[Bio] / FigKernelPackages / P2P.pm Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigKernelPackages/P2P.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.10 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1 #
2 :     # This module contains the code for the P2P update protocol.
3 :     #
4 :     # Package P2P contains the namespace declarations, and possibly toplevel utility
5 :     # routines. (get_relay ?)
6 :     #
7 :     # Package P2P::Relay contains methods for contacting the P2P relay service. The actual
8 :     # implementation of the relay service is not contained here - it is a standalone module
9 :     # that can be installed on a web server that does not have a full SEED installed.
10 :     #
11 :     # Package P2P::Requestor contains the requestor-side code for the update protocol.
12 :     #
13 :     # Package P2P::Service contains the web service implementation routines for the
14 :     # protocol.
15 :     #
16 :    
17 :     package P2P;
18 :    
19 :     use FIG_Config;
20 :    
21 :     use strict;
22 :     use Exporter;
23 :     use base qw(Exporter);
24 :    
25 :     use Data::Dumper;
26 :    
27 :     use vars qw(@EXPORT @EXPORT_OK);
28 :     @EXPORT = ();
29 :     @EXPORT_OK = qw($ns_p2p $ns_relay);
30 :    
31 :     our $ns_p2p = "http://thefig.info/schemas/p2p_update";
32 :     our $ns_relay = "http://thefig.info/schemas/p2p_relay";
33 :    
34 :     =pod
35 :    
36 :     =head1 perform_update($peer)
37 :    
38 :     Perform a peer-to-peer update with the given peer. $peer is an instance of
39 :     P2P::Requestor which can connect to the peer. It is expected that the
40 :     SEED infrastructure will create this requestor appropriately for the
41 :     particular circumstance (direct connection, thru relay, etc).
42 :    
43 :     This code executes the high-level protocol, maintaining state between
44 :     calls to the peer to exchange the actual information.
45 :    
46 :     =cut
47 :    
48 :     sub perform_update
49 :     {
50 :     my($fig, $peer, $last_update) = @_;
51 :    
52 :     my $ret = $peer->request_update($last_update);
53 :    
54 :     if (!$ret or ref($ret) ne "ARRAY")
55 :     {
56 :     die "perform_update: request_updated failed\n";
57 :     }
58 :    
59 :     my($session, $target_release, $num_annos, $num_pegs, $num_genomes,
60 :     $target_time, $compatible) = @$ret;
61 :    
62 :     print "perform_update: session=$session target=$target_release num_annos=$num_annos\n";
63 :     print " num_pegs=$num_pegs num_genomes=$num_genomes target_time=$target_time compat=$compatible\n";
64 :    
65 :     #
66 :     # We have the information now to begin the update process. Retrieve the pegs.
67 :     #
68 :    
69 :     $ret = $peer->get_pegs($session, 0, $num_pegs);
70 :    
71 :     if (!$ret or ref($ret) ne "ARRAY")
72 :     {
73 :     die "perform_update: get_pegs failed\n";
74 :     }
75 :    
76 :     my($peg_list, $genome_list) = @$ret;
77 :    
78 :     #
79 :     # Walk the peg-list to and generate @pegs_to_finalize.
80 :     #
81 :    
82 :     my(%peg_mapping, %genome_map );
83 :    
84 :     for my $peg_info (@$peg_list)
85 :     {
86 :     my($key, $peg, @rest) = @$peg_info;
87 :    
88 :     if ($key eq 'peg')
89 :     {
90 :     #
91 :     # Peg id is directly usable.
92 :     #
93 : olson 1.6 $peg_mapping{$peg} = $peg;
94 : olson 1.1 }
95 :     elsif ($key eq 'peg_info')
96 :     {
97 :     #
98 :     # Peg id not directly usable.
99 :     #
100 :    
101 :     my($alias_list, $genome_id) = @rest;
102 :    
103 :     for my $alias (@$alias_list)
104 :     {
105 :     my $mapped = $fig->by_alias($alias);
106 : olson 1.3 if ($mapped)
107 : olson 1.1 {
108 :     print "$peg maps to $mapped via $alias\n";
109 :     $peg_mapping{$peg}= $mapped;
110 :     last;
111 :     }
112 :     }
113 :    
114 :     #
115 :     # If we didn't succeed in mapping by alias,
116 :     # stash this in the list of pegs to be mapped by
117 :     # genome.
