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Revision 1.8 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1 #
2 :     # This module contains the code for the P2P update protocol.
3 :     #
4 :     # Package P2P contains the namespace declarations, and possibly toplevel utility
5 :     # routines. (get_relay ?)
6 :     #
7 :     # Package P2P::Relay contains methods for contacting the P2P relay service. The actual
8 :     # implementation of the relay service is not contained here - it is a standalone module
9 :     # that can be installed on a web server that does not have a full SEED installed.
10 :     #
11 :     # Package P2P::Requestor contains the requestor-side code for the update protocol.
12 :     #
13 :     # Package P2P::Service contains the web service implementation routines for the
14 :     # protocol.
15 :     #
16 :    
17 :     package P2P;
18 :    
19 :     use FIG_Config;
20 :    
21 :     use strict;
22 :     use Exporter;
23 :     use base qw(Exporter);
24 :    
25 :     use Data::Dumper;
26 :    
27 :     use vars qw(@EXPORT @EXPORT_OK);
28 :     @EXPORT = ();
29 :     @EXPORT_OK = qw($ns_p2p $ns_relay);
30 :    
31 :     our $ns_p2p = "http://thefig.info/schemas/p2p_update";
32 :     our $ns_relay = "http://thefig.info/schemas/p2p_relay";
33 :    
34 :     =pod
35 :    
36 :     =head1 perform_update($peer)
37 :    
38 :     Perform a peer-to-peer update with the given peer. $peer is an instance of
39 :     P2P::Requestor which can connect to the peer. It is expected that the
40 :     SEED infrastructure will create this requestor appropriately for the
41 :     particular circumstance (direct connection, thru relay, etc).
42 :    
43 :     This code executes the high-level protocol, maintaining state between
44 :     calls to the peer to exchange the actual information.
45 :    
46 :     =cut
47 :    
48 :     sub perform_update
49 :     {
50 :     my($fig, $peer, $last_update) = @_;
51 :    
52 :     my $ret = $peer->request_update($last_update);
53 :    
54 :     if (!$ret or ref($ret) ne "ARRAY")
55 :     {
56 :     die "perform_update: request_updated failed\n";
57 :     }
58 :    
59 :     my($session, $target_release, $num_annos, $num_pegs, $num_genomes,
60 :     $target_time, $compatible) = @$ret;
61 :    
62 :     print "perform_update: session=$session target=$target_release num_annos=$num_annos\n";
63 :     print " num_pegs=$num_pegs num_genomes=$num_genomes target_time=$target_time compat=$compatible\n";
64 :    
65 :     #
66 :     # We have the information now to begin the update process. Retrieve the pegs.
67 :     #
68 :    
69 :     $ret = $peer->get_pegs($session, 0, $num_pegs);
70 :    
71 :     if (!$ret or ref($ret) ne "ARRAY")
72 :     {
73 :     die "perform_update: get_pegs failed\n";
74 :     }
75 :    
76 :     my($peg_list, $genome_list) = @$ret;
77 :    
78 :     #
79 :     # Walk the peg-list to and generate @pegs_to_finalize.
80 :     #
81 :    
82 :     my(%peg_mapping, %genome_map );
83 :    
84 :     for my $peg_info (@$peg_list)
85 :     {
86 :     my($key, $peg, @rest) = @$peg_info;
87 :    
88 :     if ($key eq 'peg')
89 :     {
90 :     #
91 :     # Peg id is directly usable.
92 :     #
93 : olson 1.6 $peg_mapping{$peg} = $peg;
94 : olson 1.1 }
95 :     elsif ($key eq 'peg_info')
96 :     {
97 :     #
98 :     # Peg id not directly usable.
99 :     #
100 :    
101 :     my($alias_list, $genome_id) = @rest;
102 :    
103 :     for my $alias (@$alias_list)
104 :     {
105 :     my $mapped = $fig->by_alias($alias);
106 : olson 1.3 if ($mapped)
107 : olson 1.1 {
108 :     print "$peg maps to $mapped via $alias\n";
109 :     $peg_mapping{$peg}= $mapped;
110 :     last;
111 :     }
112 :     }
113 :    
114 :     #
115 :     # If we didn't succeed in mapping by alias,
116 :     # stash this in the list of pegs to be mapped by
117 :     # genome.
