[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.75, Thu Feb 5 18:54:17 2009 UTC revision 1.80, Mon Jun 29 16:49:01 2009 UTC
# Line 744  Line 744 
744      }      }
745    
746      my($id, $genome, @genomes, %sims);      my($id, $genome, @genomes, %sims);
747      my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand,$sim_filters);  #    my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand,$sim_filters);
748        my @tmp= $fig->sims($fid,1000000,$max_eval,$db_filter,$max_expand,$sim_filters);
749      @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;      @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;
750      my ($dataset);      my ($dataset);
751    
# Line 760  Line 761 
761      }      }
762    
763      my $seen_sims={};      my $seen_sims={};
764        my $count=1;
765      foreach my $sim (@tmp){      foreach my $sim (@tmp){
766    
767          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
768          next if ($seen_sims->{$hit});          next if ($seen_sims->{$hit});
769            next if ($hit =~ /nmpdr\||gnl\|md5\|/);
770          $seen_sims->{$hit}++;          $seen_sims->{$hit}++;
771    
772            last if ($count>$max_sims);
773            $count++;
774    
775          my $percent = $sim->[2];          my $percent = $sim->[2];
776          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
777          my $qfrom = $sim->[6];          my $qfrom = $sim->[6];
# Line 2246  Line 2254 
2254              $next_org = $next_thing->organism if (defined $next_thing);              $next_org = $next_thing->organism if (defined $next_thing);
2255          }          }
2256    
2257            next if ($id =~ /nmpdr\||gnl\|md5\|/);
2258    
2259          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
2260          $count++;          $count++;
2261    
# Line 2278  Line 2288 
2288          my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;          my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2289          my $checked = "";          my $checked = "";
2290          #$checked = "checked" if ($id eq $query_fid);          #$checked = "checked" if ($id eq $query_fid);
2291          if ($id =~ /^fig\|/){  #       if ($id =~ /^fig\|/){
2292            my $box = qq~<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');" $checked>~;            my $box = qq~<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');" $checked>~;
2293            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2294            $tax = $fig->genome_of($id);            $tax = $fig->genome_of($id) if ($id =~ /^fig\|/);
2295          }  #       }
2296          else{  #       else{
2297            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);  #         my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);
2298            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};  #         $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2299          }  #       }
2300    
2301          # create the radio cell for any sequence, not just fig ids          # create the radio cell for any sequence, not just fig ids
2302          my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$current_function" id="$field_name" onClick="clearText('new_text_function')">);          my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$current_function" id="$field_name" onClick="clearText('new_text_function')">);
# Line 2294  Line 2304 
2304    
2305          # get the linked fig id          # get the linked fig id
2306          my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;          my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;
2307          my $fig_data =  "<table><tr><td><a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a></td>" . "&nbsp;" x 2;  
2308            my $fig_data;
2309            if ($id =~ /^fig\|/)
2310            {
2311                $fig_data =  "<table><tr><td><a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a></td>" . "&nbsp;" x 2;
2312            }
2313            else
2314            {
2315                my $url_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2316                $fig_data = "<table><tr><td>$url_link</td>". "&nbsp;" x 2;
2317            }
2318          $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='$FIG_Config::cgi_url/Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);          $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='$FIG_Config::cgi_url/Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);
2319          my $fig_col = {'data'=> $fig_data,          my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2320                         'highlight'=>$white};                         'highlight'=>$white};
# Line 2351  Line 2371 
2371    
2372          if ( ( $application->session->user) ){          if ( ( $application->session->user) ){
2373              my $user = $application->session->user;              my $user = $application->session->user;
2374              if ($user && $user->has_right(undef, 'annotate', 'genome', $fig->genome_of($id))) {              if ($user && $user->has_right(undef, 'annotate', 'genome')) {
2375                  push (@$single_domain,$radio_cell);                  push (@$single_domain,$radio_cell);
2376              }              }
2377          }          }
# Line 2513  Line 2533 
2533      my $organism = $fig->org_of($id);      my $organism = $fig->org_of($id);
2534      my $single_domain = [];      my $single_domain = [];
2535    
2536      # organisms cell      # organisms cell comehere2
2537      my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);      my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2538      my $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};      my $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
2539    
2540      # get the linked fig id      # get the linked fig id
2541      my $fig_data =  "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";      my $fig_data;
2542        if ($id =~ /^fig\|/)
2543        {
2544            $fig_data =  "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";
2545        }
2546        else
2547        {
2548            my $url_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2549            $fig_data = "<table><tr><td>$url_link</td>". "&nbsp;" x 2;
2550        }
2551    
2552      my $fig_col = {'data'=> $fig_data,      my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2553                     'highlight'=>"#ffffff"};                     'highlight'=>"#ffffff"};
2554    
2555        # get sequence length
2556        my $length_col = {'data'=> $fig->translation_length($id),
2557                          'highlight'=>"#ffffff"};
2558    
2559      # function cell      # function cell
2560      $function_cell = {'data'=>$current_function, 'highlight'=> "#ffffff"};      $function_cell = {'data'=>$current_function, 'highlight'=> "#ffffff"};
2561    
2562      # insert data      # insert data
2563      push (@$single_domain, $fig_col, $org_cell, {'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>"#ffffff"}, $function_cell);      push (@$single_domain, $fig_col, $length_col, $org_cell, {'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>"#ffffff"}, $function_cell);
2564    
2565      foreach my $col (@$scroll_list){      foreach my $col (@$scroll_list){
2566        my $highlight_color = "#ffffff";        my $highlight_color = "#ffffff";
# Line 2610  Line 2644 
2644  sub get_subsystems_column{  sub get_subsystems_column{
2645      my ($ids,$fig,$cgi,$returnType) = @_;      my ($ids,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2646    
2647      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids,1);
2648      my ($column, $ss);      my ($column, $ss);
2649      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2650          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
# Line 3236  Line 3270 
3270      my @all_pegs = keys %all_genes;      my @all_pegs = keys %all_genes;
3271      my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);      my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);
3272      #print STDERR "END CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: ". `date`;      #print STDERR "END CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: ". `date`;
3273      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs(\@all_pegs);      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs(\@all_pegs,1);
3274    
3275      foreach my $region (@$all_regions){      foreach my $region (@$all_regions){
3276          my $sample_peg = @$region[0];          my $sample_peg = @$region[0];

Legend:
Removed from v.1.75  
changed lines
  Added in v.1.80

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3