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Revision 1.12 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1 #
2 :     # This module contains the code for the P2P update protocol.
3 :     #
4 :     # Package P2P contains the namespace declarations, and possibly toplevel utility
5 :     # routines. (get_relay ?)
6 :     #
7 :     # Package P2P::Relay contains methods for contacting the P2P relay service. The actual
8 :     # implementation of the relay service is not contained here - it is a standalone module
9 :     # that can be installed on a web server that does not have a full SEED installed.
10 :     #
11 :     # Package P2P::Requestor contains the requestor-side code for the update protocol.
12 :     #
13 :     # Package P2P::Service contains the web service implementation routines for the
14 :     # protocol.
15 :     #
16 :    
17 :     package P2P;
18 :    
19 :     use FIG_Config;
20 :    
21 :     use strict;
22 :     use Exporter;
23 :     use base qw(Exporter);
24 :    
25 :     use Data::Dumper;
26 :    
27 :     use vars qw(@EXPORT @EXPORT_OK);
28 :     @EXPORT = ();
29 :     @EXPORT_OK = qw($ns_p2p $ns_relay);
30 :    
31 :     our $ns_p2p = "http://thefig.info/schemas/p2p_update";
32 :     our $ns_relay = "http://thefig.info/schemas/p2p_relay";
33 :    
34 :     =pod
35 :    
36 :     =head1 perform_update($peer)
37 :    
38 :     Perform a peer-to-peer update with the given peer. $peer is an instance of
39 :     P2P::Requestor which can connect to the peer. It is expected that the
40 :     SEED infrastructure will create this requestor appropriately for the
41 :     particular circumstance (direct connection, thru relay, etc).
42 :    
43 :     This code executes the high-level protocol, maintaining state between
44 :     calls to the peer to exchange the actual information.
45 :    
46 :     =cut
47 :    
48 :     sub perform_update
49 :     {
50 :     my($fig, $peer, $last_update) = @_;
51 :    
52 :     my $ret = $peer->request_update($last_update);
53 :    
54 :     if (!$ret or ref($ret) ne "ARRAY")
55 :     {
56 :     die "perform_update: request_updated failed\n";
57 :     }
58 :    
59 :     my($session, $target_release, $num_annos, $num_pegs, $num_genomes,
60 :     $target_time, $compatible) = @$ret;
61 :    
62 :     print "perform_update: session=$session target=$target_release num_annos=$num_annos\n";
63 :     print " num_pegs=$num_pegs num_genomes=$num_genomes target_time=$target_time compat=$compatible\n";
64 :    
65 :     #
66 :     # We have the information now to begin the update process. Retrieve the pegs.
67 :     #
68 :    
69 :     $ret = $peer->get_pegs($session, 0, $num_pegs);
70 :    
71 :     if (!$ret or ref($ret) ne "ARRAY")
72 :     {
73 :     die "perform_update: get_pegs failed\n";
74 :     }
75 :    
76 :     my($peg_list, $genome_list) = @$ret;
77 :    
78 :     #
79 :     # Walk the peg-list to and generate @pegs_to_finalize.
80 :     #
81 :    
82 :     my(%peg_mapping, %genome_map );
83 :    
84 :     for my $peg_info (@$peg_list)
85 :     {
86 :     my($key, $peg, @rest) = @$peg_info;
87 :    
88 :     if ($key eq 'peg')
89 :     {
90 :     #
91 :     # Peg id is directly usable.
92 :     #
93 : olson 1.6 $peg_mapping{$peg} = $peg;
94 : olson 1.1 }
95 :     elsif ($key eq 'peg_info')
96 :     {
97 :     #
98 :     # Peg id not directly usable.