118 :     #
119 :    
120 :     if (!defined($peg_mapping{$peg}))
121 :     {
122 :     push(@{$genome_map{$genome_id}}, $peg);
123 : olson 1.4 print "$peg did not map\n";
124 : olson 1.1 }
125 :     }
126 :     }
127 :    
128 :     #
129 :     # finished first pass. Now go over the per-genome mappings that need to be made.
130 :     #
131 : olson 1.6 # $genome_map{$genome_id} is a list of pegs that reside on that genome.
132 :     # the pegs and genome id are both target-based identifiers.
133 :     #
134 :    
135 :     my @finalize_req = ();
136 : olson 1.7 my %local_genome;
137 : olson 1.1
138 :     for my $genome_info (@$genome_list)
139 :     {
140 :     my($genome, $n_contigs, $n_nucs, $cksum) = @$genome_info;
141 :    
142 : olson 1.5 next unless defined($genome_map{$genome});
143 : olson 1.1
144 : olson 1.6 #
145 :     # Determine if we have a local genome installed that matches precisely the
146 :     # genome on the target side.
147 :     #
148 : olson 1.1 my $my_genome = $fig->find_genome_by_content($genome, $n_contigs, $n_nucs, $cksum);
149 :    
150 : olson 1.6 my $pegs = $genome_map{$genome};
151 :    
152 : olson 1.1 if ($my_genome)
153 :     {
154 :     #
155 : olson 1.6 # We do have such a local genome. Generate a peg_genome request to
156 :     # get the location information from the target side.
157 : olson 1.1 #
158 : olson 1.7 # Also remember the local genome mapping for this peg.
159 :     #
160 :    
161 : olson 1.6 print "$genome mapped to $my_genome\n";
162 : olson 1.7 for my $peg (@$pegs)
163 :     {
164 :     push(@finalize_req, ['peg_genome', $peg]);
165 :     $local_genome{$peg} = $my_genome;
166 :     }
167 : olson 1.1
168 :     }
169 : olson 1.2 else
170 :     {
171 : olson 1.6 #
172 :     # We don't have such a genome. We need to retrieve the
173 :     # sequence data in order to finish mapping.
174 :     #
175 :     push(@finalize_req, map { ['peg_unknown', $_] } @$pegs);
176 :     }
177 :     }
178 :    
179 :     #
180 :     # If we need to finalize, make the call.
181 :     if (@finalize_req)
182 :     {
183 :     print Dumper(\@finalize_req);
184 :     $ret = $peer->finalize_pegs($session, \@finalize_req);
185 :    
186 :     if (!$ret or ref($ret) ne "ARRAY")
187 :     {
188 :     die "perform_update: finalize_pegs failed\n";
189 : olson 1.2 }
190 : olson 1.6
191 :     #
192 :     # The return is a list of either location entries or
193 : olson 1.7 # sequence data. Attempt to finish up the mapping.
194 : olson 1.6 #
195 :    
196 : olson 1.7 for my $entry (@$ret)
197 :     {
198 :     my($what, $peg, @rest) = @$entry;
199 :    
200 :     if ($what eq "peg_loc")
201 :     {
202 :     my($strand, $start, $end, $cksum) = @rest;
203 :    
204 :     #
205 :     # We have a contig location. Try to find a matching contig
206 :     # here, and see if it maps to something.
