.psq") && ((-M "$dbF.psq") < (-M $dbF))))
66 :     {
67 :     system "$FIG_Config::ext_bin/formatdb -i $dbF";
68 :     }
69 :     my @db = &gjoseqlib::read_fasta($dbF);
70 :     $db = \@db;
71 :     }
72 :     else
73 :     {
74 :     die "$dbF is missing";
75 :     }
76 :     }
77 :    
78 :     my $tmpF = "/tmp/sim.out.$$";
79 :     system "$FIG_Config::ext_bin/blat $dbF $qF -prot -out=blast8 $tmpF > /dev/null";
80 :    
81 :     my @sims1 = map { chomp; [split(/\s+/,$_)] } `cat $tmpF`;
82 :     unlink $tmpF;
83 :     # print STDERR &Dumper(\@sims1);
84 :    
85 :     my @rerun = ();
86 :     my @sims = ();
87 :     my $qI = 0;
88 :     my $simI = 0;
89 :     while ($qI < @$q)
90 :     {
91 :     my $peg = $q->[$qI]->[0];
92 :     # print STDERR "processing $peg\n";
93 :     my $hits = 0;
94 :     my $simI1 = $simI;
95 :     while (($simI1 < @sims1) && ($sims1[$simI1]->[0] eq $peg))
96 :     {
97 :     if (($simI1 == $#sims1) || ($sims1[$simI1]->[1] ne $sims1[$simI1+1]->[1]))
98 :     {
99 :     $hits++;
100 :     }
101 :     $simI1++;
102 :     }
103 :     # print STDERR "hits=$hits min_hits=$min_hits\n";
104 :     if ($hits >= $min_hits)
105 :     {
106 :     push(@sims,@sims1[$simI..$simI1]);
107 :     }
108 :     else
109 :     {
110 :     push(@rerun,$q->[$qI]);
111 :     }
112 :     $simI = $simI1;
113 :     $qI++;
114 :     }
115 :     # print STDERR &Dumper(\@rerun);
116 :    
117 :     if (@rerun > 0)
118 :     {
119 :     my $tmpQ = "/tmp/tmpQ.$$";
120 :     &gjoseqlib::print_alignment_as_fasta($tmpQ,\@rerun);
121 :     my @blastout = map { chomp; [split(/\s+/,$_)] }
122 :     `$FIG_Config::ext_bin/blastall -m 8 -i $tmpQ -d $dbF -FF -p blastp`;
123 :     push(@sims,@blastout);
124 :     unlink $tmpQ;
125 :     }
126 :    
127 :     my %lnQ = map { $_->[0] => length($_->[2]) } @q;
128 :     my %lnDB = map { $_->[0] => length($_->[2]) } @db;
129 :     @sims = map { push(@$_,$lnQ{$_->[0]},$lnDB{$_->[1]}); bless($_,'Sim') } @sims;
130 :    
131 :     if ($qF eq "/tmp/query.$$") { unlink $qF }
132 :     if ($dbF eq "/tmp/db.$$") { unlink $dbF }
133 :     return @sims;
134 :     }
135 :    
136 :     1;

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