[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.4, Wed Jun 13 16:40:25 2007 UTC revision 1.80, Mon Jun 29 16:49:01 2009 UTC
# Line 1  Line 1 
1  package Observation;  package Observation;
2    
3    #use lib '/vol/ontologies';
4    use DBMaster;
5    use Data::Dumper;
6    
7  require Exporter;  require Exporter;
8  @EXPORT_OK = qw(get_objects);  @EXPORT_OK = qw(get_objects get_sims_objects);
9    
10  use strict;  use WebColors;
11  use warnings;  use WebConfig;
12    
13  1;  use FIG_Config;
14    use LWP::Simple;
15    #use strict;
16    #use warnings;
17    use HTML;
18    use FFs;
19    
20  # $Id$  1;
21    
22  =head1 NAME  =head1 NAME
23    
# Line 21  Line 30 
30    
31  The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).  The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
32    
 Example:  
   
 use FIG;  
 use Observation;  
   
 my $fig = new FIG;  
 my $fid = "fig|83333.1.peg.3";  
   
 my $observations = Observation::get_objects($fid);  
 foreach my $observation (@$observations) {  
     print "ID: " . $fid . "\n";  
     print "Start: " . $observation->start() . "\n";  
     ...  
 }  
   
 B<return an array of objects>  
   
   
 print "$Observation->acc\n" prints the Accession number if present for the Observation  
   
33  =cut  =cut
34    
35  =head1 BACKGROUND  =head1 BACKGROUND
# Line 64  Line 53 
53    
54  The public methods this package provides are listed below:  The public methods this package provides are listed below:
55    
56    
57    =head3 context()
58    
59    Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
60    
61    =cut
62    
63    sub context {
64      my ($self) = @_;
65    
66      return $self->{context};
67    }
68    
69    =head3 rows()
70    
71    each row in a displayed table
72    
73    =cut
74    
75    sub rows {
76      my ($self) = @_;
77    
78      return $self->{rows};
79    }
80    
81  =head3 acc()  =head3 acc()
82    
83  A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.  A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
# Line 72  Line 86 
86    
87  sub acc {  sub acc {
88    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
   
89    return $self->{acc};    return $self->{acc};
90  }  }
91    
92  =head3 description()  =head3 query()
   
 The description of the hit. Taken from the data or from the our Ontology database for some cases e.g. IPR or PFAM.  
93    
94  B<Please note:>  The query id
 Either remoteid or description is required.  
95    
96  =cut  =cut
97    
98  sub description {  sub query {
99    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
100        return $self->{query};
   return $self->{acc};  
101  }  }
102    
103    
104  =head3 class()  =head3 class()
105    
106  The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.  The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
# Line 100  Line 110 
110    
111  =over 9  =over 9
112    
113    =item IDENTICAL (seq)
114    
115  =item SIM (seq)  =item SIM (seq)
116    
117  =item BBH (seq)  =item BBH (seq)
# Line 114  Line 126 
126    
127  =item PFAM (dom)  =item PFAM (dom)
128    
129  =item SIGNALP (dom)  =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
130    
131  =item  CELLO(loc)  =item PDB (seq)
132    
133  =item TMHMM (loc)  =item TMHMM (loc)
134    
# Line 155  Line 167 
167  sub type {  sub type {
168    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
169    
170    return $self->{acc};    return $self->{type};
171  }  }
172    
173  =head3 start()  =head3 start()
# Line 182  Line 194 
194    return $self->{stop};    return $self->{stop};
195  }  }
196    
197  =head3 evalue()  =head3 start()
198    
199  E-value or P-Value if present.  Start of hit in query sequence.
200    
201  =cut  =cut
202    
203  sub evalue {  sub qstart {
204    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
205    
206    return $self->{evalue};      return $self->{qstart};
207  }  }
208    
209  =head3 score()  =head3 qstop()
   
 Score if present.  
210    
211  B<Please note: >  End of the hit in query sequence.
 Either score or eval are required.  
212    
213  =cut  =cut
214    
215  sub score {  sub qstop {
216    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
217    
218    return $self->{score};      return $self->{qstop};
219  }  }
220    
221    =head3 hstart()
222    
223  =head3 display_method()  Start of hit in hit sequence.
224    
225  If available use the function specified here to display the "raw" observation.  =cut
 In the case of a BLAST alignment of fid1 and fid2 a cgi script  
 will be called to display the results of running the command "bl2seq fid1 fid2".  
226    
227  B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.  sub hstart {
228        my ($self) = @_;
229    
230        return $self->{hstart};
231    }
232    
233    =head3 end()
234    
235    End of the hit in hit sequence.
236    
237  =cut  =cut
238    
239  sub display_method {  sub hstop {
240    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
241    
242    # add code here      return $self->{hstop};
   
   return $self->{display_method};  
243  }  }
244    
245  =head3 rank()  =head3 qlength()
   
 Returns an integer from 1 - 10 indicating the importance of this observations.  
246    
247  Currently always returns 1.  length of the query sequence in similarities
248    
249  =cut  =cut
250    
251  sub rank {  sub qlength {
252    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
253    
254  #  return $self->{rank};      return $self->{qlength};
   
   return 1;  
255  }  }
256    
257  =head3 supports_annotation()  =head3 hlength()
   
 Does a this observation support the annotation of its feature?  
258    
259  Returns  length of the hit sequence in similarities
260    
261  =over 3  =cut
262    
263  =item 10, if feature annotation is identical to $self->description  sub hlength {
264        my ($self) = @_;
265    
266  =item 1, Feature annotation is similar to $self->annotation; this is computed using FIG::SameFunc()      return $self->{hlength};
267    }
268    
269  =item undef  =head3 evalue()
270    
271  =back  E-value or P-Value if present.
272    
273  =cut  =cut
274    
275  sub supports_annotation {  sub evalue {
276    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
277    
278    # no code here so far    return $self->{evalue};
   
   return $self->{supports_annotation};  
279  }  }
280    
281  =head3 url()  =head3 score()
282    
283  URL describing the subject. In case of a BLAST hit against a sequence, this URL will lead to a page displaying the sequence record for the sequence. In case of an HMM hit, the URL will be to the URL description.  Score if present.
284    
285  =cut  =cut
286    
287  sub url {  sub score {
288    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
289      return $self->{score};
290    }
291    
292    =head3 display()
293    
294    will be different for each type
295    
296    my $url = get_url($self->type, $self->acc);  =cut
297    
298    sub display {
299    
300      die "Abstract Method Called\n";
301    
   return $url;  
302  }  }
303    
304  =head3 get_objects()  =head3 display_table()
305    
306  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.  will be different for each type
307    
308    =cut
309    
310    sub display_table {
311    
312  It will probably have to:    die "Abstract Table Method Called\n";
313    
 - get all sims for the feature  
 - get all bbhs for the feature  
 - copy information from sim to bbh (bbh have no match location etc)  
 - get pchs (difficult)  
 - get attributes (there is code for this that in get_attribute_based_observations  
 - get_attributes_based_observations returns an array of arrays of hashes like this"  
   
