[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.14, Mon Jun 25 16:34:30 2007 UTC revision 1.15, Mon Jun 25 16:51:02 2007 UTC
# Line 410  Line 410 
410          my $pch_flag=0;          my $pch_flag=0;
411          my $location_flag = 0;          my $location_flag = 0;
412          my $sims_flag=0;          my $sims_flag=0;
413            my $cluster_flag = 0;
414          foreach my $class (@$classes){          foreach my $class (@$classes){
415              if($class =~ /(IPR|CDD|PFAM)/){              if($class =~ /(IPR|CDD|PFAM)/){
416                  $domain_classes{$class} = 1;                  $domain_classes{$class} = 1;
# Line 430  Line 431 
431              {              {
432                  $sims_flag = 1;                  $sims_flag = 1;
433              }              }
434                elsif ($class eq "CLUSTER")
435                {
436                    $cluster_flag = 1;
437                }
438          }          }
439    
440          if ($identical_flag ==1)          if ($identical_flag ==1)
# Line 452  Line 457 
457          {          {
458              get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets);              get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets);
459          }          }
460            if ($cluster_flag == 1)
461            {
462                get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets);
463            }
464    
465      }      }
466    
# Line 472  Line 481 
481          if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){          if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
482              $object = Observation::Sims->new($dataset);              $object = Observation::Sims->new($dataset);
483          }          }
484            if ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
485                $object = Observation::Cluster->new($dataset);
486            }
487          push (@$objects, $object);          push (@$objects, $object);
488      }      }
489    
# Line 702  Line 714 
714      }      }
715  }  }
716    
717    =head3 get_cluster_observations() (internal)
718    
719    This methods sets the type and class for cluster observations
720    
721    =cut
722    
723    sub get_cluster_observations{
724        my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
725    
726        $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
727                    'type' => 'fc'
728                    };
729        push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
730    }
731    
732    
733  =head3 get_sims_observations() (internal)  =head3 get_sims_observations() (internal)
734    
735  This methods retrieves sims fills the internal data structures.  This methods retrieves sims fills the internal data structures.
# Line 1672  Line 1700 
1700  }  }
1701    
1702    
   
   
     # call to see what is coupled to main peg  
     my ($ref_coupled_to) = $fig->coupled_to($fid);  
     my @coupled_to = @$ref_coupled_to;  
     my @array = ();  
   
     foreach my $key (@coupled_to)  
     {  
         my $coupled_peg = @$key[0];  
         my $score = @$key[1];  
   
         my $tmp = $score . "_" . $coupled_peg;  
         push (@array, $tmp);  
     }  
   
     my @new_array = sort {lc($b) cmp lc($a)} (@array);  
     my %hash = ();  
     my $count = 2;  
   
     foreach my $element (@new_array)  
     {  
         my ($score, $peg) = split ("_", $element);  
         $hash{$peg} = $count;  
         $count++;  
     }  
     foreach my $feature ($@genes_in_region)  
     {  
         # start populatign the $gd object (shapes and colors, links)  
   
   
     }  
   
     # call coupling_and_evidence  
   
     # read through each result and get the top hit  
   
     # call get_genes_in_region foreach of the top hit  
   
     foreach $tophit (@whatever)  
     {  
         #populate $gd object with the top hits (shapes, colors, links);  
   
     }  
   
   

Legend:
Removed from v.1.14  
changed lines
  Added in v.1.15

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3