[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.20, Wed Jun 27 22:14:01 2007 UTC revision 1.80, Mon Jun 29 16:49:01 2009 UTC
# Line 1  Line 1 
1  package Observation;  package Observation;
2    
3  use lib '/vol/ontologies';  #use lib '/vol/ontologies';
4  use DBMaster;  use DBMaster;
5    use Data::Dumper;
6    
7  require Exporter;  require Exporter;
8  @EXPORT_OK = qw(get_objects);  @EXPORT_OK = qw(get_objects get_sims_objects);
9    
10    use WebColors;
11    use WebConfig;
12    
13  use FIG_Config;  use FIG_Config;
14  use strict;  use LWP::Simple;
15    #use strict;
16  #use warnings;  #use warnings;
17  use HTML;  use HTML;
18    use FFs;
19    
20  1;  1;
21    
 # $Id$  
   
22  =head1 NAME  =head1 NAME
23    
24  Observation -- A presentation layer for observations in SEED.  Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
# Line 26  Line 30 
30    
31  The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).  The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
32    
 Example:  
   
   
 use FIG;  
 use Observation;  
   
 my $fig = new FIG;  
 my $fid = "fig|83333.1.peg.3";  
   
 my $observations = Observation::get_objects($fid);  
 foreach my $observation (@$observations) {  
     print "ID: " . $fid . "\n";  
     print "Start: " . $observation->start() . "\n";  
     ...  
 }  
   
 B<return an array of objects>  
   
   
 print "$Observation->acc\n" prints the Accession number if present for the Observation  
   
33  =cut  =cut
34    
35  =head1 BACKGROUND  =head1 BACKGROUND
# Line 70  Line 53 
53    
54  The public methods this package provides are listed below:  The public methods this package provides are listed below:
55    
56    
57    =head3 context()
58    
59    Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
60    
61    =cut
62    
63    sub context {
64      my ($self) = @_;
65    
66      return $self->{context};
67    }
68    
69    =head3 rows()
70    
71    each row in a displayed table
72    
73    =cut
74    
75    sub rows {
76      my ($self) = @_;
77    
78      return $self->{rows};
79    }
80    
81  =head3 acc()  =head3 acc()
82    
83  A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.  A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
# Line 78  Line 86 
86    
87  sub acc {  sub acc {
88    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
   
89    return $self->{acc};    return $self->{acc};
90  }  }
91    
92  =head3 description()  =head3 query()
   
 The description of the hit. Taken from the data or from the our Ontology database for some cases e.g. IPR or PFAM.  
93    
94  B<Please note:>  The query id
 Either remoteid or description is required.  
95    
96  =cut  =cut
97    
98  sub description {  sub query {
99    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
100        return $self->{query};
   return $self->{description};  
101  }  }
102    
103    
104  =head3 class()  =head3 class()
105    
106  The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.  The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
# Line 163  Line 167 
167  sub type {  sub type {
168    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
169    
170    return $self->{acc};    return $self->{type};
171  }  }
172    
173  =head3 start()  =head3 start()
# Line 262  Line 266 
266      return $self->{hlength};      return $self->{hlength};
267  }  }
268    
   
   
269  =head3 evalue()  =head3 evalue()
270    
271  E-value or P-Value if present.  E-value or P-Value if present.
# Line 280  Line 282 
282    
283  Score if present.  Score if present.
284    
 B<Please note: >  
 Either score or eval are required.  
   
285  =cut  =cut
286    
287  sub score {  sub score {
# Line 290  Line 289 
289    return $self->{score};    return $self->{score};
290  }  }
291    
   
292  =head3 display()  =head3 display()
293    
294  will be different for each type  will be different for each type
# Line 303  Line 301 
301    
302  }  }
303    
304    =head3 display_table()
305    
306  =head3 rank()  will be different for each type
   
 Returns an integer from 1 - 10 indicating the importance of this observations.  
   
 Currently always returns 1.  
   
 =cut  
   
 sub rank {  
   my ($self) = @_;  
   
 #  return $self->{rank};  
   
   return 1;  
 }  
   
 =head3 supports_annotation()  
   
 Does a this observation support the annotation of its feature?  
   
 Returns  
   
 =over 3  
   
 =item 10, if feature annotation is identical to $self->description  
   
 =item 1, Feature annotation is similar to $self->annotation; this is computed using FIG::SameFunc()  
   
 =item undef  
   
 =back  
   
 =cut  
   
 sub supports_annotation {  
   my ($self) = @_;  
   
   # no code here so far  
   
   return $self->{supports_annotation};  
 }  
   
 =head3 url()  
   
 URL describing the subject. In case of a BLAST hit against a sequence, this URL will lead to a page displaying the sequence record for the sequence. In case of an HMM hit, the URL will be to the URL description.  
307    
308  =cut  =cut
309    
310  sub url {  sub display_table {
   my ($self) = @_;  
311    
312    my $url = get_url($self->type, $self->acc);    die "Abstract Table Method Called\n";
313    
   return $url;  
314  }  }
315    
316  =head3 get_objects()  =head3 get_objects()
317    
318  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
319    
 It will probably have to:  
   
 - get all sims for the feature  
 - get all bbhs for the feature  
 - copy information from sim to bbh (bbh have no match location etc)  
 - get pchs (difficult)  
 - get attributes (there is code for this that in get_attribute_based_observations  
 - get_attributes_based_observations returns an array of arrays of hashes like this"  
   
   my $dataset  
      [  
        [ { name => 'acc', value => '1234' },  
         { name => 'from', value => '4' },  
         { name => 'to', value => '400' },  
         ....  
        ],  
        [ { name => 'acc', value => '456' },  
         { name => 'from', value => '1' },  
         { name => 'to', value => '100' },  
         ....  
        ],  
        ...  
      ];  
    return $datasets;  
  }  
   
 It will invoke the required calls to the SEED API to retrieve the information required.  
   
320  =cut  =cut
321    
322  sub get_objects {  sub get_objects {
323      my ($self,$fid,$classes) = @_;      my ($self,$fid,$fig,$parameters,$scope) = @_;
324    
325      my $objects = [];      my $objects = [];
326      my @matched_datasets=();      my @matched_datasets=();
# Line 403  Line 328 
328      # call function that fetches attribute based observations      # call function that fetches attribute based observations
329      # returns an array of arrays of hashes      # returns an array of arrays of hashes
330    
331      if(scalar(@$classes) < 1){      if($scope){
332          get_attribute_based_observations($fid,\@matched_datasets);          get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
         get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);  
         get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);  
         get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);  
333      }      }
334      else{      else{
335          my %domain_classes;          my %domain_classes;
336          my $identical_flag=0;          my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
337          my $pch_flag=0;          #$domain_classes{'CDD'} = 1;
338          my $location_flag = 0;          $domain_classes{'PFAM'} = 1;
339          my $sims_flag=0;          get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);
340          my $cluster_flag = 0;          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
341          my $pdb_flag = 0;          get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig,$parameters);
342          foreach my $class (@$classes){          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);
343              if($class =~ /(IPR|CDD|PFAM)/){          get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
344                  $domain_classes{$class} = 1;          get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
             }  
             elsif ($class eq "IDENTICAL")  
             {  
                 $identical_flag = 1;  
             }  
             elsif ($class eq "PCH")  
             {  
                 $pch_flag = 1;  
             }  
             elsif ($class =~/(SIGNALP_CELLO_TMPRED)/)  
             {  
                 $location_flag = 1;  
             }  
             elsif ($class eq "SIM")  
             {  
                 $sims_flag = 1;  
             }  
             elsif ($class eq "CLUSTER")  
             {  
                 $cluster_flag = 1;  
             }  
             elsif ($class eq "PDB")  
             {  
                 $pdb_flag = 1;  
             }  
   
         }  
   
         if ($identical_flag ==1)  
         {  
             get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);  
         }  
         if ( (defined($domain_classes{IPR})) || (defined($domain_classes{CDD})) || (defined($domain_classes{PFAM})) ) {  
             get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets);  
         }  
         if ($pch_flag == 1)  
         {  
             get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);  
         }  
         if ($sims_flag == 1)  
         {  
             get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);  
         }  
   
         if ($location_flag == 1)  
         {  
             get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets);  
         }  
         if ($cluster_flag == 1)  
         {  
             get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets);  
         }  
         if ($pdb_flag == 1)  
         {  
             get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets);  
         }  
   
   
345      }      }
346    
347      foreach my $dataset (@matched_datasets) {      foreach my $dataset (@matched_datasets) {
# Line 485  Line 349 
349          if($dataset->{'type'} eq "dom"){          if($dataset->{'type'} eq "dom"){
350              $object = Observation::Domain->new($dataset);              $object = Observation::Domain->new($dataset);
351          }          }
352          if($dataset->{'class'} eq "PCH"){          elsif($dataset->{'class'} eq "PCH"){
353              $object = Observation::FC->new($dataset);              $object = Observation::FC->new($dataset);
354          }          }
355          if ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){          elsif ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
356              $object = Observation::Identical->new($dataset);              $object = Observation::Identical->new($dataset);
357          }          }
358          if ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){          elsif ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
359              $object = Observation::Location->new($dataset);              $object = Observation::Location->new($dataset);
360          }          }
361          if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){          elsif ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
362              $object = Observation::Sims->new($dataset);              $object = Observation::Sims->new($dataset);
363          }          }
364          if ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){          elsif ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
365              $object = Observation::Cluster->new($dataset);              $object = Observation::Cluster->new($dataset);
366          }          }
367          if ($dataset->{'class'} eq "PDB"){          elsif ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
368              $object = Observation::PDB->new($dataset);              $object = Observation::PDB->new($dataset);
369          }          }
370    
# Line 511  Line 375 
375    
376  }  }
377    
378  =head1 Internal Methods  =head3 get_attributes
379        provides layer of abstraction between tools and underlying access method to Attribute Server
380    =cut
381    
382  These methods are not meant to be used outside of this package.  sub get_attributes{
383        my ($self,$fig,$search_set,$search_term,$value_array_ref) = @_;
384        my @attributes = $fig->get_attributes($search_set,$search_term,@$value_array_ref);
385        return @attributes;
386    }
387    
388  B<Please do not use them outside of this package!>  =head3 get_sims_objects()
389    
390    This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
391    
392  =cut  =cut
393    
394    sub get_sims_objects {
395        my ($self,$fid,$fig,$parameters) = @_;
396    
397        my $objects = [];
398        my @matched_datasets=();
399    
400  =head3 get_url (internal)      # call function that fetches attribute based observations
401        # returns an array of arrays of hashes
402        get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig,$parameters);
403    
404  get_url() return a valid URL or undef for any observation.      foreach my $dataset (@matched_datasets) {
405            my $object;
406            if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
407                $object = Observation::Sims->new($dataset);
408            }
409            push (@$objects, $object);
410        }
411        return $objects;
412    }
413    
 URLs are constructed by looking at the Accession acc()  and  name()  
414    
415  Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.  =head3 display_housekeeping
416    This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
417    
418  =cut  =cut
419    sub display_housekeeping {
420        my ($self,$fid,$fig) = @_;
421        my $content = [];
422        my $row = [];
423    
424        my $org_name = "Data not available";
425        if ( $fig->org_of($fid)){
426            $org_name = $fig->org_of($fid);
427        }
428        my $org_id = $fig->genome_of($fid);
429        my $function = $fig->function_of($fid);
430        #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
431        my $length = $fig->translation_length($fid);
432    
433        push (@$row, $org_name);
434        push (@$row, $fid);
435        push (@$row, $length);
436        push (@$row, $function);
437    
438        # initialize the table for commentary and annotations
439        #$content .= qq(<b>My Sequence Data</b><br><table border="0">);
440        #$content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
441        #$content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name</td></tr>\n);
442        #$content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
443        #$content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
444        #$content .= qq(<tr width=15%><td>Sequence Length</td><td>$length aa</td></tr>\n);
445        #$content .= qq(</table><p>\n);
446    
447  sub get_url {      push(@$content, $row);
448    
449   my ($self) = @_;      return ($content);
450   my $url='';  }
451    
452  # a hash with a URL for each observation; identified by name()  =head3 get_sims_summary
453  #my $URL             => { 'PFAM' => "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?" ,\  This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
 #                       'IPR'    => "http://www.ebi.ac.uk/interpro/DisplayIproEntry?ac=" ,\  
 #                          'CDD' => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\  
 #                       'PIR'    => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\  
 #                       'FIGFAM' => '',\  
 #                          'sim'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id=",\  
 #                          'bbh'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id="  
 #};  
454    
455  # if (defined $URL{$self->name}) {  =cut
456  #     $url = $URL{$self->name}.$self->acc;  
457  #     return $url;  sub get_sims_summary {
458  # }      my ($observation, $dataset, $fig) = @_;
459  # else      my %families;
460       return undef;      my $taxes = $fig->taxonomy_list();
461    
462        foreach my $thing (@$dataset) {
463            my ($id, $evalue);
464            if ($thing =~ /fig\|/){
465                $id = $thing;
466                $evalue = -1;
467            }
468            else{
469                next if ($thing->class ne "SIM");
470                $id      = $thing->acc;
471                $evalue  = $thing->evalue;
472            }
473            next if ($id !~ /fig\|/);
474            next if ($fig->is_deleted_fid($id));
475    
476            my $genome = $fig->genome_of($id);
477            #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
478            my $taxonomy = $taxes->{$genome};
479            my $parent_tax = "Root";
480            my @currLineage = ($parent_tax);
481            push (@{$families{figs}{$parent_tax}}, $id);
482            my $level = 2;
483    
484            foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy),$id){
485              next if ($tax eq $parent_tax);
486              push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax) if ($tax ne $parent_tax);
487              push (@{$families{figs}{$tax}}, $id) if ($tax ne $parent_tax);
488              $families{level}{$tax} = $level;
489              push (@currLineage, $tax);
490              $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
491              $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
492              if (defined ($families{evalue}{$tax})){
493                if ($evalue < $families{evalue}{$tax}){
494                  $families{evalue}{$tax} = $evalue;
495                  $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
496                }
497              }
498              else{
499                $families{evalue}{$tax} = $evalue;
500                $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
501  }  }
502    
503  =head3 get_display_method (internal)            $parent_tax = $tax;
504              $level++;
505            }
506        }
507    
508  get_display_method() return a valid URL or undef for any observation.      foreach my $key (keys %{$families{children}}){
509            $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
510    
511  URLs are constructed by looking at the Accession acc()  and  name()          my %saw;
512  and Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.          my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
513            $families{children}{$key} = \@out;
514        }
515    
516  =cut      return \%families;
517    }
518    
519  sub get_display_method {  =head1 Internal Methods
520    
521   my ($self) = @_;  These methods are not meant to be used outside of this package.
522    
523  # a hash with a URL for each observation; identified by name()  B<Please do not use them outside of this package!>
 #my $URL             => { 'sim'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1=",\  
 #                        'bbh'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1="  
 # };  
524    
525  #if (defined $URL{$self->name}) {  =cut
526  #     $url = $URL{$self->name}.$self->feature_id."&id2=".$self->acc;  
527  #     return $url;  sub get_taxcolor{
528  # }      my ($evalue) = @_;
529  # else      my $color;
530       return undef;      if ($evalue == -1){            $color = "black";      }
531        elsif (($evalue <= 1e-170) && ($evalue >= 0)){        $color = "#FF2000";    }
532        elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = "#FF3300";    }
533        elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = "#FF6600";    }
534        elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = "#FF9900";    }
535        elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){        $color = "#FFCC00";    }
536        elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){        $color = "#FFFF00";    }
537        elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){        $color = "#CCFF00";    }
538        elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){        $color = "#66FF00";    }
539        elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){        $color = "#00FF00";    }
540        else{        $color = "#6666FF";    }
541        return ($color);
542  }  }
543    
544    
545  sub get_attribute_based_domain_observations{  sub get_attribute_based_domain_observations{
546    
547      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
548      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
549        my $seen = {};
550      my $fig = new FIG;      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
   
     foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid)) {  
551          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
552          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
553          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
554            my $name = $parts[1];
555            next if ($seen->{$name});
556            $seen->{$name}++;
557            #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
558    
559          if($domain_classes->{$parts[0]}){          if($domain_classes->{$parts[0]}){
560              my $val = @$attr_ref[2];              my $val = @$attr_ref[2];
# Line 599  Line 563 
563                  my $from = $2;                  my $from = $2;
564                  my $to = $3;                  my $to = $3;
565                  my $evalue;                  my $evalue;
566                  if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){                  if(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class ne "PFAM")){
567                        my $part2 = 1000 - $1;
568                        my $part1 = $2/100;
569                        $evalue = $part1."e-".$part2;
570                    }
571                    elsif(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class eq "PFAM")){
572                        #$evalue=$raw_evalue;
573                      my $part2 = 1000 - $1;                      my $part2 = 1000 - $1;
574                      my $part1 = $2/100;                      my $part1 = $2/100;
575                      $evalue = $part1."e-".$part2;                      $evalue = $part1."e-".$part2;
576    
577                  }                  }
578                  else{                  else{
579                      $evalue = "0.0";                      $evalue = "0.0";
# Line 613  Line 584 
584                                 'type' => "dom" ,                                 'type' => "dom" ,
585                                 'evalue' => $evalue,                                 'evalue' => $evalue,
586                                 'start' => $from,                                 'start' => $from,
587                                 'stop' => $to                                 'stop' => $to,
588                                   'fig_id' => $fid,
589                                   'score' => $raw_evalue
590                                 };                                 };
591    
592                  push (@{$datasets_ref} ,$dataset);                  push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
# Line 624  Line 597 
597    
598  sub get_attribute_based_location_observations{  sub get_attribute_based_location_observations{
599    
600      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
601      my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
602    
603      my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED'];      my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
604    
605      my $dataset = {'type' => "loc", 'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED'};      my $dataset = {'type' => "loc",
606      foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,$location_attributes)) {                     'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
607                       'fig_id' => $fid
608                       };
609    
610        foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
611          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
612            next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/)  && ($key !~/Phobius/) );
613          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
614          my $sub_class = $parts[0];          my $sub_class = $parts[0];
615          my $sub_key = $parts[1];          my $sub_key = $parts[1];
# Line 646  Line 624 
624                  $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;                  $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
625              }              }
626          }          }
627    
628          elsif($sub_class eq "CELLO"){          elsif($sub_class eq "CELLO"){
629              $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;              $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
630              $dataset->{'cello_score'} = $value;              $dataset->{'cello_score'} = $value;
631          }          }
         elsif($sub_class eq "TMPRED"){  
             my @value_parts = split(";",$value);  
             $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];  
             $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];  
         }  
     }  
   
     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);  
632    
633            elsif($sub_class eq "Phobius"){
634                if($sub_key eq "transmembrane"){
635                    $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
636                }
637                elsif($sub_key eq "signal"){
638                    $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
639  }  }
   
   
 =head3 get_attribute_based_evidence (internal)  
   
 This method retrieves evidence from the attribute server  
   
 =cut  
   
 sub get_attribute_based_observations{  
   
     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)  
     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);  
   
     my $_myfig = new FIG;  
   
     foreach my $attr_ref ($_myfig->get_attributes($fid)) {  
   
         # convert the ref into a string for easier handling  
         my ($string) = "@$attr_ref";  
   
 #       print "S:$string\n";  
         my ($key,$val) = ( $string =~ /\S+\s(\S+)\s(\S+)/);  
   
         # THIS SHOULD BE DONE ANOTHER WAY FM->TD  
         # we need to do the right thing for each type, ie no evalue for CELLO and no coordinates, but a score, etc  
         # as fas as possible this should be configured so that the type of observation and the regexp are  
         # stored somewhere for easy expansion  
         #  
   
         if (($key =~ /PFAM::/) || ( $key =~ /IPR::/) || ( $key =~ /CDD::/) ) {  
   
             # some keys are composite CDD::1233244 or PFAM:PF1233  
   
             if ( $key =~ /::/ ) {  
                 my ($firstkey,$restkey) = ( $key =~ /([a-zA-Z0-9]+)::(.*)/);  
                 $val=$restkey.";".$val;  
                 $key=$firstkey;  
640              }              }
641    
642              my ($acc,$raw_evalue, $from,$to) = ($val =~ /(\S+);(\S+);(\d+)-(\d+)/ );          elsif($sub_class eq "TMPRED"){
643                my @value_parts = split(/\;/,$value);
644              my $evalue= 255;              $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
645              if (defined $raw_evalue) { # some of the tool do not give us an evalue              $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
   
                 my ($k,$expo) = ( $raw_evalue =~ /(\d+).(\d+)/);  
                 my ($new_k, $new_exp);  
   
                 #  
                 #  THIS DOES NOT WORK PROPERLY  
                 #  
                 if($raw_evalue =~/(\d+).(\d+)/){  
   
 #                   $new_exp = (1000+$expo);  
         #           $new_k = $k / 100;  
   
646                  }                  }
                 $evalue = "0.01"#new_k."e-".$new_exp;  
647              }              }
648    
             # unroll it all into an array of hashes  
             # this needs to be done differently for different types of observations  
             my $dataset = [ { name => 'class', value => $key },  
                             { name => 'acc' , value => $acc},  
                             { name => 'type', value => "dom"} , # this clearly needs to be done properly FM->TD  
                             { name => 'evalue', value => $evalue },  
                             { name => 'start', value => $from},  
                             { name => 'stop' , value => $to}  
                             ];  
   
649              push (@{$datasets_ref} ,$dataset);              push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
650          }  
     }  
651  }  }
652    
653  =head3 get_pdb_observations() (internal)  =head3 get_pdb_observations() (internal)
# Line 741  Line 657 
657  =cut  =cut
658    
659  sub get_pdb_observations{  sub get_pdb_observations{
660      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
   
     my $fig = new FIG;  
661    
662      print STDERR "get pdb obs called\n";      #my $fig = new FIG;
     foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,'PDB')) {  
663    
664        foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
665          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
666            next if ( ($key !~ /PDB/));
667          my($key1,$key2) =split("::",$key);          my($key1,$key2) =split("::",$key);
668          my $value = @$attr_ref[2];          my $value = @$attr_ref[2];
669          my ($evalue,$location) = split(";",$value);          my ($evalue,$location) = split(";",$value);
# Line 767  Line 682 
682                         'acc' => $key2,                         'acc' => $key2,
683                         'evalue' => $evalue,                         'evalue' => $evalue,
684                         'start' => $start,                         'start' => $start,
685                         'stop' => $stop                         'stop' => $stop,
686                           'fig_id' => $fid
687                         };                         };
688    
689          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
690      }      }
   
691  }  }
692    
   
   
   
693  =head3 get_cluster_observations() (internal)  =head3 get_cluster_observations() (internal)
694    
695  This methods sets the type and class for cluster observations  This methods sets the type and class for cluster observations
# Line 785  Line 697 
697  =cut  =cut
698    
699  sub get_cluster_observations{  sub get_cluster_observations{
700      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
701    
702      my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',      my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
703                     'type' => 'fc'                     'type' => 'fc',
704                       'context' => $scope,
705                       'fig_id' => $fid
706                     };                     };
707      push (@{$datasets_ref} ,$dataset);      push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
708  }  }
# Line 801  Line 715 
715  =cut  =cut
716    
717  sub get_sims_observations{  sub get_sims_observations{
718        my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);
719    
720        my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter, $sim_filters);
721        if ( (defined $parameters->{flag}) && ($parameters->{flag})){
722          $max_sims = $parameters->{max_sims};
723          $max_expand = $parameters->{max_expand};
724          $max_eval = $parameters->{max_eval};
725          $db_filter = $parameters->{db_filter};
726          $sim_filters->{ sort_by } = $parameters->{sim_order};
727          #$sim_order = $parameters->{sim_order};
728          $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));
729        }
730        elsif ( (defined $parameters->{sims_db}) && ($parameters->{sims_db} eq 'all')){
731          $max_sims = 50;
732          $max_expand = 5;
733          $max_eval = 1e-5;
734          $db_filter = "all";
735          $sim_filters->{ sort_by } = 'id';
736        }
737        else{
738          $max_sims = 50;
739          $max_expand = 5;
740          $max_eval = 1e-5;
741          $db_filter = "figx";
742          $sim_filters->{ sort_by } = 'id';
743          #$sim_order = "id";
744        }
745    
746      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my($id, $genome, @genomes, %sims);
747      my $fig = new FIG;  #    my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand,$sim_filters);
748  #    my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-20,"fig");      my @tmp= $fig->sims($fid,1000000,$max_eval,$db_filter,$max_expand,$sim_filters);
749      my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-20,"all");      @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;
750      my ($dataset);      my ($dataset);
751      foreach my $sim (@sims){  
752        if ($group_by_genome){
753          #  Collect all sims from genome with the first occurance of the genome:
754          foreach $sim ( @tmp ){
755            $id = $sim->id2;
756            $genome = ($id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)\.peg\.\d+/) ? $1 : $id;
757            if (! defined( $sims{ $genome } ) ) { push @genomes, $genome }
758            push @{ $sims{ $genome } }, $sim;
759          }
760          @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;
761        }
762    
763        my $seen_sims={};
764        my $count=1;
765        foreach my $sim (@tmp){
766    
767          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
768            next if ($seen_sims->{$hit});
769            next if ($hit =~ /nmpdr\||gnl\|md5\|/);
770            $seen_sims->{$hit}++;
771    
772            last if ($count>$max_sims);
773            $count++;
774    
775          my $percent = $sim->[2];          my $percent = $sim->[2];
776          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
777          my $qfrom = $sim->[6];          my $qfrom = $sim->[6];
# Line 819  Line 782 
782          my $hlength = $sim->[13];          my $hlength = $sim->[13];
783          my $db = get_database($hit);          my $db = get_database($hit);
784          my $func = $fig->function_of($hit);          my $func = $fig->function_of($hit);
785          my $organism = $fig->org_of($hit);          my $organism;
786            if ($fig->org_of($hit)){
787                $organism = $fig->org_of($hit);
788            }
789            else{
790                $organism = "Data not available";
791            }
792    
793          $dataset = {'class' => 'SIM',          $dataset = {'class' => 'SIM',
794                        'query' => $sim->[0],
795                      'acc' => $hit,                      'acc' => $hit,
796                      'identity' => $percent,                      'identity' => $percent,
797                      'type' => 'seq',                      'type' => 'seq',
# Line 834  Line 804 
804                      'organism' => $organism,                      'organism' => $organism,
805                      'function' => $func,                      'function' => $func,
806                      'qlength' => $qlength,                      'qlength' => $qlength,
807                      'hlength' => $hlength                      'hlength' => $hlength,
808                        'fig_id' => $fid
809                      };                      };
810    
811          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
# Line 850  Line 821 
821      my ($id) = (@_);      my ($id) = (@_);
822    
823      my ($db);      my ($db);
824      if ($id =~ /^fig\|/)              { $db = "FIG" }      if ($id =~ /^fig\|/)              { $db = "SEED" }
825      elsif ($id =~ /^gi\|/)            { $db = "NCBI" }      elsif ($id =~ /^gi\|/)            { $db = "NCBI" }
826        elsif ($id =~ /^gb\|/)            { $db = "GenBank" }
827      elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/)      { $db = "RefSeq" }      elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/)      { $db = "RefSeq" }
828        elsif ($id =~ /^ref\|/)           { $db = "RefSeq" }
829      elsif ($id =~ /^sp\|/)            { $db = "SwissProt" }      elsif ($id =~ /^sp\|/)            { $db = "SwissProt" }
830      elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }      elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }
831      elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }      elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }
832      elsif ($id =~ /^pir\|/)           { $db = "PIR" }      elsif ($id =~ /^pir\|/)           { $db = "PIR" }
833      elsif ($id =~ /^kegg\|/)          { $db = "KEGG" }      elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/))    { $db = "KEGG" }
834      elsif ($id =~ /^tr\|/)            { $db = "TrEMBL" }      elsif ($id =~ /^tr\|/)            { $db = "TrEMBL" }
835      elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }      elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }
836      elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }      elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }
837        elsif ($id =~ /^pdb\|/)           { $db = "PDB" }
838        elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "IMG" }
839        elsif ($id =~ /^cmr\|/)           { $db = "CMR" }
840        elsif ($id =~ /^dbj\|/)           { $db = "DBJ" }
841    
842      return ($db);      return ($db);
843    
844  }  }
845    
846    
847  =head3 get_identical_proteins() (internal)  =head3 get_identical_proteins() (internal)
848    
849  This methods retrieves sims fills the internal data structures.  This methods retrieves sims fills the internal data structures.
# Line 874  Line 852 
852    
853  sub get_identical_proteins{  sub get_identical_proteins{
854    
855      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
856      my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
857      my @funcs = ();      my $funcs_ref;
858    
859      my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);      my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
   
860      foreach my $id (@maps_to) {      foreach my $id (@maps_to) {
861          my ($tmp, $who);          my ($tmp, $who);
862          if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {          if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
863              $who = &get_database($id);              $who = &get_database($id);
864              push(@funcs, [$id,$who,$tmp]);              push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
865          }          }
866      }      }
867    
     my ($dataset);  
     foreach my $row (@funcs){  
         my $id = $row->[0];  
         my $organism = $fig->org_of($fid);  
         my $who = $row->[1];  
         my $assignment = $row->[2];  
   
868          my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',          my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
                        'id' => $id,  
                        'organism' => $organism,  
869                         'type' => 'seq',                         'type' => 'seq',
870                         'database' => $who,                     'fig_id' => $fid,
871                         'function' => $assignment                     'rows' => $funcs_ref
872                         };                         };
873    
874          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
875      }  
876    
877  }  }
878    
# Line 916  Line 884 
884    
885  sub get_functional_coupling{  sub get_functional_coupling{
886    
887      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
888      my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
889      my @funcs = ();      my @funcs = ();
890    
891      # initialize some variables      # initialize some variables
# Line 927  Line 895 
895      my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);      my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
896    
897      # get the fc data      # get the fc data
898      my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);      my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff);
899    
900      # retrieve data      # retrieve data
901      my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;      my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
902                       [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]                       [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
903                    } @fc_data;                    } @fc_data;
904    
     my ($dataset);  
     foreach my $row (@rows){  
         my $id = $row->[1];  
         my $score = $row->[0];  
         my $description = $row->[2];  
905          my $dataset = {'class' => 'PCH',          my $dataset = {'class' => 'PCH',
                        'score' => $score,  
                        'id' => $id,  
906                         'type' => 'fc',                         'type' => 'fc',
907                         'function' => $description                     'fig_id' => $fid,
908                       'rows' => \@rows
909                         };                         };
910    
911          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
     }  
 }  
   
 =head3 get_sims_and_bbhs() (internal)  
   
 This methods retrieves sims and also BBHs and fills the internal data structures.  
   