   my $datasets =  
      [  
        [ { name => 'acc', value => '1234' },  
         { name => 'from', value => '4' },  
         { name => 'to', value => '400' },  
         ....  
        ],  
        [ { name => 'acc', value => '456' },  
         { name => 'from', value => '1' },  
         { name => 'to', value => '100' },  
         ....  
        ],  
        ...  
      ];  
    return $datasets;  
314   }   }
315    
316  It will invoke the required calls to the SEED API to retrieve the information required.  =head3 get_objects()
317    
318    This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
319    
320  =cut  =cut
321    
322  sub get_objects {  sub get_objects {
323      my ($self,$fid) = @_;      my ($self,$fid,$fig,$parameters,$scope) = @_;
324    
325    my $objects = [];    my $objects = [];
326    my @matched_datasets=();    my @matched_datasets=();
327    
328    # call function that fetches attribute based observations    # call function that fetches attribute based observations
329    # returns an array of arrays of hashes    # returns an array of arrays of hashes
   #  
   get_attribute_based_observations($fid,\@matched_datasets);  
330    
331    # read sims      if($scope){
332    get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);          get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
333        }
334    # read sims + bbh (enrich BBHs with sims coordindates etc)      else{
335    # read pchs          my %domain_classes;
336    # read figfam match data from 48hr directory (BobO knows how do do this!)          my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
337    # what sources of evidence did I miss?          #$domain_classes{'CDD'} = 1;
338            $domain_classes{'PFAM'} = 1;
339            get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);
340            get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
341            get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig,$parameters);
342            get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);
343            get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
344            get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
345        }
346    
347    foreach my $dataset (@matched_datasets) {    foreach my $dataset (@matched_datasets) {
348      my $object = $self->new();          my $object;
349      foreach my $attribute (@$dataset) {          if($dataset->{'type'} eq "dom"){
350        $object->{$attribute->{'name'}} = $attribute->{'value'};              $object = Observation::Domain->new($dataset);
351      }      }
352  #    $object->{$attribute->{'feature_id'}} = $attribute->{$fid};          elsif($dataset->{'class'} eq "PCH"){
353      push (@$objects, $object);              $object = Observation::FC->new($dataset);
354            }
355            elsif ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
356                $object = Observation::Identical->new($dataset);
357            }
358            elsif ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
359                $object = Observation::Location->new($dataset);
360            }
361            elsif ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
362                $object = Observation::Sims->new($dataset);
363            }
364            elsif ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
365                $object = Observation::Cluster->new($dataset);
366            }
367            elsif ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
368                $object = Observation::PDB->new($dataset);
369      }      }
370    
371            push (@$objects, $object);
372        }
373    
374    return $objects;    return $objects;
375    
376  }  }
377    
378  =head1 Internal Methods  =head3 get_attributes
379        provides layer of abstraction between tools and underlying access method to Attribute Server
380    =cut
381    
382  These methods are not meant to be used outside of this package.  sub get_attributes{
383        my ($self,$fig,$search_set,$search_term,$value_array_ref) = @_;
384        my @attributes = $fig->get_attributes($search_set,$search_term,@$value_array_ref);
385        return @attributes;
386    }
387    
388  B<Please do not use them outside of this package!>  =head3 get_sims_objects()
389    
390    This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
391    
392  =cut  =cut
393    
394    sub get_sims_objects {
395        my ($self,$fid,$fig,$parameters) = @_;
396    
397        my $objects = [];
398        my @matched_datasets=();
399    
400  =head3 get_url (internal)      # call function that fetches attribute based observations
401        # returns an array of arrays of hashes
402        get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig,$parameters);
403    
404  get_url() return a valid URL or undef for any observation.      foreach my $dataset (@matched_datasets) {
405            my $object;
406            if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
407                $object = Observation::Sims->new($dataset);
408            }
409            push (@$objects, $object);
410        }
411        return $objects;
412    }
413    
 URLs are constructed by looking at the Accession acc()  and  name()  
414    
415  Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.  =head3 display_housekeeping
416    This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
417    
418  =cut  =cut
419    sub display_housekeeping {
420        my ($self,$fid,$fig) = @_;
421        my $content = [];
422        my $row = [];
423    
424  sub get_url {      my $org_name = "Data not available";
425        if ( $fig->org_of($fid)){
426            $org_name = $fig->org_of($fid);
427        }
428        my $org_id = $fig->genome_of($fid);
429        my $function = $fig->function_of($fid);
430        #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
431        my $length = $fig->translation_length($fid);
432    
433   my ($self) = @_;      push (@$row, $org_name);
434   my $url='';      push (@$row, $fid);
435        push (@$row, $length);
436        push (@$row, $function);
437    
438  # a hash with a URL for each observation; identified by name()      # initialize the table for commentary and annotations
439  #my $URL             => { 'PFAM' => "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?" ,\      #$content .= qq(<b>My Sequence Data</b><br><table border="0">);
440  #                       'IPR'    => "http://www.ebi.ac.uk/interpro/DisplayIproEntry?ac=" ,\      #$content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
441  #                          'CDD' => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\      #$content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name</td></tr>\n);
442  #                       'PIR'    => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\      #$content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
443  #                       'FIGFAM' => '',\      #$content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
444  #                          'sim'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id=",\      #$content .= qq(<tr width=15%><td>Sequence Length</td><td>$length aa</td></tr>\n);
445  #                          'bbh'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id="      #$content .= qq(</table><p>\n);
 #};  
446    
447  # if (defined $URL{$self->name}) {      push(@$content, $row);
448  #     $url = $URL{$self->name}.$self->acc;  
449  #     return $url;      return ($content);
 # }  
 # else  
      return undef;  
450  }  }
451    
452  =head3 get_display_method (internal)  =head3 get_sims_summary
453    This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
454    
455  get_display_method() return a valid URL or undef for any observation.  =cut
456    
457  URLs are constructed by looking at the Accession acc()  and  name()  sub get_sims_summary {
458  and Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.      my ($observation, $dataset, $fig) = @_;
459        my %families;
460        my $taxes = $fig->taxonomy_list();
461    
462  =cut      foreach my $thing (@$dataset) {
463            my ($id, $evalue);
464            if ($thing =~ /fig\|/){
465                $id = $thing;
466                $evalue = -1;
467            }
468            else{
469                next if ($thing->class ne "SIM");
470                $id      = $thing->acc;
471                $evalue  = $thing->evalue;
472            }
473            next if ($id !~ /fig\|/);
474            next if ($fig->is_deleted_fid($id));
475    
476  sub get_display_method {          my $genome = $fig->genome_of($id);
477            #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
478            my $taxonomy = $taxes->{$genome};
479            my $parent_tax = "Root";
480            my @currLineage = ($parent_tax);
481            push (@{$families{figs}{$parent_tax}}, $id);
482            my $level = 2;
483    
484   my ($self) = @_;          foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy),$id){
485              next if ($tax eq $parent_tax);
486              push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax) if ($tax ne $parent_tax);
487              push (@{$families{figs}{$tax}}, $id) if ($tax ne $parent_tax);
488              $families{level}{$tax} = $level;
489              push (@currLineage, $tax);
490              $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
491              $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
492              if (defined ($families{evalue}{$tax})){
493                if ($evalue < $families{evalue}{$tax}){
494                  $families{evalue}{$tax} = $evalue;
495                  $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
496                }
497              }
498              else{
499                $families{evalue}{$tax} = $evalue;
500                $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
501              }
502    
503              $parent_tax = $tax;
504              $level++;
505            }
506        }
507    
508  # a hash with a URL for each observation; identified by name()      foreach my $key (keys %{$families{children}}){
509  #my $URL             => { 'sim'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1=",\          $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
 #                        'bbh'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1="  
 # };  
510    
511  #if (defined $URL{$self->name}) {          my %saw;
512  #     $url = $URL{$self->name}.$self->feature_id."&id2=".$self->acc;          my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
513  #     return $url;          $families{children}{$key} = \@out;
514  # }      }
515  # else  
516       return undef;      return \%families;
517  }  }
518    
519  =head3 get_attribute_based_evidence (internal)  =head1 Internal Methods
520    
521    These methods are not meant to be used outside of this package.
522    
523  This method retrieves evidence from the attribute server  B<Please do not use them outside of this package!>
524    
525  =cut  =cut
526    
527  sub get_attribute_based_observations{  sub get_taxcolor{
528        my ($evalue) = @_;
529        my $color;
530        if ($evalue == -1){            $color = "black";      }
531        elsif (($evalue <= 1e-170) && ($evalue >= 0)){        $color = "#FF2000";    }
532        elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = "#FF3300";    }
533        elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = "#FF6600";    }
534        elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = "#FF9900";    }
535        elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){        $color = "#FFCC00";    }
536        elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){        $color = "#FFFF00";    }
537        elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){        $color = "#CCFF00";    }
538        elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){        $color = "#66FF00";    }
539        elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){        $color = "#00FF00";    }
540        else{        $color = "#6666FF";    }
541        return ($color);
542    }
543    
544    
545    sub get_attribute_based_domain_observations{
546    
547      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
548      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
549        my $seen = {};
550        foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
551            my $key = @$attr_ref[1];
552            my @parts = split("::",$key);
553            my $class = $parts[0];
554            my $name = $parts[1];
555            next if ($seen->{$name});
556            $seen->{$name}++;
557            #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
558    
559            if($domain_classes->{$parts[0]}){
560                my $val = @$attr_ref[2];
561                if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
562                    my $raw_evalue = $1;
563                    my $from = $2;
564                    my $to = $3;
565                    my $evalue;
566                    if(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class ne "PFAM")){
567                        my $part2 = 1000 - $1;
568                        my $part1 = $2/100;
569                        $evalue = $part1."e-".$part2;
570                    }
571                    elsif(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class eq "PFAM")){
572                        #$evalue=$raw_evalue;
573                        my $part2 = 1000 - $1;
574                        my $part1 = $2/100;
575                        $evalue = $part1."e-".$part2;
576    
577                    }
578                    else{
579                        $evalue = "0.0";
580                    }
581    
582                    my $dataset = {'class' => $class,
583                                   'acc' => $key,
584                                   'type' => "dom" ,
585                                   'evalue' => $evalue,
586                                   'start' => $from,
587                                   'stop' => $to,
588                                   'fig_id' => $fid,
589                                   'score' => $raw_evalue
590                                   };
591    
592      my $_myfig = new FIG;                  push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
593                }
594            }
595        }
596    }
597    
598      foreach my $attr_ref ($_myfig->get_attributes($fid)) {  sub get_attribute_based_location_observations{
599    
600          # convert the ref into a string for easier handling      my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
601          my ($string) = "@$attr_ref";      #my $fig = new FIG;
602    
603  #       print "S:$string\n";      my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
         my ($key,$val) = ( $string =~ /\S+\s(\S+)\s(\S+)/);  
604    
605          # THIS SHOULD BE DONE ANOTHER WAY FM->TD      my $dataset = {'type' => "loc",
606          # we need to do the right thing for each type, ie no evalue for CELLO and no coordinates, but a score, etc                     'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
607          # as fas as possible this should be configured so that the type of observation and the regexp are                     'fig_id' => $fid
608          # stored somewhere for easy expansion                     };
609          #  
610        foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
611            my $key = @$attr_ref[1];
612            next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/)  && ($key !~/Phobius/) );
613            my @parts = split("::",$key);
614            my $sub_class = $parts[0];
615            my $sub_key = $parts[1];
616            my $value = @$attr_ref[2];
617            if($sub_class eq "SignalP"){
618                if($sub_key eq "cleavage_site"){
619                    my @value_parts = split(";",$value);
620                    $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
621                    $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
622                }
623                elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
624                    $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
625                }
626            }
627    
628            elsif($sub_class eq "CELLO"){
629                $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
630                $dataset->{'cello_score'} = $value;
631            }
632    
633            elsif($sub_class eq "Phobius"){
634                if($sub_key eq "transmembrane"){
635                    $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
636                }
637                elsif($sub_key eq "signal"){
638                    $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
639                }
640            }
641    
642          if (($key =~ /PFAM::/) || ( $key =~ /IPR::/) || ( $key =~ /CDD::/) ) {          elsif($sub_class eq "TMPRED"){
643                my @value_parts = split(/\;/,$value);
644                $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
645                $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
646            }
647        }
648    
649              # some keys are composite CDD::1233244 or PFAM:PF1233      push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
650    
             if ( $key =~ /::/ ) {  
                 my ($firstkey,$restkey) = ( $key =~ /([a-zA-Z0-9]+)::(.*)/);  
                 $val=$restkey.";".$val;  
                 $key=$firstkey;  
651              }              }
652    
653              my ($acc,$raw_evalue, $from,$to) = ($val =~ /(\S+);(\S+);(\d+)-(\d+)/ );  =head3 get_pdb_observations() (internal)
654    
655              my $evalue= 255;  This methods sets the type and class for pdb observations
             if (defined $raw_evalue) { # some of the tool do not give us an evalue  
656    
657                  my ($k,$expo) = ( $raw_evalue =~ /(\d+).(\d+)/);  =cut
                 my ($new_k, $new_exp);  
658    
659                  #  sub get_pdb_observations{
660                  #  THIS DOES NOT WORK PROPERLY      my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
                 #  
                 if($raw_evalue =~/(\d+).(\d+)/){  
661    
662  #                   $new_exp = (1000+$expo);      #my $fig = new FIG;
         #           $new_k = $k / 100;  
663    
664        foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
665            my $key = @$attr_ref[1];
666            next if ( ($key !~ /PDB/));
667            my($key1,$key2) =split("::",$key);
668            my $value = @$attr_ref[2];
669            my ($evalue,$location) = split(";",$value);
670    
671            if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
672                my $part2 = 1000 - $1;
673                my $part1 = $2/100;
674                $evalue = $part1."e-".$part2;
675                  }                  }
                 $evalue = "0.01"#new_k."e-".$new_exp;  
             }  
676    
677              # unroll it all into an array of hashes          my($start,$stop) =split("-",$location);
678              # this needs to be done differently for different types of observations  
679              my $dataset = [ { name => 'class', value => $key },          my $url = @$attr_ref[3];
680                              { name => 'acc' , value => $acc},          my $dataset = {'class' => 'PDB',
681                              { name => 'type', value => "dom"} , # this clearly needs to be done properly FM->TD                         'type' => 'seq' ,
682                              { name => 'evalue', value => $evalue },                         'acc' => $key2,
683                              { name => 'start', value => $from},                         'evalue' => $evalue,
684                              { name => 'stop' , value => $to}                         'start' => $start,
685                              ];                         'stop' => $stop,
686                           'fig_id' => $fid
687                           };
688    
689              push (@{$datasets_ref} ,$dataset);              push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
690          }          }
691      }      }
692    
693    =head3 get_cluster_observations() (internal)
694    
695    This methods sets the type and class for cluster observations
696    
697    =cut
698    
699    sub get_cluster_observations{
700        my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
701    
702        my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
703                       'type' => 'fc',
704                       'context' => $scope,
705                       'fig_id' => $fid
706                       };
707        push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
708  }  }
709    
710    
711  =head3 get_sims_observations() (internal)  =head3 get_sims_observations() (internal)
712    
713  This methods retrieves sims fills the internal data structures.  This methods retrieves sims fills the internal data structures.
# Line 497  Line 715 
715  =cut  =cut
716    
717  sub get_sims_observations{  sub get_sims_observations{
718        my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);
719    
720      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter, $sim_filters);
721      my $fig = new FIG;      if ( (defined $parameters->{flag}) && ($parameters->{flag})){
722      my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-20,"fig");        $max_sims = $parameters->{max_sims};
723          $max_expand = $parameters->{max_expand};
724          $max_eval = $parameters->{max_eval};
725          $db_filter = $parameters->{db_filter};
726          $sim_filters->{ sort_by } = $parameters->{sim_order};
727          #$sim_order = $parameters->{sim_order};
728          $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));
729        }
730        elsif ( (defined $parameters->{sims_db}) && ($parameters->{sims_db} eq 'all')){
731          $max_sims = 50;
732          $max_expand = 5;
733          $max_eval = 1e-5;
734          $db_filter = "all";
735          $sim_filters->{ sort_by } = 'id';
736        }
737        else{
738          $max_sims = 50;
739          $max_expand = 5;
740          $max_eval = 1e-5;
741          $db_filter = "figx";
742          $sim_filters->{ sort_by } = 'id';
743          #$sim_order = "id";
744        }
745    
746        my($id, $genome, @genomes, %sims);
747    #    my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand,$sim_filters);
748        my @tmp= $fig->sims($fid,1000000,$max_eval,$db_filter,$max_expand,$sim_filters);
749        @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;
750      my ($dataset);      my ($dataset);
751      foreach my $sim (@sims){  
752        if ($group_by_genome){
753          #  Collect all sims from genome with the first occurance of the genome:
754          foreach $sim ( @tmp ){
755            $id = $sim->id2;
756            $genome = ($id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)\.peg\.\d+/) ? $1 : $id;
757            if (! defined( $sims{ $genome } ) ) { push @genomes, $genome }
758            push @{ $sims{ $genome } }, $sim;
759          }
760          @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;
761        }
762    
763        my $seen_sims={};
764        my $count=1;
765        foreach my $sim (@tmp){
766    
767          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
768            next if ($seen_sims->{$hit});
769            next if ($hit =~ /nmpdr\||gnl\|md5\|/);
770            $seen_sims->{$hit}++;
771    
772            last if ($count>$max_sims);
773            $count++;
774    
775            my $percent = $sim->[2];
776          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
777          my $from = $sim->[8];          my $qfrom = $sim->[6];
778          my $to = $sim->[9];          my $qto = $sim->[7];
779          $dataset = [ { name => 'class', value => "SIM" },          my $hfrom = $sim->[8];
780                          { name => 'acc' , value => $hit},          my $hto = $sim->[9];
781                          { name => 'type', value => "seq"} ,          my $qlength = $sim->[12];
782                          { name => 'evalue', value => $evalue },          my $hlength = $sim->[13];
783                          { name => 'start', value => $from},          my $db = get_database($hit);
784                          { name => 'stop' , value => $to}          my $func = $fig->function_of($hit);
785                          ];          my $organism;
786            if ($fig->org_of($hit)){
787                $organism = $fig->org_of($hit);
788            }
789            else{
790                $organism = "Data not available";
791            }
792    
793            $dataset = {'class' => 'SIM',
794                        'query' => $sim->[0],
795                        'acc' => $hit,
796                        'identity' => $percent,
797                        'type' => 'seq',
798                        'evalue' => $evalue,
799                        'qstart' => $qfrom,
800                        'qstop' => $qto,
801                        'hstart' => $hfrom,
802                        'hstop' => $hto,
803                        'database' => $db,
804                        'organism' => $organism,
805                        'function' => $func,
806                        'qlength' => $qlength,
807                        'hlength' => $hlength,
808                        'fig_id' => $fid
809                        };
810    
811      push (@{$datasets_ref} ,$dataset);      push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
812      }      }
813  }  }
814    
815  =head3 get_sims_and_bbhs() (internal)  =head3 get_database (internal)
816    This method gets the database association from the sequence id
817    
818    =cut
819    
820    sub get_database{
821        my ($id) = (@_);
822    
823        my ($db);
824        if ($id =~ /^fig\|/)              { $db = "SEED" }
825        elsif ($id =~ /^gi\|/)            { $db = "NCBI" }
826        elsif ($id =~ /^gb\|/)            { $db = "GenBank" }
827        elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/)      { $db = "RefSeq" }
828        elsif ($id =~ /^ref\|/)           { $db = "RefSeq" }
829        elsif ($id =~ /^sp\|/)            { $db = "SwissProt" }
830        elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }
831        elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }
832        elsif ($id =~ /^pir\|/)           { $db = "PIR" }
833        elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/))    { $db = "KEGG" }
834        elsif ($id =~ /^tr\|/)                          { $db = "TrEMBL" }
835        elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }
836        elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }
837        elsif ($id =~ /^pdb\|/)           { $db = "PDB" }
838        elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "IMG" }
839        elsif ($id =~ /^cmr\|/)           { $db = "CMR" }
840        elsif ($id =~ /^dbj\|/)           { $db = "DBJ" }
841    
842        return ($db);
843    
844    }
845    
846    
847    =head3 get_identical_proteins() (internal)
848    
849    This methods retrieves sims fills the internal data structures.
850    
851    =cut
852    
853    sub get_identical_proteins{
854    
855        my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
856        #my $fig = new FIG;
857        my $funcs_ref;
858    
859        my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
860        foreach my $id (@maps_to) {
861            my ($tmp, $who);
862            if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
863                $who = &get_database($id);
864                push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
865            }
866        }
867    
868        my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
869                       'type' => 'seq',
870                       'fig_id' => $fid,
871                       'rows' => $funcs_ref
872                       };
873    
874        push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
875    
876    
877    }
878    
879    =head3 get_functional_coupling() (internal)
880    
881  This methods retrieves sims and also BBHs and fills the internal data structures.  This methods retrieves the functional coupling of a protein given a peg ID
882    
883  =cut  =cut
884    
885  #     sub get_sims_and_bbhs{  sub get_functional_coupling{
886    
887  #       # blast m8 output format      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
888  #       # id1, id2, %ident, align len, mismatches, gaps, q.start, q.stop, s. start, s.stop, eval, bit      #my $fig = new FIG;
889        my @funcs = ();
 #       my $Sims=();  
 #       @sims_src = $fig->sims($fid,80,500,"fig",0);  
 #       print "found $#sims_src SIMs\n";  
 #       foreach $sims (@sims_src) {  
 #           my ($sims_string) = "@$sims";  
 # #       print "$sims_string\n";  
 #           my ($rfid,$start,$stop,$eval) = ( $sims_string =~ /\S+\s+(\S+)\s+\S+\s\S+\s+(\S+)\s+(\S+)\s+  
 #                                             \S+\s+\S+\s+\S+\s+\S+\s+(\S+)+.*/);  
 # #       print "ID: $rfid, E:$eval, Start:$start stop:$stop\n";  
 #           $Sims{$rfid}{'eval'}=$eval;  
 #           $Sims{$rfid}{'start'}=$start;  
 #           $Sims{$rfid}{'stop'}=$stop;  
 #           print "$rfid $Sims{$rfid}{'eval'}\n";  
 #       }  
   