207 :     #
208 :    
209 :     my $my_genome = $local_genome{$peg};
210 :     my $local_contig = $fig->find_contig_with_checksum($my_genome, $cksum);
211 :     if ($local_contig)
212 :     {
213 : olson 1.8 print "$peg maps to local genome $my_genome and contig $local_contig start=$start end=$end strand=$strand\n";
214 :     #
215 :     # Now look up the local
216 :     #
217 : olson 1.7 }
218 :     else
219 :     {
220 :     print "Mapping failed for $my_genome checksum $cksum\n";
221 :     }
222 :     }
223 :     }
224 : olson 1.1 }
225 :     }
226 :    
227 :    
228 :     #############
229 :     #
230 :     # P2P Relay
231 :     #
232 :     #############
233 :    
234 :    
235 :     package P2P::Relay;
236 :     use strict;
237 :    
238 :     use Data::Dumper;
239 :     use SOAP::Lite;
240 :    
241 :     use P2P;
242 :    
243 :     sub new
244 :     {
245 :     my($class, $url) = @_;
246 :    
247 :     my $proxy = SOAP::Lite->uri($P2P::ns_relay)->proxy($url);
248 :    
249 :     my $self = {
250 :     url => $url,
251 :     proxy => $proxy,
252 :     };
253 :     return bless($self, $class);
254 :     }
255 :    
256 :     sub enumerate_annotation_systems
257 :     {
258 :     my($self) = @_;
259 :    
260 :     return $self->{proxy}->enumerate_annotation_systems()->result;
261 :     }
262 :    
263 :     sub fetch_queries
264 :     {
265 :     my($self, $id) = @_;
266 :    
267 :     my $reply = $self->{proxy}->fetch_queries($id);
268 :    
269 :     if ($reply->fault)
270 :     {
271 :     print "Failed to fetch queries: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
272 :     return undef;
273 :     }
274 :    
275 :     return $reply->result;
276 :     }
277 :    
278 :     sub deposit_answer
279 :     {
280 :     my($self, $id, $key, $answer) = @_;
281 :    
282 :     my $reply = $self->{proxy}->deposit_answer($id, $key,
283 :     SOAP::Data->type('base64')->value($answer));
284 :    
285 :     if ($reply->fault)
286 :     {
287 :     print "deposit_answer got fault: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
288 :     return undef;
289 :     }
290 :    
291 :     return $reply;
292 :     }
293 :    
294 :     =pod
295 :    
296 :     =head1 await_result
297 :    
298 :     Await the result from a possibly-asynchronous soap request.
299 :    
300 :     Look at the reply that we have. If it's a deferred reply, loop polling
301 :     the relay for the actual result.
302 :    
303 :     We determine if the reply is a deferred reply by examining the namespace
304 :     URI of the response. A response will be generated from the relay's namespace,
305 :     rather than that of the application itself.
306 :    
307 :     =cut
308 :    
309 :     sub await_result
310 :     {
311 :     my($self, $reply) = @_;
312 :    
313 :     while (1)
314 :     {
315 :     #
316 :     # Retrieve the namespace of the response, which is the first
317 :     # element in the body of the message.
318 :     #
319 :     my $ns = $reply->namespaceuriof('/Envelope/Body/[1]');
320 :     print "Reply ns=$ns want $P2P::ns_relay\n";
321 :    
322 :     if ($ns eq $P2P::ns_relay)
323 :     {
324 :     my $val = $reply->result;
325 :     print "got val=", Dumper($val);
326 :     if ($val->[0] eq 'deferred')
327 :     {
328 :     #
329 :     # Sleep a little, then try to retrieve the response.
330 :     #
331 :    
332 :     sleep(1);
333 :     my $id = $val->[1];
334 :    
335 :     print "Retrieving reply\n";
336 :     $reply = $self->{proxy}->call_completed($id);
337 :     }
338 :     else
339 :     {
340 :     #
341 :     # We're not sure what to do here..
342 :     #
343 :     return undef;
344 :     }
345 :     }
346 :     else
347 :     {
348 :     #
349 :     # We got an actual response. Return it.
350 :     #
351 :    
352 :     return $reply;
353 :     }
354 :     }
355 :     }
356 :    
357 :     #############
358 :     #
359 :     # P2P Requestor
360 :     #
361 :     #############
362 :    
363 :     package P2P::Requestor;
364 :     use strict;
365 :    
366 :     use Data::Dumper;
367 :    
368 :     use SOAP::Lite;
369 :     use P2P;
370 :    
371 :     #
372 :     # Create a new Requestor. It contains a reference to the FIG instance
373 :     # so that we can run the protocol completely from in here.
374 :     #
375 :    
376 :     sub new
377 :     {
378 :     my($class, $fig, $url, $peer_id, $relay) = @_;
379 :    
380 :     my $proxy = SOAP::Lite->uri($ns_p2p)->proxy($url);
381 :    
382 :     my $self = {
383 :     fig => $fig,
384 :     url => $url,
385 :     peer_id => $peer_id,
386 :     proxy => $proxy,
387 :     relay => $relay,
388 :     };
389 :     return bless($self, $class);
390 :     }
391 :    
392 :     #
393 :     # First step: Request an update.
394 :     #
395 :     # We need to determine some notion of what our release is, since we are not
396 :     # currently tagging them explicitly. Until we delve into this more,
397 :     # I am going to return a null release, which means the same-release
398 :     # optimization won't be able to kick in.
