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Annotation of /FigKernelPackages/P2P.pm

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Revision 1.19 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1 #
2 :     # This module contains the code for the P2P update protocol.
3 :     #
4 :     # Package P2P contains the namespace declarations, and possibly toplevel utility
5 :     # routines. (get_relay ?)
6 :     #
7 :     # Package P2P::Relay contains methods for contacting the P2P relay service. The actual
8 :     # implementation of the relay service is not contained here - it is a standalone module
9 :     # that can be installed on a web server that does not have a full SEED installed.
10 :     #
11 :     # Package P2P::Requestor contains the requestor-side code for the update protocol.
12 :     #
13 :     # Package P2P::Service contains the web service implementation routines for the
14 :     # protocol.
15 :     #
16 :    
17 :     package P2P;
18 :    
19 :     use FIG_Config;
20 :    
21 : olson 1.19 use DB_File;
22 :     use Fcntl;
23 :    
24 : olson 1.1 use strict;
25 :     use Exporter;
26 :     use base qw(Exporter);
27 :    
28 : olson 1.15 use Time::HiRes qw( usleep ualarm gettimeofday tv_interval );
29 :    
30 : olson 1.1 use Data::Dumper;
31 :    
32 :     use vars qw(@EXPORT @EXPORT_OK);
33 :     @EXPORT = ();
34 :     @EXPORT_OK = qw($ns_p2p $ns_relay);
35 :    
36 :     our $ns_p2p = "http://thefig.info/schemas/p2p_update";
37 :     our $ns_relay = "http://thefig.info/schemas/p2p_relay";
38 :    
39 :     =pod
40 :    
41 :     =head1 perform_update($peer)
42 :    
43 :     Perform a peer-to-peer update with the given peer. $peer is an instance of
44 :     P2P::Requestor which can connect to the peer. It is expected that the
45 :     SEED infrastructure will create this requestor appropriately for the
46 :     particular circumstance (direct connection, thru relay, etc).
47 :    
48 :     This code executes the high-level protocol, maintaining state between
49 :     calls to the peer to exchange the actual information.
50 :    
51 :     =cut
52 :    
53 :     sub perform_update
54 :     {
55 : olson 1.19 my($fig, $peer, $last_update, $skip_tough_search) = @_;
56 : olson 1.1
57 :     my $ret = $peer->request_update($last_update);
58 :    
59 :     if (!$ret or ref($ret) ne "ARRAY")
60 :     {
61 : olson 1.18 die "perform_update: request_update failed\n";
62 : olson 1.1 }
63 :    
64 : olson 1.15 my($session, $target_release, $num_assignments, $num_annos, $num_pegs, $num_genomes,
65 : olson 1.1 $target_time, $compatible) = @$ret;
66 :    
67 : olson 1.18 print "perform_update: session=$session target=@$target_release num_annos=$num_annos\n";
68 : olson 1.1 print " num_pegs=$num_pegs num_genomes=$num_genomes target_time=$target_time compat=$compatible\n";
69 :    
70 :     #
71 : olson 1.19 # We now know the data release for our peer.
72 :     #
73 :     # Open up the peg translation cache database (a DB_File) tied
74 :     # to %peg_cache. We needn't worry about keeping it in a directory
75 :     # based on our current release, as it the cache directory is kept *in*
76 :     # the current data release directory.
77 :     #
78 :    
79 :     my $cache_handle;
80 :     my %peg_cache;
81 :     if ($target_release->[1] ne "")
82 :     {
83 :     my $cache_file = "pegcache.$target_release->[1].db";
84 :     my $cache_dir = "$FIG_Config::data/P2PQueue";
85 :     $fig->verify_dir($cache_dir);
86 :    
87 :     $cache_handle = tie(%peg_cache, "DB_File", "$cache_dir/$cache_file",
88 :     O_CREAT | O_RDWR, 0666, $DB_HASH);
89 :     $cache_handle or warn "Could not tie peg_cache to $cache_dir/$cache_file: $!\n";
90 :     }
91 :    
92 :     #
93 : olson 1.1 # We have the information now to begin the update process. Retrieve the pegs.
94 :     #
95 :    
96 :     $ret = $peer->get_pegs($session, 0, $num_pegs);
97 :    
98 :     if (!$ret or ref($ret) ne "ARRAY")
99 :     {
100 :     die "perform_update: get_pegs failed\n";
101 :     }
102 :    
103 :     my($peg_list, $genome_list) = @$ret;
104 :    
105 :     #
106 :     # Walk the peg-list to and generate @pegs_to_finalize.
107 :     #
108 :    
109 :     my(%peg_mapping, %genome_map );
110 :    
111 :     for my $peg_info (@$peg_list)
112 :     {
113 :     my($key, $peg, @rest) = @$peg_info;
114 :    
115 :     if ($key eq 'peg')
116 :     {
117 :     #
118 :     # Peg id is directly usable.
119 :     #
120 : olson 1.6 $peg_mapping{$peg} = $peg;
121 : olson 1.1 }
122 :     elsif ($key eq 'peg_info')
123 :     {
124 :     #
125 : olson 1.19 # Peg id not directly usable. See if we have it in the cache.
126 : olson 1.1 #
127 :    
128 : olson 1.19 if ((my $cached = $peg_cache{$peg}) ne "")
129 :     {
130 :     #
131 :     # Cool, we've cached the result. Use it.
132 :     #
133 :    
134 :     $peg_mapping{$peg} = $cached;
135 :     warn "Found cached mapping $peg => $cached\n";
136 :     next;
137 :     }
138 :    
139 : olson 1.1 my($alias_list, $genome_id) = @rest;
140 :    
141 :     for my $alias (@$alias_list)
142 :     {
143 :     my $mapped = $fig->by_alias($alias);
144 : olson 1.3 if ($mapped)
145 : olson 1.1 {
146 :     print "$peg maps to $mapped via $alias\n";
147 :     $peg_mapping{$peg}= $mapped;
148 : olson 1.19 $peg_cache{$peg} = $mapped;
149 : olson 1.1 last;
150 :     }
151 :     }
152 :    
153 :     #
154 :     # If we didn't succeed in mapping by alias,
155 :     # stash this in the list of pegs to be mapped by
156 :     # genome.