 #       # BBHs  
 #       my $BBHs=();  
   
 #       @bbhs_src = $fig->bbhs($fid,1.0e-10);  
 #       print "found $#bbhs_src BBHs\n";  
 #       foreach $bbh (@bbhs_src) {  
 #           #print "@$bbh\n";  
 #           my ($bbh_string) = "@$bbh";  
 #           my ($rfid,$eval,$score) = ( $bbh_string =~ /(\S+)\s(\S+)\s(\S+)/);  
 #           #print "ID: $rfid, E:$eval, S:$score\n";  
 #           $BBHs{$rfid}{'eval'}=$eval;  
 #           $BBHs{$rfid}{'score'}=$score;  
 # #print "$rfid $BBHs{$rfid}{'eval'}\n";  
 #       }  
890    
891  #     }      # initialize some variables
892        my($sc,$neigh);
893    
894        # set default parameters for coupling and evidence
895        my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
896    
897        # get the fc data
898        my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff);
899    
900        # retrieve data
901        my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
902                         [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
903                      } @fc_data;
904    
905        my $dataset = {'class' => 'PCH',
906                       'type' => 'fc',
907                       'fig_id' => $fid,
908                       'rows' => \@rows
909                       };
910    
911        push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
912    
913    }
914    
915  =head3 new (internal)  =head3 new (internal)
916    
# Line 570  Line 919 
919  =cut  =cut
920    
921  sub new {  sub new {
922    my ($self) = @_;    my ($class,$dataset) = @_;
923    
924    $self = { acc => '',    my $self = { class => $dataset->{'class'},
925              description => '',                 type => $dataset->{'type'},
926              class => '',                 fig_id => $dataset->{'fig_id'},
927              type => '',                 score => $dataset->{'score'},
             start => '',  
             stop => '',  
             evalue => '',  
             score => '',  
             display_method => '',  
             feature_id => '',  
             rank => '',  
             supports_annotation => ''  
928            };            };
929    
930    bless($self, 'Observation');    bless($self,$class);
931    
932    return $self;    return $self;
933  }  }
934    
935    =head3 identity (internal)
936    
937    Returns the % identity of the similar sequence
938    
939    =cut
940    
941    sub identity {
942        my ($self) = @_;
943    
944        return $self->{identity};
945    }
946    
947    =head3 fig_id (internal)
948    
949    =cut
950    
951    sub fig_id {
952      my ($self) = @_;
953      return $self->{fig_id};
954    }
955    
956  =head3 feature_id (internal)  =head3 feature_id (internal)
957    
 Returns the ID  of the feature these Observations belong to.  
958    
959  =cut  =cut
960    
# Line 602  Line 963 
963    
964    return $self->{feature_id};    return $self->{feature_id};
965  }  }
966    
967    =head3 id (internal)
968    
969    Returns the ID  of the identical sequence
970    
971    =cut
972    
973    sub id {
974        my ($self) = @_;
975    
976        return $self->{id};
977    }
978    
979    =head3 organism (internal)
980    
981    Returns the organism  of the identical sequence
982    
983    =cut
984    
985    sub organism {
986        my ($self) = @_;
987    
988        return $self->{organism};
989    }
990    
991    =head3 function (internal)
992    
993    Returns the function of the identical sequence
994    
995    =cut
996    
997    sub function {
998        my ($self) = @_;
999    
1000        return $self->{function};
1001    }
1002    
1003    =head3 database (internal)
1004    
1005    Returns the database of the identical sequence
1006    
1007    =cut
1008    
1009    sub database {
1010        my ($self) = @_;
1011    
1012        return $self->{database};
1013    }
1014    
1015    ############################################################
1016    ############################################################
1017    package Observation::PDB;
1018    
1019    use base qw(Observation);
1020    
1021    sub new {
1022    
1023        my ($class,$dataset) = @_;
1024        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1025        $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1026        $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1027        $self->{start} = $dataset->{'start'};
1028        $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1029        bless($self,$class);
1030        return $self;
1031    }
1032    
1033    =head3 display()
1034    
1035    displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
1036    
1037    =cut
1038    
1039    sub display{
1040        my ($self,$gd,$fig) = @_;
1041    
1042        my $fid = $self->fig_id;
1043        my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1044                                     -host     => $WebConfig::DBHOST,
1045                                     -user     => $WebConfig::DBUSER,
1046                                     -password => $WebConfig::DBPWD);
1047    
1048        my $acc = $self->acc;
1049    
1050        my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
1051        my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
1052        if(!scalar(@$pdb_objs)){
1053            $pdb_description = "not available";
1054            $pdb_source = "not available";
1055            $pdb_ligand = "not available";
1056        }
1057        else{
1058            my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
1059            $pdb_description = $pdb_obj->description;
1060            $pdb_source = $pdb_obj->source;
1061            $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
1062        }
1063    
1064        my $lines = [];
1065        my $line_data = [];
1066        my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
1067                            'hover_title' => 'PDB',
1068                            'short_title' => "best PDB",
1069                            'basepair_offset' => '1' };
1070    
1071        #my $fig = new FIG;
1072        my $seq = $fig->get_translation($fid);
1073        my $fid_stop = length($seq);
1074    
1075        my $fid_element_hash = {
1076            "title" => $fid,
1077            "start" => '1',
1078            "end" =>  $fid_stop,
1079            "color"=> '1',
1080            "zlayer" => '1'
1081            };
1082    
1083        push(@$line_data,$fid_element_hash);
1084    
1085        my $links_list = [];
1086        my $descriptions = [];
1087    
1088        my $name;
1089        $name = {"title" => 'id',
1090                 "value" => $acc};
1091        push(@$descriptions,$name);
1092    
1093        my $description;
1094        $description = {"title" => 'pdb description',
1095                        "value" => $pdb_description};
1096        push(@$descriptions,$description);
1097    
1098        my $score;
1099        $score = {"title" => "score",
1100                  "value" => $self->evalue};
1101        push(@$descriptions,$score);
1102    
1103        my $start_stop;
1104        my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
1105        $start_stop = {"title" => "start-stop",
1106                       "value" => $start_stop_value};
1107        push(@$descriptions,$start_stop);
1108    
1109        my $source;
1110        $source = {"title" => "source",
1111                  "value" => $pdb_source};
1112        push(@$descriptions,$source);
1113    
1114        my $ligand;
1115        $ligand = {"title" => "pdb ligand",
1116                   "value" => $pdb_ligand};
1117        push(@$descriptions,$ligand);
1118    
1119        my $link;
1120        my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
1121    
1122        $link = {"link_title" => $acc,
1123                 "link" => $link_url};
1124        push(@$links_list,$link);
1125    
1126        my $pdb_element_hash = {
1127            "title" => "PDB homology",
1128            "start" => $self->start,
1129            "end" =>  $self->stop,
1130            "color"=> '6',
1131            "zlayer" => '3',
1132            "links_list" => $links_list,
1133            "description" => $descriptions};
1134    
1135        push(@$line_data,$pdb_element_hash);
1136        $gd->add_line($line_data, $line_config);
1137    
1138        return $gd;
1139    }
1140    
1141    1;
1142    
1143    ############################################################
1144    ############################################################
1145    package Observation::Identical;
1146    
1147    use base qw(Observation);
1148    
1149    sub new {
1150    
1151        my ($class,$dataset) = @_;
1152        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1153        $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1154    
1155        bless($self,$class);
1156        return $self;
1157    }
1158    
1159    =head3 display_table()
1160    
1161    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1162    This code will display a table for the identical protein
1163    
1164    
1165    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1166    dence.
1167    
1168    =cut
1169    
1170    
1171    sub display_table{
1172        my ($self,$fig) = @_;
1173    
1174        #my $fig = new FIG;
1175        my $fid = $self->fig_id;
1176        my $rows = $self->rows;
1177        my $cgi = new CGI;
1178        my $all_domains = [];
1179        my $count_identical = 0;
1180        my $content;
1181        foreach my $row (@$rows) {
1182            my $id = $row->[0];
1183            my $who = $row->[1];
1184            my $assignment = $row->[2];
1185            my $organism = "Data not available";
1186            if ($fig->org_of($id)){
1187                $organism = $fig->org_of($id);
1188            }
1189            my $single_domain = [];
1190            push(@$single_domain,$who);
1191            push(@$single_domain,"<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>");
1192            push(@$single_domain,$organism);
1193            push(@$single_domain,$assignment);
1194            push(@$all_domains,$single_domain);
1195            $count_identical++;
1196        }
1197    
1198        if ($count_identical >0){
1199            $content = $all_domains;
1200        }
1201        else{
1202            $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
1203        }
1204        return ($content);
1205    }
1206    
1207    1;
1208    
1209    #########################################
1210    #########################################
1211    package Observation::FC;
1212    1;
1213    
1214    use base qw(Observation);
1215    
1216    sub new {
1217    
1218        my ($class,$dataset) = @_;
1219        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1220        $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1221    
1222        bless($self,$class);
1223        return $self;
1224    }
1225    
1226    =head3 display_table()
1227    
1228    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1229    This code will display a table for the identical protein
1230    
1231    
1232    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1233    dence.
1234    
1235    =cut
1236    
1237    sub display_table {
1238    
1239        my ($self,$dataset,$fig) = @_;
1240        my $fid = $self->fig_id;
1241        my $rows = $self->rows;
1242        my $cgi = new CGI;
1243        my $functional_data = [];
1244        my $count = 0;
1245        my $content;
1246    
1247        foreach my $row (@$rows) {
1248            my $single_domain = [];
1249            $count++;
1250    
1251            # construct the score link
1252            my $score = $row->[0];
1253            my $toid = $row->[1];
1254            my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?page=Annotation&feature=$fid";
1255            my $sc_link = "<a href='$link'>$score</a>";
1256    
1257            push(@$single_domain,$sc_link);
1258            push(@$single_domain,$row->[1]);
1259            push(@$single_domain,$row->[2]);
1260            push(@$functional_data,$single_domain);
1261        }
1262    
1263        if ($count >0){
1264            $content = $functional_data;
1265        }
1266        else
1267        {
1268            $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1269        }
1270        return ($content);
1271    }
1272    
1273    
1274    #########################################
1275    #########################################
1276    package Observation::Domain;
1277    
1278    use base qw(Observation);
1279    
1280    sub new {
1281    
1282        my ($class,$dataset) = @_;
1283        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1284        $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1285        $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1286        $self->{start} = $dataset->{'start'};
1287        $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1288    
1289        bless($self,$class);
1290        return $self;
1291    }
1292    
1293    sub display {
1294        my ($thing,$gd) = @_;
1295        my $lines = [];
1296    #    my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1297    #                       'short_title' => $thing->type,
1298    #                       'basepair_offset' => '1' };
1299        my $color = "4";
1300    
1301        my $line_data = [];
1302        my $links_list = [];
1303        my $descriptions = [];
1304    
1305        my $db_and_id = $thing->acc;
1306        my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1307    
1308        my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1309                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1310                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1311                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1312    
1313        my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1314    
1315        if($db =~ /PFAM/){
1316            my $new_id;
1317            if ($id =~ /_/){
1318                ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1319            }
1320            else{
1321                $new_id = $id;
1322            }
1323    
1324            my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1325            if(!scalar(@$pfam_objs)){
1326                $name_title = "name";
1327                $name_value = "not available";
1328                $description_title = "description";
1329                $description_value = "not available";
1330            }
1331            else{
1332                my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1333                $name_title = "name";
1334                $name_value = $pfam_obj->term;
1335                #$description_title = "description";
1336                #$description_value = $pfam_obj->description;
1337            }
1338        }
1339    
1340        my $short_title = $thing->acc;
1341        $short_title =~ s/::/ - /ig;
1342        my $new_short_title=$short_title;
1343        if ($short_title =~ /interpro/){
1344            ($new_short_title) = ($short_title) =~ /(.*?)_/;
1345        }
1346        my $line_config = { 'title' => $name_value,
1347                            'hover_title', => 'Domain',
1348                            'short_title' => $new_short_title,
1349                            'basepair_offset' => '1' };
1350    
1351        my $name;
1352        my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1353        $name = {"title" => $db,
1354                 "value" => $new_id};
1355        push(@$descriptions,$name);
1356    
1357    #    my $description;
1358    #    $description = {"title" => $description_title,
1359    #                   "value" => $description_value};
1360    #    push(@$descriptions,$description);
1361    
1362        my $score;
1363        $score = {"title" => "score",
1364                  "value" => $thing->evalue};
1365        push(@$descriptions,$score);
1366    
1367        my $location;
1368        $location = {"title" => "location",
1369                     "value" => $thing->start . " - " . $thing->stop};
1370        push(@$descriptions,$location);
1371    
1372        my $link_id;
1373        if ($thing->acc =~/::(.*)/){
1374            $link_id = $1;
1375        }
1376    
1377        my $link;
1378        my $link_url;
1379    #    if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1380        if($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
1381        else{$link_url = "NO_URL"}
1382    
1383        $link = {"link_title" => $thing->acc,
1384                 "link" => $link_url};
1385        push(@$links_list,$link);
1386    
1387        my $element_hash = {
1388            "title" => $name_value,
1389            "start" => $thing->start,
1390            "end" =>  $thing->stop,
1391            "color"=> $color,
1392            "zlayer" => '2',
1393            "links_list" => $links_list,
1394            "description" => $descriptions};
1395    
1396        push(@$line_data,$element_hash);
1397        $gd->add_line($line_data, $line_config);
1398    
1399        return $gd;
1400    
1401    }
1402    
1403    sub display_table {
1404        my ($self,$dataset) = @_;
1405        my $cgi = new CGI;
1406        my $data = [];
1407        my $count = 0;
1408        my $content;
1409        my $seen = {};
1410    
1411        foreach my $thing (@$dataset) {
1412            next if ($thing->type !~ /dom/);
1413            my $single_domain = [];
1414            $count++;
1415    
1416            my $db_and_id = $thing->acc;
1417            my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1418    
1419            my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1420                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1421                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1422                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1423    
1424            my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1425    
1426            my $new_id;
1427            if($db =~ /PFAM/){
1428                if ($id =~ /_/){
1429                    ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1430                }
1431                else{
1432                    $new_id = $id;
1433                }
1434    
1435                next if ($seen->{$new_id});
1436                $seen->{$new_id}=1;
1437    
1438                my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1439    #           print STDERR "VALUES: " . $pfam_objs . "\n";
1440                if(!scalar(@$pfam_objs)){
1441                    $name_title = "name";
1442                    $name_value = "not available";
1443                    $description_title = "description";
1444                    $description_value = "not available";
1445                }
