[Bio] / FigKernelPackages / P2P.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/P2P.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.6, Fri Sep 24 18:34:32 2004 UTC revision 1.7, Fri Sep 24 18:58:42 2004 UTC
# Line 133  Line 133 
133      #      #
134    
135      my @finalize_req = ();      my @finalize_req = ();
136        my %local_genome;
137    
138      for my $genome_info (@$genome_list)      for my $genome_info (@$genome_list)
139      {      {
# Line 154  Line 155 
155              # We do have such a local genome. Generate a peg_genome request to              # We do have such a local genome. Generate a peg_genome request to
156              # get the location information from the target side.              # get the location information from the target side.
157              #              #
158                # Also remember the local genome mapping for this peg.
159                #
160    
161              print "$genome mapped to $my_genome\n";              print "$genome mapped to $my_genome\n";
162              push(@finalize_req, map { ['peg_genome', $_] } @$pegs);              for my $peg (@$pegs)
163                {
164                    push(@finalize_req, ['peg_genome', $peg]);
165                    $local_genome{$peg} = $my_genome;
166                }
167    
168          }          }
169          else          else
# Line 182  Line 190 
190    
191          #          #
192          # The return is a list of either location entries or          # The return is a list of either location entries or
193          # sequence data.          # sequence data. Attempt to finish up the mapping.
194          #          #
195    
196          print Dumper($ret);          print Dumper($ret);
197            for my $entry (@$ret)
198            {
199                my($what, $peg, @rest) = @$entry;
200    
201                if ($what eq "peg_loc")
202                {
203                    my($strand, $start, $end, $cksum) = @rest;
204    
205                    #
206                    # We have a contig location. Try to find a matching contig
207                    # here, and see if it maps to something.
208                    #
209    
210                    my $my_genome = $local_genome{$peg};
211                    my $local_contig = $fig->find_contig_with_checksum($my_genome, $cksum);
212                    if ($local_contig)
213                    {
214                        print "$peg maps to local genome $my_genome and contig $local_contig\n";
215                    }
216                    else
217                    {
218                        print "Mapping failed for $my_genome checksum $cksum\n";
219                    }
220                }
221            }
222      }      }
223  }  }
224    
# Line 744  Line 777 
777    
778              my $loc = $fig->feature_location($peg);              my $loc = $fig->feature_location($peg);
779              my $contig = $fig->contig_of($loc);              my $contig = $fig->contig_of($loc);
780              my $cksum = $fig->contig_checksum($contig);              my $cksum = $fig->contig_checksum($fig->genome_of($peg), $contig);
781                warn "Checksum for '$loc' '$contig' is $cksum\n";
782    
783              push(@$out, ['peg_loc', $peg,              push(@$out, ['peg_loc', $peg,
784                          $fig->strand_of($loc),                          $fig->strand_of($loc),
# Line 752  Line 786 
786                          $cksum]);                          $cksum]);
787    
788          }          }
789          elsif ($what eq "peg_seq")          elsif ($what eq "peg_unknown")
790          {          {
791              my $seq = $fig->get_translation($peg);              my $seq = $fig->get_translation($peg);
792              push(@$out, ['peg_seq', $peg, $seq]);              push(@$out, ['peg_seq', $peg, $seq]);

Legend:
Removed from v.1.6  
changed lines
  Added in v.1.7

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3