 =cut  
   
 #     sub get_sims_and_bbhs{  
   
 #       # blast m8 output format  
 #       # id1, id2, %ident, align len, mismatches, gaps, q.start, q.stop, s. start, s.stop, eval, bit  
   
 #       my $Sims=();  
 #       @sims_src = $fig->sims($fid,80,500,"fig",0);  
 #       print "found $#sims_src SIMs\n";  
 #       foreach $sims (@sims_src) {  
 #           my ($sims_string) = "@$sims";  
 # #       print "$sims_string\n";  
 #           my ($rfid,$start,$stop,$eval) = ( $sims_string =~ /\S+\s+(\S+)\s+\S+\s\S+\s+(\S+)\s+(\S+)\s+  
 #                                             \S+\s+\S+\s+\S+\s+\S+\s+(\S+)+.*/);  
 # #       print "ID: $rfid, E:$eval, Start:$start stop:$stop\n";  
 #           $Sims{$rfid}{'eval'}=$eval;  
 #           $Sims{$rfid}{'start'}=$start;  
 #           $Sims{$rfid}{'stop'}=$stop;  
 #           print "$rfid $Sims{$rfid}{'eval'}\n";  
 #       }  
   
 #       # BBHs  
 #       my $BBHs=();  
   
 #       @bbhs_src = $fig->bbhs($fid,1.0e-10);  
 #       print "found $#bbhs_src BBHs\n";  
 #       foreach $bbh (@bbhs_src) {  
 #           #print "@$bbh\n";  
 #           my ($bbh_string) = "@$bbh";  
 #           my ($rfid,$eval,$score) = ( $bbh_string =~ /(\S+)\s(\S+)\s(\S+)/);  
 #           #print "ID: $rfid, E:$eval, S:$score\n";  
 #           $BBHs{$rfid}{'eval'}=$eval;  
 #           $BBHs{$rfid}{'score'}=$score;  
 # #print "$rfid $BBHs{$rfid}{'eval'}\n";  
 #       }  
   
 #     }  
   
912    
913    }
914    
915  =head3 new (internal)  =head3 new (internal)
916    
# Line 1004  Line 921 
921  sub new {  sub new {
922    my ($class,$dataset) = @_;    my ($class,$dataset) = @_;
923    
   
   #$self = { acc => '',  
 #           description => '',  
 #           class => '',  
 #           type => '',  
 #           start => '',  
 #           stop => '',  
 #           evalue => '',  
 #           score => '',  
 #           display_method => '',  
 #           feature_id => '',  
 #           rank => '',  
 #           supports_annotation => '',  
 #           id => '',  
 #            organism => '',  
 #            who => ''  
 #         };  
   
924    my $self = { class => $dataset->{'class'},    my $self = { class => $dataset->{'class'},
925                 type => $dataset->{'type'}                 type => $dataset->{'type'},
926                   fig_id => $dataset->{'fig_id'},
927                   score => $dataset->{'score'},
928             };             };
929    
930    bless($self,$class);    bless($self,$class);
# Line 1043  Line 944 
944      return $self->{identity};      return $self->{identity};
945  }  }
946    
947  =head3 feature_id (internal)  =head3 fig_id (internal)
948    
949    =cut
950    
951    sub fig_id {
952      my ($self) = @_;
953      return $self->{fig_id};
954    }
955    
956    =head3 feature_id (internal)
957    
958    
959  =cut  =cut
960    
# Line 1127  Line 1037 
1037  =cut  =cut
1038    
1039  sub display{  sub display{
1040      my ($self,$gd,$fid) = @_;      my ($self,$gd,$fig) = @_;
1041    
1042      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');      my $fid = $self->fig_id;
1043        my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1044      print STDERR "PDB::display called\n";                                   -host     => $WebConfig::DBHOST,
1045                                     -user     => $WebConfig::DBUSER,
1046                                     -password => $WebConfig::DBPWD);
1047    
1048      my $acc = $self->acc;      my $acc = $self->acc;
1049    
     print STDERR "acc:$acc\n";  
1050      my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);      my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
1051      my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );      my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
1052      if(!scalar(@$pdb_objs)){      if(!scalar(@$pdb_objs)){
# Line 1153  Line 1064 
1064      my $lines = [];      my $lines = [];
1065      my $line_data = [];      my $line_data = [];
1066      my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",      my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
1067                            'hover_title' => 'PDB',
1068                          'short_title' => "best PDB",                          'short_title' => "best PDB",
1069                          'basepair_offset' => '1' };                          'basepair_offset' => '1' };
1070    
1071      my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
1072      my $seq = $fig->get_translation($fid);      my $seq = $fig->get_translation($fid);
1073      my $fid_stop = length($seq);      my $fid_stop = length($seq);
1074    
# Line 1238  Line 1150 
1150    
1151      my ($class,$dataset) = @_;      my ($class,$dataset) = @_;
1152      my $self = $class->SUPER::new($dataset);      my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1153      $self->{id} = $dataset->{'id'};      $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};  
     $self->{function} = $dataset->{'function'};  
     $self->{database} = $dataset->{'database'};  
1154    
1155      bless($self,$class);      bless($self,$class);
1156      return $self;      return $self;
1157  }  }
1158    
1159  =head3 display()  =head3 display_table()
1160    
1161  If available use the function specified here to display the "raw" observation.  If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1162  This code will display a table for the identical protein  This code will display a table for the identical protein
# Line 1258  Line 1167 
1167    
1168  =cut  =cut
1169    
 sub display{  
     my ($self, $cgi, $dataset) = @_;  
1170    
1171    sub display_table{
1172        my ($self,$fig) = @_;
1173    
1174        #my $fig = new FIG;
1175        my $fid = $self->fig_id;
1176        my $rows = $self->rows;
1177        my $cgi = new CGI;
1178      my $all_domains = [];      my $all_domains = [];
1179      my $count_identical = 0;      my $count_identical = 0;
1180      my $content;      my $content;
1181      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $row (@$rows) {
1182          next if ($thing->class ne "IDENTICAL");          my $id = $row->[0];
1183            my $who = $row->[1];
1184            my $assignment = $row->[2];
1185            my $organism = "Data not available";
1186            if ($fig->org_of($id)){
1187                $organism = $fig->org_of($id);
1188            }
1189          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
1190          push(@$single_domain,$thing->database);          push(@$single_domain,$who);
1191          my $id = $thing->id;          push(@$single_domain,"<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>");
1192          $count_identical++;          push(@$single_domain,$organism);
1193          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));          push(@$single_domain,$assignment);
         push(@$single_domain,$thing->organism);  
         #push(@$single_domain,$thing->type);  
         push(@$single_domain,$thing->function);  
1194          push(@$all_domains,$single_domain);          push(@$all_domains,$single_domain);
1195            $count_identical++;
1196      }      }
1197    
1198      if ($count_identical >0){      if ($count_identical >0){
# Line 1288  Line 1206 
1206    
1207  1;  1;
1208    
   
1209  #########################################  #########################################
1210  #########################################  #########################################
1211  package Observation::FC;  package Observation::FC;
# Line 1300  Line 1217 
1217    
1218      my ($class,$dataset) = @_;      my ($class,$dataset) = @_;
1219      my $self = $class->SUPER::new($dataset);      my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1220      $self->{score} = $dataset->{'score'};      $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
     $self->{id} = $dataset->{'id'};  
     $self->{function} = $dataset->{'function'};  
1221    
1222      bless($self,$class);      bless($self,$class);
1223      return $self;      return $self;
1224  }  }
1225    
1226  =head3 display()  =head3 display_table()
1227    
1228  If available use the function specified here to display the "raw" observation.  If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1229  This code will display a table for the identical protein  This code will display a table for the identical protein
# Line 1319  Line 1234 
1234    
1235  =cut  =cut
1236    
1237  sub display {  sub display_table {
     my ($self,$cgi,$dataset, $fid) = @_;  
1238    
1239        my ($self,$dataset,$fig) = @_;
1240        my $fid = $self->fig_id;
1241        my $rows = $self->rows;
1242        my $cgi = new CGI;
1243      my $functional_data = [];      my $functional_data = [];
1244      my $count = 0;      my $count = 0;
1245      my $content;      my $content;
1246    
1247      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $row (@$rows) {
1248          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
         next if ($thing->class ne "PCH");  
1249          $count++;          $count++;
1250    
1251          # construct the score link          # construct the score link
1252          my $score = $thing->score;          my $score = $row->[0];
1253          my $toid = $thing->id;          my $toid = $row->[1];
1254          my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?user=master&request=show_coupling_evidence&prot=$fid&to=$toid&SPROUT=";          my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?page=Annotation&feature=$fid";
1255          my $sc_link = "<a href=$link>$score</a>";          my $sc_link = "<a href='$link'>$score</a>";
1256    
1257          push(@$single_domain,$sc_link);          push(@$single_domain,$sc_link);
1258          push(@$single_domain,$thing->id);          push(@$single_domain,$row->[1]);
1259          push(@$single_domain,$thing->function);          push(@$single_domain,$row->[2]);
1260          push(@$functional_data,$single_domain);          push(@$functional_data,$single_domain);
1261      }      }
1262    
# Line 1376  Line 1293 
1293  sub display {  sub display {
1294      my ($thing,$gd) = @_;      my ($thing,$gd) = @_;
1295      my $lines = [];      my $lines = [];
1296      my $line_config = { 'title' => $thing->acc,  #    my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1297                          'short_title' => $thing->type,  #                       'short_title' => $thing->type,
1298                          'basepair_offset' => '1' };  #                       'basepair_offset' => '1' };
1299      my $color = "4";      my $color = "4";
1300    
1301      my $line_data = [];      my $line_data = [];
# Line 1388  Line 1305 
1305      my $db_and_id = $thing->acc;      my $db_and_id = $thing->acc;
1306      my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);      my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1307    
1308      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1309                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1310                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1311                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1312    
1313      my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);      my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1314      if($db eq "CDD"){  
1315          my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );      if($db =~ /PFAM/){
1316          if(!scalar(@$cdd_objs)){          my $new_id;
1317            if ($id =~ /_/){
1318                ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1319            }
1320            else{
1321                $new_id = $id;
1322            }
1323    
1324            my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1325            if(!scalar(@$pfam_objs)){
1326              $name_title = "name";              $name_title = "name";
1327              $name_value = "not available";              $name_value = "not available";
1328              $description_title = "description";              $description_title = "description";
1329              $description_value = "not available";              $description_value = "not available";
1330          }          }
1331          else{          else{
1332              my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];              my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1333              $name_title = "name";              $name_title = "name";
1334              $name_value = $cdd_obj->term;              $name_value = $pfam_obj->term;
1335              $description_title = "description";              #$description_title = "description";
1336              $description_value = $cdd_obj->description;              #$description_value = $pfam_obj->description;
1337            }
1338          }          }
1339    
1340        my $short_title = $thing->acc;
1341        $short_title =~ s/::/ - /ig;
1342        my $new_short_title=$short_title;
1343        if ($short_title =~ /interpro/){
1344            ($new_short_title) = ($short_title) =~ /(.*?)_/;
1345      }      }
1346        my $line_config = { 'title' => $name_value,
1347                            'hover_title', => 'Domain',
1348                            'short_title' => $new_short_title,
1349                            'basepair_offset' => '1' };
1350    
1351      my $name;      my $name;
1352      $name = {"title" => $name_title,      my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1353               "value" => $name_value};      $name = {"title" => $db,
1354                 "value" => $new_id};
1355      push(@$descriptions,$name);      push(@$descriptions,$name);
1356    
1357      my $description;  #    my $description;
1358      $description = {"title" => $description_title,  #    $description = {"title" => $description_title,
1359                               "value" => $description_value};  #                   "value" => $description_value};
1360      push(@$descriptions,$description);  #    push(@$descriptions,$description);
1361    
1362      my $score;      my $score;
1363      $score = {"title" => "score",      $score = {"title" => "score",
1364                "value" => $thing->evalue};                "value" => $thing->evalue};
1365      push(@$descriptions,$score);      push(@$descriptions,$score);
1366    
1367        my $location;
1368        $location = {"title" => "location",
1369                     "value" => $thing->start . " - " . $thing->stop};
1370        push(@$descriptions,$location);
1371    
1372      my $link_id;      my $link_id;
1373      if ($thing->acc =~/\w+::(\d+)/){      if ($thing->acc =~/::(.*)/){
1374          $link_id = $1;          $link_id = $1;
1375      }      }
1376    
1377      my $link;      my $link;
1378      my $link_url;      my $link_url;
1379      if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}  #    if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1380      elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}      if($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
1381      else{$link_url = "NO_URL"}      else{$link_url = "NO_URL"}
1382    
1383      $link = {"link_title" => $thing->acc,      $link = {"link_title" => $thing->acc,
# Line 1439  Line 1385 
1385      push(@$links_list,$link);      push(@$links_list,$link);
1386    
1387      my $element_hash = {      my $element_hash = {
1388          "title" => $thing->type,          "title" => $name_value,
1389          "start" => $thing->start,          "start" => $thing->start,
1390          "end" =>  $thing->stop,          "end" =>  $thing->stop,
1391          "color"=> $color,          "color"=> $color,
# Line 1454  Line 1400 
1400    
1401  }  }
1402    
1403    sub display_table {
1404        my ($self,$dataset) = @_;
1405        my $cgi = new CGI;
1406        my $data = [];
1407        my $count = 0;
1408        my $content;
1409        my $seen = {};
1410    
1411        foreach my $thing (@$dataset) {
1412            next if ($thing->type !~ /dom/);
1413            my $single_domain = [];
1414            $count++;
1415    
1416            my $db_and_id = $thing->acc;
1417            my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1418    
1419            my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1420                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1421                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1422                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1423    
1424            my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1425    
1426            my $new_id;
1427            if($db =~ /PFAM/){
1428                if ($id =~ /_/){
1429                    ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1430                }
1431                else{
1432                    $new_id = $id;
1433                }
1434    
1435                next if ($seen->{$new_id});
1436                $seen->{$new_id}=1;
1437    
1438                my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1439    #           print STDERR "VALUES: " . $pfam_objs . "\n";
1440                if(!scalar(@$pfam_objs)){
1441                    $name_title = "name";
1442                    $name_value = "not available";
1443                    $description_title = "description";
1444                    $description_value = "not available";
1445                }
1446                else{
1447                    my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1448                    $name_title = "name";
1449                    $name_value = $pfam_obj->term;
1450                    #$description_title = "description";
1451                    #$description_value = $pfam_obj->description;
1452                }
1453            }
1454    
1455            my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;
1456    
1457            push(@$single_domain,$db);
1458            push(@$single_domain,$new_id);
1459            push(@$single_domain,$name_value);
1460            push(@$single_domain,$location);
1461            push(@$single_domain,$thing->evalue);
1462            push(@$single_domain,$description_value);
1463            push(@$data,$single_domain);
1464        }
1465    
1466        if ($count >0){
1467            $content = $data;
1468        }
1469        else
1470        {
1471            $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1472        }
1473    }
1474    
1475    
1476  #########################################  #########################################
1477  #########################################  #########################################
1478  package Observation::Location;  package Observation::Location;
# Line 1471  Line 1490 
1490      $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};      $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1491      $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};      $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1492      $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};      $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1493        $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1494        $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1495    
1496      bless($self,$class);      bless($self,$class);
1497      return $self;      return $self;
1498  }  }
1499    
1500    sub display_cello {
1501        my ($thing) = @_;
1502        my $html;
1503        my $cello_location = $thing->cello_location;
1504        my $cello_score = $thing->cello_score;
1505        if($cello_location){
1506            $html .= "<p><font type=verdana size=-2>Subcellular location  prediction: $cello_location, score: $cello_score</font> </p>";
1507            #$html .= "<p>CELLO score: $cello_score </p>";
1508        }
1509        return ($html);
1510    }
1511    
1512  sub display {  sub display {
1513      my ($thing,$gd,$fid) = @_;      my ($thing,$gd,$fig) = @_;
1514    
1515      my $fig= new FIG;      my $fid = $thing->fig_id;
1516        #my $fig= new FIG;
1517      my $length = length($fig->get_translation($fid));      my $length = length($fig->get_translation($fid));
1518    
1519      my $cleavage_prob;      my $cleavage_prob;
# Line 1491  Line 1525 
1525      my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;      my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1526      my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);      my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1527    
1528        my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1529        my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1530    
1531      my $lines = [];      my $lines = [];
     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',  
                         'short_title' => 'Local',  
                         'basepair_offset' => '1' };  
1532    
1533      #color is      #color is
1534      my $color = "5";      my $color = "6";
   