99 :     #
100 :    
101 :     my($alias_list, $genome_id) = @rest;
102 :    
103 :     for my $alias (@$alias_list)
104 :     {
105 :     my $mapped = $fig->by_alias($alias);
106 : olson 1.3 if ($mapped)
107 : olson 1.1 {
108 :     print "$peg maps to $mapped via $alias\n";
109 :     $peg_mapping{$peg}= $mapped;
110 :     last;
111 :     }
112 :     }
113 :    
114 :     #
115 :     # If we didn't succeed in mapping by alias,
116 :     # stash this in the list of pegs to be mapped by
117 :     # genome.
118 :     #
119 :    
120 :     if (!defined($peg_mapping{$peg}))
121 :     {
122 :     push(@{$genome_map{$genome_id}}, $peg);
123 : olson 1.4 print "$peg did not map\n";
124 : olson 1.1 }
125 :     }
126 :     }
127 :    
128 :     #
129 :     # finished first pass. Now go over the per-genome mappings that need to be made.
130 :     #
131 : olson 1.6 # $genome_map{$genome_id} is a list of pegs that reside on that genome.
132 :     # the pegs and genome id are both target-based identifiers.
133 :     #
134 :    
135 :     my @finalize_req = ();
136 : olson 1.7 my %local_genome;
137 : olson 1.1
138 :     for my $genome_info (@$genome_list)
139 :     {
140 :     my($genome, $n_contigs, $n_nucs, $cksum) = @$genome_info;
141 :    
142 : olson 1.5 next unless defined($genome_map{$genome});
143 : olson 1.1
144 : olson 1.6 #
145 :     # Determine if we have a local genome installed that matches precisely the
146 :     # genome on the target side.
147 :     #
148 : olson 1.1 my $my_genome = $fig->find_genome_by_content($genome, $n_contigs, $n_nucs, $cksum);
149 :    
150 : olson 1.6 my $pegs = $genome_map{$genome};
151 :    
152 : olson 1.1 if ($my_genome)
153 :     {
154 :     #
155 : olson 1.6 # We do have such a local genome. Generate a peg_genome request to
156 :     # get the location information from the target side.
157 : olson 1.1 #
158 : olson 1.7 # Also remember the local genome mapping for this peg.
159 :     #
160 :    
161 : olson 1.6 print "$genome mapped to $my_genome\n";
162 : olson 1.7 for my $peg (@$pegs)
163 :     {
164 :     push(@finalize_req, ['peg_genome', $peg]);
165 :     $local_genome{$peg} = $my_genome;
166 :     }
167 : olson 1.1
168 :     }
169 : olson 1.2 else
170 :     {
171 : olson 1.6 #
172 :     # We don't have such a genome. We need to retrieve the
173 :     # sequence data in order to finish mapping.
174 :     #
175 :     push(@finalize_req, map { ['peg_unknown', $_] } @$pegs);
176 :     }
177 :     }
178 :    
179 :     #
180 :     # If we need to finalize, make the call.
181 :     if (@finalize_req)
182 :     {
183 :     print Dumper(\@finalize_req);
184 :     $ret = $peer->finalize_pegs($session, \@finalize_req);
185 :    
186 :     if (!$ret or ref($ret) ne "ARRAY")
187 :     {
188 :     die "perform_update: finalize_pegs failed\n";
189 : olson 1.2 }
190 : olson 1.6
191 :     #
192 :     # The return is a list of either location entries or
193 : olson 1.7 # sequence data. Attempt to finish up the mapping.
194 : olson 1.6 #
195 :    
196 : olson 1.9
197 :     my $dbh = $fig->db_handle();
198 : olson 1.7 for my $entry (@$ret)
199 :     {
200 :     my($what, $peg, @rest) = @$entry;
201 :    
202 :     if ($what eq "peg_loc")
203 :     {
204 :     my($strand, $start, $end, $cksum) = @rest;
205 :    
206 :     #
207 :     # We have a contig location. Try to find a matching contig
208 :     # here, and see if it maps to something.
