[Bio] / FigKernelPackages / P2P.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/P2P.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.8, Fri Sep 24 19:13:13 2004 UTC revision 1.9, Fri Sep 24 19:35:48 2004 UTC
# Line 193  Line 193 
193          # sequence data. Attempt to finish up the mapping.          # sequence data. Attempt to finish up the mapping.
194          #          #
195    
196    
197            my $dbh = $fig->db_handle();
198          for my $entry (@$ret)          for my $entry (@$ret)
199          {          {
200              my($what, $peg, @rest) = @$entry;              my($what, $peg, @rest) = @$entry;
# Line 212  Line 214 
214                  {                  {
215                      print "$peg maps to local genome $my_genome and contig $local_contig start=$start end=$end strand=$strand\n";                      print "$peg maps to local genome $my_genome and contig $local_contig start=$start end=$end strand=$strand\n";
216                      #                      #
217                      # Now look up the local                      # Now look up the local peg. We match on the end location; depending on the strand
218                        # the feature is on, we want to look at either minloc or maxloc.
219                      #                      #
220    
221                        my $whichloc = $strand eq '-' ? "minloc" : "maxloc";
222    
223                        my $res = $dbh->SQL(qq!SELECT id from features
224                                               WHERE $whichloc = $end and genome = '$my_genome' and
225                                               contig = '$local_contig'
226                                            !);
227    
228                        if ($res and @$res == 1)
229                        {
230                            my($id) = $res->[0]->[0];
231                            $peg_mapping{$peg} = $id;
232                            print "Mapped $peg to $id via contigs\n";
233                        }
234                        else
235                        {
236                            print "Failed to map $peg to $id via contigs\n";
237                        }
238                  }                  }
239                  else                  else
240                  {                  {

Legend:
Removed from v.1.8  
changed lines
  Added in v.1.9

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3