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Revision 1.7 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1 #
2 :     # This module contains the code for the P2P update protocol.
3 :     #
4 :     # Package P2P contains the namespace declarations, and possibly toplevel utility
5 :     # routines. (get_relay ?)
6 :     #
7 :     # Package P2P::Relay contains methods for contacting the P2P relay service. The actual
8 :     # implementation of the relay service is not contained here - it is a standalone module
9 :     # that can be installed on a web server that does not have a full SEED installed.
10 :     #
11 :     # Package P2P::Requestor contains the requestor-side code for the update protocol.
12 :     #
13 :     # Package P2P::Service contains the web service implementation routines for the
14 :     # protocol.
15 :     #
16 :    
17 :     package P2P;
18 :    
19 :     use FIG_Config;
20 :    
21 :     use strict;
22 :     use Exporter;
23 :     use base qw(Exporter);
24 :    
25 :     use Data::Dumper;
26 :    
27 :     use vars qw(@EXPORT @EXPORT_OK);
28 :     @EXPORT = ();
29 :     @EXPORT_OK = qw($ns_p2p $ns_relay);
30 :    
31 :     our $ns_p2p = "http://thefig.info/schemas/p2p_update";
32 :     our $ns_relay = "http://thefig.info/schemas/p2p_relay";
33 :    
34 :     =pod
35 :    
36 :     =head1 perform_update($peer)
37 :    
38 :     Perform a peer-to-peer update with the given peer. $peer is an instance of
39 :     P2P::Requestor which can connect to the peer. It is expected that the
40 :     SEED infrastructure will create this requestor appropriately for the
41 :     particular circumstance (direct connection, thru relay, etc).
42 :    
43 :     This code executes the high-level protocol, maintaining state between
44 :     calls to the peer to exchange the actual information.
45 :    
46 :     =cut
47 :    
48 :     sub perform_update
49 :     {
50 :     my($fig, $peer, $last_update) = @_;
51 :    
52 :     my $ret = $peer->request_update($last_update);
53 :    
54 :     if (!$ret or ref($ret) ne "ARRAY")
55 :     {
56 :     die "perform_update: request_updated failed\n";
57 :     }
58 :    
59 :     my($session, $target_release, $num_annos, $num_pegs, $num_genomes,
60 :     $target_time, $compatible) = @$ret;
61 :    
62 :     print "perform_update: session=$session target=$target_release num_annos=$num_annos\n";
63 :     print " num_pegs=$num_pegs num_genomes=$num_genomes target_time=$target_time compat=$compatible\n";
64 :    
65 :     #
66 :     # We have the information now to begin the update process. Retrieve the pegs.
67 :     #
68 :    
69 :     $ret = $peer->get_pegs($session, 0, $num_pegs);
70 :    
71 :     if (!$ret or ref($ret) ne "ARRAY")
72 :     {
73 :     die "perform_update: get_pegs failed\n";
74 :     }
75 :    
76 :     my($peg_list, $genome_list) = @$ret;
77 :    
78 :     #
79 :     # Walk the peg-list to and generate @pegs_to_finalize.
80 :     #
81 :    
82 :     my(%peg_mapping, %genome_map );
83 :    
84 :     for my $peg_info (@$peg_list)
85 :     {
86 :     my($key, $peg, @rest) = @$peg_info;
87 :    
88 :     if ($key eq 'peg')
89 :     {
90 :     #
91 :     # Peg id is directly usable.
92 :     #
93 : olson 1.6 $peg_mapping{$peg} = $peg;
94 : olson 1.1 }
95 :     elsif ($key eq 'peg_info')
96 :     {
97 :     #
98 :     # Peg id not directly usable.
99 :     #
100 :    
101 :     my($alias_list, $genome_id) = @rest;
102 :    
103 :     for my $alias (@$alias_list)
104 :     {
105 :     my $mapped = $fig->by_alias($alias);
106 : olson 1.3 if ($mapped)
107 : olson 1.1 {
108 :     print "$peg maps to $mapped via $alias\n";
109 :     $peg_mapping{$peg}= $mapped;
110 :     last;
111 :     }
112 :     }
113 :    
114 :     #
115 :     # If we didn't succeed in mapping by alias,
116 :     # stash this in the list of pegs to be mapped by
117 :     # genome.