209 :     #
210 :    
211 :     my $my_genome = $local_genome{$peg};
212 :     my $local_contig = $fig->find_contig_with_checksum($my_genome, $cksum);
213 :     if ($local_contig)
214 :     {
215 : olson 1.8 #
216 : olson 1.9 # Now look up the local peg. We match on the end location; depending on the strand
217 :     # the feature is on, we want to look at either minloc or maxloc.
218 : olson 1.8 #
219 : olson 1.9
220 :     my $whichloc = $strand eq '-' ? "minloc" : "maxloc";
221 :    
222 :     my $res = $dbh->SQL(qq!SELECT id from features
223 :     WHERE $whichloc = $end and genome = '$my_genome' and
224 :     contig = '$local_contig'
225 :     !);
226 :    
227 : olson 1.12 if ($res and @$res > 0)
228 : olson 1.9 {
229 : olson 1.12 my(@ids) = map { $_->[0] } @$res;
230 :     my $id = $ids[0];
231 : olson 1.9 $peg_mapping{$peg} = $id;
232 :     print "Mapped $peg to $id via contigs\n";
233 : olson 1.12 if (@$res > 1)
234 :     {
235 :     warn "Multiple mappings found for $peg: @ids\n";
236 :     }
237 : olson 1.9 }
238 :     else
239 :     {
240 : olson 1.11 print "failed: $peg $my_genome and contig $local_contig start=$start end=$end strand=$strand\n";
241 : olson 1.9 }
242 : olson 1.7 }
243 :     else
244 :     {
245 :     print "Mapping failed for $my_genome checksum $cksum\n";
246 :     }
247 :     }
248 :     }
249 : olson 1.1 }
250 :     }
251 :    
252 :    
253 :     #############
254 :     #
255 :     # P2P Relay
256 :     #
257 :     #############
258 :    
259 :    
260 :     package P2P::Relay;
261 :     use strict;
262 :    
263 :     use Data::Dumper;
264 :     use SOAP::Lite;
265 :    
266 :     use P2P;
267 :    
268 :     sub new
269 :     {
270 :     my($class, $url) = @_;
271 :    
272 :     my $proxy = SOAP::Lite->uri($P2P::ns_relay)->proxy($url);
273 :    
274 :     my $self = {
275 :     url => $url,
276 :     proxy => $proxy,
277 :     };
278 :     return bless($self, $class);
279 :     }
280 :    
281 :     sub enumerate_annotation_systems
282 :     {
283 :     my($self) = @_;
284 :    
285 :     return $self->{proxy}->enumerate_annotation_systems()->result;
286 :     }
287 :    
288 :     sub fetch_queries
289 :     {
290 :     my($self, $id) = @_;
291 :    
292 :     my $reply = $self->{proxy}->fetch_queries($id);
293 :    
294 :     if ($reply->fault)
295 :     {
296 :     print "Failed to fetch queries: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
297 :     return undef;
298 :     }
299 :    
300 :     return $reply->result;
301 :     }
302 :    
303 :     sub deposit_answer
304 :     {
305 :     my($self, $id, $key, $answer) = @_;
306 :    
307 :     my $reply = $self->{proxy}->deposit_answer($id, $key,
308 :     SOAP::Data->type('base64')->value($answer));
309 :    
310 :     if ($reply->fault)
311 :     {
312 :     print "deposit_answer got fault: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
313 :     return undef;
314 :     }
315 :    
316 :     return $reply;
317 :     }
318 :    
319 :     =pod
320 :    
321 :     =head1 await_result
322 :    
323 :     Await the result from a possibly-asynchronous soap request.
324 :    
325 :     Look at the reply that we have. If it's a deferred reply, loop polling
326 :     the relay for the actual result.
327 :    
328 :     We determine if the reply is a deferred reply by examining the namespace
329 :     URI of the response. A response will be generated from the relay's namespace,
330 :     rather than that of the application itself.