     my $line_data = [];  
   
     if($cello_location){  
         my $cello_descriptions = [];  
         my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',  
                                           "value" => $cello_location};  
1535    
         push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);  
1536    
         my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',  
                                        "value" => $cello_score};  
1537    
1538          push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);  #    if($cello_location){
1539    #       my $cello_descriptions = [];
1540    #       my $line_data =[];
1541    #
1542    #       my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1543    #                           'short_title' => 'CELLO',
1544    #                            'hover_title' => 'Localization',
1545    #                           'basepair_offset' => '1' };
1546    #
1547    #       my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1548    #                                         "value" => $cello_location};
1549    #
1550    #       push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1551    #
1552    #       my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1553    #                                      "value" => $cello_score};
1554    #
1555    #       push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1556    #
1557    #       my $element_hash = {
1558    #           "title" => "CELLO",
1559    #           "color"=> $color,
1560    #           "start" => "1",
1561    #           "end" =>  $length + 1,
1562    #           "zlayer" => '1',
1563    #           "description" => $cello_descriptions};
1564    #
1565    #       push(@$line_data,$element_hash);
1566    #       $gd->add_line($line_data, $line_config);
1567    #    }
1568    #
1569    #    $color = "2";
1570    #    if($tmpred_score){
1571    #       my $line_data =[];
1572    #       my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1573    #                           'short_title' => 'Transmembrane',
1574    #                           'basepair_offset' => '1' };
1575    #
1576    #       foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1577    #           my $descriptions = [];
1578    #           my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1579    #           my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1580    #                            "value" => $tmpred_score};
1581    #
1582    #           push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1583    #
1584    #           my $element_hash = {
1585    #           "title" => "transmembrane location",
1586    #           "start" => $begin + 1,
1587    #           "end" =>  $end + 1,
1588    #           "color"=> $color,
1589    #           "zlayer" => '5',
1590    #           "type" => 'box',
1591    #           "description" => $descriptions};
1592    #
1593    #           push(@$line_data,$element_hash);
1594    #
1595    #       }
1596    #       $gd->add_line($line_data, $line_config);
1597    #    }
1598    
         my $element_hash = {  
             "title" => "CELLO",  
             "start" => "1",  
             "end" =>  $length + 1,  
             "color"=> $color,  
             "type" => 'box',  
             "zlayer" => '2',  
             "description" => $cello_descriptions};  
1599    
1600          push(@$line_data,$element_hash);      if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1601      }          my $line_data =[];
1602            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1603                                'short_title' => 'TM and SP',
1604                                'hover_title' => 'Localization',
1605                                'basepair_offset' => '1' };
1606    
1607      my $color = "6";          foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
     #if(0){  
     if($tmpred_score){  
         foreach my $tmpred (@tmpred_locations){  
1608              my $descriptions = [];              my $descriptions = [];
1609              my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);              my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'transmembrane location',
1610              my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',                               "value" => $tm_loc};
1611                               "value" => $tmpred_score};              push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1612    
1613              push(@$descriptions,$description_tmpred_score);              my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1614    
1615              my $element_hash = {              my $element_hash = {
1616              "title" => "transmembrane location",              "title" => "Phobius",
1617              "start" => $begin + 1,              "start" => $begin + 1,
1618              "end" =>  $end + 1,              "end" =>  $end + 1,
1619              "color"=> $color,              "color"=> '6',
1620              "zlayer" => '5',              "zlayer" => '4',
1621              "type" => 'smallbox',              "type" => 'bigbox',
1622              "description" => $descriptions};              "description" => $descriptions};
1623    
1624              push(@$line_data,$element_hash);              push(@$line_data,$element_hash);
1625          }  
1626      }      }
1627    
1628      my $color = "1";          if($phobius_signal_location){
     if($signal_peptide_score){  
1629          my $descriptions = [];          my $descriptions = [];
1630          my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',              my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1631                                                  "value" => $signal_peptide_score};                               "value" => $phobius_signal_location};
1632                push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
         push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);  
1633    
         my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',  
                                          "value" => $cleavage_prob};  
   
         push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);  
1634    
1635                my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1636          my $element_hash = {          my $element_hash = {
1637              "title" => "SignalP",              "title" => "phobius signal locations",
1638              "start" => $cleavage_loc_begin - 2,              "start" => $begin + 1,
1639              "end" =>  $cleavage_loc_end + 3,              "end" =>  $end + 1,
1640              "type" => 'bigbox',              "color"=> '1',
1641              "color"=> $color,              "zlayer" => '5',
1642              "zlayer" => '10',              "type" => 'box',
1643              "description" => $descriptions};              "description" => $descriptions};
   
1644          push(@$line_data,$element_hash);          push(@$line_data,$element_hash);
1645      }      }
1646    
1647      $gd->add_line($line_data, $line_config);      $gd->add_line($line_data, $line_config);
1648        }
1649    
1650    
1651    #    $color = "1";
1652    #    if($signal_peptide_score){
1653    #       my $line_data = [];
1654    #       my $descriptions = [];
1655    #
1656    #       my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1657    #                           'short_title' => 'SignalP',
1658    #                            'hover_title' => 'Localization',
1659    #                           'basepair_offset' => '1' };
1660    #
1661    #       my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1662    #                                               "value" => $signal_peptide_score};
1663    #
1664    #       push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1665    #
1666    #       my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1667    #                                        "value" => $cleavage_prob};
1668    #
1669    #       push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1670    #
1671    #       my $element_hash = {
1672    #           "title" => "SignalP",
1673    #           "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1674    #           "end" =>  $cleavage_loc_end + 1,
1675    #           "type" => 'bigbox',
1676    #           "color"=> $color,
1677    #           "zlayer" => '10',
1678    #           "description" => $descriptions};
1679    #
1680    #       push(@$line_data,$element_hash);
1681    #       $gd->add_line($line_data, $line_config);
1682    #    }
1683    
1684    
1685      return ($gd);      return ($gd);
1686    
# Line 1622  Line 1728 
1728    return $self->{cello_score};    return $self->{cello_score};
1729  }  }
1730    
1731    sub phobius_signal_location {
1732      my ($self) = @_;
1733      return $self->{phobius_signal_location};
1734    }
1735    
1736    sub phobius_tm_locations {
1737      my ($self) = @_;
1738      return $self->{phobius_tm_locations};
1739    }
1740    
1741    
1742    
1743  #########################################  #########################################
1744  #########################################  #########################################
# Line 1635  Line 1752 
1752      my $self = $class->SUPER::new($dataset);      my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1753      $self->{identity} = $dataset->{'identity'};      $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1754      $self->{acc} = $dataset->{'acc'};      $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1755        $self->{query} = $dataset->{'query'};
1756      $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};      $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1757      $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};      $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1758      $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};      $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
# Line 1652  Line 1770 
1770    
1771  =head3 display()  =head3 display()
1772    
1773  If available use the function specified here to display the "raw" observation.  If available use the function specified here to display a graphical observation.
1774  This code will display a table for the similarities protein  This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
   
 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.  
1775    
1776  =cut  =cut
1777    
1778  sub display {  sub display {
1779      my ($self,$cgi,$dataset) = @_;      my ($self,$gd,$thing,$fig,$base_start,$in_subs,$cgi) = @_;
1780    
1781      my $data = [];      # declare variables
1782      my $count = 0;      my $window_size = $gd->window_size;
1783      my $content;      my $peg = $thing->acc;
1784      my $fig = new FIG;      my $query_id = $thing->query;
1785        my $organism = $thing->organism;
1786        my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1787        if (!$organism){
1788          $organism = $peg;
1789          $abbrev_name = $peg;
1790        }
1791        my $genome = $fig->genome_of($peg);
1792        my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1793        my $function = $thing->function;
1794        my $query_start = $thing->qstart;
1795        my $query_stop = $thing->qstop;
1796        my $hit_start = $thing->hstart;
1797        my $hit_stop = $thing->hstop;
1798        my $ln_query = $thing->qlength;
1799        my $ln_hit = $thing->hlength;
1800    #    my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);
1801    #    my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);
1802        my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1803        my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1804    
1805        my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1806    
1807        # hit sequence title
1808        my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1809                            'short_title' => "$abbrev_name",
1810                            'title_link' => '$tax_link',
1811                            'basepair_offset' => '0',
1812                            'no_middle_line' => '1'
1813                            };
1814    
1815      foreach my $thing (@$dataset) {      # query sequence title
1816          my $single_domain = [];      my $replace_id = $peg;
1817          next if ($thing->class ne "SIM");      $replace_id =~ s/\|/_/ig;
1818          $count++;      my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
1819        my $query_config = { 'title' => "Query",
1820                             'short_title' => "Query",
1821                             'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",
1822                             'basepair_offset' => '0',
1823                             'no_middle_line' => '1'
1824                             };
1825        my $line_data = [];
1826        my $query_data = [];
1827    
1828          my $id = $thing->acc;      my $element_hash;
1829        my $hit_links_list = [];
1830        my $hit_descriptions = [];
1831        my $query_descriptions = [];
1832    
1833        # get sequence information
1834        # evidence link
1835        my $evidence_link;
1836        if ($peg =~ /^fig\|/){
1837          $evidence_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;
1838        }
1839        else{
1840          my $db = &Observation::get_database($peg);
1841          my ($link_id) = ($peg) =~ /\|(.*)/;
1842          $evidence_link = &HTML::alias_url($link_id, $db);
1843          #print STDERR "LINK: $db    $evidence_link";
1844        }
1845        my $link = {"link_title" => $peg,
1846                    "link" => $evidence_link};
1847        push(@$hit_links_list,$link) if ($evidence_link);
1848    
1849        # subsystem link
1850        my $subs = $in_subs->{$peg} if (defined $in_subs->{$peg});
1851        my @subsystems;
1852        foreach my $array (@$subs){
1853            my $subsystem = $$array[0];
1854            push(@subsystems,$subsystem);
1855            my $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
1856                        "link_title" => $subsystem};
1857            push(@$hit_links_list,$link);
1858        }
1859    
1860          # add the subsystem information      # blast alignment
1861          my @in_sub  = $fig->peg_to_subsystems($id);      $link = {"link_title" => "view blast alignment",
1862          my $in_sub;               "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query_id&peg2=$peg"};
1863        push (@$hit_links_list,$link) if ($peg =~ /^fig\|/);
1864    
1865          if (@in_sub > 0) {      # description data
1866              $in_sub = @in_sub;      my $description_function;
1867        $description_function = {"title" => "function",
1868                                 "value" => $function};
1869        push(@$hit_descriptions,$description_function);
1870    
1871              # RAE: add a javascript popup with all the subsystems      # subsystem description
1872              my $ss_list=join "<br>", map { my $g = $_; $g =~ s/\_/ /g; $_ = $g } sort {$a cmp $b} @in_sub;      my $ss_string = join (",", @subsystems);
1873              $in_sub = $cgi->a( {id=>"subsystems", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Subsystems', '$ss_list', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, $in_sub);      $ss_string =~ s/_/ /ig;
1874          } else {      my $description_ss = {"title" => "subsystems",
1875              $in_sub = "&nbsp;";                            "value" => $ss_string};
1876          }      push(@$hit_descriptions,$description_ss);
1877    
1878          # add evidence code with tool tip      # location description
1879          my $ev_codes=" &nbsp; ";      # hit
1880          my @ev_codes = "";      my $description_loc;
1881          if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {      $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1882              my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } $fig->get_attributes($id);                          "value" => $hit_start . " - " . $hit_stop};
1883              @ev_codes = ();      push(@$hit_descriptions, $description_loc);
             foreach my $code (@codes) {  
                 my $pretty_code = $code->[2];  
                 if ($pretty_code =~ /;/) {  
                     my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);  
                     $ss =~ s/_/ /g;  
                     $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;  
                 }  
                 push(@ev_codes, $pretty_code);  
             }  
         }  
1884    
1885          if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {      $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1886              my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);                          "value" => $ln_hit};
1887              $ev_codes = $cgi->a(      push(@$hit_descriptions, $description_loc);
                                 {  
                                     id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));  
         }  
1888    
1889          # add the aliases      # query
1890          my $aliases = undef;      $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1891          $aliases = &html_enc( join( ", ", $fig->feature_aliases($id) ) );                          "value" => $query_start . " - " . $query_stop};
1892          $aliases = &HTML::set_prot_links( $cgi, $aliases );      push(@$query_descriptions, $description_loc);
         $aliases ||= "&nbsp;";  
   