118 :     #
119 :    
120 :     if (!defined($peg_mapping{$peg}))
121 :     {
122 :     push(@{$genome_map{$genome_id}}, $peg);
123 : olson 1.4 print "$peg did not map\n";
124 : olson 1.1 }
125 :     }
126 :     }
127 :    
128 :     #
129 :     # finished first pass. Now go over the per-genome mappings that need to be made.
130 :     #
131 : olson 1.6 # $genome_map{$genome_id} is a list of pegs that reside on that genome.
132 :     # the pegs and genome id are both target-based identifiers.
133 :     #
134 :    
135 :     my @finalize_req = ();
136 : olson 1.7 my %local_genome;
137 : olson 1.1
138 :     for my $genome_info (@$genome_list)
139 :     {
140 :     my($genome, $n_contigs, $n_nucs, $cksum) = @$genome_info;
141 :    
142 : olson 1.5 next unless defined($genome_map{$genome});
143 : olson 1.1
144 : olson 1.6 #
145 :     # Determine if we have a local genome installed that matches precisely the
146 :     # genome on the target side.
147 :     #
148 : olson 1.1 my $my_genome = $fig->find_genome_by_content($genome, $n_contigs, $n_nucs, $cksum);
149 :    
150 : olson 1.6 my $pegs = $genome_map{$genome};
151 :    
152 : olson 1.1 if ($my_genome)
153 :     {
154 :     #
155 : olson 1.6 # We do have such a local genome. Generate a peg_genome request to
156 :     # get the location information from the target side.
157 : olson 1.1 #
158 : olson 1.7 # Also remember the local genome mapping for this peg.
159 :     #
160 :    
161 : olson 1.6 print "$genome mapped to $my_genome\n";
162 : olson 1.7 for my $peg (@$pegs)
163 :     {
164 :     push(@finalize_req, ['peg_genome', $peg]);
165 :     $local_genome{$peg} = $my_genome;
166 :     }
167 : olson 1.1
168 :     }
169 : olson 1.2 else
170 :     {
171 : olson 1.6 #
172 :     # We don't have such a genome. We need to retrieve the
173 :     # sequence data in order to finish mapping.
174 :     #
175 :     push(@finalize_req, map { ['peg_unknown', $_] } @$pegs);
176 :     }
177 :     }
178 :    
179 :     #
180 :     # If we need to finalize, make the call.
181 :     if (@finalize_req)
182 :     {
183 :     print Dumper(\@finalize_req);
184 :     $ret = $peer->finalize_pegs($session, \@finalize_req);
185 :    
186 :     if (!$ret or ref($ret) ne "ARRAY")
187 :     {
188 :     die "perform_update: finalize_pegs failed\n";
189 : olson 1.2 }
190 : olson 1.6
191 :     #
192 :     # The return is a list of either location entries or
193 : olson 1.7 # sequence data. Attempt to finish up the mapping.
194 : olson 1.6 #
195 :    
196 :     print Dumper($ret);
197 : olson 1.7 for my $entry (@$ret)
198 :     {
199 :     my($what, $peg, @rest) = @$entry;
200 :    
201 :     if ($what eq "peg_loc")
202 :     {
203 :     my($strand, $start, $end, $cksum) = @rest;
204 :    
205 :     #
206 :     # We have a contig location. Try to find a matching contig
207 :     # here, and see if it maps to something.