1446                else{
1447                    my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1448                    $name_title = "name";
1449                    $name_value = $pfam_obj->term;
1450                    #$description_title = "description";
1451                    #$description_value = $pfam_obj->description;
1452                }
1453            }
1454    
1455            my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;
1456    
1457            push(@$single_domain,$db);
1458            push(@$single_domain,$new_id);
1459            push(@$single_domain,$name_value);
1460            push(@$single_domain,$location);
1461            push(@$single_domain,$thing->evalue);
1462            push(@$single_domain,$description_value);
1463            push(@$data,$single_domain);
1464        }
1465    
1466        if ($count >0){
1467            $content = $data;
1468        }
1469        else
1470        {
1471            $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1472        }
1473    }
1474    
1475    
1476    #########################################
1477    #########################################
1478    package Observation::Location;
1479    
1480    use base qw(Observation);
1481    
1482    sub new {
1483    
1484        my ($class,$dataset) = @_;
1485        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1486        $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1487        $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1488        $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1489        $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1490        $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1491        $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1492        $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1493        $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1494        $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1495    
1496        bless($self,$class);
1497        return $self;
1498    }
1499    
1500    sub display_cello {
1501        my ($thing) = @_;
1502        my $html;
1503        my $cello_location = $thing->cello_location;
1504        my $cello_score = $thing->cello_score;
1505        if($cello_location){
1506            $html .= "<p><font type=verdana size=-2>Subcellular location  prediction: $cello_location, score: $cello_score</font> </p>";
1507            #$html .= "<p>CELLO score: $cello_score </p>";
1508        }
1509        return ($html);
1510    }
1511    
1512    sub display {
1513        my ($thing,$gd,$fig) = @_;
1514    
1515        my $fid = $thing->fig_id;
1516        #my $fig= new FIG;
1517        my $length = length($fig->get_translation($fid));
1518    
1519        my $cleavage_prob;
1520        if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1521        my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1522        my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1523        my $cello_location = $thing->cello_location;
1524        my $cello_score = $thing->cello_score;
1525        my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1526        my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1527    
1528        my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1529        my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1530    
1531        my $lines = [];
1532    
1533        #color is
1534        my $color = "6";
1535    
1536    
1537    
1538    #    if($cello_location){
1539    #       my $cello_descriptions = [];
1540    #       my $line_data =[];
1541    #
1542    #       my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1543    #                           'short_title' => 'CELLO',
1544    #                            'hover_title' => 'Localization',
1545    #                           'basepair_offset' => '1' };
1546    #
1547    #       my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1548    #                                         "value" => $cello_location};
1549    #
1550    #       push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1551    #
1552    #       my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1553    #                                      "value" => $cello_score};
1554    #
1555    #       push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1556    #
1557    #       my $element_hash = {
1558    #           "title" => "CELLO",
1559    #           "color"=> $color,
1560    #           "start" => "1",
1561    #           "end" =>  $length + 1,
1562    #           "zlayer" => '1',
1563    #           "description" => $cello_descriptions};
1564    #
1565    #       push(@$line_data,$element_hash);
1566    #       $gd->add_line($line_data, $line_config);
1567    #    }
1568    #
1569    #    $color = "2";
1570    #    if($tmpred_score){
1571    #       my $line_data =[];
1572    #       my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1573    #                           'short_title' => 'Transmembrane',
1574    #                           'basepair_offset' => '1' };
1575    #
1576    #       foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1577    #           my $descriptions = [];
1578    #           my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1579    #           my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1580    #                            "value" => $tmpred_score};
1581    #
1582    #           push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1583    #
1584    #           my $element_hash = {
1585    #           "title" => "transmembrane location",
1586    #           "start" => $begin + 1,
1587    #           "end" =>  $end + 1,
1588    #           "color"=> $color,
1589    #           "zlayer" => '5',
1590    #           "type" => 'box',
1591    #           "description" => $descriptions};
1592    #
1593    #           push(@$line_data,$element_hash);
1594    #
1595    #       }
1596    #       $gd->add_line($line_data, $line_config);
1597    #    }
1598    
1599    
1600        if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1601            my $line_data =[];
1602            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1603                                'short_title' => 'TM and SP',
1604                                'hover_title' => 'Localization',
1605                                'basepair_offset' => '1' };
1606    
1607            foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
1608                my $descriptions = [];
1609                my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'transmembrane location',
1610                                 "value" => $tm_loc};
1611                push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1612    
1613                my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1614    
1615                my $element_hash = {
1616                "title" => "Phobius",
1617                "start" => $begin + 1,
1618                "end" =>  $end + 1,
1619                "color"=> '6',
1620                "zlayer" => '4',
1621                "type" => 'bigbox',
1622                "description" => $descriptions};
1623    
1624                push(@$line_data,$element_hash);
1625    
1626            }
1627    
1628            if($phobius_signal_location){
1629                my $descriptions = [];
1630                my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1631                                 "value" => $phobius_signal_location};
1632                push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
1633    
1634    
1635                my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1636                my $element_hash = {
1637                "title" => "phobius signal locations",
1638                "start" => $begin + 1,
1639                "end" =>  $end + 1,
1640                "color"=> '1',
1641                "zlayer" => '5',
1642                "type" => 'box',
1643                "description" => $descriptions};
1644                push(@$line_data,$element_hash);
1645            }
1646    
1647            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1648        }
1649    
1650    
1651    #    $color = "1";
1652    #    if($signal_peptide_score){
1653    #       my $line_data = [];
1654    #       my $descriptions = [];
1655    #
1656    #       my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1657    #                           'short_title' => 'SignalP',
1658    #                            'hover_title' => 'Localization',
1659    #                           'basepair_offset' => '1' };
1660    #
1661    #       my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1662    #                                               "value" => $signal_peptide_score};
1663    #
1664    #       push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1665    #
1666    #       my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1667    #                                        "value" => $cleavage_prob};
1668    #
1669    #       push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1670    #
1671    #       my $element_hash = {
1672    #           "title" => "SignalP",
1673    #           "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1674    #           "end" =>  $cleavage_loc_end + 1,
1675    #           "type" => 'bigbox',
1676    #           "color"=> $color,
1677    #           "zlayer" => '10',
1678    #           "description" => $descriptions};
1679    #
1680    #       push(@$line_data,$element_hash);
1681    #       $gd->add_line($line_data, $line_config);
1682    #    }
1683    
1684    
1685        return ($gd);
1686    
1687    }
1688    
1689    sub cleavage_loc {
1690      my ($self) = @_;
1691    
1692      return $self->{cleavage_loc};
1693    }
1694    
1695    sub cleavage_prob {
1696      my ($self) = @_;
1697    
1698      return $self->{cleavage_prob};
1699    }
1700    
1701    sub signal_peptide_score {
1702      my ($self) = @_;
1703    
1704      return $self->{signal_peptide_score};
1705    }
1706    
1707    sub tmpred_score {
1708      my ($self) = @_;
1709    
1710      return $self->{tmpred_score};
1711    }
1712    
1713    sub tmpred_locations {
1714      my ($self) = @_;
1715    
1716      return $self->{tmpred_locations};
1717    }
1718    
1719    sub cello_location {
1720      my ($self) = @_;
1721    
1722      return $self->{cello_location};
1723    }
1724    
1725    sub cello_score {
1726      my ($self) = @_;
1727    
1728      return $self->{cello_score};
1729    }
1730    
1731    sub phobius_signal_location {
1732      my ($self) = @_;
1733      return $self->{phobius_signal_location};
1734    }
1735    
1736    sub phobius_tm_locations {
1737      my ($self) = @_;
1738      return $self->{phobius_tm_locations};
1739    }
1740    
1741    
1742    
1743    #########################################
1744    #########################################
1745    package Observation::Sims;
1746    
1747    use base qw(Observation);
1748    
1749    sub new {
1750    
1751        my ($class,$dataset) = @_;
1752        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1753        $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1754        $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1755        $self->{query} = $dataset->{'query'};
1756        $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1757        $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1758        $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1759        $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1760        $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1761        $self->{database} = $dataset->{'database'};
1762        $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1763        $self->{function} = $dataset->{'function'};
1764        $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1765        $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1766    
1767        bless($self,$class);
1768        return $self;
1769    }
1770    
1771    =head3 display()
1772    
1773    If available use the function specified here to display a graphical observation.
1774    This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1775    
1776    =cut
1777    
1778    sub display {
1779        my ($self,$gd,$thing,$fig,$base_start,$in_subs,$cgi) = @_;
1780    
1781        # declare variables
1782        my $window_size = $gd->window_size;
1783        my $peg = $thing->acc;
1784        my $query_id = $thing->query;
1785        my $organism = $thing->organism;
1786        my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1787        if (!$organism){
1788          $organism = $peg;
1789          $abbrev_name = $peg;
1790        }
1791        my $genome = $fig->genome_of($peg);
1792        my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1793        my $function = $thing->function;
1794        my $query_start = $thing->qstart;
1795        my $query_stop = $thing->qstop;
1796        my $hit_start = $thing->hstart;
1797        my $hit_stop = $thing->hstop;
1798        my $ln_query = $thing->qlength;
1799        my $ln_hit = $thing->hlength;
1800    #    my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);
1801    #    my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);
1802        my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1803        my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1804    
1805        my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1806    
1807        # hit sequence title
1808        my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1809                            'short_title' => "$abbrev_name",
1810                            'title_link' => '$tax_link',
1811                            'basepair_offset' => '0',
1812                            'no_middle_line' => '1'
1813                            };
1814    
1815        # query sequence title
1816        my $replace_id = $peg;
1817        $replace_id =~ s/\|/_/ig;
1818        my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
1819        my $query_config = { 'title' => "Query",
1820                             'short_title' => "Query",
1821                             'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",
1822                             'basepair_offset' => '0',
1823                             'no_middle_line' => '1'
1824                             };
1825        my $line_data = [];
1826        my $query_data = [];
1827    
1828        my $element_hash;
1829        my $hit_links_list = [];
1830        my $hit_descriptions = [];
1831        my $query_descriptions = [];
1832    
1833        # get sequence information
1834        # evidence link
1835        my $evidence_link;
1836        if ($peg =~ /^fig\|/){
1837          $evidence_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;
1838        }
1839        else{
1840          my $db = &Observation::get_database($peg);
1841          my ($link_id) = ($peg) =~ /\|(.*)/;
1842          $evidence_link = &HTML::alias_url($link_id, $db);
1843          #print STDERR "LINK: $db    $evidence_link";
1844        }
1845        my $link = {"link_title" => $peg,
1846                    "link" => $evidence_link};
1847        push(@$hit_links_list,$link) if ($evidence_link);
1848    
1849        # subsystem link
1850        my $subs = $in_subs->{$peg} if (defined $in_subs->{$peg});
1851        my @subsystems;
1852        foreach my $array (@$subs){
1853            my $subsystem = $$array[0];
1854            push(@subsystems,$subsystem);
1855            my $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
1856                        "link_title" => $subsystem};
1857            push(@$hit_links_list,$link);
1858        }
1859    
1860        # blast alignment
1861        $link = {"link_title" => "view blast alignment",
1862                 "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query_id&peg2=$peg"};
1863        push (@$hit_links_list,$link) if ($peg =~ /^fig\|/);
1864    
1865        # description data
1866        my $description_function;
1867        $description_function = {"title" => "function",
1868                                 "value" => $function};
1869        push(@$hit_descriptions,$description_function);
1870    
1871        # subsystem description
1872        my $ss_string = join (",", @subsystems);
1873        $ss_string =~ s/_/ /ig;
1874        my $description_ss = {"title" => "subsystems",
1875                              "value" => $ss_string};
1876        push(@$hit_descriptions,$description_ss);
1877    
1878        # location description
1879        # hit
1880        my $description_loc;
1881        $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1882                            "value" => $hit_start . " - " . $hit_stop};
1883        push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1884    
1885        $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1886                            "value" => $ln_hit};
1887        push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1888    
1889        # query
1890        $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1891                            "value" => $query_start . " - " . $query_stop};
1892        push(@$query_descriptions, $description_loc);
1893    
1894        $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1895                            "value" => $ln_query};
1896        push(@$query_descriptions, $description_loc);
1897    
1898    
1899    
1900        # evalue score description
1901        my $evalue = $thing->evalue;
1902        while ($evalue =~ /-0/)
1903        {
1904            my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1905            $chunk2 = substr($chunk2,1);
1906            $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1907        }
1908    
1909        my $color = &color($evalue);
1910        my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1911                                "value" => $evalue};
1912        push(@$hit_descriptions, $description_eval);
1913        push(@$query_descriptions, $description_eval);
1914    
1915        my $identity = $self->identity;
1916        my $description_identity = {"title" => "Identity",
1917                                    "value" => $identity};
1918        push(@$hit_descriptions, $description_identity);
1919        push(@$query_descriptions, $description_identity);
1920    
1921    
1922        my $number = $base_start + ($query_start-$hit_start);
1923        #print STDERR "START: $number";
1924        $element_hash = {
1925            "title" => $query_id,
1926            "start" => $base_start,
1927            "end" => $base_start+$ln_query,
1928            "type"=> 'box',
1929            "color"=> $color,
1930            "zlayer" => "2",
1931            "links_list" => $query_links_list,