         my $iden    = $thing->identity;  
         my $ln1     = $thing->qlength;  
         my $ln2     = $thing->hlength;  
         my $b1      = $thing->qstart;  
         my $e1      = $thing->qstop;  
         my $b2      = $thing->hstart;  
         my $e2      = $thing->hstop;  
         my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;  
         my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;  
         my $reg1    = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";  
         my $reg2    = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";  
1893    
1894        $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1895                            "value" => $ln_query};
1896        push(@$query_descriptions, $description_loc);
1897    
         push(@$single_domain,$thing->database);  
         push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$thing->acc));  
         push(@$single_domain,$thing->evalue);  
         push(@$single_domain,"$iden\%");  
         push(@$single_domain,$reg1);  
         push(@$single_domain,$reg2);  
         push(@$single_domain,$in_sub);  
         push(@$single_domain,$ev_codes);  
         push(@$single_domain,$thing->organism);  
         push(@$single_domain,$thing->function);  
         push(@$single_domain,$aliases);  
         push(@$data,$single_domain);  
     }  
1898    
1899      if ($count >0){  
1900          $content = $data;      # evalue score description
1901      }      my $evalue = $thing->evalue;
1902      else      while ($evalue =~ /-0/)
1903      {      {
1904          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";          my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1905      }          $chunk2 = substr($chunk2,1);
1906      return ($content);          $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1907  }  }
1908    
1909  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }      my $color = &color($evalue);
1910        my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1911                                "value" => $evalue};
1912        push(@$hit_descriptions, $description_eval);
1913        push(@$query_descriptions, $description_eval);
1914    
1915        my $identity = $self->identity;
1916        my $description_identity = {"title" => "Identity",
1917                                    "value" => $identity};
1918        push(@$hit_descriptions, $description_identity);
1919        push(@$query_descriptions, $description_identity);
1920    
1921    
1922  ############################      my $number = $base_start + ($query_start-$hit_start);
1923  package Observation::Cluster;      #print STDERR "START: $number";
1924        $element_hash = {
1925            "title" => $query_id,
1926            "start" => $base_start,
1927            "end" => $base_start+$ln_query,
1928            "type"=> 'box',
1929            "color"=> $color,
1930            "zlayer" => "2",
1931            "links_list" => $query_links_list,
1932            "description" => $query_descriptions
1933            };
1934        push(@$query_data,$element_hash);
1935    
1936  use base qw(Observation);      $element_hash = {
1937            "title" => $query_id . ': HIT AREA',
1938            "start" => $base_start + $query_start,
1939            "end" =>  $base_start + $query_stop,
1940            "type"=> 'smallbox',
1941            "color"=> $query_color,
1942            "zlayer" => "3",
1943            "links_list" => $query_links_list,
1944            "description" => $query_descriptions
1945            };
1946        push(@$query_data,$element_hash);
1947    
1948  sub new {      $gd->add_line($query_data, $query_config);
1949    
     my ($class,$dataset) = @_;  
     my $self = $class->SUPER::new($dataset);  
1950    
1951      bless($self,$class);      $element_hash = {
1952      return $self;                  "title" => $peg,
1953  }                  "start" => $base_start + ($query_start-$hit_start),
1954                    "end" => $base_start + (($query_start-$hit_start)+$ln_hit),
1955                    "type"=> 'box',
1956                    "color"=> $color,
1957                    "zlayer" => "2",
1958                    "links_list" => $hit_links_list,
1959                    "description" => $hit_descriptions
1960                    };
1961        push(@$line_data,$element_hash);
1962    
1963  sub display {      $element_hash = {
1964      my ($self,$gd, $fid) = @_;          "title" => $peg . ': HIT AREA',
1965            "start" => $base_start + $query_start,
1966            "end" =>  $base_start + $query_stop,
1967            "type"=> 'smallbox',
1968            "color"=> $hit_color,
1969            "zlayer" => "3",
1970            "links_list" => $hit_links_list,
1971            "description" => $hit_descriptions
1972            };
1973        push(@$line_data,$element_hash);
1974    
1975      my $fig = new FIG;      $gd->add_line($line_data, $line_config);
     my $all_regions = [];  
1976    
1977      #get the organism genome      my $breaker = [];
1978      my $target_genome = $fig->genome_of($fid);      my $breaker_hash = {};
1979        my $breaker_config = { 'no_middle_line' => "1" };
1980    
1981        push (@$breaker, $breaker_hash);
1982        $gd->add_line($breaker, $breaker_config);
1983    
1984        return ($gd);
1985    }
1986    
1987    =head3 display_domain_composition()
1988    
1989    If available use the function specified here to display a graphical observation of the CDD(later Pfam or selected) domains that occur in the set of similar proteins
1990    
1991    =cut
1992    
1993    sub display_domain_composition {
1994        my ($self,$gd,$fig) = @_;
1995    
1996        #$fig = new FIG;
1997        my $peg = $self->acc;
1998    
1999        my $line_data = [];
2000        my $links_list = [];
2001        my $descriptions = [];
2002    
2003        my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");
2004        #my @domain_query_results = ();
2005        foreach $dqr (@domain_query_results){
2006            my $key = @$dqr[1];
2007            my @parts = split("::",$key);
2008            my $db = $parts[0];
2009            my $id = $parts[1];
2010            my $val = @$dqr[2];
2011            my $from;
2012            my $to;
2013            my $evalue;
2014    
2015            if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
2016                my $raw_evalue = $1;
2017                $from = $2;
2018                $to = $3;
2019                if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
2020                    my $part2 = 1000 - $1;
2021                    my $part1 = $2/100;
2022                    $evalue = $part1."e-".$part2;
2023                }
2024                else{
2025                    $evalue = "0.0";
2026                }
2027            }
2028    
2029            my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2030                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
2031                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
2032                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
2033            my ($name_value,$description_value);
2034    
2035            if($db eq "CDD"){
2036                my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
2037                if(!scalar(@$cdd_objs)){
2038                    $name_title = "name";
2039                    $name_value = "not available";
2040                    $description_title = "description";
2041                    $description_value = "not available";
2042                }
2043                else{
2044                    my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
2045                    $name_value = $cdd_obj->term;
2046                    $description_value = $cdd_obj->description;
2047                }
2048            }
2049    
2050            my $domain_name;
2051            $domain_name = {"title" => "name",
2052                            "value" => $name_value};
2053            push(@$descriptions,$domain_name);
2054    
2055            my $description;
2056            $description = {"title" => "description",
2057                            "value" => $description_value};
2058            push(@$descriptions,$description);
2059    
2060            my $score;
2061            $score = {"title" => "score",
2062                      "value" => $evalue};
2063            push(@$descriptions,$score);
2064    
2065            my $link_id = $id;
2066            my $link;
2067            my $link_url;
2068            if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
2069            elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
2070            else{$link_url = "NO_URL"}
2071    
2072            $link = {"link_title" => $name_value,
2073                     "link" => $link_url};
2074            push(@$links_list,$link);
2075    
2076            my $domain_element_hash = {
2077                "title" => $peg,
2078                "start" => $from,
2079                "end" =>  $to,
2080                "type"=> 'box',
2081                "zlayer" => '4',
2082                "links_list" => $links_list,
2083                "description" => $descriptions
2084                };
2085    
2086            push(@$line_data,$domain_element_hash);
2087    
2088            #just one CDD domain for now, later will add option for multiple domains from selected DB
2089            last;
2090        }
2091    
2092        my $line_config = { 'title' => $peg,
2093                            'hover_title' => 'Domain',
2094                            'short_title' => $peg,
2095                            'basepair_offset' => '1' };
2096    
2097        $gd->add_line($line_data, $line_config);
2098    
2099        return ($gd);
2100    
2101    }
2102    
2103    =head3 display_table()
2104    
2105    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
2106    This code will display a table for the similarities protein
2107    
2108    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
2109    
2110    =cut
2111    
2112    sub display_table {
2113        my ($self,$dataset, $show_columns, $query_fid, $fig, $application, $cgi) = @_;
2114        my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2115    
2116        my $scroll_list;
2117        foreach my $col (@$show_columns){
2118            push (@$scroll_list, $col->{key});
2119        }
2120    
2121        push (@ids, $query_fid);
2122        foreach my $thing (@$dataset) {
2123            next if ($thing->class ne "SIM");
2124            push (@ids, $thing->acc);
2125        }
2126    
2127        $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2128        my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2129    
2130        # get the column for the subsystems
2131        $subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig,$cgi,'hash');
2132    
2133        # get the column for the evidence codes
2134        $evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash');
2135    
2136        # get the column for pfam_domain
2137        $pfam_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2138    
2139        # get the column for molecular weight
2140        $mw_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2141    
2142        # get the column for organism's habitat
2143        my $habitat_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2144    
2145        # get the column for organism's temperature optimum
2146        my $temperature_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2147    
2148        # get the column for organism's temperature range
2149        my $temperature_range_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2150    
2151        # get the column for organism's oxygen requirement
2152        my $oxygen_req_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2153    
2154        # get the column for organism's pathogenicity
2155        my $pathogenic_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2156    
2157        # get the column for organism's pathogenicity host
2158        my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2159    
2160        # get the column for organism's salinity
2161        my $salinity_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2162    
2163        # get the column for organism's motility
2164        my $motility_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2165    
2166        # get the column for organism's gram stain
2167        my $gram_stain_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2168    
2169        # get the column for organism's endospores
2170        my $endospores_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2171    
2172        # get the column for organism's shape
2173        my $shape_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2174    
2175        # get the column for organism's disease
2176        my $disease_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2177    
2178        # get the column for organism's disease
2179        my $gc_content_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2180    
2181        # get the column for transmembrane domains
2182        my $transmembrane_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2183    
2184        # get the column for similar to human
2185        my $similar_to_human_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2186    
2187        # get the column for signal peptide
2188        my $signal_peptide_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2189    
2190        # get the column for transmembrane domains
2191        my $isoelectric_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2192    
2193        # get the column for conserved neighborhood
2194        my $cons_neigh_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2195    
2196        # get the column for cellular location
2197        my $cell_location_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2198    
2199        # get the aliases
2200        my $alias_col;
2201        if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2202             (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2203             (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2204             (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2205             (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2206            $alias_col = &get_db_aliases(\@ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2207        }
2208    
2209        # get the colors for the function cell
2210        my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);
2211        $functional_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);
2212        my $query_function = $fig->function_of($query_fid);
2213    
2214        my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
2215    
2216        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2217        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2218        my $same_genome_flag = 0;
2219    
2220        my $func_color_offset=0;
2221        unshift(@$dataset, $query_fid);
2222        for (my $thing_count=0;$thing_count<scalar @$dataset;$thing_count++){
2223    #    foreach my $thing ( @$dataset){
2224            my $thing = $dataset->[$thing_count];
2225            my $next_thing = $dataset->[$thing_count+1] if (defined $dataset->[$thing_count+1]);
2226            my ($id, $taxid, $iden, $ln1,$ln2,$b1,$b2,$e1,$e2,$d1,$d2,$color1,$color2,$reg1,$reg2, $next_org);
2227            if ($thing eq $query_fid){
2228                $id = $thing;
2229                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2230                $organism = $fig->genus_species($taxid);
2231                $current_function = $fig->function_of($id);
2232            }
2233            else{
2234                next if ($thing->class ne "SIM");
2235    
2236                $id      = $thing->acc;
2237                $evalue  = $thing->evalue;
2238                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2239                $iden    = $thing->identity;
2240                $organism= $thing->organism;
2241                $ln1     = $thing->qlength;
2242                $ln2     = $thing->hlength;
2243                $b1      = $thing->qstart;
2244                $e1      = $thing->qstop;
2245                $b2      = $thing->hstart;
2246                $e2      = $thing->hstop;
2247                $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;
2248                $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;
2249                $color1  = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
2250                $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
2251                $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};
2252                $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};
2253                $current_function = $thing->function;
2254                $next_org = $next_thing->organism if (defined $next_thing);
2255            }
2256    
2257            next if ($id =~ /nmpdr\||gnl\|md5\|/);
2258    
2259            my $single_domain = [];
2260            $count++;
2261    
2262            # organisms cell
2263            my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2264    
2265            my $org_cell;
2266            if ( ($next_org ne $organism) && ($same_genome_flag == 0) ){
2267                $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
2268            }
2269            elsif ($next_org eq $organism){
2270                $org_cell = { 'data' =>  "<b>" . $organism . "</b>", 'highlight' => $org_color};
2271                $same_genome_flag = 1;
2272            }
2273            elsif ($same_genome_flag == 1){
2274                $org_cell = { 'data' =>  "<b>" . $organism . "</b>", 'highlight' => $org_color};
2275                $same_genome_flag = 0;
2276            }
2277    
2278            # checkbox cell
2279            my ($box_cell,$tax, $radio_cell);
2280            my $field_name = "tables_" . $id;
2281            my $pair_name = "visual_" . $id;
2282            my $cell_name = "cell_". $id;
2283            my $replace_id = $id;
2284            $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2285            my $white = '#ffffff';
2286            $white = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2287            $org_color = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2288            my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2289            my $checked = "";
2290            #$checked = "checked" if ($id eq $query_fid);
2291    #       if ($id =~ /^fig\|/){
2292              my $box = qq~<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');" $checked>~;
2293              $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2294              $tax = $fig->genome_of($id) if ($id =~ /^fig\|/);
2295    #       }
2296    #       else{
2297    #         my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);
2298    #         $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2299    #       }
2300    
2301            # create the radio cell for any sequence, not just fig ids
2302            my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$current_function" id="$field_name" onClick="clearText('new_text_function')">);
2303            $radio_cell = { 'data'=>$radio, 'highlight'=>$white};
2304    
2305            # get the linked fig id
2306            my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;
2307    
2308            my $fig_data;
2309            if ($id =~ /^fig\|/)
2310            {
2311                $fig_data =  "<table><tr><td><a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a></td>" . "&nbsp;" x 2;
2312            }
2313            else
2314            {
2315                my $url_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2316                $fig_data = "<table><tr><td>$url_link</td>". "&nbsp;" x 2;
2317            }
2318            $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='$FIG_Config::cgi_url/Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);
2319            my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2320                           'highlight'=>$white};
2321    
2322            $replace_id = $peg;
2323            $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2324            $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2325            my $query_config = { 'title' => "Query",
2326                                 'short_title' => "Query",
2327                                 'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",
2328                                 'basepair_offset' => '0'
2329                                 };
2330    
2331            # function cell
2332            my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",
2333                                        3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",