157 :     #
158 :    
159 :     if (!defined($peg_mapping{$peg}))
160 :     {
161 :     push(@{$genome_map{$genome_id}}, $peg);
162 : olson 1.4 print "$peg did not map\n";
163 : olson 1.1 }
164 :     }
165 :     }
166 :    
167 : olson 1.19 $cache_handle->sync();
168 :    
169 : olson 1.1 #
170 :     # finished first pass. Now go over the per-genome mappings that need to be made.
171 :     #
172 : olson 1.6 # $genome_map{$genome_id} is a list of pegs that reside on that genome.
173 :     # the pegs and genome id are both target-based identifiers.
174 :     #
175 :    
176 :     my @finalize_req = ();
177 : olson 1.7 my %local_genome;
178 : olson 1.1
179 :     for my $genome_info (@$genome_list)
180 :     {
181 :     my($genome, $n_contigs, $n_nucs, $cksum) = @$genome_info;
182 :    
183 : olson 1.5 next unless defined($genome_map{$genome});
184 : olson 1.1
185 : olson 1.6 #
186 :     # Determine if we have a local genome installed that matches precisely the
187 :     # genome on the target side.
188 :     #
189 : olson 1.1 my $my_genome = $fig->find_genome_by_content($genome, $n_contigs, $n_nucs, $cksum);
190 :    
191 : olson 1.6 my $pegs = $genome_map{$genome};
192 :    
193 : olson 1.1 if ($my_genome)
194 :     {
195 :     #
196 : olson 1.6 # We do have such a local genome. Generate a peg_genome request to
197 :     # get the location information from the target side.
198 : olson 1.1 #
199 : olson 1.7 # Also remember the local genome mapping for this peg.
200 :     #
201 :    
202 : olson 1.6 print "$genome mapped to $my_genome\n";
203 : olson 1.7 for my $peg (@$pegs)
204 :     {
205 :     push(@finalize_req, ['peg_genome', $peg]);
206 :     $local_genome{$peg} = $my_genome;
207 :     }
208 : olson 1.1
209 :     }
210 : olson 1.2 else
211 :     {
212 : olson 1.6 #
213 :     # We don't have such a genome. We need to retrieve the
214 :     # sequence data in order to finish mapping.
215 :     #
216 :     push(@finalize_req, map { ['peg_unknown', $_] } @$pegs);
217 :     }
218 :     }
219 :    
220 :     #
221 :     # If we need to finalize, make the call.
222 :     if (@finalize_req)
223 :     {
224 : olson 1.19 # print Dumper(\@finalize_req);
225 : olson 1.6 $ret = $peer->finalize_pegs($session, \@finalize_req);
226 :    
227 :     if (!$ret or ref($ret) ne "ARRAY")
228 :     {
229 :     die "perform_update: finalize_pegs failed\n";
230 : olson 1.2 }
231 : olson 1.6
232 :     #
233 :     # The return is a list of either location entries or
234 : olson 1.7 # sequence data. Attempt to finish up the mapping.
235 : olson 1.6 #
236 :    
237 : olson 1.14 my(%sought, %sought_seq);
238 : olson 1.13
239 : olson 1.9
240 :     my $dbh = $fig->db_handle();
241 : olson 1.7 for my $entry (@$ret)
242 :     {
243 :     my($what, $peg, @rest) = @$entry;
244 :    
245 :     if ($what eq "peg_loc")
246 :     {
247 : olson 1.13 my($strand, $start, $end, $cksum, $seq) = @rest;
248 : olson 1.7
249 :     #
250 :     # We have a contig location. Try to find a matching contig
251 :     # here, and see if it maps to something.
252 :     #
253 :    
254 :     my $my_genome = $local_genome{$peg};
255 :     my $local_contig = $fig->find_contig_with_checksum($my_genome, $cksum);
256 :     if ($local_contig)
257 :     {
258 : olson 1.8 #
259 : olson 1.9 # Now look up the local peg. We match on the end location; depending on the strand
260 :     # the feature is on, we want to look at either minloc or maxloc.
261 : olson 1.8 #
262 : olson 1.9
263 :     my $whichloc = $strand eq '-' ? "minloc" : "maxloc";
264 :    
265 :     my $res = $dbh->SQL(qq!SELECT id from features
266 :     WHERE $whichloc = $end and genome = '$my_genome' and
267 :     contig = '$local_contig'
268 :     !);
269 :    
270 : olson 1.12 if ($res and @$res > 0)
271 : olson 1.9 {
272 : olson 1.12 my(@ids) = map { $_->[0] } @$res;
273 :     my $id = $ids[0];
274 : olson 1.9 $peg_mapping{$peg} = $id;
275 : olson 1.19 $peg_cache{$peg} = $id;
276 : olson 1.9 print "Mapped $peg to $id via contigs\n";
277 : olson 1.12 if (@$res > 1)
278 :     {
279 :     warn "Multiple mappings found for $peg: @ids\n";
280 :     }
281 : olson 1.9 }
282 :     else
283 :     {
284 : olson 1.11 print "failed: $peg $my_genome and contig $local_contig start=$start end=$end strand=$strand\n";
285 : olson 1.13 $sought{$peg}++;
286 :     $sought_seq{$peg} = $seq;
287 : olson 1.9 }
288 : olson 1.7 }
289 :     else
290 :     {
291 :     print "Mapping failed for $my_genome checksum $cksum\n";
292 : olson 1.13 $sought{$peg}++;
293 :     $sought_seq{$peg} = $seq;
294 : olson 1.7 }
295 :     }
296 : olson 1.13 elsif ($what eq "peg_seq")
297 :     {
298 :     my($seq) = @rest;
299 :    
300 :     $sought{$peg}++;
301 :     $sought_seq{$peg} = $seq;
302 :     }
303 :     }
304 :    
305 :     #
306 :     # Now see if we need to do a tough search.