331 :    
332 :     =cut
333 :    
334 :     sub await_result
335 :     {
336 :     my($self, $reply) = @_;
337 :    
338 :     while (1)
339 :     {
340 :     #
341 :     # Retrieve the namespace of the response, which is the first
342 :     # element in the body of the message.
343 :     #
344 :     my $ns = $reply->namespaceuriof('/Envelope/Body/[1]');
345 :     print "Reply ns=$ns want $P2P::ns_relay\n";
346 :    
347 :     if ($ns eq $P2P::ns_relay)
348 :     {
349 :     my $val = $reply->result;
350 :     print "got val=", Dumper($val);
351 :     if ($val->[0] eq 'deferred')
352 :     {
353 :     #
354 :     # Sleep a little, then try to retrieve the response.
355 :     #
356 :    
357 :     sleep(1);
358 :     my $id = $val->[1];
359 :    
360 :     print "Retrieving reply\n";
361 :     $reply = $self->{proxy}->call_completed($id);
362 :     }
363 :     else
364 :     {
365 :     #
366 :     # We're not sure what to do here..
367 :     #
368 :     return undef;
369 :     }
370 :     }
371 :     else
372 :     {
373 :     #
374 :     # We got an actual response. Return it.
375 :     #
376 :    
377 :     return $reply;
378 :     }
379 :     }
380 :     }
381 :    
382 :     #############
383 :     #
384 :     # P2P Requestor
385 :     #
386 :     #############
387 :    
388 :     package P2P::Requestor;
389 :     use strict;
390 :    
391 :     use Data::Dumper;
392 :    
393 :     use SOAP::Lite;
394 :     use P2P;
395 :    
396 :     #
397 :     # Create a new Requestor. It contains a reference to the FIG instance
398 :     # so that we can run the protocol completely from in here.
399 :     #
400 :    
401 :     sub new
402 :     {
403 :     my($class, $fig, $url, $peer_id, $relay) = @_;
404 :    
405 :     my $proxy = SOAP::Lite->uri($ns_p2p)->proxy($url);
406 :    
407 :     my $self = {
408 :     fig => $fig,
409 :     url => $url,
410 :     peer_id => $peer_id,
411 :     proxy => $proxy,
412 :     relay => $relay,
413 :     };
414 :     return bless($self, $class);
415 :     }
416 :    
417 :     #
418 :     # First step: Request an update.
419 :     #
420 :     # We need to determine some notion of what our release is, since we are not
421 :     # currently tagging them explicitly. Until we delve into this more,
422 :     # I am going to return a null release, which means the same-release
423 :     # optimization won't be able to kick in.
424 :     #
425 :     # We also need to determine the last time we got an update from this
426 :     # system.
427 :     #
428 :    
429 :     sub request_update
430 :     {
431 :     my($self, $last_update) = @_;
432 :    
433 :     my $rel = $self->{fig}->get_release_info();
434 :    
435 :     if (!defined($last_update))
436 :     {
437 :     $last_update = $self->{fig}->get_peer_last_update($self->{peer_id});
438 :     }
439 :    
440 :     my $reply = $self->{proxy}->request_update($rel, $last_update);
441 :    
442 :     if ($self->{relay})
443 :     {
444 :     $reply = $self->{relay}->await_result($reply);
445 :     }
446 :    
447 :     if ($reply->fault)
448 :     {
449 :     print "request_update triggered fault: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
450 :     return undef;
451 :     }
452 :    
453 :     return $reply->result;
454 :     }
455 :    
456 :     =pod
457 :    
458 :     =head1 get_pegs($session_id, $start, $length)
459 :    
460 :    
461 :     =cut
462 :    
463 :     sub get_pegs
464 :     {
465 :     my($self, $session_id, $start, $length) = @_;
466 :    
467 :     return $self->call("get_pegs", $session_id, $start, $length);
468 :     }
469 :    
470 : olson 1.6 sub finalize_pegs
471 :     {
472 :     my($self, $session_id, $request) = @_;
473 :    
474 :     return $self->call("finalize_pegs", $session_id, $request);
475 :     }
476 :    
477 : olson 1.1 sub call
478 :     {
479 :     my($self, $func, @args) = @_;
480 :    
481 :     my $reply = $self->{proxy}->$func(@args);
482 :    
483 :     if ($self->{relay})
484 :     {
485 :     $reply = $self->{relay}->await_result($reply);
486 :     }
487 :    
488 :     if ($reply->fault)
489 :     {
490 :     print "$func triggered fault: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
491 :     return undef;
492 :     }
493 :    
494 :     return $reply->result;
495 :     }
496 :    
497 :    
498 :     #############
499 :     #
500 :     # P2P Service
501 :     #
502 :     # Code in this module is invoked on the target on behalf of a requestor.