208 :     #
209 :    
210 :     my $my_genome = $local_genome{$peg};
211 :     my $local_contig = $fig->find_contig_with_checksum($my_genome, $cksum);
212 :     if ($local_contig)
213 :     {
214 :     print "$peg maps to local genome $my_genome and contig $local_contig\n";
215 :     }
216 :     else
217 :     {
218 :     print "Mapping failed for $my_genome checksum $cksum\n";
219 :     }
220 :     }
221 :     }
222 : olson 1.1 }
223 :     }
224 :    
225 :    
226 :     #############
227 :     #
228 :     # P2P Relay
229 :     #
230 :     #############
231 :    
232 :    
233 :     package P2P::Relay;
234 :     use strict;
235 :    
236 :     use Data::Dumper;
237 :     use SOAP::Lite;
238 :    
239 :     use P2P;
240 :    
241 :     sub new
242 :     {
243 :     my($class, $url) = @_;
244 :    
245 :     my $proxy = SOAP::Lite->uri($P2P::ns_relay)->proxy($url);
246 :    
247 :     my $self = {
248 :     url => $url,
249 :     proxy => $proxy,
250 :     };
251 :     return bless($self, $class);
252 :     }
253 :    
254 :     sub enumerate_annotation_systems
255 :     {
256 :     my($self) = @_;
257 :    
258 :     return $self->{proxy}->enumerate_annotation_systems()->result;
259 :     }
260 :    
261 :     sub fetch_queries
262 :     {
263 :     my($self, $id) = @_;
264 :    
265 :     my $reply = $self->{proxy}->fetch_queries($id);
266 :    
267 :     if ($reply->fault)
268 :     {
269 :     print "Failed to fetch queries: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
270 :     return undef;
271 :     }
272 :    
273 :     return $reply->result;
274 :     }
275 :    
276 :     sub deposit_answer
277 :     {
278 :     my($self, $id, $key, $answer) = @_;
279 :    
280 :     my $reply = $self->{proxy}->deposit_answer($id, $key,
281 :     SOAP::Data->type('base64')->value($answer));
282 :    
283 :     if ($reply->fault)
284 :     {
285 :     print "deposit_answer got fault: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
286 :     return undef;
287 :     }
288 :    
289 :     return $reply;
290 :     }
291 :    
292 :     =pod
293 :    
294 :     =head1 await_result
295 :    
296 :     Await the result from a possibly-asynchronous soap request.
297 :    
298 :     Look at the reply that we have. If it's a deferred reply, loop polling
299 :     the relay for the actual result.
300 :    
301 :     We determine if the reply is a deferred reply by examining the namespace
302 :     URI of the response. A response will be generated from the relay's namespace,
303 :     rather than that of the application itself.
304 :    
305 :     =cut
306 :    
307 :     sub await_result
308 :     {
309 :     my($self, $reply) = @_;
310 :    
311 :     while (1)
312 :     {
313 :     #
314 :     # Retrieve the namespace of the response, which is the first
315 :     # element in the body of the message.
316 :     #
317 :     my $ns = $reply->namespaceuriof('/Envelope/Body/[1]');
318 :     print "Reply ns=$ns want $P2P::ns_relay\n";
319 :    
320 :     if ($ns eq $P2P::ns_relay)
321 :     {
322 :     my $val = $reply->result;
323 :     print "got val=", Dumper($val);
324 :     if ($val->[0] eq 'deferred')
325 :     {
326 :     #
327 :     # Sleep a little, then try to retrieve the response.
328 :     #
329 :    
330 :     sleep(1);
331 :     my $id = $val->[1];
332 :    
333 :     print "Retrieving reply\n";
334 :     $reply = $self->{proxy}->call_completed($id);
335 :     }
336 :     else
337 :     {
338 :     #
339 :     # We're not sure what to do here..
340 :     #
341 :     return undef;
342 :     }
343 :     }
344 :     else
345 :     {
346 :     #
347 :     # We got an actual response. Return it.
348 :     #
349 :    
350 :     return $reply;
351 :     }
352 :     }
353 :     }
354 :    
355 :     #############
356 :     #
357 :     # P2P Requestor
358 :     #
359 :     #############
360 :    
361 :     package P2P::Requestor;
362 :     use strict;
363 :    
364 :     use Data::Dumper;
365 :    
366 :     use SOAP::Lite;
367 :     use P2P;
368 :    
369 :     #
370 :     # Create a new Requestor. It contains a reference to the FIG instance
371 :     # so that we can run the protocol completely from in here.
372 :     #
373 :    
374 :     sub new
375 :     {
376 :     my($class, $fig, $url, $peer_id, $relay) = @_;
377 :    
378 :     my $proxy = SOAP::Lite->uri($ns_p2p)->proxy($url);
379 :    
380 :     my $self = {
381 :     fig => $fig,
382 :     url => $url,
383 :     peer_id => $peer_id,
384 :     proxy => $proxy,
385 :     relay => $relay,
386 :     };
387 :     return bless($self, $class);
388 :     }
389 :    
390 :     #
391 :     # First step: Request an update.
392 :     #
393 :     # We need to determine some notion of what our release is, since we are not
394 :     # currently tagging them explicitly. Until we delve into this more,
395 :     # I am going to return a null release, which means the same-release
396 :     # optimization won't be able to kick in.