307 :     #
308 :    
309 : olson 1.19 if (keys(%sought) > 0 and !$skip_tough_search)
310 : olson 1.13 {
311 :     my %trans;
312 :    
313 :     print "Starting tough search\n";
314 :    
315 :     $fig->tough_search(undef, \%sought_seq, \%trans, \%sought);
316 :     print "Tough search translated: \n";
317 : olson 1.15 while (my($tpeg, $ttrans) = each(%trans))
318 :     {
319 :     print " $tpeg -> $ttrans\n";
320 :     $peg_mapping{$tpeg} = $ttrans;
321 : olson 1.19 $peg_cache{$tpeg} = $ttrans;
322 : olson 1.15 }
323 : olson 1.7 }
324 : olson 1.1 }
325 : olson 1.19 $cache_handle->sync();
326 :     untie %peg_cache;
327 :    
328 :     #
329 :     # Retrieve the assignments.
330 :     #
331 :    
332 :     my $assignments = $peer->get_assignments($session, 0, $num_assignments);
333 : olson 1.15
334 :     #
335 :     # Retrieve the annotations, and generate a list of mapped annotations.
336 :     #
337 :    
338 : olson 1.19 my $annos = $peer->get_annotations($session, 0, $num_annos);
339 : olson 1.15
340 :     #
341 :     # Create a list of locally-mapped annotations on a per-genome
342 :     # basis.
343 :     #
344 :    
345 :     my %genome_annos;
346 : olson 1.19
347 :     #
348 :     # %genome_assignments is a hash mapping from genome to a hashref
349 :     # that maps peg to function (since assignments are unique).
350 :     #
351 :     # (Hm. Unless two remote pegs map to the same local peg; unclear what to do
352 :     # then. Punt for now).
353 :     #
354 :     my %genome_assignments;
355 : olson 1.15
356 :     for my $anno (@$annos)
357 :     {
358 :     my($his_id, $ts, $author, $anno) = @$anno;
359 :    
360 :     my $my_id = $peg_mapping{$his_id};
361 :     next unless $my_id;
362 :    
363 :     my $genome = $fig->genome_of($my_id);
364 :    
365 :     push(@{$genome_annos{$genome}}, [$my_id, $ts, $author, $anno]);
366 :     }
367 :    
368 : olson 1.19 #
369 :     # Do the same for the assignments
370 :     #
371 :    
372 :     for my $assign (@$assignments)
373 :     {
374 :     my($his_id, $ts, $author, $func) = @$assign;
375 :    
376 :     my $my_id = $peg_mapping{$his_id};
377 :     next unless $my_id;
378 :    
379 :     my $genome = $fig->genome_of($my_id);
380 :    
381 :     $genome_assignments{$genome}->{$my_id} = [$my_id, $ts, $author, $func];
382 :    
383 :    
384 :     }
385 :    
386 :     # print Dumper(\%genome_annos);
387 : olson 1.15
388 :     #
389 :     # Now install annotations.
390 :     #
391 :    
392 :     for my $genome (keys(%genome_annos))
393 :     {
394 : olson 1.19 #
395 :     # Plan: Apply the merge_annotations.pl logic. Read the annotations
396 :     # from the per-org annotations file, add the new ones here, sort, and remove duplicates.
397 :     # Write the results to the annotations file.
398 :     #
399 :     # When we are all done, rerun the index_annotations script.
400 :     #
401 :     # Why not do that incrementally? Partly because the annotation_seeks table doesn't
402 :     # have a column for the genome id, so a removal of old data would require a
403 :     # string-match query; since a complete reindex of the annotations is pretty
404 :     # fast (60 sec on a G4 laptop on a firewire disk), it's not clear whether the incremental
405 :     # update would actually be a win.
406 :     #
407 :    
408 :     my @annos = @{$genome_annos{$genome}};
409 :     my $assignments = $genome_assignments{$genome};
410 :     #
411 :     # %assignment_annos is a hash from peg to the list
412 :     # of annotations for that peg.
413 :     #
414 :     my %assignment_annos;
415 :    
416 :     my $dir = "$FIG_Config::organisms/$genome";
417 :     my $anno_file = "$dir/annotations";
418 :     my $anno_bak = "$dir/annotations." . time;
419 :    
420 :     my $new_count = @annos;
421 :    
422 :     #
423 :     # Rename the annotations file to a new name based on the current time.
424 :     #
425 :    
426 :     if (-f $anno_file)
427 :     {
428 :     rename($anno_file, $anno_bak) or die "Cannot rename $anno_file to $anno_bak: $!";
429 :     }
430 :    
431 :     if (open(my $fh, "<$anno_bak"))
432 :     {
433 :     #
434 :     # While we are scanning here, we look for the latest local assignment
435 :     # for any peg for which we are installing an assignment.
436 :     #
437 :     local($/) = "\n//\n";
438 :    
439 :     my($chunk, $peg, $ts, $author, $anno);
440 :    
441 :     while (defined($chunk = <$fh>))
442 :     {
443 :     chomp $chunk;
444 :     ($peg, $ts, $author, $anno) = split(/\n/, $chunk, 4);
445 :    
446 :     if ($peg =~ /^fig\|/ and $ts =~ /^\d+$/)
447 :     {
448 :     my $ent = [$peg, $ts, $author, $anno];
449 :     push(@annos, $ent);
450 :    
451 :     if (defined($assignments->{$peg}))
452 :     {
453 :     #
454 :     # We have an incoming assignment for this peg.
455 :     # Don't parse anything yet, but push the annotation
456 :     # on a list so we can sort by date.