2334                                        6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};
2335    
2336            my $function_color;
2337            if ( (defined($functional_color->{$query_function})) && ($functional_color->{$query_function} == 1) ){
2338                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function} - $func_color_offset};
2339            }
2340            else{
2341                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function}};
2342            }
2343            my $function_cell;
2344            if ($current_function){
2345              if ($current_function eq $query_function){
2346                $function_cell = {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$function_cell_colors->{0}};
2347                $func_color_offset=1;
2348              }
2349              else{
2350                  $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => $function_color};
2351              }
2352            }
2353            else{
2354              $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};
2355            }
2356    
2357            if ($id eq $query_fid){
2358                push (@$single_domain, $box_cell, {'data'=>qq~<i>Query Sequence: </i>~  . qq~<b>$id</b>~ , 'highlight'=>$white}, {'data'=> 'n/a', 'highlight'=>$white},
2359                      {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white},
2360                      {'data' =>  $organism, 'highlight'=> $white}, {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$white},
2361                      {'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>$white},
2362                      {'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$white});  # permanent columns
2363            }
2364            else{
2365                push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},
2366                      {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell,
2367                      {'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>"#ffffff"},
2368                      {'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>"#ffffff"});  # permanent columns
2369    
2370            }
2371    
2372            if ( ( $application->session->user) ){
2373                my $user = $application->session->user;
2374                if ($user && $user->has_right(undef, 'annotate', 'genome')) {
2375                    push (@$single_domain,$radio_cell);
2376                }
2377            }
2378    
2379            my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2380    
2381            foreach my $col (@$scroll_list){
2382                if ($id eq $query_fid) { $highlight_color = "#999966"; }
2383                else { $highlight_color = "#ffffff"; }
2384    
2385                if ($col =~ /pfam/)                       {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2386                elsif ($col =~ /mw/)                         {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2387                elsif ($col =~ /habitat/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2388                elsif ($col =~ /temperature/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2389                elsif ($col =~ /temp_range/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2390                elsif ($col =~ /oxygen/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2391                elsif ($col =~ /^pathogenic$/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2392                elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/)            {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2393                elsif ($col =~ /salinity/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2394                elsif ($col =~ /motility/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2395                elsif ($col =~ /gram_stain/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2396                elsif ($col =~ /endospores/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2397                elsif ($col =~ /shape/)                      {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2398                elsif ($col =~ /disease/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2399                elsif ($col =~ /gc_content/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2400                elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2401                elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2402                elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2403                elsif ($col =~ /conerved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2404                elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2405                elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2406                elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2407                elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2408                elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2409                elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2410                elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2411                elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2412                elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2413                elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2414                elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2415                elsif ($col =~ /lineage/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2416                elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2417            }
2418            push(@$data,$single_domain);
2419        }
2420        if ($count >0 ){
2421            $content = $data;
2422        }
2423        else{
2424            $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
2425        }
2426        shift(@$dataset);
2427        return ($content);
2428    }
2429    
2430    
2431    =head3 display_figfam_table()
2432    
2433    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
2434    This code will display a table for the similarities protein
2435    
2436    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
2437    
2438    =cut
2439    
2440    sub display_figfam_table {
2441      my ($self,$ids, $show_columns, $fig, $application, $cgi) = @_;
2442      my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2443    
2444      my $scroll_list;
2445      foreach my $col (@$show_columns){
2446        push (@$scroll_list, $col->{key});
2447      }
2448    
2449      $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2450      my @attributes = $fig->get_attributes($ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2451    
2452      # get the column for the subsystems
2453      $subsystems_column = &get_subsystems_column($ids,$fig,$cgi,'hash');
2454    
2455      # get the column for the evidence codes
2456      $evidence_column = &get_evidence_column($ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash') if (grep /^evidence$/, @$scroll_list);
2457    
2458      # get the column for pfam_domain
2459      $pfam_column = &get_attrb_column($ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2460    
2461      # get the column for molecular weight
2462      $mw_column = &get_attrb_column($ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2463    
2464      # get the column for organism's habitat
2465      my $habitat_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2466    
2467      # get the column for organism's temperature optimum
2468      my $temperature_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2469    
2470      # get the column for organism's temperature range
2471      my $temperature_range_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2472    
2473      # get the column for organism's oxygen requirement
2474      my $oxygen_req_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2475    
2476      # get the column for organism's pathogenicity
2477      my $pathogenic_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2478    
2479      # get the column for organism's pathogenicity host
2480      my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2481    
2482      # get the column for organism's salinity
2483      my $salinity_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2484    
2485      # get the column for organism's motility
2486      my $motility_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2487    
2488      # get the column for organism's gram stain
2489      my $gram_stain_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2490    
2491      # get the column for organism's endospores
2492      my $endospores_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2493    
2494      # get the column for organism's shape
2495      my $shape_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2496    
2497      # get the column for organism's disease
2498      my $disease_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2499    
2500      # get the column for organism's disease
2501      my $gc_content_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2502    
2503      # get the column for transmembrane domains
2504      my $transmembrane_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2505    
2506      # get the column for similar to human
2507      my $similar_to_human_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2508    
2509      # get the column for signal peptide
2510      my $signal_peptide_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2511    
2512      # get the column for transmembrane domains
2513      my $isoelectric_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2514    
2515      # get the column for conserved neighborhood
2516      my $cons_neigh_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2517    
2518      # get the column for cellular location
2519      my $cell_location_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2520    
2521      # get the aliases
2522      my $alias_col;
2523      if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2524           (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2525           (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2526           (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2527           (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2528        $alias_col = &get_db_aliases($ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2529      }
2530    
2531      foreach my $id ( @$ids){
2532        my $current_function = $fig->function_of($id);
2533        my $organism = $fig->org_of($id);
2534        my $single_domain = [];
2535    
2536        # organisms cell comehere2
2537        my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2538        my $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
2539    
2540        # get the linked fig id
2541        my $fig_data;
2542        if ($id =~ /^fig\|/)
2543        {
2544            $fig_data =  "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";
2545        }
2546        else
2547        {
2548            my $url_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2549            $fig_data = "<table><tr><td>$url_link</td>". "&nbsp;" x 2;
2550        }
2551    
2552        my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2553                       'highlight'=>"#ffffff"};
2554    
2555        # get sequence length
2556        my $length_col = {'data'=> $fig->translation_length($id),
2557                          'highlight'=>"#ffffff"};
2558    
2559        # function cell
2560        $function_cell = {'data'=>$current_function, 'highlight'=> "#ffffff"};
2561    
2562        # insert data
2563        push (@$single_domain, $fig_col, $length_col, $org_cell, {'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>"#ffffff"}, $function_cell);
2564    
2565        foreach my $col (@$scroll_list){
2566          my $highlight_color = "#ffffff";
2567    
2568          if ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2569          elsif ($col =~ /pfam/)                       {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2570          elsif ($col =~ /mw/)                         {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2571          elsif ($col =~ /habitat/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2572          elsif ($col =~ /temperature/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2573          elsif ($col =~ /temp_range/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2574          elsif ($col =~ /oxygen/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2575          elsif ($col =~ /^pathogenic$/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2576          elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/)            {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2577          elsif ($col =~ /salinity/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2578          elsif ($col =~ /motility/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2579          elsif ($col =~ /gram_stain/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2580          elsif ($col =~ /endospores/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2581          elsif ($col =~ /shape/)                      {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2582          elsif ($col =~ /disease/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2583          elsif ($col =~ /gc_content/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2584          elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2585          elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2586          elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2587          elsif ($col =~ /conerved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2588          elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2589          elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2590          elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2591          elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2592          elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2593          elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2594          elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2595          elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2596          elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2597          elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2598          elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2599          elsif ($col =~ /lineage/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2600          elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2601        }
2602        push(@$data,$single_domain);
2603      }
2604    
2605      $content = $data;
2606      return ($content);
2607    }
2608    
2609    sub get_box_column{
2610        my ($ids) = @_;
2611        my %column;
2612        foreach my $id (@$ids){
2613            my $field_name = "tables_" . $id;
2614            my $pair_name = "visual_" . $id;
2615            my $cell_name = "cell_" . $id;
2616            $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name', '$cell_name');">);
2617        }
2618        return (%column);
2619    }
2620    
2621    sub get_figfam_column{
2622        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2623        my $column;
2624    
2625        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2626        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2627    
2628        foreach my $id (@$ids){
2629            my ($ff);
2630            if ($id =~ /\.peg\./){
2631                ($ff) =  $figfams->families_containing_peg($id);
2632            }
2633            if ($ff){
2634                push (@$column, "<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>");
2635            }
2636            else{
2637                push (@$column, " ");
2638            }
2639        }
2640    
2641        return $column;
2642    }
2643    
2644    sub get_subsystems_column{
2645        my ($ids,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2646    
2647        my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids,1);
2648        my ($column, $ss);
2649        foreach my $id (@$ids){
2650            my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
2651            my @subsystems;
2652    
2653            if (@in_sub > 0) {
2654                foreach my $array(@in_sub){
2655                    my $ss = $array->[0];
2656                    $ss =~ s/_/ /ig;
2657                    push (@subsystems, "-" . $ss);
2658                }
2659                my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2660                $ss->{$id} = $in_sub_line;
2661            } else {
2662                $ss->{$id} = "None added";
2663            }
2664            push (@$column, $ss->{$id});
2665        }
2666    
2667        if ($returnType eq 'hash') { return $ss; }
2668        elsif ($returnType eq 'array') { return $column; }
2669    }
2670    
2671    sub get_lineage_column{
2672        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2673    
2674        my $lineages = $fig->taxonomy_list();
2675    
2676        foreach my $id (@$ids){
2677            my $genome = $fig->genome_of($id);
2678            if ($lineages->{$genome}){
2679    #           push (@$column, qq~<table style='border-style:hidden;'><tr><td style='background-color: #ffffff;'>~ . $lineages->{$genome} . qq~</td></tr</table>~);
2680                push (@$column, $lineages->{$genome});
2681            }
2682            else{
2683                push (@$column, " ");
2684            }
2685        }
2686        return $column;
2687    }
2688    
2689    sub match_color {
2690        my ( $b, $e, $n , $rgb) = @_;
2691        my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
2692        my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
2693        my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
2694        my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
2695        my $br  = 1;
2696        if ($rgb){
2697            return html2rgb( rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) ) );
2698        }
2699        else{
2700            rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
2701        }
2702    }
2703    
2704    sub hsb2rgb {
2705        my ( $h, $s, $br ) = @_;
2706        $h = 6 * ($h - floor($h));
2707        if ( $s  > 1 ) { $s  = 1 } elsif ( $s  < 0 ) { $s  = 0 }
2708        if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
2709        my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1,      $h,     0      )
2710                                          : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1,      0      )
2711                                          :               ( 0,      1,      $h - 2 )
2712                                          )
2713                                        : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0,      4 - $h, 1      )
2714                                          : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0,      1      )
2715                                          :               ( 1,      0,      6 - $h )
2716                                          );
2717        ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
2718          ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
2719          ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
2720        )
2721    }
2722    
2723    sub html2rgb {
2724        my ($hex) = @_;
2725        my ($r,$g,$b) = ($hex) =~ /^\#(\w\w)(\w\w)(\w\w)/;
2726        my $code = { 'A'=>10, 'B'=>11, 'C'=>12, 'D'=>13, 'E'=>14, 'F'=>15,
2727                     1=>1, 2=>2, 3=>3, 4=>4, 5=>5, 6=>6, 7=>7, 8=>8, 9=>9};
2728    
2729        my @R = split(//, $r);
2730        my @G = split(//, $g);
2731        my @B = split(//, $b);
2732    
2733        my $red = ($code->{uc($R[0])}*16)+$code->{uc($R[1])};
2734        my $green = ($code->{uc($G[0])}*16)+$code->{uc($G[1])};
2735        my $blue = ($code->{uc($B[0])}*16)+$code->{uc($B[1])};
2736    
2737        my $rgb = [$red, $green, $blue];
2738        return $rgb;
2739    
2740    }
2741    
2742    sub rgb2html {
2743        my ( $r, $g, $b ) = @_;
2744        if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
2745        if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
2746        if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
2747        sprintf("#%02x%02x%02x", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
2748    }
2749    
2750    sub floor {
2751        my $x = $_[0];
2752        defined( $x ) || return undef;
2753        ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
2754    }
2755    
2756    sub get_function_color_cell{
2757      my ($functions, $fig) = @_;