1932            "description" => $query_descriptions
1933            };
1934        push(@$query_data,$element_hash);
1935    
1936        $element_hash = {
1937            "title" => $query_id . ': HIT AREA',
1938            "start" => $base_start + $query_start,
1939            "end" =>  $base_start + $query_stop,
1940            "type"=> 'smallbox',
1941            "color"=> $query_color,
1942            "zlayer" => "3",
1943            "links_list" => $query_links_list,
1944            "description" => $query_descriptions
1945            };
1946        push(@$query_data,$element_hash);
1947    
1948        $gd->add_line($query_data, $query_config);
1949    
1950    
1951        $element_hash = {
1952                    "title" => $peg,
1953                    "start" => $base_start + ($query_start-$hit_start),
1954                    "end" => $base_start + (($query_start-$hit_start)+$ln_hit),
1955                    "type"=> 'box',
1956                    "color"=> $color,
1957                    "zlayer" => "2",
1958                    "links_list" => $hit_links_list,
1959                    "description" => $hit_descriptions
1960                    };
1961        push(@$line_data,$element_hash);
1962    
1963        $element_hash = {
1964            "title" => $peg . ': HIT AREA',
1965            "start" => $base_start + $query_start,
1966            "end" =>  $base_start + $query_stop,
1967            "type"=> 'smallbox',
1968            "color"=> $hit_color,
1969            "zlayer" => "3",
1970            "links_list" => $hit_links_list,
1971            "description" => $hit_descriptions
1972            };
1973        push(@$line_data,$element_hash);
1974    
1975        $gd->add_line($line_data, $line_config);
1976    
1977        my $breaker = [];
1978        my $breaker_hash = {};
1979        my $breaker_config = { 'no_middle_line' => "1" };
1980    
1981        push (@$breaker, $breaker_hash);
1982        $gd->add_line($breaker, $breaker_config);
1983    
1984        return ($gd);
1985    }
1986    
1987    =head3 display_domain_composition()
1988    
1989    If available use the function specified here to display a graphical observation of the CDD(later Pfam or selected) domains that occur in the set of similar proteins
1990    
1991    =cut
1992    
1993    sub display_domain_composition {
1994        my ($self,$gd,$fig) = @_;
1995    
1996        #$fig = new FIG;
1997        my $peg = $self->acc;
1998    
1999        my $line_data = [];
2000        my $links_list = [];
2001        my $descriptions = [];
2002    
2003        my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");
2004        #my @domain_query_results = ();
2005        foreach $dqr (@domain_query_results){
2006            my $key = @$dqr[1];
2007            my @parts = split("::",$key);
2008            my $db = $parts[0];
2009            my $id = $parts[1];
2010            my $val = @$dqr[2];
2011            my $from;
2012            my $to;
2013            my $evalue;
2014    
2015            if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
2016                my $raw_evalue = $1;
2017                $from = $2;
2018                $to = $3;
2019                if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
2020                    my $part2 = 1000 - $1;
2021                    my $part1 = $2/100;
2022                    $evalue = $part1."e-".$part2;
2023                }
2024                else{
2025                    $evalue = "0.0";
2026                }
2027            }
2028    
2029            my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2030                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
2031                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
2032                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
2033            my ($name_value,$description_value);
2034    
2035            if($db eq "CDD"){
2036                my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
2037                if(!scalar(@$cdd_objs)){
2038                    $name_title = "name";
2039                    $name_value = "not available";
2040                    $description_title = "description";
2041                    $description_value = "not available";
2042                }
2043                else{
2044                    my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
2045                    $name_value = $cdd_obj->term;
2046                    $description_value = $cdd_obj->description;
2047                }
2048            }
2049    
2050            my $domain_name;
2051            $domain_name = {"title" => "name",
2052                            "value" => $name_value};
2053            push(@$descriptions,$domain_name);
2054    
2055            my $description;
2056            $description = {"title" => "description",
2057                            "value" => $description_value};
2058            push(@$descriptions,$description);
2059    
2060            my $score;
2061            $score = {"title" => "score",
2062                      "value" => $evalue};
2063            push(@$descriptions,$score);
2064    
2065            my $link_id = $id;
2066            my $link;
2067            my $link_url;
2068            if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
2069            elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
2070            else{$link_url = "NO_URL"}
2071    
2072            $link = {"link_title" => $name_value,
2073                     "link" => $link_url};
2074            push(@$links_list,$link);
2075    
2076            my $domain_element_hash = {
2077                "title" => $peg,
2078                "start" => $from,
2079                "end" =>  $to,
2080                "type"=> 'box',
2081                "zlayer" => '4',
2082                "links_list" => $links_list,
2083                "description" => $descriptions
2084                };
2085    
2086            push(@$line_data,$domain_element_hash);
2087    
2088            #just one CDD domain for now, later will add option for multiple domains from selected DB
2089            last;
2090        }
2091    
2092        my $line_config = { 'title' => $peg,
2093                            'hover_title' => 'Domain',
2094                            'short_title' => $peg,
2095                            'basepair_offset' => '1' };
2096    
2097        $gd->add_line($line_data, $line_config);
2098    
2099        return ($gd);
2100    
2101    }
2102    
2103    =head3 display_table()
2104    
2105    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
2106    This code will display a table for the similarities protein
2107    
2108    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
2109    
2110    =cut
2111    
2112    sub display_table {
2113        my ($self,$dataset, $show_columns, $query_fid, $fig, $application, $cgi) = @_;
2114        my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2115    
2116        my $scroll_list;
2117        foreach my $col (@$show_columns){
2118            push (@$scroll_list, $col->{key});
2119        }
2120    
2121        push (@ids, $query_fid);
2122        foreach my $thing (@$dataset) {
2123            next if ($thing->class ne "SIM");
2124            push (@ids, $thing->acc);
2125        }
2126    
2127        $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2128        my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2129    
2130        # get the column for the subsystems
2131        $subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig,$cgi,'hash');
2132    
2133        # get the column for the evidence codes
2134        $evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash');
2135    
2136        # get the column for pfam_domain
2137        $pfam_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2138    
2139        # get the column for molecular weight
2140        $mw_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2141    
2142        # get the column for organism's habitat
2143        my $habitat_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2144    
2145        # get the column for organism's temperature optimum
2146        my $temperature_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2147    
2148        # get the column for organism's temperature range
2149        my $temperature_range_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2150    
2151        # get the column for organism's oxygen requirement
2152        my $oxygen_req_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2153    
2154        # get the column for organism's pathogenicity
2155        my $pathogenic_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2156    
2157        # get the column for organism's pathogenicity host
2158        my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2159    
2160        # get the column for organism's salinity
2161        my $salinity_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2162    
2163        # get the column for organism's motility
2164        my $motility_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2165    
2166        # get the column for organism's gram stain
2167        my $gram_stain_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2168    
2169        # get the column for organism's endospores
2170        my $endospores_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2171    
2172        # get the column for organism's shape
2173        my $shape_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2174    
2175        # get the column for organism's disease
2176        my $disease_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2177    
2178        # get the column for organism's disease
2179        my $gc_content_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2180    
2181        # get the column for transmembrane domains
2182        my $transmembrane_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2183    
2184        # get the column for similar to human
2185        my $similar_to_human_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2186    
2187        # get the column for signal peptide
2188        my $signal_peptide_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2189    
2190        # get the column for transmembrane domains
2191        my $isoelectric_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2192    
2193        # get the column for conserved neighborhood
2194        my $cons_neigh_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2195    
2196        # get the column for cellular location
2197        my $cell_location_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2198    
2199        # get the aliases
2200        my $alias_col;
2201        if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2202             (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2203             (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2204             (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2205             (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2206            $alias_col = &get_db_aliases(\@ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2207        }
2208    
2209        # get the colors for the function cell
2210        my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);
2211        $functional_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);
2212        my $query_function = $fig->function_of($query_fid);
2213    
2214        my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
2215    
2216        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2217        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2218        my $same_genome_flag = 0;
2219    
2220        my $func_color_offset=0;
2221        unshift(@$dataset, $query_fid);
2222        for (my $thing_count=0;$thing_count<scalar @$dataset;$thing_count++){
2223    #    foreach my $thing ( @$dataset){
2224            my $thing = $dataset->[$thing_count];
2225            my $next_thing = $dataset->[$thing_count+1] if (defined $dataset->[$thing_count+1]);
2226            my ($id, $taxid, $iden, $ln1,$ln2,$b1,$b2,$e1,$e2,$d1,$d2,$color1,$color2,$reg1,$reg2, $next_org);
2227            if ($thing eq $query_fid){
2228                $id = $thing;
2229                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2230                $organism = $fig->genus_species($taxid);
2231                $current_function = $fig->function_of($id);
2232            }
2233            else{
2234                next if ($thing->class ne "SIM");
2235    
2236                $id      = $thing->acc;
2237                $evalue  = $thing->evalue;
2238                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2239                $iden    = $thing->identity;
2240                $organism= $thing->organism;
2241                $ln1     = $thing->qlength;
2242                $ln2     = $thing->hlength;
2243                $b1      = $thing->qstart;
2244                $e1      = $thing->qstop;
2245                $b2      = $thing->hstart;
2246                $e2      = $thing->hstop;
2247                $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;
2248                $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;
2249                $color1  = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
2250                $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
2251                $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};
2252                $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};
2253                $current_function = $thing->function;
2254                $next_org = $next_thing->organism if (defined $next_thing);
2255            }
2256    
2257            next if ($id =~ /nmpdr\||gnl\|md5\|/);
2258    
2259            my $single_domain = [];
2260            $count++;
2261    
2262            # organisms cell
2263            my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2264    
2265            my $org_cell;
2266            if ( ($next_org ne $organism) && ($same_genome_flag == 0) ){
2267                $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
2268            }
2269            elsif ($next_org eq $organism){
2270                $org_cell = { 'data' =>  "<b>" . $organism . "</b>", 'highlight' => $org_color};
2271                $same_genome_flag = 1;
2272            }
2273            elsif ($same_genome_flag == 1){
2274                $org_cell = { 'data' =>  "<b>" . $organism . "</b>", 'highlight' => $org_color};
2275                $same_genome_flag = 0;
2276            }
2277    
2278            # checkbox cell
2279            my ($box_cell,$tax, $radio_cell);
2280            my $field_name = "tables_" . $id;
2281            my $pair_name = "visual_" . $id;
2282            my $cell_name = "cell_". $id;
2283            my $replace_id = $id;
2284            $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2285            my $white = '#ffffff';
2286            $white = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2287            $org_color = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2288            my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2289            my $checked = "";
2290            #$checked = "checked" if ($id eq $query_fid);
2291    #       if ($id =~ /^fig\|/){
2292              my $box = qq~<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');" $checked>~;
2293              $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2294              $tax = $fig->genome_of($id) if ($id =~ /^fig\|/);
2295    #       }
2296    #       else{
2297    #         my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);
2298    #         $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2299    #       }
2300    
2301            # create the radio cell for any sequence, not just fig ids
2302            my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$current_function" id="$field_name" onClick="clearText('new_text_function')">);
2303            $radio_cell = { 'data'=>$radio, 'highlight'=>$white};
2304    
2305            # get the linked fig id
2306            my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;
2307    
2308            my $fig_data;
2309            if ($id =~ /^fig\|/)
2310            {
2311                $fig_data =  "<table><tr><td><a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a></td>" . "&nbsp;" x 2;
2312            }
2313            else
2314            {
2315                my $url_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2316                $fig_data = "<table><tr><td>$url_link</td>". "&nbsp;" x 2;
2317            }
2318            $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='$FIG_Config::cgi_url/Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);
2319            my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2320                           'highlight'=>$white};
2321    
2322            $replace_id = $peg;
2323            $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2324            $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2325            my $query_config = { 'title' => "Query",
2326                                 'short_title' => "Query",
2327                                 'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",
2328                                 'basepair_offset' => '0'
2329                                 };
2330    
2331            # function cell
2332            my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",
2333                                        3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",
2334                                        6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};
2335    
2336            my $function_color;
2337            if ( (defined($functional_color->{$query_function})) && ($functional_color->{$query_function} == 1) ){
2338                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function} - $func_color_offset};
2339            }
2340            else{
2341                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function}};
2342            }
2343            my $function_cell;
2344            if ($current_function){
2345              if ($current_function eq $query_function){
2346                $function_cell = {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$function_cell_colors->{0}};
2347                $func_color_offset=1;
2348              }
2349              else{
2350                  $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => $function_color};
2351              }
2352            }
2353            else{
2354              $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};
2355            }
2356    
2357            if ($id eq $query_fid){