457 :     #
458 :     push(@{$assignment_annos{$peg}}, $ent);
459 :     }
460 :     }
461 :     }
462 :     close($fh);
463 :     }
464 :    
465 :     #
466 :     # Determine if we are going to install an assignment.
467 :     #
468 :    
469 :     for my $peg (keys %$assignments)
470 :     {
471 :     my(undef, $ts, $author, $func) = $assignments->{$peg};
472 :    
473 :     #
474 :     # Sort the existing annotations for this peg by date.#
475 :     #
476 :    
477 :     my @eannos = sort { $b->[1] <=> $a->[1] } @{$assignment_annos{$peg}};
478 :    
479 :     print "Assignment annos for $peg: ", Dumper(\@eannos);
480 :    
481 :     }
482 :    
483 :     open(my $outfh, ">$anno_file") or die "Cannot open new annotation file $anno_file: $!\n";
484 :    
485 :     my $last;
486 :     my @sorted = sort { ($a->[0] cmp $b->[0]) or ($a->[1] <=> $b->[1]) } @annos;
487 :     my $inst = 0;
488 :     my $dup = 0;
489 :     foreach my $ann (@sorted)
490 :     {
491 :     my $txt = join("\n", @$ann);
492 :     #
493 :     # Drop the trailing \n if there is one; we will add it back when we print and
494 :     # want to ensure the file format remains sane.
495 :     #
496 :     chomp $txt;
497 :     if ($txt ne $last)
498 :     {
499 :     print $outfh "$txt\n//\n";
500 :     $last = $txt;
501 :     print "Inst $ann->[0] $ann->[1] $ann->[2]\n";
502 :     $inst++;
503 :     }
504 :     else
505 :     {
506 :     print "Dup $ann->[0] $ann->[1] $ann->[2]\n";
507 :     $dup++;
508 :     }
509 :     }
510 :     close($outfh);
511 :     chmod(0666, $anno_file) or warn "Cannot chmod 0666 $anno_file: $!\n";
512 :     print "Wrote $anno_file. $new_count new annos, $inst installed, $dup duplicates\n";
513 :    
514 :     #
515 : olson 1.15 # _install_genome_annos($fig, $genome, $genome_annos{$genome});
516 :     }
517 : olson 1.1 }
518 :    
519 :    
520 : olson 1.15
521 : olson 1.1 #############
522 :     #
523 :     # P2P Relay
524 :     #
525 :     #############
526 :    
527 :    
528 :     package P2P::Relay;
529 :     use strict;
530 :    
531 :     use Data::Dumper;
532 :     use SOAP::Lite;
533 :    
534 :     use P2P;
535 :    
536 :     sub new
537 :     {
538 :     my($class, $url) = @_;
539 :    
540 :     my $proxy = SOAP::Lite->uri($P2P::ns_relay)->proxy($url);
541 :    
542 :     my $self = {
543 :     url => $url,
544 :     proxy => $proxy,
545 :     };
546 :     return bless($self, $class);
547 :     }
548 :    
549 :     sub enumerate_annotation_systems
550 :     {
551 :     my($self) = @_;
552 :    
553 :     return $self->{proxy}->enumerate_annotation_systems()->result;
554 :     }
555 :    
556 :     sub fetch_queries
557 :     {
558 :     my($self, $id) = @_;
559 :    
560 :     my $reply = $self->{proxy}->fetch_queries($id);
561 :    
562 :     if ($reply->fault)
563 :     {
564 :     print "Failed to fetch queries: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
565 :     return undef;
566 :     }
567 :    
568 :     return $reply->result;
569 :     }
570 :    
571 :     sub deposit_answer
572 :     {
573 :     my($self, $id, $key, $answer) = @_;
574 :    
575 :     my $reply = $self->{proxy}->deposit_answer($id, $key,
576 :     SOAP::Data->type('base64')->value($answer));
577 :    
578 :     if ($reply->fault)
579 :     {
580 :     print "deposit_answer got fault: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
581 :     return undef;
582 :     }
583 :    
584 :     return $reply;
585 :     }
586 :    
587 :     =pod
588 :    
589 :     =head1 await_result
590 :    
591 :     Await the result from a possibly-asynchronous soap request.
592 :    
593 :     Look at the reply that we have. If it's a deferred reply, loop polling
594 :     the relay for the actual result.
595 :    
596 :     We determine if the reply is a deferred reply by examining the namespace
597 :     URI of the response. A response will be generated from the relay's namespace,
598 :     rather than that of the application itself.
599 :    
600 :     =cut
601 :    
602 :     sub await_result
603 :     {
604 :     my($self, $reply) = @_;
605 :    
606 :     while (1)
607 :     {
608 :     #
609 :     # Retrieve the namespace of the response, which is the first
610 :     # element in the body of the message.
611 :     #
612 :     my $ns = $reply->namespaceuriof('/Envelope/Body/[1]');
613 :     print "Reply ns=$ns want $P2P::ns_relay\n";
614 :    
615 :     if ($ns eq $P2P::ns_relay)
616 :     {
617 :     my $val = $reply->result;
618 :     print "got val=", Dumper($val);
619 :     if ($val->[0] eq 'deferred')
620 :     {
621 :     #
622 :     # Sleep a little, then try to retrieve the response.
623 :     #
624 :    
625 :     sleep(1);
626 :     my $id = $val->[1];
627 :    
628 :     print "Retrieving reply\n";
629 :     $reply = $self->{proxy}->call_completed($id);
630 :     }
631 :     else
632 :     {
633 :     #
634 :     # We're not sure what to do here..
635 :     #
636 :     return undef;
637 :     }
638 :     }
639 :     else
640 :     {
641 :     #
642 :     # We got an actual response. Return it.
