[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.65, Thu Aug 7 19:22:46 2008 UTC revision 1.66, Mon Aug 18 20:25:42 2008 UTC
# Line 420  Line 420 
420      my $content = [];      my $content = [];
421      my $row = [];      my $row = [];
422    
423      my $org_name = $fig->org_of($fid);      my $org_name = "Data not available";
424        if ( $fig->org_of($fid)){
425            $org_name = $fig->org_of($fid);
426        }
427      my $org_id = $fig->genome_of($fid);      my $org_id = $fig->genome_of($fid);
428      my $function = $fig->function_of($fid);      my $function = $fig->function_of($fid);
429      #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);      #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
# Line 540  Line 543 
543    
544      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
545      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
546        my $seen = {};
547      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
548          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
549          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
550          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
551          my $name = $parts[1];          my $name = $parts[1];
552            next if ($seen->{$name});
553            $seen->{$name}++;
554          #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));          #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
555    
556          if($domain_classes->{$parts[0]}){          if($domain_classes->{$parts[0]}){
# Line 740  Line 745 
745        @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;        @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;
746      }      }
747    
748        my $seen_sims={};
749      foreach my $sim (@tmp){      foreach my $sim (@tmp){
750          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
751            next if ($seen_sims->{$hit});
752            $seen_sims->{$hit}++;
753          my $percent = $sim->[2];          my $percent = $sim->[2];
754          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
755          my $qfrom = $sim->[6];          my $qfrom = $sim->[6];
# Line 752  Line 760 
760          my $hlength = $sim->[13];          my $hlength = $sim->[13];
761          my $db = get_database($hit);          my $db = get_database($hit);
762          my $func = $fig->function_of($hit);          my $func = $fig->function_of($hit);
763          my $organism = $fig->org_of($hit);          my $organism;
764            if ($fig->org_of($hit)){
765                $organism = $fig->org_of($hit);
766            }
767            else{
768                $organism = "Data not available";
769            }
770    
771          $dataset = {'class' => 'SIM',          $dataset = {'class' => 'SIM',
772                      'query' => $sim->[0],                      'query' => $sim->[0],
# Line 1146  Line 1160 
1160          my $id = $row->[0];          my $id = $row->[0];
1161          my $who = $row->[1];          my $who = $row->[1];
1162          my $assignment = $row->[2];          my $assignment = $row->[2];
1163          my $organism = $fig->org_of($id);          my $organism = "Data not available";
1164            if ($fig->org_of($id)){
1165                $organism = $fig->org_of($id);
1166            }
1167          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
1168          push(@$single_domain,$who);          push(@$single_domain,$who);
1169          push(@$single_domain,"<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>");          push(@$single_domain,"<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>");
# Line 1806  Line 1823 
1823      # evidence link      # evidence link
1824      my $evidence_link;      my $evidence_link;
1825      if ($peg =~ /^fig\|/){      if ($peg =~ /^fig\|/){
1826        $evidence_link = "?page=Evidence&feature=".$peg;        $evidence_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;
1827      }      }
1828      else{      else{
1829        my $db = &Observation::get_database($peg);        my $db = &Observation::get_database($peg);
# Line 2187  Line 2204 
2204    
2205      my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();      my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2206      my $figfams = new FFs($figfam_data);      my $figfams = new FFs($figfam_data);
2207        my $same_genome_flag = 0;
2208    
2209      my $func_color_offset=0;      my $func_color_offset=0;
2210      unshift(@$dataset, $query_fid);      unshift(@$dataset, $query_fid);
2211      foreach my $thing ( @$dataset){      for (my $thing_count=0;$thing_count<scalar @$dataset;$thing_count++){
2212          my ($id, $taxid, $iden, $ln1,$ln2,$b1,$b2,$e1,$e2,$d1,$d2,$color1,$color2,$reg1,$reg2);  #    foreach my $thing ( @$dataset){
2213            my $thing = $dataset->[$thing_count];
2214            my $next_thing = $dataset->[$thing_count+1] if (defined $dataset->[$thing_count+1]);
2215            my ($id, $taxid, $iden, $ln1,$ln2,$b1,$b2,$e1,$e2,$d1,$d2,$color1,$color2,$reg1,$reg2, $next_org);
2216          if ($thing eq $query_fid){          if ($thing eq $query_fid){
2217              $id = $thing;              $id = $thing;
2218              $taxid   = $fig->genome_of($id);              $taxid   = $fig->genome_of($id);
# Line 2219  Line 2240 
2240              $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};              $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};
2241              $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};              $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};
2242              $current_function = $thing->function;              $current_function = $thing->function;
2243                $next_org = $next_thing->organism if (defined $next_thing);
2244          }          }
2245    
2246          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
# Line 2226  Line 2248 
2248    
2249          # organisms cell          # organisms cell
2250          my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);          my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2251          my $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};  
2252            my $org_cell;
2253            if ( ($next_org ne $organism) && ($same_genome_flag == 0) ){
2254                $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
2255            }
2256            elsif ($next_org eq $organism){
2257                $org_cell = { 'data' =>  "<b>" . $organism . "</b>", 'highlight' => $org_color};
2258                $same_genome_flag = 1;
2259            }
2260            elsif ($same_genome_flag == 1){
2261                $org_cell = { 'data' =>  "<b>" . $organism . "</b>", 'highlight' => $org_color};
2262                $same_genome_flag = 0;
2263            }
2264    
2265          # checkbox cell          # checkbox cell
2266          my ($box_cell,$tax, $radio_cell);          my ($box_cell,$tax, $radio_cell);
# Line 2239  Line 2273 
2273          $white = '#999966' if ($id eq $query_fid);          $white = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2274          $org_color = '#999966' if ($id eq $query_fid);          $org_color = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2275          my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;          my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2276          my $checked = ""; $checked = "checked" if ($id eq $query_fid);          my $checked = "";
2277            #$checked = "checked" if ($id eq $query_fid);
2278          if ($id =~ /^fig\|/){          if ($id =~ /^fig\|/){
2279            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');" $checked>);            my $box = qq~<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');" $checked>~;
2280            my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$id" id="$field_name" >);            my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$id" id="$field_name" onClick="clearText('new_text_function')">);
2281            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2282            $radio_cell = { 'data'=>$radio, 'highlight'=>$white};            $radio_cell = { 'data'=>$radio, 'highlight'=>$white};
2283            $tax = $fig->genome_of($id);            $tax = $fig->genome_of($id);
# Line 2337  Line 2372 
2372              elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}              elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2373              elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}              elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2374              elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}              elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2375              elsif ($col =~ /conserved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}              elsif ($col =~ /conerved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2376              elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}              elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2377              elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}              elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2378              elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}              elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
# Line 3267  Line 3302 
3302          last if ($count > 10);          last if ($count > 10);
3303          my $row_data = [];          my $row_data = [];
3304          my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);          my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
3305            if ($fig->org_of($id)){
3306          $org = $fig->org_of($id);          $org = $fig->org_of($id);
3307            }
3308            else{
3309                $org = "Data not available";
3310            }
3311          $function = $fig->function_of($id);          $function = $fig->function_of($id);
3312          if ($mypeg ne $id){          if ($mypeg ne $id){
3313              $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";              $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";

Legend:
Removed from v.1.65  
changed lines
  Added in v.1.66

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3