399 :     #
400 :     # We also need to determine the last time we got an update from this
401 :     # system.
402 :     #
403 :    
404 :     sub request_update
405 :     {
406 :     my($self, $last_update) = @_;
407 :    
408 :     my $rel = $self->{fig}->get_release_info();
409 :    
410 :     if (!defined($last_update))
411 :     {
412 :     $last_update = $self->{fig}->get_peer_last_update($self->{peer_id});
413 :     }
414 :    
415 :     my $reply = $self->{proxy}->request_update($rel, $last_update);
416 :    
417 :     if ($self->{relay})
418 :     {
419 :     $reply = $self->{relay}->await_result($reply);
420 :     }
421 :    
422 :     if ($reply->fault)
423 :     {
424 :     print "request_update triggered fault: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
425 :     return undef;
426 :     }
427 :    
428 :     return $reply->result;
429 :     }
430 :    
431 :     =pod
432 :    
433 :     =head1 get_pegs($session_id, $start, $length)
434 :    
435 :    
436 :     =cut
437 :    
438 :     sub get_pegs
439 :     {
440 :     my($self, $session_id, $start, $length) = @_;
441 :    
442 :     return $self->call("get_pegs", $session_id, $start, $length);
443 :     }
444 :    
445 : olson 1.6 sub finalize_pegs
446 :     {
447 :     my($self, $session_id, $request) = @_;
448 :    
449 :     return $self->call("finalize_pegs", $session_id, $request);
450 :     }
451 :    
452 : olson 1.1 sub call
453 :     {
454 :     my($self, $func, @args) = @_;
455 :    
456 :     my $reply = $self->{proxy}->$func(@args);
457 :    
458 :     if ($self->{relay})
459 :     {
460 :     $reply = $self->{relay}->await_result($reply);
461 :     }
462 :    
463 :     if ($reply->fault)
464 :     {
465 :     print "$func triggered fault: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
466 :     return undef;
467 :     }
468 :    
469 :     return $reply->result;
470 :     }
471 :    
472 :    
473 :     #############
474 :     #
475 :     # P2P Service
476 :     #
477 :     # Code in this module is invoked on the target on behalf of a requestor.
478 :     #
479 :     #############
480 :    
481 :     package P2P::Service;
482 :    
483 :     use Data::Dumper;
484 :    
485 :     use FIG;
486 :     use FIG_Config;
487 :     use strict;
488 :    
489 :     use File::Temp qw(tempdir);
490 :     use File::Basename;
491 :    
492 :     sub request_update
493 :     {
494 :     my($class, $his_release, $last_update)= @_;
495 :    
496 :     #
497 :     # Verify input.
498 :     #
499 :    
500 :     if ($last_update !~ /^\d+$/)
501 :     {
502 :     die "request_update: last_update must be a number (not '$last_update')\n";
503 :     }
504 :    
505 :     #
506 :     # Create a new session id and a spool directory to use for storage
507 :     # of information about it. This can go in the tempdir since it is
508 :     # not persistent.
509 :     #
510 :    
511 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::temp/p2p_spool");
512 :     #my $spool_dir = tempdir(DIR => "$FIG_Config::temp/p2p_spool");
513 :    
514 :     my $spool_dir = "$FIG_Config::temp/p2p_spool/test";
515 :     &FIG::verify_dir($spool_dir);
516 :    
517 :     my $session_id = basename($spool_dir);
518 :     my $now = time;
519 :    
520 :     #
521 :     # Gather the list of pegs and annotations for the update.