643 :     #
644 :    
645 :     return $reply;
646 :     }
647 :     }
648 :     }
649 :    
650 :     #############
651 :     #
652 :     # P2P Requestor
653 :     #
654 :     #############
655 :    
656 :     package P2P::Requestor;
657 :     use strict;
658 :    
659 :     use Data::Dumper;
660 : olson 1.15 use Time::HiRes qw( usleep ualarm gettimeofday tv_interval );
661 : olson 1.1
662 :     use SOAP::Lite;
663 : olson 1.15
664 :     #use SOAP::Lite +trace => [qw(transport dispatch result debug)];
665 : olson 1.1 use P2P;
666 :    
667 :     #
668 :     # Create a new Requestor. It contains a reference to the FIG instance
669 :     # so that we can run the protocol completely from in here.
670 :     #
671 :    
672 :     sub new
673 :     {
674 :     my($class, $fig, $url, $peer_id, $relay) = @_;
675 :    
676 : olson 1.17 my $proxy = SOAP::Lite->uri($ns_p2p)->proxy($url, timeout => 3600);
677 : olson 1.1
678 :     my $self = {
679 :     fig => $fig,
680 :     url => $url,
681 :     peer_id => $peer_id,
682 :     proxy => $proxy,
683 :     relay => $relay,
684 :     };
685 :     return bless($self, $class);
686 :     }
687 :    
688 :     #
689 :     # First step: Request an update.
690 :     #
691 :     # We need to determine some notion of what our release is, since we are not
692 :     # currently tagging them explicitly. Until we delve into this more,
693 :     # I am going to return a null release, which means the same-release
694 :     # optimization won't be able to kick in.
695 :     #
696 :     # We also need to determine the last time we got an update from this
697 :     # system.
698 :     #
699 :    
700 :     sub request_update
701 :     {
702 :     my($self, $last_update) = @_;
703 :    
704 : olson 1.18 my $rel = [$self->{fig}->get_release_info()];
705 : olson 1.1
706 :     if (!defined($last_update))
707 :     {
708 :     $last_update = $self->{fig}->get_peer_last_update($self->{peer_id});
709 :     }
710 : olson 1.17
711 :     print "Requesting update via $self->{proxy}\n";
712 : olson 1.1 my $reply = $self->{proxy}->request_update($rel, $last_update);
713 : olson 1.17 print "Got reply ", Dumper($reply);
714 : olson 1.1
715 :     if ($self->{relay})
716 :     {
717 :     $reply = $self->{relay}->await_result($reply);
718 :     }
719 :    
720 :     if ($reply->fault)
721 :     {
722 :     print "request_update triggered fault: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
723 :     return undef;
724 :     }
725 :    
726 :     return $reply->result;
727 :     }
728 :    
729 :     =pod
730 :    
731 :     =head1 get_pegs($session_id, $start, $length)
732 :    
733 :    
734 :     =cut
735 :    
736 :     sub get_pegs
737 :     {
738 :     my($self, $session_id, $start, $length) = @_;
739 :    
740 :     return $self->call("get_pegs", $session_id, $start, $length);
741 :     }
742 :    
743 : olson 1.6 sub finalize_pegs
744 :     {
745 :     my($self, $session_id, $request) = @_;
746 :    
747 :     return $self->call("finalize_pegs", $session_id, $request);
748 :     }
749 :    
750 : olson 1.15 sub get_annotations
751 :     {
752 :     my($self, $session_id, $start, $length) = @_;
753 :    
754 :     return $self->call("get_annotations", $session_id, $start, $length);
755 :     }
756 :    
757 : olson 1.19 sub get_assignments
758 :     {
759 :     my($self, $session_id, $start, $length) = @_;
760 :    
761 :     return $self->call("get_assignments", $session_id, $start, $length);
762 :     }
763 :    
764 : olson 1.1 sub call
765 :     {
766 :     my($self, $func, @args) = @_;
767 : olson 1.15
768 :     my $t0 = [gettimeofday()];
769 :     print "Calling $func\n";
770 : olson 1.1 my $reply = $self->{proxy}->$func(@args);
771 : olson 1.15 my $t1 = [gettimeofday()];
772 :    
773 :     my $elap = tv_interval($t0, $t1);
774 :     print "Call to $func took $elap\n";
775 : olson 1.1
776 :     if ($self->{relay})
777 :     {
778 :     $reply = $self->{relay}->await_result($reply);
779 :     }
780 :    
781 :     if ($reply->fault)
782 :     {
783 :     print "$func triggered fault: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
784 :     return undef;
785 :     }
786 :    
787 :     return $reply->result;
788 :     }
789 :    
790 :    
791 :     #############
792 :     #
793 :     # P2P Service
794 :     #
795 :     # Code in this module is invoked on the target on behalf of a requestor.
796 :     #
797 :     #############
798 :    
799 :     package P2P::Service;
800 :    
801 :     use Data::Dumper;
802 :    
803 :     use FIG;
804 :     use FIG_Config;
805 :     use strict;
806 :    
807 :     use File::Temp qw(tempdir);
808 :     use File::Basename;
809 :    
810 :     sub request_update
811 :     {
812 :     my($class, $his_release, $last_update)= @_;
813 :    
814 :     #
815 :     # Verify input.
816 :     #
817 :    
818 :     if ($last_update !~ /^\d+$/)
819 :     {
820 :     die "request_update: last_update must be a number (not '$last_update')\n";
821 :     }
822 :    
823 :     #
824 :     # Create a new session id and a spool directory to use for storage
825 :     # of information about it. This can go in the tempdir since it is
826 :     # not persistent.
827 :     #
828 :    
829 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::temp/p2p_spool");
830 :     #my $spool_dir = tempdir(DIR => "$FIG_Config::temp/p2p_spool");
831 :    
832 :     my $spool_dir = "$FIG_Config::temp/p2p_spool/test";
833 :     &FIG::verify_dir($spool_dir);
834 :    
835 :     my $session_id = basename($spool_dir);
836 :     my $now = time;
837 :    
838 :     #
839 :     # Gather the list of pegs and annotations for the update.
