[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.43, Tue Oct 16 15:38:50 2007 UTC revision 1.44, Tue Nov 27 20:13:21 2007 UTC
# Line 7  Line 7 
7  require Exporter;  require Exporter;
8  @EXPORT_OK = qw(get_objects);  @EXPORT_OK = qw(get_objects);
9    
10    use WebColors;
11    
12  use FIG_Config;  use FIG_Config;
13  #use strict;  #use strict;
14  #use warnings;  #use warnings;
# Line 1124  Line 1126 
1126          # construct the score link          # construct the score link
1127          my $score = $row->[0];          my $score = $row->[0];
1128          my $toid = $row->[1];          my $toid = $row->[1];
1129          my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?user=master&request=show_coupling_evidence&prot=$fid&to=$toid&SPROUT=";          my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?page=Annotation&feature=$fid";
1130          my $sc_link = "<a href=$link>$score</a>";          my $sc_link = "<a href='$link'>$score</a>";
1131    
1132          push(@$single_domain,$sc_link);          push(@$single_domain,$sc_link);
1133          push(@$single_domain,$row->[1]);          push(@$single_domain,$row->[1]);
# Line 1669  Line 1671 
1671              my $descriptions = [];              my $descriptions = [];
1672    
1673              # get subsystem information              # get subsystem information
1674              my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$peg;              my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;
1675              my $link;              my $link;
1676              $link = {"link_title" => $peg,              $link = {"link_title" => $peg,
1677                       "link" => $url_link};                       "link" => $url_link};
# Line 1683  Line 1685 
1685                  my $subsystem = $$array[0];                  my $subsystem = $$array[0];
1686                  push(@subsystems,$subsystem);                  push(@subsystems,$subsystem);
1687                  my $link;                  my $link;
1688                  $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",                  $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
1689                           "link_title" => $subsystem};                           "link_title" => $subsystem};
1690                  push(@$links_list,$link);                  push(@$links_list,$link);
1691              }              }
# Line 1926  Line 1928 
1928          # get the linked fig id          # get the linked fig id
1929          my $fig_col;          my $fig_col;
1930          if (defined ($e_identical{$id})){          if (defined ($e_identical{$id})){
1931              $fig_col = &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "*";              $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "*";
1932          }          }
1933          else{          else{
1934              $fig_col = &HTML::set_prot_links($cgi,$id);              $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id);
1935          }          }
1936    
1937          push (@$single_domain, $box_col, $fig_col, $thing->evalue,          push (@$single_domain, $box_col, $fig_col, $thing->evalue,
# Line 2149  Line 2151 
2151    
2152  sub color {  sub color {
2153      my ($evalue) = @_;      my ($evalue) = @_;
2154        my $palette = WebColors::get_palette('vitamins');
2155      my $color;      my $color;
2156      if ($evalue <= 1e-170){        $color = 51;    }      if ($evalue <= 1e-170){        $color = $palette->[0];    }
2157      elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = 52;    }      elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = $palette->[1];    }
2158      elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = 53;    }      elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = $palette->[2];    }
2159      elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = 54;    }      elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = $palette->[3];    }
2160      elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){        $color = 55;    }      elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){        $color = $palette->[4];    }
2161      elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){        $color = 56;    }      elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){        $color = $palette->[5];    }
2162      elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){        $color = 57;    }      elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){        $color = $palette->[6];    }
2163      elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){        $color = 58;    }      elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){        $color = $palette->[7];    }
2164      elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){        $color = 59;    }      elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){        $color = $palette->[8];    }
2165      else{        $color = 60;    }      else{        $color = $palette->[9];    }
2166      return ($color);      return ($color);
2167  }  }
2168    
# Line 2370  Line 2373 
2373    
2374              # get subsystem information              # get subsystem information
2375              my $function = $fig->function_of($fid1);              my $function = $fig->function_of($fid1);
2376              my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$fid1;              my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$fid1;
2377    
2378              my $link;              my $link;
2379              $link = {"link_title" => $fid1,              $link = {"link_title" => $fid1,
# Line 2385  Line 2388 
2388                  $ss =~ s/_/ /ig;                  $ss =~ s/_/ /ig;
2389                  push (@subsystems, $ss);                  push (@subsystems, $ss);
2390                  my $link;                  my $link;
2391                  $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",                  $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
2392                           "link_title" => $ss};                           "link_title" => $ss};
2393                  push(@$links_list,$link);                  push(@$links_list,$link);
2394              }              }

Legend:
Removed from v.1.43  
changed lines
  Added in v.1.44

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3