522 :     #
523 :    
524 :     my $fig = new FIG;
525 :    
526 :     my $all_genomes = [$fig->genomes];
527 :    
528 :     my %all_genomes = map { $_ => 1 } @$all_genomes;
529 :    
530 :     my %pegs;
531 :    
532 :     my $num_annos = 0;
533 :     my $num_genomes = 0;
534 :     my $num_pegs = 0;
535 :    
536 :     my $anno_fh;
537 :     open($anno_fh, ">$spool_dir/annos");
538 :    
539 :     my $peg_fh;
540 :     open($peg_fh, ">$spool_dir/pegs");
541 :    
542 :     my $genome_fh;
543 :     open($genome_fh, ">$spool_dir/genomes");
544 :    
545 :     for my $genome (@$all_genomes)
546 :     {
547 :     my $num_annos_for_genome = 0;
548 :    
549 :     my $genome_dir = "$FIG_Config::organisms/$genome";
550 :     next unless -d $genome_dir;
551 :    
552 :     my $afh;
553 :     if (open($afh, "$genome_dir/annotations"))
554 :     {
555 :     my($fid, $anno_time, $who, $anno_text);
556 :     local($/);
557 :     $/ = "//\n";
558 :     while (my $ann = <$afh>)
559 :     {
560 :     chomp $ann;
561 :    
562 :     if ((($fid, $anno_time, $who, $anno_text) =
563 :     ($ann =~ /^(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\n(\d+)\n(\S+)\n(.*\S)/s)) and
564 :     $anno_time > $last_update)
565 :    
566 :     {
567 :     #
568 :     # Look up aliases if we haven't seen this fid before.
569 :     #
570 :    
571 :     if (!defined($pegs{$fid}))
572 :     {
573 :     my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
574 :    
575 :     print $peg_fh join("\t", $fid, $genome, @aliases), "\n";
576 :     $num_pegs++;
577 :     }
578 :    
579 :     print $anno_fh "$ann//\n";
580 :    
581 :     $pegs{$fid}++;
582 :    
583 :     $num_annos_for_genome++;
584 :     $num_annos++;
585 :     }
586 :     }
587 :     close($afh);
588 :     }
589 :    
590 :     #
591 :     # Determine genome information if we have annotations for this one.
592 :     #
593 :    
594 :     if ($num_annos_for_genome > 0)
595 :     {
596 :     $num_genomes++;
597 :     if (open(my $cfh, "<$genome_dir/COUNTS"))
598 :     {
599 :     if ($_ = <$cfh>)
600 :     {
601 :     chomp;
602 :     my($cgenome, $n_contigs, $total_nucs, $cksum) = split(/\t/, $_);
603 :     if ($cgenome ne $genome)
604 :     {
605 :     warn "Hm, $genome has a COUNTS file with genome=$cgenome that does not match\n";
606 :     }
607 :     else
608 :     {
609 :     print $genome_fh join("\t",
610 :     $genome, $num_annos_for_genome, $n_contigs,
611 :     $total_nucs, $cksum), "\n";
612 :     }
613 :     }
614 :     }
615 :     }
616 :    
617 :     }
618 :     close($anno_fh);
619 :     close($peg_fh);
620 :     close($genome_fh);
621 :    
622 :     print "Pegs: $num_pegs\n";
623 :     print "Genomes: $num_genomes\n";
624 :     print "Annos: $num_annos\n";
625 :    
626 :     #
627 :     # Check compatibility.
628 :     #
629 :    
630 :     my $my_release = $fig->get_release_info();
631 :     my $compatible = (defined($my_release) && ($my_release == $his_release)) ? 1 : 0;
632 :    
633 :     open(my $fh, ">$spool_dir/INFO");
634 :     print $fh "requestor_release\t$his_release\n";
635 :     print $fh "last_update\t$last_update\n";
636 :     print $fh "cur_update\t$now\n";
637 :     print $fh "target_release\t$my_release\n";
638 :     print $fh "compatible\t$compatible\n";
639 :     print $fh "num_pegs\t$num_pegs\n";
640 :     print $fh "num_genomes\t$num_genomes\n";
641 :     print $fh "num_annos\t$num_annos\n";
642 :     close($fh);
643 :    
644 :     return [$session_id, $my_release, $num_annos, $num_pegs, $num_genomes, $now, $compatible];
645 :     }
646 :    
647 :    
648 :     sub get_pegs
649 :     {
650 :     my($self, $session_id, $start, $len) = @_;
651 :     my(%session_info);
652 :    
653 :     my $spool_dir = "$FIG_Config::temp/p2p_spool/$session_id";
654 :    
655 :     -d $spool_dir or die "Invalid session id $session_id";
656 :    
657 :     #
658 :     # Read in the cached information for this session.
659 :     #
660 :    
661 :     open(my $info_fh, "<$spool_dir/INFO") or die "Cannot open INFO file: $!";
662 :     while (<$info_fh>)
663 :     {
664 :     chomp;
665 :     my($var, $val) = split(/\t/, $_, 2);
666 :     $session_info{$var} = $val;
667 :     }
668 :     close($info_fh);
669 :    
670 :     #
671 :     # Sanity check start and length.