397 :     #
398 :     # We also need to determine the last time we got an update from this
399 :     # system.
400 :     #
401 :    
402 :     sub request_update
403 :     {
404 :     my($self, $last_update) = @_;
405 :    
406 :     my $rel = $self->{fig}->get_release_info();
407 :    
408 :     if (!defined($last_update))
409 :     {
410 :     $last_update = $self->{fig}->get_peer_last_update($self->{peer_id});
411 :     }
412 :    
413 :     my $reply = $self->{proxy}->request_update($rel, $last_update);
414 :    
415 :     if ($self->{relay})
416 :     {
417 :     $reply = $self->{relay}->await_result($reply);
418 :     }
419 :    
420 :     if ($reply->fault)
421 :     {
422 :     print "request_update triggered fault: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
423 :     return undef;
424 :     }
425 :    
426 :     return $reply->result;
427 :     }
428 :    
429 :     =pod
430 :    
431 :     =head1 get_pegs($session_id, $start, $length)
432 :    
433 :    
434 :     =cut
435 :    
436 :     sub get_pegs
437 :     {
438 :     my($self, $session_id, $start, $length) = @_;
439 :    
440 :     return $self->call("get_pegs", $session_id, $start, $length);
441 :     }
442 :    
443 : olson 1.6 sub finalize_pegs
444 :     {
445 :     my($self, $session_id, $request) = @_;
446 :    
447 :     return $self->call("finalize_pegs", $session_id, $request);
448 :     }
449 :    
450 : olson 1.1 sub call
451 :     {
452 :     my($self, $func, @args) = @_;
453 :    
454 :     my $reply = $self->{proxy}->$func(@args);
455 :    
456 :     if ($self->{relay})
457 :     {
458 :     $reply = $self->{relay}->await_result($reply);
459 :     }
460 :    
461 :     if ($reply->fault)
462 :     {
463 :     print "$func triggered fault: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
464 :     return undef;
465 :     }
466 :    
467 :     return $reply->result;
468 :     }
469 :    
470 :    
471 :     #############
472 :     #
473 :     # P2P Service
474 :     #
475 :     # Code in this module is invoked on the target on behalf of a requestor.
476 :     #
477 :     #############
478 :    
479 :     package P2P::Service;
480 :    
481 :     use Data::Dumper;
482 :    
483 :     use FIG;
484 :     use FIG_Config;
485 :     use strict;
486 :    
487 :     use File::Temp qw(tempdir);
488 :     use File::Basename;
489 :    
490 :     sub request_update
491 :     {
492 :     my($class, $his_release, $last_update)= @_;
493 :    
494 :     #
495 :     # Verify input.
496 :     #
497 :    
498 :     if ($last_update !~ /^\d+$/)
499 :     {
500 :     die "request_update: last_update must be a number (not '$last_update')\n";
501 :     }
502 :    
503 :     #
504 :     # Create a new session id and a spool directory to use for storage
505 :     # of information about it. This can go in the tempdir since it is
506 :     # not persistent.
507 :     #
508 :    
509 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::temp/p2p_spool");
510 :     #my $spool_dir = tempdir(DIR => "$FIG_Config::temp/p2p_spool");
511 :    
512 :     my $spool_dir = "$FIG_Config::temp/p2p_spool/test";
513 :     &FIG::verify_dir($spool_dir);
514 :    
515 :     my $session_id = basename($spool_dir);
516 :     my $now = time;
517 :    
518 :     #
519 :     # Gather the list of pegs and annotations for the update.