118 :     #
119 :    
120 :     if (!defined($peg_mapping{$peg}))
121 :     {
122 :     push(@{$genome_map{$genome_id}}, $peg);
123 : olson 1.4 print "$peg did not map\n";
124 : olson 1.1 }
125 :     }
126 :     }
127 :    
128 :     #
129 :     # finished first pass. Now go over the per-genome mappings that need to be made.
130 :     #
131 : olson 1.6 # $genome_map{$genome_id} is a list of pegs that reside on that genome.
132 :     # the pegs and genome id are both target-based identifiers.
133 :     #
134 :    
135 :     my @finalize_req = ();
136 : olson 1.7 my %local_genome;
137 : olson 1.1
138 :     for my $genome_info (@$genome_list)
139 :     {
140 :     my($genome, $n_contigs, $n_nucs, $cksum) = @$genome_info;
141 :    
142 : olson 1.5 next unless defined($genome_map{$genome});
143 : olson 1.1
144 : olson 1.6 #
145 :     # Determine if we have a local genome installed that matches precisely the
146 :     # genome on the target side.
147 :     #
148 : olson 1.1 my $my_genome = $fig->find_genome_by_content($genome, $n_contigs, $n_nucs, $cksum);
149 :    
150 : olson 1.6 my $pegs = $genome_map{$genome};
151 :    
152 : olson 1.1 if ($my_genome)
153 :     {
154 :     #
155 : olson 1.6 # We do have such a local genome. Generate a peg_genome request to
156 :     # get the location information from the target side.
157 : olson 1.1 #
158 : olson 1.7 # Also remember the local genome mapping for this peg.
159 :     #
160 :    
161 : olson 1.6 print "$genome mapped to $my_genome\n";
162 : olson 1.7 for my $peg (@$pegs)
163 :     {
164 :     push(@finalize_req, ['peg_genome', $peg]);
165 :     $local_genome{$peg} = $my_genome;
166 :     }
167 : olson 1.1
168 :     }
169 : olson 1.2 else
170 :     {
171 : olson 1.6 #
172 :     # We don't have such a genome. We need to retrieve the
173 :     # sequence data in order to finish mapping.
174 :     #
175 :     push(@finalize_req, map { ['peg_unknown', $_] } @$pegs);
176 :     }
177 :     }
178 :    
179 :     #
180 :     # If we need to finalize, make the call.
181 :     if (@finalize_req)
182 :     {
183 :     print Dumper(\@finalize_req);
184 :     $ret = $peer->finalize_pegs($session, \@finalize_req);
185 :    
186 :     if (!$ret or ref($ret) ne "ARRAY")
187 :     {
188 :     die "perform_update: finalize_pegs failed\n";
189 : olson 1.2 }
190 : olson 1.6
191 :     #
192 :     # The return is a list of either location entries or
193 : olson 1.7 # sequence data. Attempt to finish up the mapping.
194 : olson 1.6 #
195 :    
196 : olson 1.9
197 :     my $dbh = $fig->db_handle();
198 : olson 1.7 for my $entry (@$ret)
199 :     {
200 :     my($what, $peg, @rest) = @$entry;
201 :    
202 :     if ($what eq "peg_loc")
203 :     {
204 :     my($strand, $start, $end, $cksum) = @rest;
205 :    
206 :     #
207 :     # We have a contig location. Try to find a matching contig
208 :     # here, and see if it maps to something.
209 :     #
210 :    
211 :     my $my_genome = $local_genome{$peg};
212 :     my $local_contig = $fig->find_contig_with_checksum($my_genome, $cksum);
213 :     if ($local_contig)
214 :     {
215 : olson 1.8 print "$peg maps to local genome $my_genome and contig $local_contig start=$start end=$end strand=$strand\n";
216 :     #
217 : olson 1.9 # Now look up the local peg. We match on the end location; depending on the strand
218 :     # the feature is on, we want to look at either minloc or maxloc.
