[Bio] / FigKernelPackages / PinnedRegions.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/PinnedRegions.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.26, Wed Sep 2 09:28:24 2009 UTC revision 1.27, Wed Sep 2 09:38:10 2009 UTC
# Line 25  Line 25 
25  use FigFams;  use FigFams;
26  use FIG_Config;  use FIG_Config;
27  use Tracer;  use Tracer;
28    use BasicLocation;
29    
30  use Time::HiRes qw( usleep gettimeofday tv_interval );  use Time::HiRes qw( usleep gettimeofday tv_interval );
31    
# Line 511  Line 512 
512      my $loc                 = $fig->feature_location($fid);      my $loc                 = $fig->feature_location($fid);
513      my($contig, $beg, $end) = $fig->boundaries_of($loc);      my($contig, $beg, $end) = $fig->boundaries_of($loc);
514      my($left, $right)       = sort {$a <=> $b} ($beg, $end);      my($left, $right)       = sort {$a <=> $b} ($beg, $end);
     my $size                = $right - $left + 1;  
515      my $strand              = ($beg <= $end)? '+' : '-';      my $strand              = ($beg <= $end)? '+' : '-';
516      my $offset              = int(($left + $right)/2) - $region_mid;      my $offset              = int(($left + $right)/2) - $region_mid;
517      my $offset_beg          = $left  - $region_mid;      my $offset_beg          = $left  - $region_mid;
518      my $offset_end          = $right - $region_mid;      my $offset_end          = $right - $region_mid;
519      my $func                = scalar $fig->function_of($fid) || '';      my $func                = scalar $fig->function_of($fid) || '';
520        my $genome              = $fig->genome_of($fid);
521        my $location            = FullLocation->new($fig, $genome, $loc);
522        my $size = 0;
523        map { $size += $_->Length } @{$location->Locs};
524    
525      my $retval = { 'fid'        => $fid,      my $retval = { 'fid'        => $fid,
526                     'location'   => $loc,                     'location'   => $loc,

Legend:
Removed from v.1.26  
changed lines
  Added in v.1.27

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3