840 :     #
841 :    
842 :     my $fig = new FIG;
843 :    
844 :     my $all_genomes = [$fig->genomes];
845 :    
846 :     my %all_genomes = map { $_ => 1 } @$all_genomes;
847 :    
848 :     my %pegs;
849 : olson 1.15
850 :     #
851 :     # We keep track of usernames that have been seen, so that
852 :     # we can both update our local user database and
853 :     # we can report them to our peer.
854 :     #
855 :    
856 :     my %users;
857 : olson 1.1
858 :     my $num_annos = 0;
859 :     my $num_genomes = 0;
860 :     my $num_pegs = 0;
861 : olson 1.15 my $num_assignments = 0;
862 : olson 1.1
863 :     my $anno_fh;
864 :     open($anno_fh, ">$spool_dir/annos");
865 :    
866 :     my $peg_fh;
867 :     open($peg_fh, ">$spool_dir/pegs");
868 :    
869 :     my $genome_fh;
870 :     open($genome_fh, ">$spool_dir/genomes");
871 :    
872 : olson 1.15 my $assign_fh;
873 :     open($assign_fh, ">$spool_dir/assignments");
874 :    
875 : olson 1.1 for my $genome (@$all_genomes)
876 :     {
877 :     my $num_annos_for_genome = 0;
878 : olson 1.15 my %assignment;
879 : olson 1.1
880 :     my $genome_dir = "$FIG_Config::organisms/$genome";
881 :     next unless -d $genome_dir;
882 :    
883 :     my $afh;
884 :     if (open($afh, "$genome_dir/annotations"))
885 :     {
886 :     my($fid, $anno_time, $who, $anno_text);
887 :     local($/);
888 :     $/ = "//\n";
889 :     while (my $ann = <$afh>)
890 :     {
891 :     chomp $ann;
892 :    
893 :     if ((($fid, $anno_time, $who, $anno_text) =
894 :     ($ann =~ /^(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\n(\d+)\n(\S+)\n(.*\S)/s)) and
895 :     $anno_time > $last_update)
896 :    
897 :     {
898 :     #
899 : olson 1.15 # Update users list.
900 :     #
901 :    
902 :     $users{$who}++;
903 :    
904 :     #
905 : olson 1.1 # Look up aliases if we haven't seen this fid before.
906 :     #
907 :    
908 :     if (!defined($pegs{$fid}))
909 :     {
910 :     my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
911 :    
912 :     print $peg_fh join("\t", $fid, $genome, @aliases), "\n";
913 :     $num_pegs++;
914 :     }
915 :    
916 :     print $anno_fh "$ann//\n";
917 :    
918 :     $pegs{$fid}++;
919 :    
920 :     $num_annos_for_genome++;
921 :     $num_annos++;
922 : olson 1.15
923 :     #
924 :     # While we're here, see if this is an assignment. We check in the
925 :     # %assignment hash, which is keyed on fid, to see if we already
926 :     # saw an assignment for this fid. If we have, we keep this one only if
927 :     # the assignment time on it is later than the one we saw already.
928 :     #
929 :     # We are only looking at master assignments for now. We will need
930 :     # to return to this issue and reexamine it, but in order to move
931 :     # forward I am only matching master assignments.
932 :     #
933 :    
934 :     if ($anno_text =~ /Set master function to\n(\S[^\n]+\S)/)
935 :     {
936 :     my $func = $1;
937 :    
938 :     my $other = $assignment{$fid};
939 :    
940 :     #
941 :     # If we haven't seen an assignment for this fid,
942 :     # or if it the other assignment has a timestamp that
943 :     # is earlier than this one, set the assignment.
944 :     #
945 :    
946 :     if (!defined($other) or
947 :     ($other->[1] < $anno_time))
948 :     {
949 :     $assignment{$fid} = [$fid, $anno_time, $who, $func];
950 :     }
951 :     }
952 : olson 1.1 }
953 :     }
954 :     close($afh);
955 : olson 1.15
956 :     #
957 :     # Write out the assignments that remain.
958 :     #
959 :    
960 :     for my $fid (sort keys(%assignment))
961 :     {
962 :     print $assign_fh join("\t", @{$assignment{$fid}}), "\n";
963 :     $num_assignments++;
964 :     }
965 : olson 1.1 }
966 : olson 1.15
967 : olson 1.1
968 :     #
969 :     # Determine genome information if we have annotations for this one.
970 :     #
971 :    
972 :     if ($num_annos_for_genome > 0)
973 :     {
974 :     $num_genomes++;
975 :     if (open(my $cfh, "<$genome_dir/COUNTS"))
976 :     {
977 :     if ($_ = <$cfh>)
978 :     {
979 :     chomp;
980 :     my($cgenome, $n_contigs, $total_nucs, $cksum) = split(/\t/, $_);
981 :     if ($cgenome ne $genome)
982 :     {
983 :     warn "Hm, $genome has a COUNTS file with genome=$cgenome that does not match\n";
984 :     }
985 :     else
986 :     {
987 :     print $genome_fh join("\t",
988 :     $genome, $num_annos_for_genome, $n_contigs,
989 :     $total_nucs, $cksum), "\n";
990 :     }
991 :     }
992 :     }
993 :     }
994 :    
995 :     }
996 :     close($anno_fh);
997 :     close($peg_fh);
998 :     close($genome_fh);
999 : olson 1.15 close($assign_fh);
1000 : olson 1.1
1001 :     print "Pegs: $num_pegs\n";
1002 :     print "Genomes: $num_genomes\n";
1003 :     print "Annos: $num_annos\n";
1004 :    
1005 :     #
1006 :     # Check compatibility.
1007 :     #
1008 :    
1009 : olson 1.18 my $my_release = [$fig->get_release_info()];
1010 :    
1011 :     #
1012 :     # Release id is $my_release->[1].
1013 :     #
1014 :    
1015 :     my $compatible;
1016 :     if ($my_release->[1] ne "" and $his_release->[1] ne "")
1017 :     {
1018 :     #
1019 :     # Both releases must be defined for them to be compatible.