219 : olson 1.8 #
220 : olson 1.9
221 :     my $whichloc = $strand eq '-' ? "minloc" : "maxloc";
222 :    
223 :     my $res = $dbh->SQL(qq!SELECT id from features
224 :     WHERE $whichloc = $end and genome = '$my_genome' and
225 :     contig = '$local_contig'
226 :     !);
227 :    
228 :     if ($res and @$res == 1)
229 :     {
230 :     my($id) = $res->[0]->[0];
231 :     $peg_mapping{$peg} = $id;
232 :     print "Mapped $peg to $id via contigs\n";
233 :     }
234 :     else
235 :     {
236 : olson 1.10 print "Failed to map $peg via contigs\n";
237 : olson 1.9 }
238 : olson 1.7 }
239 :     else
240 :     {
241 :     print "Mapping failed for $my_genome checksum $cksum\n";
242 :     }
243 :     }
244 :     }
245 : olson 1.1 }
246 :     }
247 :    
248 :    
249 :     #############
250 :     #
251 :     # P2P Relay
252 :     #
253 :     #############
254 :    
255 :    
256 :     package P2P::Relay;
257 :     use strict;
258 :    
259 :     use Data::Dumper;
260 :     use SOAP::Lite;
261 :    
262 :     use P2P;
263 :    
264 :     sub new
265 :     {
266 :     my($class, $url) = @_;
267 :    
268 :     my $proxy = SOAP::Lite->uri($P2P::ns_relay)->proxy($url);
269 :    
270 :     my $self = {
271 :     url => $url,
272 :     proxy => $proxy,
273 :     };
274 :     return bless($self, $class);
275 :     }
276 :    
277 :     sub enumerate_annotation_systems
278 :     {
279 :     my($self) = @_;
280 :    
281 :     return $self->{proxy}->enumerate_annotation_systems()->result;
282 :     }
283 :    
284 :     sub fetch_queries
285 :     {
286 :     my($self, $id) = @_;
287 :    
288 :     my $reply = $self->{proxy}->fetch_queries($id);
289 :    
290 :     if ($reply->fault)
291 :     {
292 :     print "Failed to fetch queries: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
293 :     return undef;
294 :     }
295 :    
296 :     return $reply->result;
297 :     }
298 :    
299 :     sub deposit_answer
300 :     {
301 :     my($self, $id, $key, $answer) = @_;
302 :    
303 :     my $reply = $self->{proxy}->deposit_answer($id, $key,
304 :     SOAP::Data->type('base64')->value($answer));
305 :    
306 :     if ($reply->fault)
307 :     {
308 :     print "deposit_answer got fault: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
309 :     return undef;
310 :     }
311 :    
312 :     return $reply;
313 :     }
314 :    
315 :     =pod
316 :    
317 :     =head1 await_result
318 :    
319 :     Await the result from a possibly-asynchronous soap request.
320 :    
321 :     Look at the reply that we have. If it's a deferred reply, loop polling
322 :     the relay for the actual result.
323 :    
324 :     We determine if the reply is a deferred reply by examining the namespace
325 :     URI of the response. A response will be generated from the relay's namespace,
326 :     rather than that of the application itself.
327 :    
328 :     =cut
329 :    
330 :     sub await_result
331 :     {
332 :     my($self, $reply) = @_;
333 :    
334 :     while (1)
335 :     {
336 :     #
337 :     # Retrieve the namespace of the response, which is the first
338 :     # element in the body of the message.
339 :     #
340 :     my $ns = $reply->namespaceuriof('/Envelope/Body/[1]');
341 :     print "Reply ns=$ns want $P2P::ns_relay\n";
342 :    
343 :     if ($ns eq $P2P::ns_relay)
344 :     {
345 :     my $val = $reply->result;
346 :     print "got val=", Dumper($val);
347 :     if ($val->[0] eq 'deferred')
348 :     {
349 :     #
350 :     # Sleep a little, then try to retrieve the response.
351 :     #
352 :    
353 :     sleep(1);
354 :     my $id = $val->[1];
355 :    
356 :     print "Retrieving reply\n";
357 :     $reply = $self->{proxy}->call_completed($id);
358 :     }
359 :     else
360 :     {
361 :     #
362 :     # We're not sure what to do here..
363 :     #
364 :     return undef;
365 :     }
366 :     }
367 :     else
368 :     {
369 :     #
370 :     # We got an actual response. Return it.
371 :     #
372 :    
373 :     return $reply;
374 :     }
375 :     }
376 :     }
377 :    
378 :     #############
379 :     #
380 :     # P2P Requestor
381 :     #
382 :     #############
383 :    
384 :     package P2P::Requestor;
385 :     use strict;
386 :    
387 :     use Data::Dumper;
388 :    
389 :     use SOAP::Lite;
390 :     use P2P;
391 :    
392 :     #
393 :     # Create a new Requestor. It contains a reference to the FIG instance
394 :     # so that we can run the protocol completely from in here.