2358                push (@$single_domain, $box_cell, {'data'=>qq~<i>Query Sequence: </i>~  . qq~<b>$id</b>~ , 'highlight'=>$white}, {'data'=> 'n/a', 'highlight'=>$white},
2359                      {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white},
2360                      {'data' =>  $organism, 'highlight'=> $white}, {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$white},
2361                      {'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>$white},
2362                      {'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$white});  # permanent columns
2363            }
2364            else{
2365                push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},
2366                      {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell,
2367                      {'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>"#ffffff"},
2368                      {'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>"#ffffff"});  # permanent columns
2369    
2370            }
2371    
2372            if ( ( $application->session->user) ){
2373                my $user = $application->session->user;
2374                if ($user && $user->has_right(undef, 'annotate', 'genome')) {
2375                    push (@$single_domain,$radio_cell);
2376                }
2377            }
2378    
2379            my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2380    
2381            foreach my $col (@$scroll_list){
2382                if ($id eq $query_fid) { $highlight_color = "#999966"; }
2383                else { $highlight_color = "#ffffff"; }
2384    
2385                if ($col =~ /pfam/)                       {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2386                elsif ($col =~ /mw/)                         {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2387                elsif ($col =~ /habitat/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2388                elsif ($col =~ /temperature/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2389                elsif ($col =~ /temp_range/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2390                elsif ($col =~ /oxygen/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2391                elsif ($col =~ /^pathogenic$/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2392                elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/)            {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2393                elsif ($col =~ /salinity/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2394                elsif ($col =~ /motility/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2395                elsif ($col =~ /gram_stain/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2396                elsif ($col =~ /endospores/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2397                elsif ($col =~ /shape/)                      {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2398                elsif ($col =~ /disease/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2399                elsif ($col =~ /gc_content/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2400                elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2401                elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2402                elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2403                elsif ($col =~ /conerved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2404                elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2405                elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2406                elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2407                elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2408                elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2409                elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2410                elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2411                elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2412                elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2413                elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2414                elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2415                elsif ($col =~ /lineage/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2416                elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2417            }
2418            push(@$data,$single_domain);
2419        }
2420        if ($count >0 ){
2421            $content = $data;
2422        }
2423        else{
2424            $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
2425        }
2426        shift(@$dataset);
2427        return ($content);
2428    }
2429    
2430    
2431    =head3 display_figfam_table()
2432    
2433    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
2434    This code will display a table for the similarities protein
2435    
2436    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
2437    
2438    =cut
2439    
2440    sub display_figfam_table {
2441      my ($self,$ids, $show_columns, $fig, $application, $cgi) = @_;
2442      my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2443    
2444      my $scroll_list;
2445      foreach my $col (@$show_columns){
2446        push (@$scroll_list, $col->{key});
2447      }
2448    
2449      $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2450      my @attributes = $fig->get_attributes($ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2451    
2452      # get the column for the subsystems
2453      $subsystems_column = &get_subsystems_column($ids,$fig,$cgi,'hash');
2454    
2455      # get the column for the evidence codes
2456      $evidence_column = &get_evidence_column($ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash') if (grep /^evidence$/, @$scroll_list);
2457    
2458      # get the column for pfam_domain
2459      $pfam_column = &get_attrb_column($ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2460    
2461      # get the column for molecular weight
2462      $mw_column = &get_attrb_column($ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2463    
2464      # get the column for organism's habitat
2465      my $habitat_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2466    
2467      # get the column for organism's temperature optimum
2468      my $temperature_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2469    
2470      # get the column for organism's temperature range
2471      my $temperature_range_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2472    
2473      # get the column for organism's oxygen requirement
2474      my $oxygen_req_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2475    
2476      # get the column for organism's pathogenicity
2477      my $pathogenic_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2478    
2479      # get the column for organism's pathogenicity host
2480      my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2481    
2482      # get the column for organism's salinity
2483      my $salinity_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2484    
2485      # get the column for organism's motility
2486      my $motility_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2487    
2488      # get the column for organism's gram stain
2489      my $gram_stain_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2490    
2491      # get the column for organism's endospores
2492      my $endospores_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2493    
2494      # get the column for organism's shape
2495      my $shape_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2496    
2497      # get the column for organism's disease
2498      my $disease_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2499    
2500      # get the column for organism's disease
2501      my $gc_content_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2502    
2503      # get the column for transmembrane domains
2504      my $transmembrane_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2505    
2506      # get the column for similar to human
2507      my $similar_to_human_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2508    
2509      # get the column for signal peptide
2510      my $signal_peptide_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2511    
2512      # get the column for transmembrane domains
2513      my $isoelectric_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2514    
2515      # get the column for conserved neighborhood
2516      my $cons_neigh_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2517    
2518      # get the column for cellular location
2519      my $cell_location_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2520    
2521      # get the aliases
2522      my $alias_col;
2523      if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2524           (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2525           (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2526           (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2527           (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2528        $alias_col = &get_db_aliases($ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2529      }
2530    
2531      foreach my $id ( @$ids){
2532        my $current_function = $fig->function_of($id);
2533        my $organism = $fig->org_of($id);
2534        my $single_domain = [];
2535    
2536        # organisms cell comehere2
2537        my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2538        my $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
2539    
2540        # get the linked fig id
2541        my $fig_data;
2542        if ($id =~ /^fig\|/)
2543        {
2544            $fig_data =  "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";
2545        }
2546        else
2547        {
2548            my $url_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2549            $fig_data = "<table><tr><td>$url_link</td>". "&nbsp;" x 2;
2550        }
2551    
2552        my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2553                       'highlight'=>"#ffffff"};
2554    
2555        # get sequence length
2556        my $length_col = {'data'=> $fig->translation_length($id),
2557                          'highlight'=>"#ffffff"};
2558    
2559        # function cell
2560        $function_cell = {'data'=>$current_function, 'highlight'=> "#ffffff"};
2561    
2562        # insert data
2563        push (@$single_domain, $fig_col, $length_col, $org_cell, {'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>"#ffffff"}, $function_cell);
2564    
2565        foreach my $col (@$scroll_list){
2566          my $highlight_color = "#ffffff";
2567    
2568          if ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2569          elsif ($col =~ /pfam/)                       {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2570          elsif ($col =~ /mw/)                         {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2571          elsif ($col =~ /habitat/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2572          elsif ($col =~ /temperature/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2573          elsif ($col =~ /temp_range/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2574          elsif ($col =~ /oxygen/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2575          elsif ($col =~ /^pathogenic$/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2576          elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/)            {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2577          elsif ($col =~ /salinity/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2578          elsif ($col =~ /motility/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2579          elsif ($col =~ /gram_stain/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2580          elsif ($col =~ /endospores/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2581          elsif ($col =~ /shape/)                      {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2582          elsif ($col =~ /disease/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2583          elsif ($col =~ /gc_content/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2584          elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2585          elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2586          elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2587          elsif ($col =~ /conerved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2588          elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2589          elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2590          elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2591          elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2592          elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2593          elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2594          elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2595          elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2596          elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2597          elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2598          elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2599          elsif ($col =~ /lineage/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2600          elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2601        }
2602        push(@$data,$single_domain);
2603      }
2604    
2605      $content = $data;
2606      return ($content);
2607    }
2608    
2609    sub get_box_column{
2610        my ($ids) = @_;
2611        my %column;
2612        foreach my $id (@$ids){
2613            my $field_name = "tables_" . $id;
2614            my $pair_name = "visual_" . $id;
2615            my $cell_name = "cell_" . $id;
2616            $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name', '$cell_name');">);
2617        }
2618        return (%column);
2619    }
2620    
2621    sub get_figfam_column{
2622        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2623        my $column;
2624    
2625        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2626        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2627    
2628        foreach my $id (@$ids){
2629            my ($ff);
2630            if ($id =~ /\.peg\./){
2631                ($ff) =  $figfams->families_containing_peg($id);
2632            }
2633            if ($ff){
2634                push (@$column, "<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>");
2635            }
2636            else{
2637                push (@$column, " ");
2638            }
2639        }
2640    
2641        return $column;
2642    }
2643    
2644    sub get_subsystems_column{
2645        my ($ids,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2646    
2647        my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids,1);
2648        my ($column, $ss);
2649        foreach my $id (@$ids){
2650            my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
2651            my @subsystems;
2652    
2653            if (@in_sub > 0) {
2654                foreach my $array(@in_sub){
2655                    my $ss = $array->[0];
2656                    $ss =~ s/_/ /ig;
2657                    push (@subsystems, "-" . $ss);
2658                }
2659                my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2660                $ss->{$id} = $in_sub_line;
2661            } else {
2662                $ss->{$id} = "None added";
2663            }
2664            push (@$column, $ss->{$id});
2665        }
2666    
2667        if ($returnType eq 'hash') { return $ss; }
2668        elsif ($returnType eq 'array') { return $column; }
2669    }
2670    
2671    sub get_lineage_column{
2672        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2673    
2674        my $lineages = $fig->taxonomy_list();
2675    
2676        foreach my $id (@$ids){
2677            my $genome = $fig->genome_of($id);
2678            if ($lineages->{$genome}){
2679    #           push (@$column, qq~<table style='border-style:hidden;'><tr><td style='background-color: #ffffff;'>~ . $lineages->{$genome} . qq~</td></tr</table>~);
2680                push (@$column, $lineages->{$genome});
2681            }
2682            else{
2683                push (@$column, " ");
2684            }
2685        }
2686        return $column;
2687    }
2688    
2689    sub match_color {
2690        my ( $b, $e, $n , $rgb) = @_;
2691        my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
2692        my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
2693        my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
2694        my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
2695        my $br  = 1;
2696        if ($rgb){
2697            return html2rgb( rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) ) );
2698        }
2699        else{
2700            rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
2701        }
2702    }
2703    
2704    sub hsb2rgb {
2705        my ( $h, $s, $br ) = @_;
2706        $h = 6 * ($h - floor($h));
2707        if ( $s  > 1 ) { $s  = 1 } elsif ( $s  < 0 ) { $s  = 0 }
2708        if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
2709        my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1,      $h,     0      )
2710                                          : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1,      0      )
2711                                          :               ( 0,      1,      $h - 2 )
2712                                          )
2713                                        : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0,      4 - $h, 1      )
2714                                          : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0,      1      )
2715                                          :               ( 1,      0,      6 - $h )
2716                                          );
2717        ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
2718          ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
2719          ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
2720        )
2721    }
2722    
2723    sub html2rgb {
2724        my ($hex) = @_;
2725        my ($r,$g,$b) = ($hex) =~ /^\#(\w\w)(\w\w)(\w\w)/;
2726        my $code = { 'A'=>10, 'B'=>11, 'C'=>12, 'D'=>13, 'E'=>14, 'F'=>15,
2727                     1=>1, 2=>2, 3=>3, 4=>4, 5=>5, 6=>6, 7=>7, 8=>8, 9=>9};
2728    
2729        my @R = split(//, $r);
2730        my @G = split(//, $g);
2731        my @B = split(//, $b);
2732    
2733        my $red = ($code->{uc($R[0])}*16)+$code->{uc($R[1])};