503 :     #
504 :     #############
505 :    
506 :     package P2P::Service;
507 :    
508 :     use Data::Dumper;
509 :    
510 :     use FIG;
511 :     use FIG_Config;
512 :     use strict;
513 :    
514 :     use File::Temp qw(tempdir);
515 :     use File::Basename;
516 :    
517 :     sub request_update
518 :     {
519 :     my($class, $his_release, $last_update)= @_;
520 :    
521 :     #
522 :     # Verify input.
523 :     #
524 :    
525 :     if ($last_update !~ /^\d+$/)
526 :     {
527 :     die "request_update: last_update must be a number (not '$last_update')\n";
528 :     }
529 :    
530 :     #
531 :     # Create a new session id and a spool directory to use for storage
532 :     # of information about it. This can go in the tempdir since it is
533 :     # not persistent.
534 :     #
535 :    
536 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::temp/p2p_spool");
537 :     #my $spool_dir = tempdir(DIR => "$FIG_Config::temp/p2p_spool");
538 :    
539 :     my $spool_dir = "$FIG_Config::temp/p2p_spool/test";
540 :     &FIG::verify_dir($spool_dir);
541 :    
542 :     my $session_id = basename($spool_dir);
543 :     my $now = time;
544 :    
545 :     #
546 :     # Gather the list of pegs and annotations for the update.
547 :     #
548 :    
549 :     my $fig = new FIG;
550 :    
551 :     my $all_genomes = [$fig->genomes];
552 :    
553 :     my %all_genomes = map { $_ => 1 } @$all_genomes;
554 :    
555 :     my %pegs;
556 :    
557 :     my $num_annos = 0;
558 :     my $num_genomes = 0;
559 :     my $num_pegs = 0;
560 :    
561 :     my $anno_fh;
562 :     open($anno_fh, ">$spool_dir/annos");
563 :    
564 :     my $peg_fh;
565 :     open($peg_fh, ">$spool_dir/pegs");
566 :    
567 :     my $genome_fh;
568 :     open($genome_fh, ">$spool_dir/genomes");
569 :    
570 :     for my $genome (@$all_genomes)
571 :     {
572 :     my $num_annos_for_genome = 0;
573 :    
574 :     my $genome_dir = "$FIG_Config::organisms/$genome";
575 :     next unless -d $genome_dir;
576 :    
577 :     my $afh;
578 :     if (open($afh, "$genome_dir/annotations"))
579 :     {
580 :     my($fid, $anno_time, $who, $anno_text);
581 :     local($/);
582 :     $/ = "//\n";
583 :     while (my $ann = <$afh>)
584 :     {
585 :     chomp $ann;
586 :    
587 :     if ((($fid, $anno_time, $who, $anno_text) =
588 :     ($ann =~ /^(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\n(\d+)\n(\S+)\n(.*\S)/s)) and
589 :     $anno_time > $last_update)
590 :    
591 :     {
592 :     #
593 :     # Look up aliases if we haven't seen this fid before.