395 :     #
396 :    
397 :     sub new
398 :     {
399 :     my($class, $fig, $url, $peer_id, $relay) = @_;
400 :    
401 :     my $proxy = SOAP::Lite->uri($ns_p2p)->proxy($url);
402 :    
403 :     my $self = {
404 :     fig => $fig,
405 :     url => $url,
406 :     peer_id => $peer_id,
407 :     proxy => $proxy,
408 :     relay => $relay,
409 :     };
410 :     return bless($self, $class);
411 :     }
412 :    
413 :     #
414 :     # First step: Request an update.
415 :     #
416 :     # We need to determine some notion of what our release is, since we are not
417 :     # currently tagging them explicitly. Until we delve into this more,
418 :     # I am going to return a null release, which means the same-release
419 :     # optimization won't be able to kick in.
420 :     #
421 :     # We also need to determine the last time we got an update from this
422 :     # system.
423 :     #
424 :    
425 :     sub request_update
426 :     {
427 :     my($self, $last_update) = @_;
428 :    
429 :     my $rel = $self->{fig}->get_release_info();
430 :    
431 :     if (!defined($last_update))
432 :     {
433 :     $last_update = $self->{fig}->get_peer_last_update($self->{peer_id});
434 :     }
435 :    
436 :     my $reply = $self->{proxy}->request_update($rel, $last_update);
437 :    
438 :     if ($self->{relay})
439 :     {
440 :     $reply = $self->{relay}->await_result($reply);
441 :     }
442 :    
443 :     if ($reply->fault)
444 :     {
445 :     print "request_update triggered fault: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
446 :     return undef;
447 :     }
448 :    
449 :     return $reply->result;
450 :     }
451 :    
452 :     =pod
453 :    
454 :     =head1 get_pegs($session_id, $start, $length)
455 :    
456 :    
457 :     =cut
458 :    
459 :     sub get_pegs
460 :     {
461 :     my($self, $session_id, $start, $length) = @_;
462 :    
463 :     return $self->call("get_pegs", $session_id, $start, $length);
464 :     }
465 :    
466 : olson 1.6 sub finalize_pegs
467 :     {
468 :     my($self, $session_id, $request) = @_;
469 :    
470 :     return $self->call("finalize_pegs", $session_id, $request);
471 :     }
472 :    
473 : olson 1.1 sub call
474 :     {
475 :     my($self, $func, @args) = @_;
476 :    
477 :     my $reply = $self->{proxy}->$func(@args);
478 :    
479 :     if ($self->{relay})
480 :     {
481 :     $reply = $self->{relay}->await_result($reply);
482 :     }
483 :    
484 :     if ($reply->fault)
485 :     {
486 :     print "$func triggered fault: ", $reply->faultcode, " ", $reply->faultstring, "\n";
487 :     return undef;
488 :     }
489 :    
490 :     return $reply->result;
491 :     }
492 :    
493 :    
494 :     #############
495 :     #
496 :     # P2P Service
497 :     #
498 :     # Code in this module is invoked on the target on behalf of a requestor.
499 :     #
500 :     #############
501 :    
502 :     package P2P::Service;
503 :    
504 :     use Data::Dumper;
505 :    
506 :     use FIG;
507 :     use FIG_Config;
508 :     use strict;
509 :    
510 :     use File::Temp qw(tempdir);
511 :     use File::Basename;
512 :    
513 :     sub request_update
514 :     {
515 :     my($class, $his_release, $last_update)= @_;
516 :    
517 :     #
518 :     # Verify input.
519 :     #
520 :    
521 :     if ($last_update !~ /^\d+$/)
522 :     {
523 :     die "request_update: last_update must be a number (not '$last_update')\n";
524 :     }
525 :    
526 :     #
527 :     # Create a new session id and a spool directory to use for storage
528 :     # of information about it. This can go in the tempdir since it is
529 :     # not persistent.
530 :     #
531 :    
532 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::temp/p2p_spool");
533 :     #my $spool_dir = tempdir(DIR => "$FIG_Config::temp/p2p_spool");
534 :    
535 :     my $spool_dir = "$FIG_Config::temp/p2p_spool/test";
536 :     &FIG::verify_dir($spool_dir);
537 :    
538 :     my $session_id = basename($spool_dir);
539 :     my $now = time;
540 :    
541 :     #
542 :     # Gather the list of pegs and annotations for the update.
