[Bio] / FigKernelPackages / P2Pupdate.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/P2Pupdate.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.30, Wed Mar 31 18:39:15 2004 UTC revision 1.31, Thu Apr 1 22:07:31 2004 UTC
# Line 511  Line 511 
511          {          {
512              &FIG::run("cp $fig_disk/BackupAnnotations/New/$genome $fig_disk/FIG/Data/Organisms/$genome/annotations");              &FIG::run("cp $fig_disk/BackupAnnotations/New/$genome $fig_disk/FIG/Data/Organisms/$genome/annotations");
513          }          }
514          chmod 0777,"$fig_disk/FIG/Data/Organisms/$genome/annotations";          chmod 02777,"$fig_disk/FIG/Data/Organisms/$genome/annotations";
515      }      }
516      &FIG::run("$FIG_Config::bin/index_annotations");      &FIG::run("$FIG_Config::bin/index_annotations");
517  }  }
# Line 538  Line 538 
538      {      {
539          unlink("$fig_disk/FIG/Data/Organisms/$genome/annotations");          unlink("$fig_disk/FIG/Data/Organisms/$genome/annotations");
540          &FIG::run("cp $fig_disk/BackupAnnotations/$genome $fig_disk/FIG/Data/Organisms/$genome/annotations");          &FIG::run("cp $fig_disk/BackupAnnotations/$genome $fig_disk/FIG/Data/Organisms/$genome/annotations");
541          system "chmod 777 $fig_disk/FIG/Data/Organisms/$genome/annotations";          system "chmod 2777 $fig_disk/FIG/Data/Organisms/$genome/annotations";
542      }      }
543      &FIG::run("$FIG_Config::bin/index_annotations");      &FIG::run("$FIG_Config::bin/index_annotations");
544  }  }
# Line 711  Line 711 
711      &force_absolute($fig_disk);      &force_absolute($fig_disk);
712      if (-d "$fig_disk/BackupTranslation_Rules") { system "rm -rf $fig_disk/BackupTranslation_Rules" }      if (-d "$fig_disk/BackupTranslation_Rules") { system "rm -rf $fig_disk/BackupTranslation_Rules" }
713      mkdir("$fig_disk/BackupTranslation_Rules",0777);      mkdir("$fig_disk/BackupTranslation_Rules",0777);
714      chmod 0777,"$fig_disk/BackupTranslation_Rules";      chmod 02777,"$fig_disk/BackupTranslation_Rules";
715      if (-s $file)      if (-s $file)
716      {      {
717          &FIG::run("cp $file $fig_disk/BackupTranslation_Rules");          &FIG::run("cp $file $fig_disk/BackupTranslation_Rules");
718      }      }
719      &FIG::run("$FIG_Config::bin/merge_translation_rules $fig_disk/BackupTranslation_Rules/function.synonyms $package $from > $file");      &FIG::run("$FIG_Config::bin/merge_translation_rules $fig_disk/BackupTranslation_Rules/function.synonyms $package $from > $file");
720      chmod 0777,$file;      chmod 02777,$file;
721  }  }
722    
723  =pod  =pod
# Line 740  Line 740 
740      if (-s "$fig_disk/BackupTranslation_Rules/function.synonyms")      if (-s "$fig_disk/BackupTranslation_Rules/function.synonyms")
741      {      {
742          &FIG::run("cp $fig_disk/BackupTranslation_Rules/function.synonyms $file");          &FIG::run("cp $fig_disk/BackupTranslation_Rules/function.synonyms $file");
743          chmod 0777, $file;          chmod 02777, $file;
744      }      }
745  }  }
746    
# Line 772  Line 772 
772  sub install_subsystems {  sub install_subsystems {
773      my($fig,$package) = @_;      my($fig,$package) = @_;
774    
775      &FIG::run("import_subsystems master last_release < $package");      &FIG::run("$FIG_Config::bin/import_subsystems master last_release < $package");
776  }  }
777    
778  1  1

Legend:
Removed from v.1.30  
changed lines
  Added in v.1.31

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3