[Bio] / FigKernelPackages / P2P.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/P2P.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.12, Fri Sep 24 19:52:25 2004 UTC revision 1.13, Fri Sep 24 20:09:56 2004 UTC
# Line 193  Line 193 
193          # sequence data. Attempt to finish up the mapping.          # sequence data. Attempt to finish up the mapping.
194          #          #
195    
196            my(%sought, %sought_seqs);
197    
198    
199          my $dbh = $fig->db_handle();          my $dbh = $fig->db_handle();
200          for my $entry (@$ret)          for my $entry (@$ret)
# Line 201  Line 203 
203    
204              if ($what eq "peg_loc")              if ($what eq "peg_loc")
205              {              {
206                  my($strand, $start, $end, $cksum) = @rest;                  my($strand, $start, $end, $cksum, $seq) = @rest;
207    
208                  #                  #
209                  # We have a contig location. Try to find a matching contig                  # We have a contig location. Try to find a matching contig
# Line 238  Line 240 
240                      else                      else
241                      {                      {
242                          print "failed: $peg  $my_genome and contig $local_contig start=$start end=$end strand=$strand\n";                          print "failed: $peg  $my_genome and contig $local_contig start=$start end=$end strand=$strand\n";
243                            $sought{$peg}++;
244                            $sought_seq{$peg} = $seq;
245                      }                      }
246                  }                  }
247                  else                  else
248                  {                  {
249                      print "Mapping failed for $my_genome checksum $cksum\n";                      print "Mapping failed for $my_genome checksum $cksum\n";
250                        $sought{$peg}++;
251                        $sought_seq{$peg} = $seq;
252                    }
253                  }                  }
254                elsif ($what eq "peg_seq")
255                {
256                    my($seq) = @rest;
257    
258                    $sought{$peg}++;
259                    $sought_seq{$peg} = $seq;
260              }              }
261          }          }
262    
263            #
264            # Now see if we need to do a tough search.
265            #
266    
267            if (keys(%sought) > 0)
268            {
269                my %trans;
270    
271                print "Starting tough search\n";
272    
273                $fig->tough_search(undef, \%sought_seq, \%trans, \%sought);
274                print "Tough search translated: \n";
275                map { print "$_ -> $trans{$_}\n" } keys(%trans);
276            }
277      }      }
278  }  }
279    
# Line 801  Line 829 
829              #              #
830              # Return the location and contig checksum for this peg.              # Return the location and contig checksum for this peg.
831              #              #
832                # We also include the sequence in case the contig mapping doesn't work.
833                #
834    
835              my $loc = $fig->feature_location($peg);              my $loc = $fig->feature_location($peg);
836              my $contig = $fig->contig_of($loc);              my $contig = $fig->contig_of($loc);
837              my $cksum = $fig->contig_checksum($fig->genome_of($peg), $contig);              my $cksum = $fig->contig_checksum($fig->genome_of($peg), $contig);
838              warn "Checksum for '$loc' '$contig' is $cksum\n";              my $seq = $fig->get_translation($peg);
839    
840              push(@$out, ['peg_loc', $peg,              push(@$out, ['peg_loc', $peg,
841                          $fig->strand_of($loc),                          $fig->strand_of($peg),
842                          $fig->beg_of($loc), $fig->end_of($loc),                          $fig->beg_of($loc), $fig->end_of($loc),
843                          $cksum]);                          $cksum, $seq]);
844    
845          }          }
846          elsif ($what eq "peg_unknown")          elsif ($what eq "peg_unknown")

Legend:
Removed from v.1.12  
changed lines
  Added in v.1.13

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3