543 :     #
544 :    
545 :     my $fig = new FIG;
546 :    
547 :     my $all_genomes = [$fig->genomes];
548 :    
549 :     my %all_genomes = map { $_ => 1 } @$all_genomes;
550 :    
551 :     my %pegs;
552 :    
553 :     my $num_annos = 0;
554 :     my $num_genomes = 0;
555 :     my $num_pegs = 0;
556 :    
557 :     my $anno_fh;
558 :     open($anno_fh, ">$spool_dir/annos");
559 :    
560 :     my $peg_fh;
561 :     open($peg_fh, ">$spool_dir/pegs");
562 :    
563 :     my $genome_fh;
564 :     open($genome_fh, ">$spool_dir/genomes");
565 :    
566 :     for my $genome (@$all_genomes)
567 :     {
568 :     my $num_annos_for_genome = 0;
569 :    
570 :     my $genome_dir = "$FIG_Config::organisms/$genome";
571 :     next unless -d $genome_dir;
572 :    
573 :     my $afh;
574 :     if (open($afh, "$genome_dir/annotations"))
575 :     {
576 :     my($fid, $anno_time, $who, $anno_text);
577 :     local($/);
578 :     $/ = "//\n";
579 :     while (my $ann = <$afh>)
580 :     {
581 :     chomp $ann;
582 :    
583 :     if ((($fid, $anno_time, $who, $anno_text) =
584 :     ($ann =~ /^(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\n(\d+)\n(\S+)\n(.*\S)/s)) and
585 :     $anno_time > $last_update)
586 :    
587 :     {
588 :     #
589 :     # Look up aliases if we haven't seen this fid before.
590 :     #
591 :    
592 :     if (!defined($pegs{$fid}))
593 :     {
594 :     my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
595 :    
596 :     print $peg_fh join("\t", $fid, $genome, @aliases), "\n";
597 :     $num_pegs++;
598 :     }
599 :    
600 :     print $anno_fh "$ann//\n";
601 :    
602 :     $pegs{$fid}++;
603 :    
604 :     $num_annos_for_genome++;
605 :     $num_annos++;
606 :     }
607 :     }
608 :     close($afh);
609 :     }
610 :    
611 :     #
612 :     # Determine genome information if we have annotations for this one.
613 :     #
614 :    
615 :     if ($num_annos_for_genome > 0)
616 :     {
617 :     $num_genomes++;
618 :     if (open(my $cfh, "<$genome_dir/COUNTS"))
619 :     {
620 :     if ($_ = <$cfh>)
621 :     {
622 :     chomp;
623 :     my($cgenome, $n_contigs, $total_nucs, $cksum) = split(/\t/, $_);
624 :     if ($cgenome ne $genome)
625 :     {
626 :     warn "Hm, $genome has a COUNTS file with genome=$cgenome that does not match\n";
627 :     }
628 :     else
629 :     {
630 :     print $genome_fh join("\t",
631 :     $genome, $num_annos_for_genome, $n_contigs,
632 :     $total_nucs, $cksum), "\n";
633 :     }
634 :     }
635 :     }
636 :     }
637 :    
638 :     }
639 :     close($anno_fh);
640 :     close($peg_fh);
641 :     close($genome_fh);
642 :    
643 :     print "Pegs: $num_pegs\n";
644 :     print "Genomes: $num_genomes\n";
645 :     print "Annos: $num_annos\n";
646 :    
647 :     #
648 :     # Check compatibility.
649 :     #
650 :    
651 :     my $my_release = $fig->get_release_info();
652 :     my $compatible = (defined($my_release) && ($my_release == $his_release)) ? 1 : 0;
653 :    
654 :     open(my $fh, ">$spool_dir/INFO");
655 :     print $fh "requestor_release\t$his_release\n";
656 :     print $fh "last_update\t$last_update\n";
657 :     print $fh "cur_update\t$now\n";
658 :     print $fh "target_release\t$my_release\n";
659 :     print $fh "compatible\t$compatible\n";
660 :     print $fh "num_pegs\t$num_pegs\n";
661 :     print $fh "num_genomes\t$num_genomes\n";
662 :     print $fh "num_annos\t$num_annos\n";
663 :     close($fh);
664 :    
665 :     return [$session_id, $my_release, $num_annos, $num_pegs, $num_genomes, $now, $compatible];
666 :     }
667 :    
668 :    
669 :     sub get_pegs
670 :     {
671 :     my($self, $session_id, $start, $len) = @_;
672 :     my(%session_info);
673 :    
674 :     my $spool_dir = "$FIG_Config::temp/p2p_spool/$session_id";
675 :    
676 :     -d $spool_dir or die "Invalid session id $session_id";
677 :    
678 :     #
679 :     # Read in the cached information for this session.