1020 :     #
1021 :     # At some point we need to consider the derived-release issue.
1022 :     #
1023 :    
1024 :     $compatible = $my_release->[1] eq $his_release->[1];
1025 :     }
1026 :     else
1027 :     {
1028 :     $compatible = 0;
1029 :     }
1030 : olson 1.1
1031 :     open(my $fh, ">$spool_dir/INFO");
1032 :     print $fh "requestor_release\t$his_release\n";
1033 :     print $fh "last_update\t$last_update\n";
1034 :     print $fh "cur_update\t$now\n";
1035 :     print $fh "target_release\t$my_release\n";
1036 :     print $fh "compatible\t$compatible\n";
1037 :     print $fh "num_pegs\t$num_pegs\n";
1038 :     print $fh "num_genomes\t$num_genomes\n";
1039 :     print $fh "num_annos\t$num_annos\n";
1040 : olson 1.15 print $fh "num_assignments\t$num_assignments\n";
1041 : olson 1.1 close($fh);
1042 :    
1043 : olson 1.15 #
1044 :     # Construct list of users, and pdate local user database.
1045 :     #
1046 :    
1047 :     my @users = keys(%users);
1048 : olson 1.17 # $fig->ensure_users(\@users);
1049 : olson 1.15
1050 :     return [$session_id, $my_release, $num_assignments, $num_annos, $num_pegs, $num_genomes,
1051 : olson 1.16 $now, $compatible, \@users];
1052 : olson 1.1 }
1053 :    
1054 :    
1055 :     sub get_pegs
1056 :     {
1057 :     my($self, $session_id, $start, $len) = @_;
1058 :     my(%session_info);
1059 :    
1060 :     my $spool_dir = "$FIG_Config::temp/p2p_spool/$session_id";
1061 :    
1062 :     -d $spool_dir or die "Invalid session id $session_id";
1063 :    
1064 :     #
1065 :     # Read in the cached information for this session.
1066 :     #
1067 :    
1068 :     open(my $info_fh, "<$spool_dir/INFO") or die "Cannot open INFO file: $!";
1069 :     while (<$info_fh>)
1070 :     {
1071 :     chomp;
1072 :     my($var, $val) = split(/\t/, $_, 2);
1073 :     $session_info{$var} = $val;
1074 :     }
1075 :     close($info_fh);
1076 :    
1077 :     #
1078 :     # Sanity check start and length.
1079 :     #
1080 :    
1081 :     if ($start < 0 or $start >= $session_info{num_pegs})
1082 :     {
1083 :     die "Invalid start position $start";
1084 :     }
1085 :    
1086 :     if ($len < 0 or ($start + $len - 1) >= $session_info{num_pegs})
1087 :     {
1088 :     die "Invalid length $len";
1089 :     }
1090 :    
1091 :     #
1092 :     # Open file, spin to the starting line, then start reading.
1093 :     #
1094 :    
1095 :     open(my $peg_fh, "<$spool_dir/pegs") or die "Cannot open pegs file: $!";
1096 :    
1097 :     my $peg_output = [];
1098 :     my $genome_output = [];
1099 :    
1100 :     my $peg_num = 0;
1101 :     my $genomes_to_show = [];
1102 :     my %genomes_to_show;
1103 :    
1104 :     my($fid, $genome, @aliases);
1105 :    
1106 :     while (<$peg_fh>)
1107 :     {
1108 :     next if ($peg_num < $start);
1109 :    
1110 :     last if ($peg_num > ($start + $len));
1111 :    
1112 :     chomp;
1113 :    
1114 :     #
1115 :     # OK, this is a peg to process.
1116 :     # It's easy if we're compatible.
1117 :     #
1118 :    
1119 :     ($fid, $genome, @aliases) = split(/\t/, $_);
1120 :    
1121 :     if ($session_info{compatible})
1122 :     {
1123 :     push(@$peg_output, ['peg', $fid]);
1124 :     }
1125 :     else
1126 :     {
1127 :     if (!$genomes_to_show{$genome})
1128 :     {
1129 :     push(@$genomes_to_show, $genome);
1130 :     $genomes_to_show{$genome}++;
1131 :     }
1132 :     push(@$peg_output, ['peg_info', $fid, [@aliases], $genome]);
1133 :     }
1134 :     }
1135 :     continue
1136 :     {
1137 :     $peg_num++;
1138 :     }
1139 :    
1140 :     #
1141 :     # Read the genomes file, returning information about genomes referenced
1142 :     # in the pegs returned.
1143 :     #
1144 :    
1145 :     my $n_left = @$genomes_to_show;
1146 :    
1147 :     open(my $gfh, "<$spool_dir/genomes") or die "Cannot open genomes file: $!";
1148 :     while ($n_left > 0 and $_ = <$gfh>)
1149 :     {
1150 :     chomp;
1151 :    
1152 :     my($genome, $n_annos, $n_contigs, $n_nucs, $cksum) = split(/\t/);
1153 :    
1154 :     if ($genomes_to_show{$genome})
1155 :     {
1156 :     push(@$genome_output, [$genome, $n_contigs, $n_nucs, $cksum]);
1157 :     $n_left--;
1158 :     }
1159 :     }
1160 :     close($gfh);
1161 :    
1162 :     return [$peg_output, $genome_output];
1163 :     }
1164 : olson 1.6
1165 :     sub finalize_pegs
1166 :     {
1167 :     my($self, $session, $request) = @_;
1168 :     my($out);
1169 :    
1170 :     my $fig = new FIG;
1171 :    
1172 :     #
1173 :     # Walk the request handling appropriately. This is fairly easy, as it
1174 :     # is just a matter of pulling either sequence or location/contig data.
1175 :     #
1176 :    
1177 :     for my $item (@$request)
1178 :     {
1179 :     my($what, $peg) = @$item;
1180 :    
1181 :     if ($what eq "peg_genome")
1182 :     {
1183 :     #
1184 :     # Return the location and contig checksum for this peg.
