[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.69, Fri Aug 29 21:55:02 2008 UTC revision 1.70, Wed Sep 3 20:30:22 2008 UTC
# Line 374  Line 374 
374    
375  }  }
376    
377  =head  =head3 get_attributes
378      provides layer of abstraction between tools and underlying access method to Attribute Server      provides layer of abstraction between tools and underlying access method to Attribute Server
379  =cut  =cut
380    
# Line 1531  Line 1531 
1531      #color is      #color is
1532      my $color = "6";      my $color = "6";
1533    
 =head3  
1534    
     if($cello_location){  
         my $cello_descriptions = [];  
         my $line_data =[];  
   
         my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',  
                             'short_title' => 'CELLO',  
                             'hover_title' => 'Localization',  
                             'basepair_offset' => '1' };  
   
         my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',  
                                           "value" => $cello_location};  
   
         push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);  
   
         my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',  
                                        "value" => $cello_score};  
   
         push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);  
   
         my $element_hash = {  
             "title" => "CELLO",  
             "color"=> $color,  
             "start" => "1",  
             "end" =>  $length + 1,  
             "zlayer" => '1',  
             "description" => $cello_descriptions};  
   
         push(@$line_data,$element_hash);  
         $gd->add_line($line_data, $line_config);  
     }  
   
     $color = "2";  
     if($tmpred_score){  
         my $line_data =[];  
         my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',  
                             'short_title' => 'Transmembrane',  
                             'basepair_offset' => '1' };  
   
         foreach my $tmpred (@tmpred_locations){  
             my $descriptions = [];  
             my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);  
             my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',  
                              "value" => $tmpred_score};  
   
             push(@$descriptions,$description_tmpred_score);  
   
             my $element_hash = {  
             "title" => "transmembrane location",  
             "start" => $begin + 1,  
             "end" =>  $end + 1,  
             "color"=> $color,  
             "zlayer" => '5',  
             "type" => 'box',  
             "description" => $descriptions};  
1535    
1536              push(@$line_data,$element_hash);  #    if($cello_location){
1537    #       my $cello_descriptions = [];
1538    #       my $line_data =[];
1539    #
1540    #       my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1541    #                           'short_title' => 'CELLO',
1542    #                            'hover_title' => 'Localization',
1543    #                           'basepair_offset' => '1' };
1544    #
1545    #       my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1546    #                                         "value" => $cello_location};
1547    #
1548    #       push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1549    #
1550    #       my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1551    #                                      "value" => $cello_score};
1552    #
1553    #       push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1554    #
1555    #       my $element_hash = {
1556    #           "title" => "CELLO",
1557    #           "color"=> $color,
1558    #           "start" => "1",
1559    #           "end" =>  $length + 1,
1560    #           "zlayer" => '1',
1561    #           "description" => $cello_descriptions};
1562    #
1563    #       push(@$line_data,$element_hash);
1564    #       $gd->add_line($line_data, $line_config);
1565    #    }
1566    #
1567    #    $color = "2";
1568    #    if($tmpred_score){
1569    #       my $line_data =[];
1570    #       my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1571    #                           'short_title' => 'Transmembrane',
1572    #                           'basepair_offset' => '1' };
1573    #
1574    #       foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1575    #           my $descriptions = [];
1576    #           my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1577    #           my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1578    #                            "value" => $tmpred_score};
1579    #
1580    #           push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1581    #
1582    #           my $element_hash = {
1583    #           "title" => "transmembrane location",
1584    #           "start" => $begin + 1,
1585    #           "end" =>  $end + 1,
1586    #           "color"=> $color,
1587    #           "zlayer" => '5',
1588    #           "type" => 'box',
1589    #           "description" => $descriptions};
1590    #
1591    #           push(@$line_data,$element_hash);
1592    #
1593    #       }
1594    #       $gd->add_line($line_data, $line_config);
1595    #    }
1596    
         }  
         $gd->add_line($line_data, $line_config);  
     }  
 =cut  
1597    
1598      if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){      if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1599          my $line_data =[];          my $line_data =[];
# Line 1645  Line 1645 
1645          $gd->add_line($line_data, $line_config);          $gd->add_line($line_data, $line_config);
1646      }      }
1647    
 =head3  
     $color = "1";  
     if($signal_peptide_score){  
         my $line_data = [];  
         my $descriptions = [];  
   
         my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',  
                             'short_title' => 'SignalP',  
                             'hover_title' => 'Localization',  
                             'basepair_offset' => '1' };  
1648    
1649          my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',  #    $color = "1";
1650                                                  "value" => $signal_peptide_score};  #    if($signal_peptide_score){
1651    #       my $line_data = [];
1652          push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);  #       my $descriptions = [];
1653    #
1654          my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',  #       my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1655                                           "value" => $cleavage_prob};  #                           'short_title' => 'SignalP',
1656    #                            'hover_title' => 'Localization',
1657          push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);  #                           'basepair_offset' => '1' };
1658    #
1659          my $element_hash = {  #       my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1660              "title" => "SignalP",  #                                               "value" => $signal_peptide_score};
1661              "start" => $cleavage_loc_begin - 2,  #
1662              "end" =>  $cleavage_loc_end + 1,  #       push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1663              "type" => 'bigbox',  #
1664              "color"=> $color,  #       my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1665              "zlayer" => '10',  #                                        "value" => $cleavage_prob};
1666              "description" => $descriptions};  #
1667    #       push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1668    #
1669    #       my $element_hash = {
1670    #           "title" => "SignalP",
1671    #           "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1672    #           "end" =>  $cleavage_loc_end + 1,
1673    #           "type" => 'bigbox',
1674    #           "color"=> $color,
1675    #           "zlayer" => '10',
1676    #           "description" => $descriptions};
1677    #
1678    #       push(@$line_data,$element_hash);
1679    #       $gd->add_line($line_data, $line_config);
1680    #    }
1681    
         push(@$line_data,$element_hash);  
         $gd->add_line($line_data, $line_config);  
     }  
 =cut  
1682    
1683      return ($gd);      return ($gd);
1684    
# Line 2301  Line 2301 
2301          # get the linked fig id          # get the linked fig id
2302          my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;          my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;
2303          my $fig_data =  "<table><tr><td><a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a></td>" . "&nbsp;" x 2;          my $fig_data =  "<table><tr><td><a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a></td>" . "&nbsp;" x 2;
2304          $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='./Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);          $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='$FIG_Config::cgi_url/Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);
2305          my $fig_col = {'data'=> $fig_data,          my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2306                         'highlight'=>$white};                         'highlight'=>$white};
2307    

Legend:
Removed from v.1.69  
changed lines
  Added in v.1.70

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3