[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.41, Tue Oct 9 19:05:29 2007 UTC revision 1.42, Fri Oct 12 21:16:02 2007 UTC
# Line 321  Line 321 
321    
322      my $objects = [];      my $objects = [];
323      my @matched_datasets=();      my @matched_datasets=();
     #my $fig = new FIG;  
324    
325      # call function that fetches attribute based observations      # call function that fetches attribute based observations
326      # returns an array of arrays of hashes      # returns an array of arrays of hashes
# Line 412  Line 411 
411  =cut  =cut
412    
413  sub get_sims_summary {  sub get_sims_summary {
414      my ($observation, $fid, $taxes,$fig) = @_;      my ($observation, $fid, $taxes, $dataset, $fig) = @_;
     #my $fig = new FIG;  
415      my %families;      my %families;
416      my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"fig");      #my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"fig");
417    
418      foreach my $sim (@sims){      foreach my $thing (@$dataset) {
419          next if ($sim->[1] !~ /fig\|/);          next if ($thing->class ne "SIM");
420          my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);  
421            my $id      = $thing->acc;
422            my $evalue  = $thing->evalue;
423    
424            next if ($id !~ /fig\|/);
425            next if ($fig->is_deleted_fid($id));
426            my $genome = $fig->genome_of($id);
427          my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;          my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
428          my $taxonomy = $taxes->{$genome1};          my $taxonomy = $taxes->{$genome1};
429          #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($sim->[1])); # use this if the taxonomies have been updated          #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($id)); # use this if the taxonomies have been updated
430          my $parent_tax = "Root";          my $parent_tax = "Root";
431          my @currLineage = ($parent_tax);          my @currLineage = ($parent_tax);
432          foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){          foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
# Line 432  Line 436 
436              $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);              $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
437              if (defined ($families{evalue}{$tax})){              if (defined ($families{evalue}{$tax})){
438                  if ($sim->[10] < $families{evalue}{$tax}){                  if ($sim->[10] < $families{evalue}{$tax}){
439                      $families{evalue}{$tax} = $sim->[10];                      $families{evalue}{$tax} = $evalue;
440                      $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($sim->[10]);                      $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
441                  }                  }
442              }              }
443              else{              else{
444                  $families{evalue}{$tax} = $sim->[10];                  $families{evalue}{$tax} = $evalue;
445                  $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($sim->[10]);                  $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
446              }              }
447    
448              $parent_tax = $tax;              $parent_tax = $tax;
# Line 647  Line 651 
651    
652      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
653      #my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
654      my @sims= $fig->nsims($fid,500,10,"fig");      my @sims= $fig->sims($fid,500,10,"fig");
655      my ($dataset);      my ($dataset);
656    
657      foreach my $sim (@sims){      foreach my $sim (@sims){
658            next if ($fig->is_deleted_fid($sim->[1]));
659          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
660          my $percent = $sim->[2];          my $percent = $sim->[2];
661          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
# Line 1760  Line 1765 
1765      my $descriptions = [];      my $descriptions = [];
1766    
1767      my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");      my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");
1768        my @domain_query_results = ();
1769      foreach $dqr (@domain_query_results){      foreach $dqr (@domain_query_results){
1770          my $key = @$dqr[1];          my $key = @$dqr[1];
1771          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
# Line 1892  Line 1897 
1897    
1898      my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);      my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
1899      my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);      my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);
1900        #my $alias_col = {};
1901    
1902      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
1903          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
# Line 1940  Line 1946 
1946              elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TIGR"});}              elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TIGR"});}
1947              elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"PIR"});}              elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"PIR"});}
1948              elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"KEGG"});}              elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"KEGG"});}
1949              elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"});}              #elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"});}
1950              elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"ASAP"});}              elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"ASAP"});}
1951              elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"JGI"});}              elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"JGI"});}
1952              elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$lineages->{$tax});}              elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$lineages->{$tax});}
1953          }          }
1954          push(@$data,$single_domain);          push(@$data,$single_domain);
1955      }      }
   
1956      if ($count >0 ){      if ($count >0 ){
1957          $content = $data;          $content = $data;
1958      }      }
# Line 2180  Line 2185 
2185      my $compare_or_coupling = $self->context;      my $compare_or_coupling = $self->context;
2186      my $gd_window_size = $gd->window_size;      my $gd_window_size = $gd->window_size;
2187      my $range = $gd_window_size;      my $range = $gd_window_size;
     #my $fig = new FIG;  
2188      my $all_regions = [];      my $all_regions = [];
2189      my $gene_associations={};      my $gene_associations={};
2190    
# Line 2220  Line 2224 
2224    
2225      # call genes in region      # call genes in region
2226      my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);      my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2227        #foreach my $feat (@$target_gene_features){
2228        #   push (@$all_regions, $feat) if ($feat =~ /peg/);
2229        #}
2230      push(@$all_regions,$target_gene_features);      push(@$all_regions,$target_gene_features);
2231      my (@start_array_region);      my (@start_array_region);
2232      push (@start_array_region, $offset);      push (@start_array_region, $offset);
2233    
2234      my %all_genes;      my %all_genes;
2235      my %all_genomes;      my %all_genomes;
2236      foreach my $feature (@$target_gene_features){ $all_genes{$feature} = $fid; $gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$fid;}      foreach my $feature (@$target_gene_features){
2237            #if ($feature =~ /peg/){
2238                $all_genes{$feature} = $fid; $gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$fid;
2239            #}
2240        }
2241    
2242      my @selected_sims;      my @selected_sims;
2243    
2244      if ($compare_or_coupling eq "sims"){      if ($compare_or_coupling eq "sims"){
# Line 2312  Line 2324 
2324    
2325      }      }
2326    
2327      print STDERR "START CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: " . `date`;      #print STDERR "START CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: " . `date`;
2328      # cluster the genes      # cluster the genes
2329      my @all_pegs = keys %all_genes;      my @all_pegs = keys %all_genes;
2330      my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);      my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);
2331      print STDERR "END CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: ". `date`;      #print STDERR "END CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: ". `date`;
2332      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs(\@all_pegs);      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs(\@all_pegs);
2333    
2334      foreach my $region (@$all_regions){      foreach my $region (@$all_regions){
# Line 2529  Line 2541 
2541      }      }
2542    
2543      for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {      for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2544          foreach $sim ($fig->nsims($all_pegs->[$i],500,10,"raw")) {          foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,10,"raw")) {
2545              if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {              if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
2546                  foreach $y (@$x) {                  foreach $y (@$x) {
2547                      push(@{$conn{$i}},$y);                      push(@{$conn{$i}},$y);
# Line 2596  Line 2608 
2608          $org = $fig->org_of($id);          $org = $fig->org_of($id);
2609          $function = $fig->function_of($id);          $function = $fig->function_of($id);
2610          if ($mypeg ne $id){          if ($mypeg ne $id){
2611              $function_cell = qq(<input type=radio name=function id=$id value=$id onClick="clearText('newAnnotation');">&nbsp;&nbsp;$function);              $function_cell = qq(<input type=radio name=function id=$id value=$function onClick="clearText('newAnnotation');">&nbsp;&nbsp;$function);
2612              $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);              $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2613              if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}              if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
2614          }          }

Legend:
Removed from v.1.41  
changed lines
  Added in v.1.42

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3