1185 :     #
1186 : olson 1.13 # We also include the sequence in case the contig mapping doesn't work.
1187 :     #
1188 : olson 1.6
1189 :     my $loc = $fig->feature_location($peg);
1190 :     my $contig = $fig->contig_of($loc);
1191 : olson 1.7 my $cksum = $fig->contig_checksum($fig->genome_of($peg), $contig);
1192 : olson 1.13 my $seq = $fig->get_translation($peg);
1193 : olson 1.6
1194 :     push(@$out, ['peg_loc', $peg,
1195 : olson 1.13 $fig->strand_of($peg),
1196 : olson 1.6 $fig->beg_of($loc), $fig->end_of($loc),
1197 : olson 1.13 $cksum, $seq]);
1198 : olson 1.6
1199 :     }
1200 : olson 1.7 elsif ($what eq "peg_unknown")
1201 : olson 1.6 {
1202 :     my $seq = $fig->get_translation($peg);
1203 :     push(@$out, ['peg_seq', $peg, $seq]);
1204 :     }
1205 :     }
1206 :     return $out;
1207 :     }
1208 :    
1209 : olson 1.15
1210 :     sub get_annotations
1211 :     {
1212 :     my($self, $session_id, $start, $len) = @_;
1213 :    
1214 :     #
1215 :     # This is now easy; just run thru the saved annotations and return.
1216 :     #
1217 :    
1218 :     my(%session_info);
1219 :    
1220 :     my $spool_dir = "$FIG_Config::temp/p2p_spool/$session_id";
1221 :    
1222 :     -d $spool_dir or die "Invalid session id $session_id";
1223 :    
1224 :     #
1225 :     # Read in the cached information for this session.
1226 :     #
1227 :    
1228 :     open(my $info_fh, "<$spool_dir/INFO") or die "Cannot open INFO file: $!";
1229 :     while (<$info_fh>)
1230 :     {
1231 :     chomp;
1232 :     my($var, $val) = split(/\t/, $_, 2);
1233 :     $session_info{$var} = $val;
1234 :     }
1235 :     close($info_fh);
1236 :    
1237 :     #
1238 :     # Sanity check start and length.
1239 :     #
1240 :    
1241 :     if ($start < 0 or $start >= $session_info{num_annos})
1242 :     {
1243 :     die "Invalid start position $start";
1244 :     }
1245 :    
1246 :     if ($len < 0 or ($start + $len - 1) >= $session_info{num_annos})
1247 :     {
1248 :     die "Invalid length $len";
1249 :     }
1250 :    
1251 :     #
1252 :     # Open file, spin to the starting line, then start reading.
1253 :     #
1254 :    
1255 :     open(my $anno_fh, "<$spool_dir/annos") or die "Cannot open annos file: $!";
1256 :    
1257 :     my $anno_output = [];
1258 :    
1259 :     my $anno_num = 0;
1260 :    
1261 :     local $/ = "//\n";
1262 :     while (<$anno_fh>)
1263 :     {
1264 :     next if ($anno_num < $start);
1265 :    
1266 :     last if ($anno_num > ($start + $len));
1267 :    
1268 :     chomp;
1269 :    
1270 :     my($id, $date, $author, $anno) = split(/\n/, $_, 4);
1271 :    
1272 :     push(@$anno_output, [$id, $date, $author, $anno]);
1273 :     }
1274 :     continue
1275 :     {
1276 :     $anno_num++;
1277 :     }
1278 :    
1279 :     return $anno_output;
1280 :     }
1281 : olson 1.19
1282 :     sub get_assignments
1283 :     {
1284 :     my($self, $session_id, $start, $len) = @_;
1285 :    
1286 :     #
1287 :     # This is now easy; just run thru the saved assignments and return.
1288 :     #
1289 :    
1290 :     my(%session_info);
1291 :    
1292 :     my $spool_dir = "$FIG_Config::temp/p2p_spool/$session_id";
1293 :    
1294 :     -d $spool_dir or die "Invalid session id $session_id";
1295 :    
1296 :     #
1297 :     # Read in the cached information for this session.
1298 :     #
1299 :    
1300 :     open(my $info_fh, "<$spool_dir/INFO") or die "Cannot open INFO file: $!";
1301 :     while (<$info_fh>)
1302 :     {
1303 :     chomp;
1304 :     my($var, $val) = split(/\t/, $_, 2);
1305 :     $session_info{$var} = $val;
1306 :     }
1307 :     close($info_fh);
1308 :    
1309 :     #
1310 :     # Sanity check start and length.
1311 :     #
1312 :    
1313 :     if ($start < 0 or $start >= $session_info{num_assignments})
1314 :     {
1315 :     die "Invalid start position $start";
1316 :     }
1317 :    
1318 :     if ($len < 0 or ($start + $len - 1) >= $session_info{num_assignments})
1319 :     {
1320 :     die "Invalid length $len";
1321 :     }
1322 :    
1323 :     #
1324 :     # Open file, spin to the starting line, then start reading.
1325 :     #
1326 :    
1327 :     open(my $assign_fh, "<$spool_dir/assignments") or die "Cannot open assignments file: $!";
1328 :    
1329 :     my $assign_output = [];
1330 :    
1331 :     my $assign_num = 0;
1332 :    
1333 :     while (<$assign_fh>)
1334 :     {
1335 :     next if ($assign_num < $start);
1336 :    
1337 :     last if ($assign_num > ($start + $len));
1338 :    
1339 :     chomp;
1340 :    
1341 :     my($id, $date, $author, $func) = split(/\t/, $_, 4);
1342 :    
1343 :     push(@$assign_output, [$id, $date, $author, $func]);
1344 :     }
1345 :     continue
1346 :     {
1347 :     $assign_num++;
1348 :     }
1349 :    
1350 :     return $assign_output;
1351 :     }
1352 :    

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