594 :     #
595 :    
596 :     if (!defined($pegs{$fid}))
597 :     {
598 :     my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
599 :    
600 :     print $peg_fh join("\t", $fid, $genome, @aliases), "\n";
601 :     $num_pegs++;
602 :     }
603 :    
604 :     print $anno_fh "$ann//\n";
605 :    
606 :     $pegs{$fid}++;
607 :    
608 :     $num_annos_for_genome++;
609 :     $num_annos++;
610 :     }
611 :     }
612 :     close($afh);
613 :     }
614 :    
615 :     #
616 :     # Determine genome information if we have annotations for this one.
617 :     #
618 :    
619 :     if ($num_annos_for_genome > 0)
620 :     {
621 :     $num_genomes++;
622 :     if (open(my $cfh, "<$genome_dir/COUNTS"))
623 :     {
624 :     if ($_ = <$cfh>)
625 :     {
626 :     chomp;
627 :     my($cgenome, $n_contigs, $total_nucs, $cksum) = split(/\t/, $_);
628 :     if ($cgenome ne $genome)
629 :     {
630 :     warn "Hm, $genome has a COUNTS file with genome=$cgenome that does not match\n";
631 :     }
632 :     else
633 :     {
634 :     print $genome_fh join("\t",
635 :     $genome, $num_annos_for_genome, $n_contigs,
636 :     $total_nucs, $cksum), "\n";
637 :     }
638 :     }
639 :     }
640 :     }
641 :    
642 :     }
643 :     close($anno_fh);
644 :     close($peg_fh);
645 :     close($genome_fh);
646 :    
647 :     print "Pegs: $num_pegs\n";
648 :     print "Genomes: $num_genomes\n";
649 :     print "Annos: $num_annos\n";
650 :    
651 :     #
652 :     # Check compatibility.
653 :     #
654 :    
655 :     my $my_release = $fig->get_release_info();
656 :     my $compatible = (defined($my_release) && ($my_release == $his_release)) ? 1 : 0;
657 :    
658 :     open(my $fh, ">$spool_dir/INFO");
659 :     print $fh "requestor_release\t$his_release\n";
660 :     print $fh "last_update\t$last_update\n";
661 :     print $fh "cur_update\t$now\n";
662 :     print $fh "target_release\t$my_release\n";
663 :     print $fh "compatible\t$compatible\n";
664 :     print $fh "num_pegs\t$num_pegs\n";
665 :     print $fh "num_genomes\t$num_genomes\n";
666 :     print $fh "num_annos\t$num_annos\n";
667 :     close($fh);
668 :    
669 :     return [$session_id, $my_release, $num_annos, $num_pegs, $num_genomes, $now, $compatible];
670 :     }
671 :    
672 :    
673 :     sub get_pegs
674 :     {
675 :     my($self, $session_id, $start, $len) = @_;
676 :     my(%session_info);
677 :    
678 :     my $spool_dir = "$FIG_Config::temp/p2p_spool/$session_id";
679 :    
680 :     -d $spool_dir or die "Invalid session id $session_id";
681 :    
682 :     #
683 :     # Read in the cached information for this session.
684 :     #
685 :    
686 :     open(my $info_fh, "<$spool_dir/INFO") or die "Cannot open INFO file: $!";
687 :     while (<$info_fh>)
688 :     {
689 :     chomp;
690 :     my($var, $val) = split(/\t/, $_, 2);
691 :     $session_info{$var} = $val;
692 :     }
693 :     close($info_fh);
694 :    
695 :     #
696 :     # Sanity check start and length.
697 :     #
698 :    
699 :     if ($start < 0 or $start >= $session_info{num_pegs})
700 :     {
701 :     die "Invalid start position $start";
702 :     }
703 :    
704 :     if ($len < 0 or ($start + $len - 1) >= $session_info{num_pegs})
705 :     {
706 :     die "Invalid length $len";
707 :     }
708 :    
709 :     #
710 :     # Open file, spin to the starting line, then start reading.