672 :     #
673 :    
674 :     if ($start < 0 or $start >= $session_info{num_pegs})
675 :     {
676 :     die "Invalid start position $start";
677 :     }
678 :    
679 :     if ($len < 0 or ($start + $len - 1) >= $session_info{num_pegs})
680 :     {
681 :     die "Invalid length $len";
682 :     }
683 :    
684 :     #
685 :     # Open file, spin to the starting line, then start reading.
686 :     #
687 :    
688 :     open(my $peg_fh, "<$spool_dir/pegs") or die "Cannot open pegs file: $!";
689 :    
690 :     my $peg_output = [];
691 :     my $genome_output = [];
692 :    
693 :     my $peg_num = 0;
694 :     my $genomes_to_show = [];
695 :     my %genomes_to_show;
696 :    
697 :     my($fid, $genome, @aliases);
698 :    
699 :     while (<$peg_fh>)
700 :     {
701 :     next if ($peg_num < $start);
702 :    
703 :     last if ($peg_num > ($start + $len));
704 :    
705 :     chomp;
706 :    
707 :     #
708 :     # OK, this is a peg to process.
709 :     # It's easy if we're compatible.
710 :     #
711 :    
712 :     ($fid, $genome, @aliases) = split(/\t/, $_);
713 :    
714 :     if ($session_info{compatible})
715 :     {
716 :     push(@$peg_output, ['peg', $fid]);
717 :     }
718 :     else
719 :     {
720 :     if (!$genomes_to_show{$genome})
721 :     {
722 :     push(@$genomes_to_show, $genome);
723 :     $genomes_to_show{$genome}++;
724 :     }
725 :     push(@$peg_output, ['peg_info', $fid, [@aliases], $genome]);
726 :     }
727 :     }
728 :     continue
729 :     {
730 :     $peg_num++;
731 :     }
732 :    
733 :     #
734 :     # Read the genomes file, returning information about genomes referenced
735 :     # in the pegs returned.
736 :     #
737 :    
738 :     my $n_left = @$genomes_to_show;
739 :    
740 :     open(my $gfh, "<$spool_dir/genomes") or die "Cannot open genomes file: $!";
741 :     while ($n_left > 0 and $_ = <$gfh>)
742 :     {
743 :     chomp;
744 :    
745 :     my($genome, $n_annos, $n_contigs, $n_nucs, $cksum) = split(/\t/);
746 :    
747 :     if ($genomes_to_show{$genome})
748 :     {
749 :     push(@$genome_output, [$genome, $n_contigs, $n_nucs, $cksum]);
750 :     $n_left--;
751 :     }
752 :     }
753 :     close($gfh);
754 :    
755 :     return [$peg_output, $genome_output];
756 :     }
757 : olson 1.6
758 :     sub finalize_pegs
759 :     {
760 :     my($self, $session, $request) = @_;
761 :     my($out);
762 :    
763 :     my $fig = new FIG;
764 :    
765 :     #
766 :     # Walk the request handling appropriately. This is fairly easy, as it
767 :     # is just a matter of pulling either sequence or location/contig data.
768 :     #
769 :    
770 :     for my $item (@$request)
771 :     {
772 :     my($what, $peg) = @$item;
773 :    
774 :     if ($what eq "peg_genome")
775 :     {
776 :     #
777 :     # Return the location and contig checksum for this peg.
778 :     #
779 :    
780 :     my $loc = $fig->feature_location($peg);
781 :     my $contig = $fig->contig_of($loc);
782 : olson 1.7 my $cksum = $fig->contig_checksum($fig->genome_of($peg), $contig);
783 :     warn "Checksum for '$loc' '$contig' is $cksum\n";
784 : olson 1.6
785 :     push(@$out, ['peg_loc', $peg,
786 :     $fig->strand_of($loc),
787 :     $fig->beg_of($loc), $fig->end_of($loc),
788 :     $cksum]);
789 :    
790 :     }
791 : olson 1.7 elsif ($what eq "peg_unknown")
792 : olson 1.6 {
793 :     my $seq = $fig->get_translation($peg);
794 :     push(@$out, ['peg_seq', $peg, $seq]);
795 :     }
796 :     }
797 :     return $out;
798 :     }
799 :    

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