520 :     #
521 :    
522 :     my $fig = new FIG;
523 :    
524 :     my $all_genomes = [$fig->genomes];
525 :    
526 :     my %all_genomes = map { $_ => 1 } @$all_genomes;
527 :    
528 :     my %pegs;
529 :    
530 :     my $num_annos = 0;
531 :     my $num_genomes = 0;
532 :     my $num_pegs = 0;
533 :    
534 :     my $anno_fh;
535 :     open($anno_fh, ">$spool_dir/annos");
536 :    
537 :     my $peg_fh;
538 :     open($peg_fh, ">$spool_dir/pegs");
539 :    
540 :     my $genome_fh;
541 :     open($genome_fh, ">$spool_dir/genomes");
542 :    
543 :     for my $genome (@$all_genomes)
544 :     {
545 :     my $num_annos_for_genome = 0;
546 :    
547 :     my $genome_dir = "$FIG_Config::organisms/$genome";
548 :     next unless -d $genome_dir;
549 :    
550 :     my $afh;
551 :     if (open($afh, "$genome_dir/annotations"))
552 :     {
553 :     my($fid, $anno_time, $who, $anno_text);
554 :     local($/);
555 :     $/ = "//\n";
556 :     while (my $ann = <$afh>)
557 :     {
558 :     chomp $ann;
559 :    
560 :     if ((($fid, $anno_time, $who, $anno_text) =
561 :     ($ann =~ /^(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\n(\d+)\n(\S+)\n(.*\S)/s)) and
562 :     $anno_time > $last_update)
563 :    
564 :     {
565 :     #
566 :     # Look up aliases if we haven't seen this fid before.
567 :     #
568 :    
569 :     if (!defined($pegs{$fid}))
570 :     {
571 :     my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
572 :    
573 :     print $peg_fh join("\t", $fid, $genome, @aliases), "\n";
574 :     $num_pegs++;
575 :     }
576 :    
577 :     print $anno_fh "$ann//\n";
578 :    
579 :     $pegs{$fid}++;
580 :    
581 :     $num_annos_for_genome++;
582 :     $num_annos++;
583 :     }
584 :     }
585 :     close($afh);
586 :     }
587 :    
588 :     #
589 :     # Determine genome information if we have annotations for this one.
590 :     #
591 :    
592 :     if ($num_annos_for_genome > 0)
593 :     {
594 :     $num_genomes++;
595 :     if (open(my $cfh, "<$genome_dir/COUNTS"))
596 :     {
597 :     if ($_ = <$cfh>)
598 :     {
599 :     chomp;
600 :     my($cgenome, $n_contigs, $total_nucs, $cksum) = split(/\t/, $_);
601 :     if ($cgenome ne $genome)
602 :     {
603 :     warn "Hm, $genome has a COUNTS file with genome=$cgenome that does not match\n";
604 :     }
605 :     else
606 :     {
607 :     print $genome_fh join("\t",
608 :     $genome, $num_annos_for_genome, $n_contigs,
609 :     $total_nucs, $cksum), "\n";
610 :     }
611 :     }
612 :     }
613 :     }
614 :    
615 :     }
616 :     close($anno_fh);
617 :     close($peg_fh);
618 :     close($genome_fh);
619 :    
620 :     print "Pegs: $num_pegs\n";
621 :     print "Genomes: $num_genomes\n";
622 :     print "Annos: $num_annos\n";
623 :    
624 :     #
625 :     # Check compatibility.
626 :     #
627 :    
628 :     my $my_release = $fig->get_release_info();
629 :     my $compatible = (defined($my_release) && ($my_release == $his_release)) ? 1 : 0;
630 :    
631 :     open(my $fh, ">$spool_dir/INFO");
632 :     print $fh "requestor_release\t$his_release\n";
633 :     print $fh "last_update\t$last_update\n";
634 :     print $fh "cur_update\t$now\n";
635 :     print $fh "target_release\t$my_release\n";
636 :     print $fh "compatible\t$compatible\n";
637 :     print $fh "num_pegs\t$num_pegs\n";
638 :     print $fh "num_genomes\t$num_genomes\n";
639 :     print $fh "num_annos\t$num_annos\n";
640 :     close($fh);
641 :    
642 :     return [$session_id, $my_release, $num_annos, $num_pegs, $num_genomes, $now, $compatible];
643 :     }
644 :    
645 :    
646 :     sub get_pegs
647 :     {
648 :     my($self, $session_id, $start, $len) = @_;
649 :     my(%session_info);
650 :    
651 :     my $spool_dir = "$FIG_Config::temp/p2p_spool/$session_id";
652 :    
653 :     -d $spool_dir or die "Invalid session id $session_id";
654 :    
655 :     #
656 :     # Read in the cached information for this session.
657 :     #
658 :    
659 :     open(my $info_fh, "<$spool_dir/INFO") or die "Cannot open INFO file: $!";
660 :     while (<$info_fh>)
661 :     {
662 :     chomp;
663 :     my($var, $val) = split(/\t/, $_, 2);
664 :     $session_info{$var} = $val;
665 :     }
666 :     close($info_fh);
667 :    
668 :     #
669 :     # Sanity check start and length.