711 :     #
712 :    
713 :     open(my $peg_fh, "<$spool_dir/pegs") or die "Cannot open pegs file: $!";
714 :    
715 :     my $peg_output = [];
716 :     my $genome_output = [];
717 :    
718 :     my $peg_num = 0;
719 :     my $genomes_to_show = [];
720 :     my %genomes_to_show;
721 :    
722 :     my($fid, $genome, @aliases);
723 :    
724 :     while (<$peg_fh>)
725 :     {
726 :     next if ($peg_num < $start);
727 :    
728 :     last if ($peg_num > ($start + $len));
729 :    
730 :     chomp;
731 :    
732 :     #
733 :     # OK, this is a peg to process.
734 :     # It's easy if we're compatible.
735 :     #
736 :    
737 :     ($fid, $genome, @aliases) = split(/\t/, $_);
738 :    
739 :     if ($session_info{compatible})
740 :     {
741 :     push(@$peg_output, ['peg', $fid]);
742 :     }
743 :     else
744 :     {
745 :     if (!$genomes_to_show{$genome})
746 :     {
747 :     push(@$genomes_to_show, $genome);
748 :     $genomes_to_show{$genome}++;
749 :     }
750 :     push(@$peg_output, ['peg_info', $fid, [@aliases], $genome]);
751 :     }
752 :     }
753 :     continue
754 :     {
755 :     $peg_num++;
756 :     }
757 :    
758 :     #
759 :     # Read the genomes file, returning information about genomes referenced
760 :     # in the pegs returned.
761 :     #
762 :    
763 :     my $n_left = @$genomes_to_show;
764 :    
765 :     open(my $gfh, "<$spool_dir/genomes") or die "Cannot open genomes file: $!";
766 :     while ($n_left > 0 and $_ = <$gfh>)
767 :     {
768 :     chomp;
769 :    
770 :     my($genome, $n_annos, $n_contigs, $n_nucs, $cksum) = split(/\t/);
771 :    
772 :     if ($genomes_to_show{$genome})
773 :     {
774 :     push(@$genome_output, [$genome, $n_contigs, $n_nucs, $cksum]);
775 :     $n_left--;
776 :     }
777 :     }
778 :     close($gfh);
779 :    
780 :     return [$peg_output, $genome_output];
781 :     }
782 : olson 1.6
783 :     sub finalize_pegs
784 :     {
785 :     my($self, $session, $request) = @_;
786 :     my($out);
787 :    
788 :     my $fig = new FIG;
789 :    
790 :     #
791 :     # Walk the request handling appropriately. This is fairly easy, as it
792 :     # is just a matter of pulling either sequence or location/contig data.
793 :     #
794 :    
795 :     for my $item (@$request)
796 :     {
797 :     my($what, $peg) = @$item;
798 :    
799 :     if ($what eq "peg_genome")
800 :     {
801 :     #
802 :     # Return the location and contig checksum for this peg.
803 :     #
804 :    
805 :     my $loc = $fig->feature_location($peg);
806 :     my $contig = $fig->contig_of($loc);
807 : olson 1.7 my $cksum = $fig->contig_checksum($fig->genome_of($peg), $contig);
808 :     warn "Checksum for '$loc' '$contig' is $cksum\n";
809 : olson 1.6
810 :     push(@$out, ['peg_loc', $peg,
811 :     $fig->strand_of($loc),
812 :     $fig->beg_of($loc), $fig->end_of($loc),
813 :     $cksum]);
814 :    
815 :     }
816 : olson 1.7 elsif ($what eq "peg_unknown")
817 : olson 1.6 {
818 :     my $seq = $fig->get_translation($peg);
819 :     push(@$out, ['peg_seq', $peg, $seq]);
820 :     }
821 :     }
822 :     return $out;
823 :     }
824 :    

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