2734        my $green = ($code->{uc($G[0])}*16)+$code->{uc($G[1])};
2735        my $blue = ($code->{uc($B[0])}*16)+$code->{uc($B[1])};
2736    
2737        my $rgb = [$red, $green, $blue];
2738        return $rgb;
2739    
2740    }
2741    
2742    sub rgb2html {
2743        my ( $r, $g, $b ) = @_;
2744        if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
2745        if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
2746        if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
2747        sprintf("#%02x%02x%02x", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
2748    }
2749    
2750    sub floor {
2751        my $x = $_[0];
2752        defined( $x ) || return undef;
2753        ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
2754    }
2755    
2756    sub get_function_color_cell{
2757      my ($functions, $fig) = @_;
2758    
2759      # figure out the quantity of each function
2760      my %hash;
2761      foreach my $key (keys %$functions){
2762        my $func = $functions->{$key};
2763        $hash{$func}++;
2764      }
2765    
2766      my %func_colors;
2767      my $count = 1;
2768      foreach my $key (sort {$hash{$b}<=>$hash{$a}} keys %hash){
2769        $func_colors{$key}=$count;
2770        $count++;
2771      }
2772    
2773      return \%func_colors;
2774    }
2775    
2776    sub get_essentially_identical{
2777        my ($fid,$dataset,$fig) = @_;
2778        #my $fig = new FIG;
2779    
2780        my %id_list;
2781        #my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
2782    
2783        foreach my $thing (@$dataset){
2784            if($thing->class eq "IDENTICAL"){
2785                my $rows = $thing->rows;
2786                my $count_identical = 0;
2787                foreach my $row (@$rows) {
2788                    my $id = $row->[0];
2789                    if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2790                        $id_list{$id} = 1;
2791                    }
2792                }
2793            }
2794        }
2795    
2796    #    foreach my $id (@maps_to) {
2797    #        if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2798    #           $id_list{$id} = 1;
2799    #        }
2800    #    }
2801        return(%id_list);
2802    }
2803    
2804    
2805    sub get_evidence_column{
2806        my ($ids,$attributes,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2807        my ($column, $code_attributes);
2808    
2809        if (! defined $attributes) {
2810            my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2811            $attributes = \@attributes_array;
2812        }
2813    
2814        my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2815        foreach my $key (@codes){
2816            push (@{$code_attributes->{$key->[0]}}, $key);
2817        }
2818    
2819        foreach my $id (@$ids){
2820            # add evidence code with tool tip
2821            my $ev_codes=" &nbsp; ";
2822    
2823            my @codes = @{$code_attributes->{$id}} if (defined @{$code_attributes->{$id}});
2824            my @ev_codes = ();
2825            foreach my $code (@codes) {
2826                my $pretty_code = $code->[2];
2827                if ($pretty_code =~ /;/) {
2828                    my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2829                    if ($cd =~ /ilit|dlit/){
2830                        my ($type,$pubmed_id) = ($cd) =~ /(.*?)\((.*)\)/;
2831                        my $publink = &HTML::alias_url($pubmed_id,'PMID');
2832                        $cd = $type . "(<a href='" . $publink . "'>" . $pubmed_id . "</a>)";
2833                    }
2834                    $ss =~ s/_/ /g;
2835                    $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2836                }
2837                push(@ev_codes, $pretty_code);
2838            }
2839    
2840            if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
2841                my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
2842                $ev_codes = $cgi->a(
2843                                    {
2844                                        id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2845            }
2846    
2847            if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id}=$ev_codes; }
2848            elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, $ev_codes); }
2849        }
2850        return $column;
2851    }
2852    
2853    sub get_attrb_column{
2854        my ($ids, $attributes, $fig, $cgi, $colName, $attrbName, $returnType) = @_;
2855    
2856        my ($column, %code_attributes, %attribute_locations);
2857        my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2858                                     -host     => $WebConfig::DBHOST,
2859                                     -user     => $WebConfig::DBUSER,
2860                                     -password => $WebConfig::DBPWD);
2861    
2862        if ($colName eq "pfam"){
2863            if (! defined $attributes) {
2864                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2865                $attributes = \@attributes_array;
2866            }
2867    
2868            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2869            foreach my $key (@codes){
2870                my $name = $key->[1];
2871                if ($name =~ /_/){
2872                    ($name) = ($key->[1]) =~ /(.*?)_/;
2873                }
2874                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $name);
2875                push (@{$attribute_location{$key->[0]}{$name}}, $key->[2]);
2876            }
2877    
2878            foreach my $id (@$ids){
2879                # add pfam code
2880                my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2881                my @pfam_codes = "";
2882                my %description_codes;
2883    
2884                if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
2885                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2886                    @pfam_codes = ();
2887    
2888                    # get only unique values
2889                    my %saw;
2890                    foreach my $key (@ncodes) {$saw{$key}=1;}
2891                    @ncodes = keys %saw;
2892    
2893                    foreach my $code (@ncodes) {
2894                        my @parts = split("::",$code);
2895                        my $pfam_link = "<a href=http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2896    
2897    #                   # get the locations for the domain
2898    #                   my @locs;
2899    #                   foreach my $part (@{$attribute_location{$id}{$code}}){
2900    #                       my ($loc) = ($part) =~ /\;(.*)/;
2901    #                       push (@locs,$loc);
2902    #                   }
2903    #                   my %locsaw;
2904    #                   foreach my $key (@locs) {$locsaw{$key}=1;}
2905    #                   @locs = keys %locsaw;
2906    #
2907    #                   my $locations = join (", ", @locs);
2908    #
2909                        if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
2910                            push(@pfam_codes, "$parts[1]");
2911                        }
2912                        else {
2913                            my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2914                            $description_codes{$parts[1]} = $description->[0]->{term};
2915                            push(@pfam_codes, "$pfam_link");
2916                        }
2917                    }
2918    
2919                    if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join("<br><br>", @pfam_codes); }
2920                    elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join("<br><br>", @pfam_codes)); }
2921                }
2922            }
2923        }
2924        elsif ($colName eq 'cellular_location'){
2925            if (! defined $attributes) {
2926                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2927                $attributes = \@attributes_array;
2928            }
2929    
2930            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2931            foreach my $key (@codes){
2932                my ($loc) = ($key->[1]) =~ /::(.*)/;
2933                my ($new_loc, @all);
2934                @all = split (//, $loc);
2935                my $count = 0;
2936                foreach my $i (@all){
2937                    if ( ($i eq uc($i)) && ($count > 0) ){
2938                        $new_loc .= " " . $i;
2939                    }
2940                    else{
2941                        $new_loc .= $i;
2942                    }
2943                    $count++;
2944                }
2945                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, [$new_loc, $key->[2]]);
2946            }
2947    
2948            foreach my $id (@$ids){
2949                my (@values, $entry);
2950                #@values = (" ");
2951                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2952                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2953                    foreach my $code (@ncodes){
2954                        push (@values, $code->[0] . ", " . $code->[1]);
2955                    }
2956                }
2957                else{
2958                    @values = ("Not available");
2959                }
2960    
2961                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2962                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2963            }
2964        }
2965        elsif ( ($colName eq 'mw') || ($colName eq 'transmembrane') || ($colName eq 'similar_to_human') ||
2966                ($colName eq 'signal_peptide') || ($colName eq 'isoelectric') ){
2967            if (! defined $attributes) {
2968                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2969                $attributes = \@attributes_array;
2970            }
2971    
2972            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2973            foreach my $key (@codes){
2974                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $key->[2]);
2975            }
2976    
2977            foreach my $id (@$ids){
2978                my (@values, $entry);
2979                #@values = (" ");
2980                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2981                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2982                    foreach my $code (@ncodes){
2983                        push (@values, $code);
2984                    }
2985                }
2986                else{
2987                    @values = ("Not available");
2988                }
2989    
2990                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2991                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2992            }
2993        }
2994        elsif ( ($colName eq 'habitat') || ($colName eq 'temperature') || ($colName eq 'temp_range') ||
2995                ($colName eq 'oxygen') || ($colName eq 'pathogenic') || ($colName eq 'pathogenic_in') ||
2996                ($colName eq 'salinity') || ($colName eq 'motility') || ($colName eq 'gram_stain') ||
2997                ($colName eq 'endospores') || ($colName eq 'shape') || ($colName eq 'disease') ||
2998                ($colName eq 'gc_content') ) {
2999            if (! defined $attributes) {
3000                my @attributes_array = $fig->get_attributes(undef,$attrbName);
3001                $attributes = \@attributes_array;
3002            }
3003    
3004            my $genomes_with_phenotype;
3005            foreach my $attribute (@$attributes){
3006                my $genome = $attribute->[0];
3007                $genomes_with_phenotype->{$genome} = $attribute->[2];
3008            }
3009    
3010            foreach my $id (@$ids){
3011                my $genome = $fig->genome_of($id);
3012                my @values = (' ');
3013                if (defined $genomes_with_phenotype->{$genome}){
3014                    push (@values, $genomes_with_phenotype->{$genome});
3015                }
3016                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
3017                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
3018            }
3019        }
3020    
3021        return $column;
3022    }
3023    
3024    sub get_aclh_aliases {
3025        my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
3026        my $db_array;
3027    
3028        my $id_line = join (",", @$ids);
3029        my $aclh_url = "http://clearinghouse.nmpdr.org/aclh.cgi?page=SearchResults&raw_dump=1&query=" . $id_line;
3030    
3031    
3032    }
3033    
3034    sub get_id_aliases {
3035        my ($id, $fig) = @_;
3036        my $aliases = {};
3037    
3038        my $org = $fig->org_of($id);
3039        my $url = "http://clearinghouse.nmpdr.org/aclh.cgi?page=SearchResults&raw_dump=1&query=$id";
3040        if ( my $form = &LWP::Simple::get($url) ) {
3041            my ($block) = ($form) =~ /<pre>(.*)<\/pre>/s;
3042            foreach my $line (split /\n/, $block){
3043                my @values = split /\t/, $line;
3044                next if ($values[3] eq "Expert");
3045                if (($values[1] =~ /$org/) || ($org =~ /$values[1]/) && (! defined $aliases->{$values[4]}) ){
3046                    $aliases->{$values[4]} = $values[0];
3047                }
3048            }
3049        }
3050    
3051        return $aliases;
3052    }
3053    
3054    sub get_db_aliases {
3055        my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
3056        my $db_array;
3057        my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
3058        foreach my $id (@$ids){
3059    #       my @all_aliases = grep { $_ ne $id and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($id);
3060            my $id_org = $fig->org_of($id);
3061    
3062            foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
3063    #       foreach my $alias (@all_aliases){
3064                my $id_db = &Observation::get_database($alias);
3065                next if ( ($id_db ne $db) && ($db ne 'all') );
3066                next if ($aliases->{$id}->{$db});
3067                my $alias_org = $fig->org_of($alias);
3068    #           if (($id ne $peg) && ( ($alias_org =~ /$id_org/) || ($id_org =~ /$alias_org/)) ) {
3069                    #push(@funcs, [$id,$id_db,$tmp]);
3070                    $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
3071    #           }
3072            }
3073            if (!defined( $aliases->{$id}->{$db})){
3074                $aliases->{$id}->{$db} = " ";
3075            }
3076            #push (@$db_array, {'data'=>  $aliases->{$id}->{$db},'highlight'=>"#ffffff"});
3077            push (@$db_array, $aliases->{$id}->{$db});
3078        }
3079    
3080        if ($returnType eq 'hash') { return $aliases; }
3081        elsif ($returnType eq 'array') { return $db_array; }
3082    }
3083    
3084    
3085    
3086    sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
3087    
3088    sub color {
3089        my ($evalue) = @_;
3090        my $palette = WebColors::get_palette('vitamins');
3091        my $color;
3092        if ($evalue <= 1e-170){        $color = $palette->[0];    }
3093        elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = $palette->[1];    }
3094        elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = $palette->[2];    }
3095        elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = $palette->[3];    }
3096        elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){        $color = $palette->[4];    }
3097        elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){        $color = $palette->[5];    }
3098        elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){        $color = $palette->[6];    }
3099        elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){        $color = $palette->[7];    }
3100        elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){        $color = $palette->[8];    }
3101        else{        $color = $palette->[9];    }
3102        return ($color);
3103    }
3104    
3105    
3106    ############################
3107    package Observation::Cluster;
3108    
3109    use base qw(Observation);
3110    
3111    sub new {
3112    
3113        my ($class,$dataset) = @_;
3114        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
3115        $self->{context} = $dataset->{'context'};
3116        bless($self,$class);
3117        return $self;
3118    }
3119    
3120    sub display {
3121        my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
3122    
3123        $taxes = $fig->taxonomy_list();
3124    
3125        my $fid = $self->fig_id;
3126        my $compare_or_coupling = $self->context;
3127        my $gd_window_size = $gd->window_size;
3128        my $range = $gd_window_size;
3129        my $all_regions = [];
3130        my $gene_associations={};
3131    
3132        #get the organism genome
3133        my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
3134        $gene_associations->{$fid}->{"organism"} = $target_genome;
3135        $gene_associations->{$fid}->{"main_gene"} = $fid;
3136        $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 0;
3137    
3138        # get location of the gene
3139        my $data = $fig->feature_location($fid);
3140        my ($contig, $beg, $end);
3141        my %reverse_flag;
3142    
3143        if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
3144            $contig = $1;
3145            $beg = $2;
3146            $end = $3;
3147        }
3148    
3149        my $offset;
3150        my ($region_start, $region_end);
3151        if ($beg < $end)
3152        {
3153            $region_start = $beg - ($range);
3154            $region_end = $end+ ($range);
3155            $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
3156        }
3157        else
3158        {
3159            $region_start = $end-($range);
3160            $region_end = $beg+($range);
3161            $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
3162            $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
3163            $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 1;
3164        }
3165    
3166        # call genes in region
3167        my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
3168        #foreach my $feat (@$target_gene_features){
3169        #   push (@$all_regions, $feat) if ($feat =~ /peg/);
3170        #}
3171        push(@$all_regions,$target_gene_features);
3172        my (@start_array_region);
3173        push (@start_array_region, $offset);
3174    
3175        my %all_genes;
3176        my %all_genomes;
3177        foreach my $feature (@$target_gene_features){
3178            #if ($feature =~ /peg/){