2758    
2759      # figure out the quantity of each function
2760      my %hash;
2761      foreach my $key (keys %$functions){
2762        my $func = $functions->{$key};
2763        $hash{$func}++;
2764      }
2765    
2766      my %func_colors;
2767      my $count = 1;
2768      foreach my $key (sort {$hash{$b}<=>$hash{$a}} keys %hash){
2769        $func_colors{$key}=$count;
2770        $count++;
2771      }
2772    
2773      return \%func_colors;
2774    }
2775    
2776    sub get_essentially_identical{
2777        my ($fid,$dataset,$fig) = @_;
2778        #my $fig = new FIG;
2779    
2780        my %id_list;
2781        #my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
2782    
2783        foreach my $thing (@$dataset){
2784            if($thing->class eq "IDENTICAL"){
2785                my $rows = $thing->rows;
2786                my $count_identical = 0;
2787                foreach my $row (@$rows) {
2788                    my $id = $row->[0];
2789                    if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2790                        $id_list{$id} = 1;
2791                    }
2792                }
2793            }
2794        }
2795    
2796    #    foreach my $id (@maps_to) {
2797    #        if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2798    #           $id_list{$id} = 1;
2799    #        }
2800    #    }
2801        return(%id_list);
2802    }
2803    
2804    
2805    sub get_evidence_column{
2806        my ($ids,$attributes,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2807        my ($column, $code_attributes);
2808    
2809        if (! defined $attributes) {
2810            my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2811            $attributes = \@attributes_array;
2812        }
2813    
2814        my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2815        foreach my $key (@codes){
2816            push (@{$code_attributes->{$key->[0]}}, $key);
2817        }
2818    
2819        foreach my $id (@$ids){
2820            # add evidence code with tool tip
2821            my $ev_codes=" &nbsp; ";
2822    
2823            my @codes = @{$code_attributes->{$id}} if (defined @{$code_attributes->{$id}});
2824            my @ev_codes = ();
2825            foreach my $code (@codes) {
2826                my $pretty_code = $code->[2];
2827                if ($pretty_code =~ /;/) {
2828                    my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2829                    if ($cd =~ /ilit|dlit/){
2830                        my ($type,$pubmed_id) = ($cd) =~ /(.*?)\((.*)\)/;
2831                        my $publink = &HTML::alias_url($pubmed_id,'PMID');
2832                        $cd = $type . "(<a href='" . $publink . "'>" . $pubmed_id . "</a>)";
2833                    }
2834                    $ss =~ s/_/ /g;
2835                    $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2836                }
2837                push(@ev_codes, $pretty_code);
2838            }
2839    
2840            if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
2841                my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
2842                $ev_codes = $cgi->a(
2843                                    {
2844                                        id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2845            }
2846    
2847            if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id}=$ev_codes; }
2848            elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, $ev_codes); }
2849        }
2850        return $column;
2851    }
2852    
2853    sub get_attrb_column{
2854        my ($ids, $attributes, $fig, $cgi, $colName, $attrbName, $returnType) = @_;
2855    
2856        my ($column, %code_attributes, %attribute_locations);
2857        my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2858                                     -host     => $WebConfig::DBHOST,
2859                                     -user     => $WebConfig::DBUSER,
2860                                     -password => $WebConfig::DBPWD);
2861    
2862        if ($colName eq "pfam"){
2863            if (! defined $attributes) {
2864                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2865                $attributes = \@attributes_array;
2866            }
2867    
2868            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2869            foreach my $key (@codes){
2870                my $name = $key->[1];
2871                if ($name =~ /_/){
2872                    ($name) = ($key->[1]) =~ /(.*?)_/;
2873                }
2874                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $name);
2875                push (@{$attribute_location{$key->[0]}{$name}}, $key->[2]);
2876            }
2877    
2878            foreach my $id (@$ids){
2879                # add pfam code
2880                my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2881                my @pfam_codes = "";
2882                my %description_codes;
2883    
2884                if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
2885                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2886                    @pfam_codes = ();
2887    
2888                    # get only unique values
2889                    my %saw;
2890                    foreach my $key (@ncodes) {$saw{$key}=1;}
2891                    @ncodes = keys %saw;
2892    
2893                    foreach my $code (@ncodes) {
2894                        my @parts = split("::",$code);
2895                        my $pfam_link = "<a href=http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2896    
2897    #                   # get the locations for the domain
2898    #                   my @locs;
2899    #                   foreach my $part (@{$attribute_location{$id}{$code}}){
2900    #                       my ($loc) = ($part) =~ /\;(.*)/;
2901    #                       push (@locs,$loc);
2902    #                   }
2903    #                   my %locsaw;
2904    #                   foreach my $key (@locs) {$locsaw{$key}=1;}
2905    #                   @locs = keys %locsaw;
2906    #
2907    #                   my $locations = join (", ", @locs);
2908    #
2909                        if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
2910                            push(@pfam_codes, "$parts[1]");
2911                        }
2912                        else {
2913                            my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2914                            $description_codes{$parts[1]} = $description->[0]->{term};
2915                            push(@pfam_codes, "$pfam_link");
2916                        }
2917                    }
2918    
2919                    if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join("<br><br>", @pfam_codes); }
2920                    elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join("<br><br>", @pfam_codes)); }
2921                }
2922            }
2923        }
2924        elsif ($colName eq 'cellular_location'){
2925            if (! defined $attributes) {
2926                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2927                $attributes = \@attributes_array;
2928            }
2929    
2930            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2931            foreach my $key (@codes){
2932                my ($loc) = ($key->[1]) =~ /::(.*)/;
2933                my ($new_loc, @all);
2934                @all = split (//, $loc);
2935                my $count = 0;
2936                foreach my $i (@all){
2937                    if ( ($i eq uc($i)) && ($count > 0) ){
2938                        $new_loc .= " " . $i;
2939                    }
2940                    else{
2941                        $new_loc .= $i;
2942                    }
2943                    $count++;
2944                }
2945                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, [$new_loc, $key->[2]]);
2946            }
2947    
2948            foreach my $id (@$ids){
2949                my (@values, $entry);
2950                #@values = (" ");
2951                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2952                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2953                    foreach my $code (@ncodes){
2954                        push (@values, $code->[0] . ", " . $code->[1]);
2955                    }
2956                }
2957                else{
2958                    @values = ("Not available");
2959                }
2960    
2961                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2962                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2963            }
2964        }
2965        elsif ( ($colName eq 'mw') || ($colName eq 'transmembrane') || ($colName eq 'similar_to_human') ||
2966                ($colName eq 'signal_peptide') || ($colName eq 'isoelectric') ){
2967            if (! defined $attributes) {
2968                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2969                $attributes = \@attributes_array;
2970            }
2971    
2972            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2973            foreach my $key (@codes){
2974                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $key->[2]);
2975            }
2976    
2977            foreach my $id (@$ids){
2978                my (@values, $entry);
2979                #@values = (" ");
2980                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2981                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2982                    foreach my $code (@ncodes){
2983                        push (@values, $code);
2984                    }
2985                }
2986                else{
2987                    @values = ("Not available");
2988                }
2989    
2990                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2991                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2992            }
2993        }
2994        elsif ( ($colName eq 'habitat') || ($colName eq 'temperature') || ($colName eq 'temp_range') ||
2995                ($colName eq 'oxygen') || ($colName eq 'pathogenic') || ($colName eq 'pathogenic_in') ||
2996                ($colName eq 'salinity') || ($colName eq 'motility') || ($colName eq 'gram_stain') ||
2997                ($colName eq 'endospores') || ($colName eq 'shape') || ($colName eq 'disease') ||
2998                ($colName eq 'gc_content') ) {
2999            if (! defined $attributes) {
3000                my @attributes_array = $fig->get_attributes(undef,$attrbName);
3001                $attributes = \@attributes_array;
3002            }
3003    
3004            my $genomes_with_phenotype;
3005            foreach my $attribute (@$attributes){
3006                my $genome = $attribute->[0];
3007                $genomes_with_phenotype->{$genome} = $attribute->[2];
3008            }
3009    
3010            foreach my $id (@$ids){
3011                my $genome = $fig->genome_of($id);
3012                my @values = (' ');
3013                if (defined $genomes_with_phenotype->{$genome}){
3014                    push (@values, $genomes_with_phenotype->{$genome});
3015                }
3016                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
3017                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
3018            }
3019        }
3020    
3021        return $column;
3022    }
3023    
3024    sub get_aclh_aliases {
3025        my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
3026        my $db_array;
3027    
3028        my $id_line = join (",", @$ids);
3029        my $aclh_url = "http://clearinghouse.nmpdr.org/aclh.cgi?page=SearchResults&raw_dump=1&query=" . $id_line;
3030    
3031    
3032    }
3033    
3034    sub get_id_aliases {
3035        my ($id, $fig) = @_;
3036        my $aliases = {};
3037    
3038        my $org = $fig->org_of($id);
3039        my $url = "http://clearinghouse.nmpdr.org/aclh.cgi?page=SearchResults&raw_dump=1&query=$id";
3040        if ( my $form = &LWP::Simple::get($url) ) {
3041            my ($block) = ($form) =~ /<pre>(.*)<\/pre>/s;
3042            foreach my $line (split /\n/, $block){
3043                my @values = split /\t/, $line;
3044                next if ($values[3] eq "Expert");
3045                if (($values[1] =~ /$org/) || ($org =~ /$values[1]/) && (! defined $aliases->{$values[4]}) ){
3046                    $aliases->{$values[4]} = $values[0];
3047                }
3048            }
3049        }
3050    
3051        return $aliases;
3052    }
3053    
3054    sub get_db_aliases {
3055        my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
3056        my $db_array;
3057        my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
3058        foreach my $id (@$ids){
3059    #       my @all_aliases = grep { $_ ne $id and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($id);
3060            my $id_org = $fig->org_of($id);
3061    
3062            foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
3063    #       foreach my $alias (@all_aliases){
3064                my $id_db = &Observation::get_database($alias);
3065                next if ( ($id_db ne $db) && ($db ne 'all') );
3066                next if ($aliases->{$id}->{$db});
3067                my $alias_org = $fig->org_of($alias);
3068    #           if (($id ne $peg) && ( ($alias_org =~ /$id_org/) || ($id_org =~ /$alias_org/)) ) {
3069                    #push(@funcs, [$id,$id_db,$tmp]);
3070                    $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
3071    #           }
3072            }
3073            if (!defined( $aliases->{$id}->{$db})){
3074                $aliases->{$id}->{$db} = " ";
3075            }
3076            #push (@$db_array, {'data'=>  $aliases->{$id}->{$db},'highlight'=>"#ffffff"});
3077            push (@$db_array, $aliases->{$id}->{$db});
3078        }
3079    
3080        if ($returnType eq 'hash') { return $aliases; }
3081        elsif ($returnType eq 'array') { return $db_array; }
3082    }
3083    
3084    
3085    
3086    sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
3087    
3088    sub color {
3089        my ($evalue) = @_;
3090        my $palette = WebColors::get_palette('vitamins');
3091        my $color;
3092        if ($evalue <= 1e-170){        $color = $palette->[0];    }
3093        elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = $palette->[1];    }
3094        elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = $palette->[2];    }
3095        elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = $palette->[3];    }
3096        elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){        $color = $palette->[4];    }
3097        elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){        $color = $palette->[5];    }
3098        elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){        $color = $palette->[6];    }
3099        elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){        $color = $palette->[7];    }
3100        elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){        $color = $palette->[8];    }
3101        else{        $color = $palette->[9];    }
3102        return ($color);
3103    }
3104    
3105    
3106    ############################
3107    package Observation::Cluster;
3108    
3109    use base qw(Observation);
3110    
3111    sub new {
3112    
3113        my ($class,$dataset) = @_;
3114        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
3115        $self->{context} = $dataset->{'context'};
3116        bless($self,$class);
3117        return $self;
3118    }
3119    
3120    sub display {
3121        my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
3122    
3123        $taxes = $fig->taxonomy_list();
3124    
3125        my $fid = $self->fig_id;
3126        my $compare_or_coupling = $self->context;
3127        my $gd_window_size = $gd->window_size;
3128        my $range = $gd_window_size;
3129        my $all_regions = [];
3130        my $gene_associations={};
3131    
3132        #get the organism genome
3133        my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
3134        $gene_associations->{$fid}->{"organism"} = $target_genome;
3135        $gene_associations->{$fid}->{"main_gene"} = $fid;
3136        $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 0;
3137    
3138      # get location of the gene      # get location of the gene
3139      my $data = $fig->feature_location($fid);      my $data = $fig->feature_location($fid);
3140      my ($contig, $beg, $end);      my ($contig, $beg, $end);
3141        my %reverse_flag;
3142    
3143      if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){      if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
3144          $contig = $1;          $contig = $1;
# Line 1792  Line 3146 
3146          $end = $3;          $end = $3;
3147      }      }
3148    
3149        my $offset;
3150      my ($region_start, $region_end);      my ($region_start, $region_end);
3151      if ($beg < $end)      if ($beg < $end)
3152      {      {
3153          $region_start = $beg - 4000;          $region_start = $beg - ($range);
3154          $region_end = $end+4000;          $region_end = $end+ ($range);
3155            $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
3156      }      }
3157      else      else
3158      {      {
3159          $region_end = $end+4000;          $region_start = $end-($range);
3160          $region_start = $beg-4000;          $region_end = $beg+($range);
3161            $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
3162            $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
3163            $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 1;
3164      }      }
3165    
3166      # call genes in region      # call genes in region
3167      my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);      my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
3168        #foreach my $feat (@$target_gene_features){
3169        #   push (@$all_regions, $feat) if ($feat =~ /peg/);
3170        #}
3171      push(@$all_regions,$target_gene_features);      push(@$all_regions,$target_gene_features);
3172      my (@start_array_region);      my (@start_array_region);
3173      push (@start_array_region, $region_start);      push (@start_array_region, $offset);
3174    
3175      my %all_genes;      my %all_genes;
3176      my %all_genomes;      my %all_genomes;
3177      foreach my $feature (@$target_gene_features){ $all_genes{$feature} = 1;}      foreach my $feature (@$target_gene_features){
3178            #if ($feature =~ /peg/){
3179      my @coup = grep { $_->[1]} $fig->coupling_and_evidence($fid,5000,1e-10,4,1);              $all_genes{$feature} = $fid; $gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$fid;
3180            #}
3181        }
3182    
3183      my $coup_count = 0;      my @selected_sims;
3184    
3185      foreach my $pair (@{$coup[0]->[2]}) {      if ($compare_or_coupling eq "sims"){
3186          last if ($coup_count > 10);          # get the selected boxes
3187          my ($peg1,$peg2) = @$pair;          my @selected_taxonomy = @$selected_taxonomies;
3188    
3189          my $location = $fig->feature_location($peg1);          # get the similarities and store only the ones that match the lineages selected
3190          my ($pair_contig,$pair_beg,$pair_end,$pair_region_start,$pair_region_stop,$pair_genome);          if (@selected_taxonomy > 0){
3191          if($location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){              foreach my $sim (@$sims_array){
3192              $pair_contig = $1;                  next if ($sim->class ne "SIM");
3193              $pair_beg = $2;                  next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
3194              $pair_end = $3;  
3195              if ($pair_beg < $pair_end)                  #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
3196              {                  my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
3197                  $pair_region_start = $pair_beg - 4000;                  #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
3198                  $pair_region_stop = $pair_end+4000;                  my $lineage = $taxes->{$genome};
3199                    #my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));
3200                    foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
3201                        if ($lineage =~ /$taxon/){
3202                            #push (@selected_sims, $sim->[1]);
3203                            push (@selected_sims, $sim->acc);
3204              }              }
             else  
             {  
                 $pair_region_stop = $pair_end+4000;  
                 $pair_region_start = $pair_beg-4000;  
3205              }              }
   
