[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.30, Tue Aug 21 17:05:00 2007 UTC revision 1.31, Tue Aug 21 21:21:24 2007 UTC
# Line 320  Line 320 
320          my %domain_classes;          my %domain_classes;
321          my @attributes = $fig->get_attributes($fid);          my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
322          $domain_classes{'CDD'} = 1;          $domain_classes{'CDD'} = 1;
323          get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);          #get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);
324          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes);          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes);
325          get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);          get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);
326          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);
# Line 1718  Line 1718 
1718  =cut  =cut
1719    
1720  sub display_table {  sub display_table {
1721      my ($self,$dataset, $preference, $columns) = @_;      my ($self,$dataset, $columns, $query_fid) = @_;
1722    
1723      my $data = [];      my $data = [];
1724      my $count = 0;      my $count = 0;
# Line 1731  Line 1731 
1731          push (@ids, $thing->acc);          push (@ids, $thing->acc);
1732      }      }
1733    
1734      my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %code_attributes);      my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical);
1735      foreach my $col (@$columns){      foreach my $col (@$columns){
1736          # get the column for the subsystems          # get the column for the subsystems
1737          if ($col eq "subsystem"){          if ($col eq "subsystem"){
# Line 1743  Line 1743 
1743          }          }
1744      }      }
1745    
1746        my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid);
1747    
1748      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
1749          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
1750          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
# Line 1767  Line 1769 
1769          my $pair_name = "visual_" . $id;          my $pair_name = "visual_" . $id;
1770          my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);          my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1771    
1772          my $prefer_id = &get_prefer($thing->acc, $preference);          # get the linked fig id
1773          my $acc_col .= &HTML::set_prot_links($cgi,$prefer_id);          my $fig_col;
1774          my $db = $thing->database;          if (defined ($e_identical{$id})){
1775          if ($preference ne "FIG"){              $fig_col = &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "*";
1776              $db = &Observation::get_database($prefer_id);          }
1777            else{
1778                $fig_col = &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
1779          }          }
1780    
1781          push(@$single_domain,$box_col);                        # permanent column          push(@$single_domain,$box_col);                        # permanent column
1782          push(@$single_domain,$acc_col);                        # permanent column          push(@$single_domain,$fig_col);                        # permanent column
1783          push(@$single_domain,$thing->evalue);                  # permanent column          push(@$single_domain,$thing->evalue);                  # permanent column
1784          push(@$single_domain,"$iden\%");                       # permanent column          push(@$single_domain,"$iden\%");                       # permanent column
1785          push(@$single_domain,$reg1);                           # permanent column          push(@$single_domain,$reg1);                           # permanent column
# Line 1784  Line 1788 
1788          push(@$single_domain,$thing->function);                # permanent column          push(@$single_domain,$thing->function);                # permanent column
1789          push(@$single_domain,$subsystems_column{$id}) if (grep (/subsystem/, @$columns));          push(@$single_domain,$subsystems_column{$id}) if (grep (/subsystem/, @$columns));
1790          push(@$single_domain,$evidence_column{$id}) if (grep (/evidence/, @$columns));          push(@$single_domain,$evidence_column{$id}) if (grep (/evidence/, @$columns));
1791            push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'NCBI')) if (grep (/ncbi_id/, @$columns));
1792            push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'RefSeq')) if (grep (/refseq_id/, @$columns));
1793            push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'SwissProt')) if (grep (/swissprot_id/, @$columns));
1794            push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'UniProt')) if (grep (/uniprot_id/, @$columns));
1795            push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'TIGR')) if (grep (/tigr_id/, @$columns));
1796            push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'PIR')) if (grep (/pir_id/, @$columns));
1797            push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'KEGG')) if (grep (/kegg_id/, @$columns));
1798            push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'TrEMBL')) if (grep (/trembl_id/, @$columns));
1799            push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'ASAP')) if (grep (/asap_id/, @$columns));
1800            push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'JGI')) if (grep (/jgi_id/, @$columns));
1801          push(@$data,$single_domain);          push(@$data,$single_domain);
1802      }      }
1803    
# Line 1831  Line 1845 
1845      return (%column);      return (%column);
1846  }  }
1847    
1848    sub get_essentially_identical{
1849        my ($fid) = @_;
1850        my $fig = new FIG;
1851    
1852        my %id_list;
1853        my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
1854    
1855        foreach my $id (@maps_to) {
1856            if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
1857                $id_list{$id} = 1;
1858            }
1859        }
1860        return(%id_list);
1861    }
1862    
1863    
1864  sub get_evidence_column{  sub get_evidence_column{
1865      my ($ids) = @_;      my ($ids) = @_;
1866      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
# Line 1878  Line 1908 
1908  sub get_prefer {  sub get_prefer {
1909      my ($fid, $db) = @_;      my ($fid, $db) = @_;
1910      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
1911        my $cgi = new CGI;
1912    
1913      my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);      my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
1914    
1915      foreach my $alias (@aliases){      foreach my $alias (@aliases){
1916          my $id_db = &Observation::get_database($alias);          my $id_db = &Observation::get_database($alias);
1917          if ($id_db eq $db){          if ($id_db eq $db){
1918              return ($alias);              my $acc_col .= &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
1919                return ($acc_col);
1920          }          }
1921      }      }
1922      return ($fid);      return (" ");
1923  }  }
1924    
1925  sub color {  sub color {

Legend:
Removed from v.1.30  
changed lines
  Added in v.1.31

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3