680 :     #
681 :    
682 :     open(my $info_fh, "<$spool_dir/INFO") or die "Cannot open INFO file: $!";
683 :     while (<$info_fh>)
684 :     {
685 :     chomp;
686 :     my($var, $val) = split(/\t/, $_, 2);
687 :     $session_info{$var} = $val;
688 :     }
689 :     close($info_fh);
690 :    
691 :     #
692 :     # Sanity check start and length.
693 :     #
694 :    
695 :     if ($start < 0 or $start >= $session_info{num_pegs})
696 :     {
697 :     die "Invalid start position $start";
698 :     }
699 :    
700 :     if ($len < 0 or ($start + $len - 1) >= $session_info{num_pegs})
701 :     {
702 :     die "Invalid length $len";
703 :     }
704 :    
705 :     #
706 :     # Open file, spin to the starting line, then start reading.
707 :     #
708 :    
709 :     open(my $peg_fh, "<$spool_dir/pegs") or die "Cannot open pegs file: $!";
710 :    
711 :     my $peg_output = [];
712 :     my $genome_output = [];
713 :    
714 :     my $peg_num = 0;
715 :     my $genomes_to_show = [];
716 :     my %genomes_to_show;
717 :    
718 :     my($fid, $genome, @aliases);
719 :    
720 :     while (<$peg_fh>)
721 :     {
722 :     next if ($peg_num < $start);
723 :    
724 :     last if ($peg_num > ($start + $len));
725 :    
726 :     chomp;
727 :    
728 :     #
729 :     # OK, this is a peg to process.
730 :     # It's easy if we're compatible.
731 :     #
732 :    
733 :     ($fid, $genome, @aliases) = split(/\t/, $_);
734 :    
735 :     if ($session_info{compatible})
736 :     {
737 :     push(@$peg_output, ['peg', $fid]);
738 :     }
739 :     else
740 :     {
741 :     if (!$genomes_to_show{$genome})
742 :     {
743 :     push(@$genomes_to_show, $genome);
744 :     $genomes_to_show{$genome}++;
745 :     }
746 :     push(@$peg_output, ['peg_info', $fid, [@aliases], $genome]);
747 :     }
748 :     }
749 :     continue
750 :     {
751 :     $peg_num++;
752 :     }
753 :    
754 :     #
755 :     # Read the genomes file, returning information about genomes referenced
756 :     # in the pegs returned.
757 :     #
758 :    
759 :     my $n_left = @$genomes_to_show;
760 :    
761 :     open(my $gfh, "<$spool_dir/genomes") or die "Cannot open genomes file: $!";
762 :     while ($n_left > 0 and $_ = <$gfh>)
763 :     {
764 :     chomp;
765 :    
766 :     my($genome, $n_annos, $n_contigs, $n_nucs, $cksum) = split(/\t/);
767 :    
768 :     if ($genomes_to_show{$genome})
769 :     {
770 :     push(@$genome_output, [$genome, $n_contigs, $n_nucs, $cksum]);
771 :     $n_left--;
772 :     }
773 :     }
774 :     close($gfh);
775 :    
776 :     return [$peg_output, $genome_output];
777 :     }
778 : olson 1.6
779 :     sub finalize_pegs
780 :     {
781 :     my($self, $session, $request) = @_;
782 :     my($out);
783 :    
784 :     my $fig = new FIG;
785 :    
786 :     #
787 :     # Walk the request handling appropriately. This is fairly easy, as it
788 :     # is just a matter of pulling either sequence or location/contig data.
789 :     #
790 :    
791 :     for my $item (@$request)
792 :     {
793 :     my($what, $peg) = @$item;
794 :    
795 :     if ($what eq "peg_genome")
796 :     {
797 :     #
798 :     # Return the location and contig checksum for this peg.
799 :     #
800 :    
801 :     my $loc = $fig->feature_location($peg);
802 :     my $contig = $fig->contig_of($loc);
803 : olson 1.7 my $cksum = $fig->contig_checksum($fig->genome_of($peg), $contig);
804 :     warn "Checksum for '$loc' '$contig' is $cksum\n";
805 : olson 1.6
806 :     push(@$out, ['peg_loc', $peg,
807 :     $fig->strand_of($loc),
808 :     $fig->beg_of($loc), $fig->end_of($loc),
809 :     $cksum]);
810 :    
811 :     }
812 : olson 1.7 elsif ($what eq "peg_unknown")
813 : olson 1.6 {
814 :     my $seq = $fig->get_translation($peg);
815 :     push(@$out, ['peg_seq', $peg, $seq]);
816 :     }
817 :     }
818 :     return $out;
819 :     }
820 :    

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3