670 :     #
671 :    
672 :     if ($start < 0 or $start >= $session_info{num_pegs})
673 :     {
674 :     die "Invalid start position $start";
675 :     }
676 :    
677 :     if ($len < 0 or ($start + $len - 1) >= $session_info{num_pegs})
678 :     {
679 :     die "Invalid length $len";
680 :     }
681 :    
682 :     #
683 :     # Open file, spin to the starting line, then start reading.
684 :     #
685 :    
686 :     open(my $peg_fh, "<$spool_dir/pegs") or die "Cannot open pegs file: $!";
687 :    
688 :     my $peg_output = [];
689 :     my $genome_output = [];
690 :    
691 :     my $peg_num = 0;
692 :     my $genomes_to_show = [];
693 :     my %genomes_to_show;
694 :    
695 :     my($fid, $genome, @aliases);
696 :    
697 :     while (<$peg_fh>)
698 :     {
699 :     next if ($peg_num < $start);
700 :    
701 :     last if ($peg_num > ($start + $len));
702 :    
703 :     chomp;
704 :    
705 :     #
706 :     # OK, this is a peg to process.
707 :     # It's easy if we're compatible.
708 :     #
709 :    
710 :     ($fid, $genome, @aliases) = split(/\t/, $_);
711 :    
712 :     if ($session_info{compatible})
713 :     {
714 :     push(@$peg_output, ['peg', $fid]);
715 :     }
716 :     else
717 :     {
718 :     if (!$genomes_to_show{$genome})
719 :     {
720 :     push(@$genomes_to_show, $genome);
721 :     $genomes_to_show{$genome}++;
722 :     }
723 :     push(@$peg_output, ['peg_info', $fid, [@aliases], $genome]);
724 :     }
725 :     }
726 :     continue
727 :     {
728 :     $peg_num++;
729 :     }
730 :    
731 :     #
732 :     # Read the genomes file, returning information about genomes referenced
733 :     # in the pegs returned.
734 :     #
735 :    
736 :     my $n_left = @$genomes_to_show;
737 :    
738 :     open(my $gfh, "<$spool_dir/genomes") or die "Cannot open genomes file: $!";
739 :     while ($n_left > 0 and $_ = <$gfh>)
740 :     {
741 :     chomp;
742 :    
743 :     my($genome, $n_annos, $n_contigs, $n_nucs, $cksum) = split(/\t/);
744 :    
745 :     if ($genomes_to_show{$genome})
746 :     {
747 :     push(@$genome_output, [$genome, $n_contigs, $n_nucs, $cksum]);
748 :     $n_left--;
749 :     }
750 :     }
751 :     close($gfh);
752 :    
753 :     return [$peg_output, $genome_output];
754 :     }
755 : olson 1.6
756 :     sub finalize_pegs
757 :     {
758 :     my($self, $session, $request) = @_;
759 :     my($out);
760 :    
761 :     my $fig = new FIG;
762 :    
763 :     #
764 :     # Walk the request handling appropriately. This is fairly easy, as it
765 :     # is just a matter of pulling either sequence or location/contig data.
766 :     #
767 :    
768 :     for my $item (@$request)
769 :     {
770 :     my($what, $peg) = @$item;
771 :    
772 :     if ($what eq "peg_genome")
773 :     {
774 :     #
775 :     # Return the location and contig checksum for this peg.
776 :     #
777 :    
778 :     my $loc = $fig->feature_location($peg);
779 :     my $contig = $fig->contig_of($loc);
780 : olson 1.7 my $cksum = $fig->contig_checksum($fig->genome_of($peg), $contig);
781 :     warn "Checksum for '$loc' '$contig' is $cksum\n";
782 : olson 1.6
783 :     push(@$out, ['peg_loc', $peg,
784 :     $fig->strand_of($loc),
785 :     $fig->beg_of($loc), $fig->end_of($loc),
786 :     $cksum]);
787 :    
788 :     }
789 : olson 1.7 elsif ($what eq "peg_unknown")
790 : olson 1.6 {
791 :     my $seq = $fig->get_translation($peg);
792 :     push(@$out, ['peg_seq', $peg, $seq]);
793 :     }
794 :     }
795 :     return $out;
796 :     }
797 :    

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