3179                $all_genes{$feature} = $fid; $gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$fid;
3180            #}
3181        }
3182    
3183        my @selected_sims;
3184    
3185        if ($compare_or_coupling eq "sims"){
3186            # get the selected boxes
3187            my @selected_taxonomy = @$selected_taxonomies;
3188    
3189            # get the similarities and store only the ones that match the lineages selected
3190            if (@selected_taxonomy > 0){
3191                foreach my $sim (@$sims_array){
3192                    next if ($sim->class ne "SIM");
3193                    next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
3194    
3195                    #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
3196                    my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
3197                    #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
3198                    my $lineage = $taxes->{$genome};
3199                    #my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));
3200                    foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
3201                        if ($lineage =~ /$taxon/){
3202                            #push (@selected_sims, $sim->[1]);
3203                            push (@selected_sims, $sim->acc);
3204                        }
3205                    }
3206                }
3207            }
3208            else{
3209                my $simcount = 0;
3210                foreach my $sim (@$sims_array){
3211                    next if ($sim->class ne "SIM");
3212                    next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
3213    
3214                    push (@selected_sims, $sim->acc);
3215                    $simcount++;
3216                    last if ($simcount > 4);
3217                }
3218            }
3219    
3220            my %saw;
3221            @selected_sims = grep(!$saw{$_}++, @selected_sims);
3222    
3223            # get the gene context for the sorted matches
3224            foreach my $sim_fid(@selected_sims){
3225                #get the organism genome
3226                my $sim_genome = $fig->genome_of($sim_fid);
3227                $gene_associations->{$sim_fid}->{"organism"} = $sim_genome;
3228                $gene_associations->{$sim_fid}->{"main_gene"} = $sim_fid;
3229                $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 0;
3230    
3231                # get location of the gene
3232                my $data = $fig->feature_location($sim_fid);
3233                my ($contig, $beg, $end);
3234    
3235                if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
3236                    $contig = $1;
3237                    $beg = $2;
3238                    $end = $3;
3239                }
3240    
3241                my $offset;
3242                my ($region_start, $region_end);
3243                if ($beg < $end)
3244                {
3245                    $region_start = $beg - ($range/2);
3246                    $region_end = $end+($range/2);
3247                    $offset = ($beg+(($end-$beg)/2))-($gd_window_size/2);
3248                }
3249                else
3250                {
3251                    $region_start = $end-($range/2);
3252                    $region_end = $beg+($range/2);
3253                    $offset = ($end+(($beg-$end)/2))-($gd_window_size/2);
3254                    $reverse_flag{$sim_genome} = $sim_fid;
3255                    $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 1;
3256                }
3257    
3258                # call genes in region
3259                my ($sim_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($sim_genome, $contig, $region_start, $region_end);
3260                push(@$all_regions,$sim_gene_features);
3261                push (@start_array_region, $offset);
3262                foreach my $feature (@$sim_gene_features){ $all_genes{$feature} = $sim_fid;$gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$sim_fid;}
3263                $all_genomes{$sim_genome} = 1;
3264            }
3265    
3266        }
3267    
3268        #print STDERR "START CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: " . `date`;
3269        # cluster the genes
3270        my @all_pegs = keys %all_genes;
3271        my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);
3272        #print STDERR "END CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: ". `date`;
3273        my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs(\@all_pegs,1);
3274    
3275        foreach my $region (@$all_regions){
3276            my $sample_peg = @$region[0];
3277            my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
3278            my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
3279            my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
3280            #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
3281            my $lineage = $taxes->{$region_genome};
3282            #my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);
3283            #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
3284            my $line_config = { 'title' => $region_gs,
3285                                'short_title' => $abbrev_name,
3286                                'basepair_offset' => '0'
3287                                };
3288    
3289            my $offsetting = shift @start_array_region;
3290    
3291            my $second_line_config = { 'title' => "$lineage",
3292                                       'short_title' => "",
3293                                       'basepair_offset' => '0',
3294                                       'no_middle_line' => '1'
3295                                       };
3296    
3297            my $line_data = [];
3298            my $second_line_data = [];
3299    
3300            # initialize variables to check for overlap in genes
3301            my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
3302            my $major_line_flag = 0;
3303            my $prev_second_flag = 0;
3304    
3305            foreach my $fid1 (@$region){
3306                $second_line_flag = 0;
3307                my $element_hash;
3308                my $links_list = [];
3309                my $descriptions = [];
3310    
3311                my $color = $color_sets->{$fid1};
3312    
3313                # get subsystem information
3314                my $function = $fig->function_of($fid1);
3315                my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$fid1;
3316    
3317                my $link;
3318                $link = {"link_title" => $fid1,
3319                         "link" => $url_link};
3320                push(@$links_list,$link);
3321    
3322                my @subs = @{$in_subs{$fid1}} if (defined $in_subs{$fid1});
3323                my @subsystems;
3324                foreach my $array (@subs){
3325                    my $subsystem = $$array[0];
3326                    my $ss = $subsystem;
3327                    $ss =~ s/_/ /ig;
3328                    push (@subsystems, $ss);
3329                    my $link;
3330                    $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
3331                             "link_title" => $ss};
3332                    push(@$links_list,$link);
3333                }
3334    
3335                if ($fid1 eq $fid){
3336                    my $link;
3337                    $link = {"link_title" => "Annotate this sequence",
3338                             "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=Commentary"};
3339                    push (@$links_list,$link);
3340                }
3341    
3342                my $description_function;
3343                $description_function = {"title" => "function",
3344                                         "value" => $function};
3345                push(@$descriptions,$description_function);
3346    
3347                my $description_ss;
3348                my $ss_string = join (", ", @subsystems);
3349                $description_ss = {"title" => "subsystems",
3350                                   "value" => $ss_string};
3351                push(@$descriptions,$description_ss);
3352    
3353    
3354                my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
3355                if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
3356                    my($start,$stop);
3357                    $start = $2 - $offsetting;
3358                    $stop = $3 - $offsetting;
3359    
3360                    if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
3361                         ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
3362                           ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
3363                        if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
3364                            $second_line_flag = 1;
3365                            $major_line_flag = 1;
3366                        }
3367                    }
3368                    $prev_start = $start;
3369                    $prev_stop = $stop;
3370                    $prev_fig = $fid1;
3371    
3372                    if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_gnes{$fid1})){
3373                        $start = $gd_window_size - $start;
3374                        $stop = $gd_window_size - $stop;
3375                    }
3376    
3377                    my $title = $fid1;
3378                    if ($fid1 eq $fid){
3379                        $title = "My query gene: $fid1";
3380                    }
3381    
3382                    $element_hash = {
3383                        "title" => $title,
3384                        "start" => $start,
3385                        "end" =>  $stop,
3386                        "type"=> 'arrow',
3387                        "color"=> $color,
3388                        "zlayer" => "2",
3389                        "links_list" => $links_list,
3390                        "description" => $descriptions
3391                    };
3392    
3393                    # if there is an overlap, put into second line
3394                    if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
3395                    else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
3396    
3397                    if ($fid1 eq $fid){
3398                        $element_hash = {
3399                            "title" => 'Query',
3400                            "start" => $start,
3401                            "end" =>  $stop,
3402                            "type"=> 'bigbox',
3403                            "color"=> $color,
3404                            "zlayer" => "1"
3405                            };
3406    
3407                        # if there is an overlap, put into second line
3408                        if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
3409                        else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
3410                    }
3411                }
3412            }
3413            $gd->add_line($line_data, $line_config);
3414            $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config); # if ($major_line_flag == 1);
3415        }
3416        return ($gd, \@selected_sims);
3417    }
3418    
3419    sub cluster_genes {
3420        my($fig,$all_pegs,$peg) = @_;
3421        my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
3422    
3423        my @color_sets = ();
3424    
3425        $conn = &get_connections_by_similarity($fig,$all_pegs);
3426    
3427        for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3428            if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
3429            if (! $seen{$i}) {
3430                $cluster = [$i];
3431                $seen{$i} = 1;
3432                for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
3433                    $x = $conn->{$cluster->[$j]};
3434                    foreach $k (@$x) {
3435                        if (! $seen{$k}) {
3436                            push(@$cluster,$k);
3437                            $seen{$k} = 1;
3438                        }
3439                    }
3440                }
3441    
3442                if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
3443                    push(@color_sets,$cluster);
3444                }
3445            }
3446        }
3447        for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
3448        $red_set = $color_sets[$i];
3449        splice(@color_sets,$i,1);
3450        @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
3451        unshift(@color_sets,$red_set);
3452    
3453        my $color_sets = {};
3454        for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
3455            foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
3456                $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
3457            }
3458        }
3459        return $color_sets;
3460    }
3461    
3462    sub get_connections_by_similarity {
3463        my($fig,$all_pegs) = @_;
3464        my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
3465        my($sim,%conn,$x,$y);
3466    
3467        for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3468            $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
3469            push(@{$pos_of{$tmp}},$i);
3470            if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
3471                push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
3472            }
3473        }
3474    
3475        foreach $y (keys(%pos_of)) {
3476            $x = $pos_of{$y};
3477            for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
3478                for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
3479                    push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
3480                    push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
3481                }
3482            }
3483        }
3484    
3485        for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3486            foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,10,"raw")) {
3487                if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
3488                    foreach $y (@$x) {
3489                        push(@{$conn{$i}},$y);
3490                    }
3491                }
3492            }
3493        }
3494        return \%conn;
3495    }
3496    
3497    sub in {
3498        my($x,$xL) = @_;
3499        my($i);
3500    
3501        for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
3502        return ($i < @$xL);
3503    }
3504    
3505    #############################################
3506    #############################################
3507    package Observation::Commentary;
3508    
3509    use base qw(Observation);
3510    
3511    =head3 display_protein_commentary()
3512    
3513    =cut
3514    
3515    sub display_protein_commentary {
3516        my ($self,$dataset,$mypeg,$fig) = @_;
3517    
3518        my $all_rows = [];
3519        my $content;
3520        #my $fig = new FIG;
3521        my $cgi = new CGI;
3522        my $count = 0;
3523        my $peg_array = [];
3524        my ($evidence_column, $subsystems_column,  %e_identical);
3525    
3526        if (@$dataset != 1){
3527            foreach my $thing (@$dataset){
3528                if ($thing->class eq "SIM"){
3529                    push (@$peg_array, $thing->acc);
3530                }
3531            }
3532            # get the column for the evidence codes
3533            $evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array, undef, $fig, $cgi, 'hash');
3534    
3535            # get the column for the subsystems
3536            $subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig, $cgi, 'array');
3537    
3538            # get essentially identical seqs
3539            %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
3540        }
3541        else{
3542            push (@$peg_array, @$dataset);
3543        }
3544    
3545        my $selected_sims = [];
3546        foreach my $id (@$peg_array){
3547            last if ($count > 10);
3548            my $row_data = [];
3549            my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
3550            if ($fig->org_of($id)){
3551                $org = $fig->org_of($id);
3552            }
3553            else{
3554                $org = "Data not available";
3555            }
3556            $function = $fig->function_of($id);
3557            if ($mypeg ne $id){
3558                $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
3559                $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
3560                if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
3561            }
3562            else{
3563                $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
3564                $id_cell = "<input type='checkbox' name='peg' id='peg$count' value='$id' checked='true'>";
3565                $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
3566            }
3567    
3568            push(@$row_data,$id_cell);
3569            push(@$row_data,$org);
3570            push(@$row_data, $subsystems_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3571            push(@$row_data, $evidence_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3572            push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
3573            push(@$row_data,$function_cell);
3574            push(@$all_rows,$row_data);
3575            push (@$selected_sims, $id);
3576            $count++;
3577        }
3578    
3579        if ($count >0){
3580            $content = $all_rows;
3581        }
3582        else{
3583            $content = "<p>This PEG does not have enough similarities to change the commentary</p>";
3584        }
3585        return ($content,$selected_sims);
3586    }
3587    
3588    sub display_protein_history {
3589        my ($self, $id,$fig) = @_;
3590        my $all_rows = [];
3591        my $content;
3592    
3593        my $cgi = new CGI;
3594        my $count = 0;
3595        foreach my $feat ($fig->feature_annotations($id)){
3596            my $row = [];
3597            my $col1 = $feat->[2];
3598            my $col2 = $feat->[1];
3599            #my $text = "<pre>" . $feat->[3] . "<\pre>";
3600            my $text = $feat->[3];
3601    
3602            push (@$row, $col1);
3603            push (@$row, $col2);
3604            push (@$row, $text);
3605            push (@$all_rows, $row);
3606            $count++;
3607        }
3608        if ($count > 0){
3609            $content = $all_rows;
3610        }
3611        else {
3612            $content = "There is no history for this PEG";
3613        }
3614    
3615        return($content);
3616    }
3617    

Legend:
Removed from v.1.4  
changed lines
  Added in v.1.80

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3