             push (@start_array_region, $pair_region_start);  
   
             $pair_genome = $fig->genome_of($peg1);  
             $all_genomes{$pair_genome} = 1;  
             my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);  
             push(@$all_regions,$pair_features);  
             foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = 1;}  
3206          }          }
         $coup_count++;  
3207      }      }
3208            else{
3209                my $simcount = 0;
3210                foreach my $sim (@$sims_array){
3211                    next if ($sim->class ne "SIM");
3212                    next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
3213    
3214      my $bbh_sets = [];                  push (@selected_sims, $sim->acc);
3215      my %already;                  $simcount++;
3216      foreach my $gene_key (keys(%all_genes)){                  last if ($simcount > 4);
3217          if($already{$gene_key}){next;}              }
3218          my $gene_set = [$gene_key];          }
3219    
3220          my $gene_key_genome = $fig->genome_of($gene_key);          my %saw;
3221            @selected_sims = grep(!$saw{$_}++, @selected_sims);
3222    
3223          foreach my $genome_key (keys(%all_genomes)){          # get the gene context for the sorted matches
3224              #next if ($gene_key_genome eq $genome_key);          foreach my $sim_fid(@selected_sims){
3225              my $return = $fig->bbh_list($genome_key,[$gene_key]);              #get the organism genome
3226                my $sim_genome = $fig->genome_of($sim_fid);
3227                $gene_associations->{$sim_fid}->{"organism"} = $sim_genome;
3228                $gene_associations->{$sim_fid}->{"main_gene"} = $sim_fid;
3229                $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 0;
3230    
3231              my $feature_list = $return->{$gene_key};              # get location of the gene
3232              foreach my $fl (@$feature_list){              my $data = $fig->feature_location($sim_fid);
3233                  push(@$gene_set,$fl);              my ($contig, $beg, $end);
             }  
         }  
         $already{$gene_key} = 1;  
         push(@$bbh_sets,$gene_set);  
     }  
3234    
3235      my %bbh_set_rank;              if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
3236      my $order = 0;                  $contig = $1;
3237      foreach my $set (@$bbh_sets){                  $beg = $2;
3238          my $count = scalar(@$set);                  $end = $3;
         $bbh_set_rank{$order} = $count;  
         $order++;  
3239      }      }
3240    
3241      my %peg_rank;              my $offset;
3242      my $counter =  1;              my ($region_start, $region_end);
3243      foreach my $bbh_order (sort {$bbh_set_rank{$b} <=> $bbh_set_rank{$a}} keys %bbh_set_rank){              if ($beg < $end)
         my $good_set = @$bbh_sets[$bbh_order];  
         my $flag_set = 0;  
         if (scalar (@$good_set) > 1)  
3244          {          {
3245              foreach my $peg (@$good_set){                  $region_start = $beg - ($range/2);
3246                  if ((!$peg_rank{$peg})){                  $region_end = $end+($range/2);
3247                      $peg_rank{$peg} = $counter;                  $offset = ($beg+(($end-$beg)/2))-($gd_window_size/2);
                     $flag_set = 1;  
                 }  
             }  
             $counter++ if ($flag_set == 1);  
3248          }          }
3249          else          else
3250          {          {
3251              foreach my $peg (@$good_set){                  $region_start = $end-($range/2);
3252                  $peg_rank{$peg} = 100;                  $region_end = $beg+($range/2);
3253                    $offset = ($end+(($beg-$end)/2))-($gd_window_size/2);
3254                    $reverse_flag{$sim_genome} = $sim_fid;
3255                    $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 1;
3256              }              }
3257    
3258                # call genes in region
3259                my ($sim_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($sim_genome, $contig, $region_start, $region_end);
3260                push(@$all_regions,$sim_gene_features);
3261                push (@start_array_region, $offset);
3262                foreach my $feature (@$sim_gene_features){ $all_genes{$feature} = $sim_fid;$gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$sim_fid;}
3263                $all_genomes{$sim_genome} = 1;
3264          }          }
3265    
3266      }      }
3267    
3268      open (FH, ">$FIG_Config::temp/good_sets.txt");      #print STDERR "START CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: " . `date`;
3269      foreach my $pr (sort {$peg_rank{$a} <=> $peg_rank{$b}} keys(%peg_rank)){ print FH "rank:$peg_rank{$pr}\tpr:$pr\n";}      # cluster the genes
3270      close (FH);      my @all_pegs = keys %all_genes;
3271        my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);
3272        #print STDERR "END CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: ". `date`;
3273        my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs(\@all_pegs,1);
3274    
3275      foreach my $region (@$all_regions){      foreach my $region (@$all_regions){
3276          my $sample_peg = @$region[0];          my $sample_peg = @$region[0];
3277          my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);          my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
3278          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
3279          my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);          my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
3280            #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
3281            my $lineage = $taxes->{$region_genome};
3282            #my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);
3283            #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
3284          my $line_config = { 'title' => $region_gs,          my $line_config = { 'title' => $region_gs,
3285                              'short_title' => $abbrev_name,                              'short_title' => $abbrev_name,
3286                              'basepair_offset' => '0'                              'basepair_offset' => '0'
3287                              };                              };
3288    
3289          my $offset = shift @start_array_region;          my $offsetting = shift @start_array_region;
3290    
3291            my $second_line_config = { 'title' => "$lineage",
3292                                       'short_title' => "",
3293                                       'basepair_offset' => '0',
3294                                       'no_middle_line' => '1'
3295                                       };
3296    
3297          my $line_data = [];          my $line_data = [];
3298            my $second_line_data = [];
3299    
3300            # initialize variables to check for overlap in genes
3301            my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
3302            my $major_line_flag = 0;
3303            my $prev_second_flag = 0;
3304    
3305          foreach my $fid1 (@$region){          foreach my $fid1 (@$region){
3306                $second_line_flag = 0;
3307              my $element_hash;              my $element_hash;
3308              my $links_list = [];              my $links_list = [];
3309              my $descriptions = [];              my $descriptions = [];
3310    
3311              my $color = $peg_rank{$fid1};              my $color = $color_sets->{$fid1};
             if ($color == 1) {  
                 print STDERR "PEG: $fid1, RANK: $color";  
             }  
3312    
3313              # get subsystem information              # get subsystem information
3314              my $function = $fig->function_of($fid1);              my $function = $fig->function_of($fid1);
3315              my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$fid1;              my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$fid1;
3316    
3317              my $link;              my $link;
3318              $link = {"link_title" => $fid1,              $link = {"link_title" => $fid1,
3319                       "link" => $url_link};                       "link" => $url_link};
3320              push(@$links_list,$link);              push(@$links_list,$link);
3321    
3322              my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($fid1);              my @subs = @{$in_subs{$fid1}} if (defined $in_subs{$fid1});
3323              foreach my $subsystem (@subsystems){              my @subsystems;
3324                foreach my $array (@subs){
3325                    my $subsystem = $$array[0];
3326                    my $ss = $subsystem;
3327                    $ss =~ s/_/ /ig;
3328                    push (@subsystems, $ss);
3329                  my $link;                  my $link;
3330                  $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",                  $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
3331                           "link_title" => $subsystem};                           "link_title" => $ss};
3332                    push(@$links_list,$link);
3333                }
3334    
3335                if ($fid1 eq $fid){
3336                    my $link;
3337                    $link = {"link_title" => "Annotate this sequence",
3338                             "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=Commentary"};
3339                  push(@$links_list,$link);                  push(@$links_list,$link);
3340              }              }
3341    
# Line 1961  Line 3354 
3354              my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);              my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
3355              if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){              if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
3356                  my($start,$stop);                  my($start,$stop);
3357                  if ($2 < $3){$start = $2; $stop = $3;}                  $start = $2 - $offsetting;
3358                  else{$stop = $2; $start = $3;}                  $stop = $3 - $offsetting;
3359                  $start = $start - $offset;  
3360                  $stop = $stop - $offset;                  if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
3361                         ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
3362                           ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
3363                        if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
3364                            $second_line_flag = 1;
3365                            $major_line_flag = 1;
3366                        }
3367                    }
3368                    $prev_start = $start;
3369                    $prev_stop = $stop;
3370                    $prev_fig = $fid1;
3371    
3372                    if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_gnes{$fid1})){
3373                        $start = $gd_window_size - $start;
3374                        $stop = $gd_window_size - $stop;
3375                    }
3376    
3377                    my $title = $fid1;
3378                    if ($fid1 eq $fid){
3379                        $title = "My query gene: $fid1";
3380                    }
3381    
3382                  $element_hash = {                  $element_hash = {
3383                      "title" => $fid1,                      "title" => $title,
3384                      "start" => $start,                      "start" => $start,
3385                      "end" =>  $stop,                      "end" =>  $stop,
3386                      "type"=> 'arrow',                      "type"=> 'arrow',
# Line 1975  Line 3389 
3389                      "links_list" => $links_list,                      "links_list" => $links_list,
3390                      "description" => $descriptions                      "description" => $descriptions
3391                  };                  };
3392                  push(@$line_data,$element_hash);  
3393                    # if there is an overlap, put into second line
3394                    if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
3395                    else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
3396    
3397                    if ($fid1 eq $fid){
3398                        $element_hash = {
3399                            "title" => 'Query',
3400                            "start" => $start,
3401                            "end" =>  $stop,
3402                            "type"=> 'bigbox',
3403                            "color"=> $color,
3404                            "zlayer" => "1"
3405                            };
3406    
3407                        # if there is an overlap, put into second line
3408                        if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
3409                        else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
3410                    }
3411              }              }
3412          }          }
3413          $gd->add_line($line_data, $line_config);          $gd->add_line($line_data, $line_config);
3414            $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config); # if ($major_line_flag == 1);
3415      }      }
3416      return $gd;      return ($gd, \@selected_sims);
3417    }
3418    
3419    sub cluster_genes {
3420        my($fig,$all_pegs,$peg) = @_;
3421        my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
3422    
3423        my @color_sets = ();
3424    
3425        $conn = &get_connections_by_similarity($fig,$all_pegs);
3426    
3427        for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3428            if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
3429            if (! $seen{$i}) {
3430                $cluster = [$i];
3431                $seen{$i} = 1;
3432                for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
3433                    $x = $conn->{$cluster->[$j]};
3434                    foreach $k (@$x) {
3435                        if (! $seen{$k}) {
3436                            push(@$cluster,$k);
3437                            $seen{$k} = 1;
3438                        }
3439                    }
3440                }
3441    
3442                if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
3443                    push(@color_sets,$cluster);
3444                }
3445            }
3446        }
3447        for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
3448        $red_set = $color_sets[$i];
3449        splice(@color_sets,$i,1);
3450        @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
3451        unshift(@color_sets,$red_set);
3452    
3453        my $color_sets = {};
3454        for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
3455            foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
3456                $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
3457            }
3458        }
3459        return $color_sets;
3460  }  }
3461    
3462    sub get_connections_by_similarity {
3463        my($fig,$all_pegs) = @_;
3464        my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
3465        my($sim,%conn,$x,$y);
3466    
3467        for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3468            $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
3469            push(@{$pos_of{$tmp}},$i);
3470            if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
3471                push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
3472            }
3473        }
3474    
3475        foreach $y (keys(%pos_of)) {
3476            $x = $pos_of{$y};
3477            for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
3478                for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
3479                    push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
3480                    push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
3481                }
3482            }
3483        }
3484    
3485        for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3486            foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,10,"raw")) {
3487                if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
3488                    foreach $y (@$x) {
3489                        push(@{$conn{$i}},$y);
3490                    }
3491                }
3492            }
3493        }
3494        return \%conn;
3495    }
3496    
3497    sub in {
3498        my($x,$xL) = @_;
3499        my($i);
3500    
3501        for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
3502        return ($i < @$xL);
3503    }
3504    
3505    #############################################
3506    #############################################
3507    package Observation::Commentary;
3508    
3509    use base qw(Observation);
3510    
3511    =head3 display_protein_commentary()
3512    
3513    =cut
3514    
3515    sub display_protein_commentary {
3516        my ($self,$dataset,$mypeg,$fig) = @_;
3517    
3518        my $all_rows = [];
3519        my $content;
3520        #my $fig = new FIG;
3521        my $cgi = new CGI;
3522        my $count = 0;
3523        my $peg_array = [];
3524        my ($evidence_column, $subsystems_column,  %e_identical);
3525    
3526        if (@$dataset != 1){
3527            foreach my $thing (@$dataset){
3528                if ($thing->class eq "SIM"){
3529                    push (@$peg_array, $thing->acc);
3530                }
3531            }
3532            # get the column for the evidence codes
3533            $evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array, undef, $fig, $cgi, 'hash');
3534    
3535            # get the column for the subsystems
3536            $subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig, $cgi, 'array');
3537    
3538            # get essentially identical seqs
3539            %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
3540        }
3541        else{
3542            push (@$peg_array, @$dataset);
3543        }
3544    
3545        my $selected_sims = [];
3546        foreach my $id (@$peg_array){
3547            last if ($count > 10);
3548            my $row_data = [];
3549            my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
3550            if ($fig->org_of($id)){
3551                $org = $fig->org_of($id);
3552            }
3553            else{
3554                $org = "Data not available";
3555            }
3556            $function = $fig->function_of($id);
3557            if ($mypeg ne $id){
3558                $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
3559                $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
3560                if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
3561            }
3562            else{
3563                $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
3564                $id_cell = "<input type='checkbox' name='peg' id='peg$count' value='$id' checked='true'>";
3565                $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
3566            }
3567    
3568            push(@$row_data,$id_cell);
3569            push(@$row_data,$org);
3570            push(@$row_data, $subsystems_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3571            push(@$row_data, $evidence_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3572            push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
3573            push(@$row_data,$function_cell);
3574            push(@$all_rows,$row_data);
3575            push (@$selected_sims, $id);
3576            $count++;
3577        }
3578    
3579        if ($count >0){
3580            $content = $all_rows;
3581        }
3582        else{
3583            $content = "<p>This PEG does not have enough similarities to change the commentary</p>";
3584        }
3585        return ($content,$selected_sims);
3586    }
3587    
3588    sub display_protein_history {
3589        my ($self, $id,$fig) = @_;
3590        my $all_rows = [];
3591        my $content;
3592    
3593        my $cgi = new CGI;
3594        my $count = 0;
3595        foreach my $feat ($fig->feature_annotations($id)){
3596            my $row = [];
3597            my $col1 = $feat->[2];
3598            my $col2 = $feat->[1];
3599            #my $text = "<pre>" . $feat->[3] . "<\pre>";
3600            my $text = $feat->[3];
3601    
3602            push (@$row, $col1);
3603            push (@$row, $col2);
3604            push (@$row, $text);
3605            push (@$all_rows, $row);
3606            $count++;
3607        }
3608        if ($count > 0){
3609            $content = $all_rows;
3610        }
3611        else {
3612            $content = "There is no history for this PEG";
3613        }
3614    
3615        return($content);
3616    }
3617    

Legend:
Removed from v.1.20  
changed lines
  Added in v.1.80

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3